BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G32900.1
Length=2192
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473472 jgi|Araly1|473472|fgenesh2_kg.1__3426__AT1G32900.1 3404 0.0
> Ahg473472 jgi|Araly1|473472|fgenesh2_kg.1__3426__AT1G32900.1
Length=2097
Score = 3404 bits (1843), Expect = 0.0
Identities = 2020/2105 (96%), Gaps = 14/2105 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACAACTATAACAACGCCACGTGTCACTCGTGTCAGTCCAAGCctccactcttcttcttc 60
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 AACAACTATAACAACGACACGTGTCACTCGTGTCAGTCCAAGCCTCCACTCTTCTTC-TC 59
Query 61 t-ctacataactgaccattcttctcctctgctctcttcactttctcatctcctcCATTGG 119
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 60 TACTACATAACGGACCATTCTTCTCCTCTGCTCTCTTCACTTTCTCATCTCCTTTATTAG 119
Query 120 CTCTTA-TTTCCTCAGTTGCCGTGAAAATCTGTAAACGG-GTAGTTCATAATGGCAACTG 177
||| || |||||||||| |||||| | | | | || || | ||||||||||||||||
Sbjct 120 CTC-TATTTTCCTCAGTCGCCGTGTGAGTTTTTCAA-GGTCTCTTTCATAATGGCAACTG 177
Query 178 TGACTGCTTCTTCTA-ACTTTGTGTCAAGAACTTCACTTTTCAACAATCATGGTGCTTCT 236
|||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 178 TGACTGTTTCTTC-ACACTTTGTGTCAAGAACTTCACTTTTCAACAATCATGGAGCTTCT 236
Query 237 TCATGCTCTGATGTCG-CTCAGATTACCTTAAAAGGCCAATCCTTGACTCATTGTGGGTT 295
|||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 237 TCATGCTCTGATCT-GTCTCAGATTACCTTAAAAGGTCAATCCTTGACTCACTGTGGGTT 295
Query 296 AAGGTCATTCAACATGGTGGATAACCTTCAGAGGAGATCTCAAGCTAAACCTGTTTCTGC 355
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 AAGGTCTTTCAACATGGTGGATAAGCTTCAGAGGAGATCTCAAGCTAAACCTGTTTCTGC 355
Query 356 TAAATCCTCAAAGAGATCTTCTAAAGTTAAGACTGCTGGTAAGATTGTGTGTGAGAAAGG 415
||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TAAATCCTCAAAGGGGTCTTCTAAAGTTAAGACTGGTGGTAAGATTGTGTGTGAGAAAGG 415
Query 416 AATGTCTGTGATTTTTATTGGAGCTGAAGTTGGTCCATGGAGTAAAACTGGTGGTCTTGG 475
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 GATGTCTGTGATCTTTATTGGAGCTGAAGTTGGTCCATGGAGTAAAACTGGTGGTCTTGG 475
Query 476 TGATGTTCTCGGTGGTCTACCTCCAGCTCTTGCTGCTAGAGGCCACCGTGTGATGACAAT 535
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TGATGTCCTCGGTGGTCTACCTCCAGCTCTTGCTGCTAGAGGCCACCGTGTGATGACAAT 535
Query 536 TTGTCCTCGGTATGACCAATATAAAGATGCTTGGGACACTTGTGTTGTGGTTCAGATCAA 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TTGTCCTCGGTATGACCAATATAAAGATGCTTGGGACACTTGTGTTGTGGTTCAGATCAA 595
Query 596 AGTTGGGGATAAAGTTGAGAATGTTCGTTTCTTCCATTGCTACAAACGAGGAGTTGATCG 655
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 596 AGTTGGGGATAAAGTTGAGAATGTTCGTTTCTTTCATTGCTATAAACGAGGAGTTGATCG 655
Query 656 TGTCTTTGTTGACCATCCAATCTTTCTTGCTAAGGTTGTGGGCAAAACAGGATCCAAAAT 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 TGTCTTTGTTGACCATCCAATCTTTCTTGCTAAGGTTGTGGGCAAAACAGGATCCAAAAT 715
Query 716 CTATGGTCCTATAACTGGAGTAGACTACAATGACAACCAACTCCGGTTCAGTTTGTTGTG 775
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 CTATGGTCCTATAACTGGAGTAGACTACAATGACAATCAACTCCGGTTCAGTTTGTTGTG 775
Query 776 TCAGGCTGCTCTTGAGGCACCACAGGTTCTGAACCTGAACAGCAGCAAGTACTTCTCTGG 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 776 TCAGGCTGCTCTTGAGGCACCACAGGTTCTGAACCTGAATAGCAGCAAGTATTTCTCTGG 835
Query 836 ACCATATGGTGAAGATGTAGTCTTTGTTGCCAATGACTGGCACACTGCTCTACTTCCATG 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 836 ACCATATGGTGAAGATGTAGTCTTTGTTGCCAATGACTGGCACACTGCTCTCCTTCCATG 895
Query 896 TTACCTCAAATCTATGTATCAATCCCGCGGAGTCTACATGAATGCAAAGGTGGTCTTCTG 955
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 896 TTACCTCAAATCTATGTATCAATCCCGCGGAGTCTACATGGATGCAAAGGTTGTCTTCTG 955
Query 956 CATTCACAACATAGCCTACCAGGGAAGATTTGCCTTTGATGACTATTCCCTTCTCAACTT 1015
||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 956 CATTCACAACATAGCCTACCAAGGAAGATTTTCCTTTGATGACTATTCTCTTCTCAACTT 1015
Query 1016 GCCCATCAGCTTTAAAAGTTCTTTCGACTTCATGGACGGGTATGAAAAGCCAGTAAAAGG 1075
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1016 GCCCATCAGCTTTAAAAGTTCTTTTGACTTCATGGACGGGTATGAAAAGCCCGTAAAAGG 1075
Query 1076 ACGGAAAATTAACTGGATGAAGGCTGCAATTCTGGAAGCTCACCGTGTCTTAACAGTTAG 1135
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1076 ACGGAAAATTAATTGGATGAAGGCTGCAATTCTGGAAGCTGACCGTGTCTTAACAGTTAG 1135
Query 1136 TCCATACTACGCTCAAGAACTCATCTCTGGAGTTGATAGAGGCGTGGAATTGCATAAATA 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1136 TCCATACTACGCTCAAGAACTCATCTCTGGAGTCGATAGAGGCGTGGAGTTGCATACATA 1195
Query 1196 TCTTCGAATGAAAACAGTTTCCGGAATTATTAATGGAATGGATGTTCAAGAATGGAACCC 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TCTTCGAATGAAAACAGTTTCCGGAATTATTAATGGAATGGATGTTCAAGAATGGAACCC 1255
Query 1256 GTCTACTGACAAGTACATCGATATCAAATACGATATTACCACTGTTACAGATGCTAAACC 1315
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 GTCTACTGACAAATACATCGATATTAAATACGATATTACCACTGTTACAGATGCTAAACC 1315
Query 1316 ATTGATCAAAGAAGCACTTCAGGCTGCTGTTGGACTTCCCGTGGACAGGGATGTCCCGGT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1316 ATTGATCAAAGAAGCACTTCAGGCTGCTGTTGGACTTCCAGTCGACAGGGATGTCCCGGT 1375
Query 1376 TATCGGTTTCATAGGGAGATTGGAGGAGCAGAAGGGTTCTGATATTCTAGTGGAAGCTAT 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TATCGGTTTCATAGGGAGATTGGAGGAGCAGAAGGGCTCTGATATTCTAGTGGAAGCTAT 1435
Query 1436 TTCCAAGTTCATGGGGCTCAATGTTCAGATGGTTATCCTTGGGACTGGAAAGAAGAAGAT 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1436 TTCCAAGTTCATGGGGCTCAATGTTCAGATGGTTATCCTTGGGACTGGTAAGAAGAAGAT 1495
Query 1496 GGAGGCTCAGATTCTTGAACTAGAAGAGAAGTTCCCAGGGAAGGCGGTTGGAGTGGCGAA 1555
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GGAGGCTCAGATTCTGGAACTAGAAGAGAAATTCCCAGGGAAGGCGGTTGGAGTGGCGAA 1555
Query 1556 ATTCAACGTGCCATTGGCTCATATGATCACTGCTGGAGCTGACTTCATCATTGTCCCAAG 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1556 ATTCAACGTGCCATTGGCTCATATGATCACTGCTGGAGCTGACTTCATCATTGTCCCGAG 1615
Query 1616 CAGGTTTGAGCCGTGTGGTCTCATTCAGCTGCACGCAATGAGATATGGAACCGTCCCTAT 1675
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CAGGTTTGAGCCGTGTGGTCTCATTCAGCTACACGCCATGAGATATGGAACCGTCCCTAT 1675
Query 1676 TGTGGCATCTACTGGTGGACTTGTGGACACTGTGAAAGATGGCTACACAGGTTTCCACAT 1735
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TGTGGCATCTACTGGTGGGCTTGTGGACACTGTGAAAGATGGCTACACAGGTTTCCACAT 1735
Query 1736 TGGAAGATTCAACGTCAAGTGTGAAGTTGTGGATCCAGATGATGTGATAGCAACAGCAAA 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1736 TGGAAGATTCAACGTCAAGTGTGAAGTTGTGGATCCAGATGATGTGATTGCAACAGCAAA 1795
Query 1796 GGCTGTGACAAGAGCCGTTGCAGTATATGGAACATCCGCAATGCAAGAAATGGTCAAGAA 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1796 GGCTGTGACAAGAGCCGTTGCAGTATATGGAACATCCGCAATGAAAGAGATGGTCAAGAA 1855
Query 1856 CTGCATGGACCAAGACTTCTCCTGGAAGGGACCTGCGAGGTTGTGGGAGAAGGTACTATT 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1856 CTGCATGGACCAAGACTTCTCCTGGAAGGGACCTGCGAGGTTGTGGGAGAAGGTATTATC 1915
Query 1916 GTCCCTTAATGTGGCGGGAAGTGAAGCCGGAACCGAGGGTGAAGAGATAGCTCCTCTGGC 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GTCCCTTAATGTGGCGGGAAGTGAAGCCGGAATCGAGGGTGAAGAGATAGCTCCTCTGGC 1975
Query 1976 CAAGGAGAACGTAGCGACGCCGTGAGAATATGACTTTTGTTTTGTGTCAAAGTGGTTTGA 2035
|||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1976 GAAGGAGAACGTAGCGACGCCCTGAGAATGTGA-TTTTGTTT-GTGTCAAAGTGGTT-GA 2032
Query 2036 AGAAAGCGTTGGGAAGTTAGGAGTAGGGAAGGT-TGAGGAAAAGTAATGTATATTGGAAA 2094
||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2033 AGAAAGCGTTGGGAAGTTAGGAGTAGGAAAGGTCTAAGGAAAGGTAATGTATATGGGAAA 2092
Query 2095 TGTTA 2099
|||||
Sbjct 2093 TGTTA 2097
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82503470670
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5