BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G43850.1 Length=3688 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg922878 jgi|Araly1|922878|scaffold_104159.1 4010 0.0 > Ahg922878 jgi|Araly1|922878|scaffold_104159.1 Length=2653 Score = 4010 bits (2171), Expect = 0.0 Identities = 2522/2686 (94%), Gaps = 46/2686 (2%) Strand=Plus/Plus Query 582 AGTTGTGAATTAGTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGGGGTGGTG 641 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 2 AGTTGTGAATT-GTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGTAGTGGCG 60 Query 642 AAAATGTTCCGCCTTCGATATTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCAG 701 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 AAAACGTTCCGCCTTCGATTTTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCTG 120 Query 702 CATTTCCTTCACTTGTCTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAATATGAGTATGAGTATGC 761 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 121 CATTTCCTTCACTTGTTTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAACATGAGTATGAGTATGC 180 Query 762 TTGGGAATGCTCCAAATATATCTTCTCTTCTCAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTA-TC 820 |||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 181 TTGGGAATGCCCCAAACATATCTTCACTCCTGAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTATTC 240 Query 821 CCTGGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGTCTGACCCGATGTCTAACGTC 880 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| Sbjct 241 CC-GGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGGCAGACCCGCTGTCTAATGTC 299 Query 881 GGGTTTAGTGGTTTGTCGTCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCTCCGCGCTCATCAGGT 940 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 300 GGGTTTAGTGGTTTGTCATCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCCCCGCGCTCATCAGGT 359 Query 941 CAAGTT-CAGGGTCAGCAGTTTTCGAATGTTTCGGCTAACCAGTTGTTGGCTGAGCAACA 999 ||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| Sbjct 360 CAA-TTACAGGGTCAGCAATTCTCGAATGTTTCGTCTAACCAGTTGTTGGCAGAGCAACA 418 Query 1000 ACGGAATAAGAAAATGGAGACGCAGAGTTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATG---CA 1056 ||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 419 ACGGAATAAGAAATTGGAGCCTCAGAATTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATGCAACA 478 Query 1057 GCAGCAGTTTTCGACAGTGCGTGGTGGTGGATTAGCAGGTGTGGGACCTGTTAAGATGGA 1116 |||||||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 479 GCAGCAGTTTTCAACAGTGCGTGGAGGCGGGTTACCAGGTGTGGGATCTGTCAAGATGGA 538 Query 1117 GCCTGGTCAGGTTTCGAATGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 1176 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 ACCTGGTCAGGTTTCGAACGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 598 Query 1177 GTTGAGAAACCTAGGGTCAGTTAAGTTGGAACCGCAGCAA-ATTCAGGCCATGAGAAATT 1235 ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| || | Sbjct 599 GTTAAGAAACCTAGGATCAGTAAAGTTGGAACCGCAACAACA-TCAGGCCATGAGGAACT 657 Query 1236 TGGCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCTGAGCAGTCATTGTTTCTCcaacaacagc 1295 || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 658 TGTCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCAGAGCAGTCATTGTTTCTCCAACAGCAGC 717 Query 1296 agaggcaacaacagcaacaacaacaacaacaaTTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCGC 1355 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 718 AGAGGCAACAACAG---CAACAACAACAACAATTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCTC 774 Query 1356 AGGCTCAAATGAACATATTTCAGCAGCAGAGACTTATGCAACTTCAACAACAGCAAC-TC 1414 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || Sbjct 775 AGGCTCAAATGAACATATTTCACCAGCAGAGACTTATGCAACTGCAACAACAGCAACTTC 834 Query 1415 TTGAAATCTATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAATTTA 1474 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 835 -TGAAATCAATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAGTTTA 893 Query 1475 CCTCTAAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 1534 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 894 CCTCTGAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 953 Query 1535 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAATATCGAGTTCTGGAGAAAA 1594 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 954 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAACATCGAGTTCTGGAGAAAA 1013 Query 1595 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTCTCTATGTATGGC 1654 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1014 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTTTCTATGTATGGC 1073 Query 1655 AGTGGCAGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1714 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1074 AGTGGCCGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1133 Query 1715 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCAACCGCCGAAGTCCTTCCGCGGCTGTTT-AAGAT 1773 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| Sbjct 1134 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCGACCGCCGAAGTCCTCCCGCGGCT-TTTCAAGAT 1192 Query 1774 TAAGTATGAGAGTGGGACGT-TAGAAGAACTGTTATATGTAGATATGCCAAGGGAGTCCC 1832 ||||||||||||||| || | |||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1193 TAAGTATGAGAGTGGCAC-TCTAGAGGAGCTGCTATATGTTGATATGCCAAGGGAATCCC 1251 Query 1833 AGAATTCATCTGGCCAAATTGTCCTGGAGTATGCAAAAGCAACACAAGAGAGTGTCTTTG 1892 ||||||| || || |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1252 AGAATTCCTCGGGACAAATTGTTTTGGAGTACGCCAAAGCAACACAAGAGAGTGTGTTTG 1311 Query 1893 AGCATCTTCGGGTTGTTCGTGATGGCCAACTTCGAATAGTCTTCTCGCCAGATCTTAAGA 1952 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1312 AGCATCTTCGAGTTGTTCGTGATGGCCAGCTTCGAATAGTCTTCTCTCCAGATCTTAAGA 1371 Query 1953 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGACTTTTGA 2012 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1372 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGGCTTTTGA 1431 Query 2013 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGATCGGCAGCTCAGAAATATCAACAAGCTGCTCAAAATG 2072 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 1432 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGGTCGGCAGCTCAGAAATATCAGCAAGCCGCTCAAAATG 1491 Query 2073 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCGGAGCTACAAAATAATTGCAATATGTTTGTTGCATCTG 2132 |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1492 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCCGAGTTACAAAATAATTGCAACATGTTTGTTGCATCTG 1551 Query 2133 CTAGACAATTGGCAAAGGCCCTGGAAGTACCACTTGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 2192 |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1552 CTAGACAATTGGCAAAAGCTCTGGAAGTACCACTCGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 1611 Query 2193 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCAGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACCTGATAGATT 2252 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1612 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCGGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACTTGATTGATT 1671 Query 2253 ATAGCAGAGAAACACGAACAGGACCAATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 2312 | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1672 ACAGCAGAGAAACAAGAACAGGACCGATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 1731 Query 2313 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTcagcaagccagcgaccagcttaggcagc 2372 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || Sbjct 1732 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTCAGCAAGCCAGCGACCAGGTAAGGCTGC 1791 Query 2373 agcagcaacaacaacagcagcagcagcaacagcaacaacaacaacaacaacaacagcagc 2432 |||| | || ||||||||||||||| | || || ||||| ||||| || | | Sbjct 1792 AGCA--A-CA------GCAGCAGCAGCAACA--A-CAGCAGCAACAGCAACAGCA--A-C 1836 Query 2433 agcagcaaacagTTTCCCAGAATACAAACAGTGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 2492 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1837 AGCAGCAAACAGTTTCCCAGAATACAAACAGCGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 1896 Query 2493 TGCAGGGTAATCCAAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACTT 2552 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1897 TGCAGGGTAATCCCAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACCT 1956 Query 2553 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGGAAGACATCAGAATG 2612 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1957 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGCAAGACATCAGAATG 2016 Query 2613 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2672 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2017 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2076 Query 2673 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATCATCGCAGCAACAACACAACCTGCCAACATTTC 2732 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2077 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATC---GCAGCAACAACACAACTTGCCAACATTTC 2133 Query 2733 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2792 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2134 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2193 Query 2793 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCAGGTGAGGTTGATGGAAACG 2852 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2194 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCGGGTGAGGTTGATGGAAACG 2253 Query 2853 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2912 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2254 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2313 Query 2913 ATAGCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2972 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2314 ---GCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2370 Query 2973 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTACTGATGAATGGCCAAGTGaacaacaacaacaaca 3032 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2371 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTGCTGATGAATGGCCAAGTGAACAACAACAAC--C- 2427 Query 3033 caaATATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATTGGTCAATCCATGGCAGCAAACG 3092 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| Sbjct 2428 CAAGTATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATGGGTCAGTCCATGGCAGCTAACG 2487 Query 3093 GAATCAATAATATAAACGGTAACAATAGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 3152 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2488 GAATCAATAATTTAAACGGTAACAATGGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 2547 Query 3153 GGGATCCAAACGGTCAACAGGATTTAGGAAACCAACTTTTAGGAGCAGTGAATGGTTTCA 3212 ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | Sbjct 2548 GGGATCCAAACAGTCAACAGGATCTGGGAAACCAACTCTTAGGGGCAGTGAATGGTTTTA 2607 Query 3213 ACAATTTT---GATTGGAACGCGTGAAATGAAGAAGAGGAAGAAGA 3255 |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| Sbjct 2608 ACAATTTTCAAGATTGGAATGCGTGAAATGAAGATGAAGAAGAAGA 2653 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 139328774753 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5