BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G48410.2
Length=3507
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg473977 jgi|Araly1|473977|fgenesh2_kg.1__3931__AT1G48410.2 5321 0.0
> Ahg473977 jgi|Araly1|473977|fgenesh2_kg.1__3931__AT1G48410.2
Length=3447
Score = 5321 bits (2881), Expect = 0.0
Identities = 3207/3364 (95%), Gaps = 24/3364 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 AAAATCTCATTTCTTTGAGTTATCTCGTTTGTTCGGAGTTagagagagagagaaagatat 62
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1 AAAATCTCATTTCTTTGAGTTATCTCGTTTGTTCGGAGTT------AGAGAG--AGATAG 52
Query 63 agagagaacacagagaggcgagagCGACGTAGGGTTGGTGTTTCGTACGGATTTTCTCGG 122
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 53 AGAGAGAACACAGAGAGGAGAGAGCGACGTAGGGTTGGTGTTTCGTACGGATTTTCTCGG 112
Query 123 TCAATCTTAGTTTCTCCGGCGAGAGATTGCTTTTCAGGAATCATCATGGTGAGAAAGAGA 182
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 113 TCAAGCTTAGTTTCTCCGGCGAGAGATTGTTTTTCAGGAATCATCATGGTGAGAAAGAGA 172
Query 183 AGAACGGATGCTCCATCTGAAGGAGGTGAAGGCTCTGGGTCTCGTGAAGCTGGTCCAGTC 242
||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 173 AGAACTGTTGCTCCATCTGAAGGAGGTGAAGCCTCTGGGTCTCGTGAAGCTGGTCCAGTC 232
Query 243 TCAGGTGGTGGACGTGGTTCACAGCGAGGTGGTTTCCAGC----A-G-GGAGGAGGACAA 296
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||
Sbjct 233 TCAGGTGGTGGACGTGGTTCACAGCGAGGTGCTTTCCAGCAGGGAGGTGGAGGAGGACAA 292
Query 297 CACCAAGGTGGAAGGGGTTATACTCCTCAACCTCAACAGGGAGGTCGTGGTGGTCGTGGA 356
|| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 CAGCAAGGTGGAAGAGGTTATACTCCTCAGTCTCAACAGGGAGGTCGTGGTGGTCGTGGA 352
Query 357 TATGGGCAACCACCACAACAGCAACAACAGTATGGAGGACCACAAGAGTACCAAGGAAGA 416
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 353 TATGGGCAACCACCACAACAGCAACAGCAGTATGGTGGTCCACAAGAGTACCAAGGAAGA 412
Query 417 GGAAGAGGAGGACCTCCTCATCAAGGAGGTCGAGGAGGGTATGGCGGTGGCCGTGGAGGT 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 GGAAGAGGAGGACCTCCTCATCAAGGAGGTCGAGGAGGGTATGGCGGTGGCCGTGGAGGT 472
Query 477 GGACCTTCTTCTGGACCACCGCAGAGACAATCAGTTCCCGAGCTGCATCAAGCTACCTCA 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 GGACCTTCTTCTGGACCACCGCAGAGACAATCAGTTCCCGAGCTGCATCAAGCTACCTCA 532
Query 537 CCTACTTATCAAGCGGTGTCTTCTCAGCCTACACTGTCTGAGGTGAGTCCTACCCAGGTA 596
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 533 CCTACTTCTCAAGCGGTGTCTTCTCAGCCTACACTGTCTGAGGTGAGCCCTACCCAGGTG 592
Query 597 CCAGAACCTACTGTTCTGGCTCAGCAATTTGAACAACTCTCTGTTGAACAAGGAGCTCCC 656
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CCGGAACCTACTGTTCTGGCTCAGCAATTGGAACAGCTCTCTGTTGAACAAGGAGCTCCC 652
Query 657 AGTCAGGCAATCCAGCCTATACCTTCTTCTAGCAAGGCTTTCAAGTTTCCAATGAGGCCT 716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 653 AGTCAGGCAATCCAGCCTATACCTTCTTCTAGCAAGGCTTACAAGTTTCCAATGAGGCCT 712
Query 717 GGTAAAGGACAGAGTGGAAAGCGTTGCATTGTGAAGGCTAACCATTTCTTTGCTGAACTG 776
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 GGTAAAGGACAGAGTGGAAAGCGCTGCATTGTGAAGGCTAACCATTTCTTTGCTGAACTG 772
Query 777 CCTGATAAGGATTTGCACCATTATGATGTTACCATTACTCCGGAAGTTACATCAAGGGGT 836
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 773 CCTGATAAGGATTTGCACCAGTATGATGTTACCATTACCCCGGAAGTTACATCAAGGGGT 832
Query 837 GTCAATCGTGCTGTGATGAAACAACTTGTTGATAATTATCGTGATTCTCACCTTGGAAGT 896
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 833 GTTAATCGTGCCGTGATGAAACAACTTGTTGATAATTATCGTGAATCTCACCTTGGAAAC 892
Query 897 CGTCTTCCAGCGTATGATGGTCGAAAAAGTCTTTACACTGCTGGTCCACTTCCCTTTAAC 956
|||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 893 CGTCTTCCTGCCTATGATGGTCGGAAAAGTCTGTACACTGCTGGACCACTTCCGTTT-AC 951
Query 957 -TCCAAGGAGTTCAGAATCAATCTTCTTGACGAAGAAGTAGGGGCTGGAGGTCAAAGACG 1015
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 952 TTCCAAGGAGTTCAGAATCAATCTTCTTGACGAGGAAGAAGGGGCTGGAGGACAAAGACG 1011
Query 1016 AGAAAGGGAATTTAAAGTTGTGATCAAGCTAGTTGCACGTGCTGATCTGCATCACCTAGG 1075
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 AGAAAGGGAATTCAAAGTTGTGATCAAGCTAGTTGCACGTGCTGATCTGCATCACCTAGG 1071
Query 1076 AATGTTTTTGGAGGGGAAACAATCAGATGCCCCACAGGAAGCTCTGCAGGTTCTTGACAT 1135
| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 ATTGTTTTTGGAAGGAAAACAACCAGATGCCCCACAGGAAGCTCTGCAGGTTCTTGACAT 1131
Query 1136 TGTTCTTCGTGAGCTGCCGACCTCTAGAATCAGGTATATTCCGGTGGGCCGGTCCTTTTA 1195
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TGTTCTTCGTGAGCTGCCGACCTCTAGAAACAGGTATACTCCGGTGGGCCGGTCCTTTTA 1191
Query 1196 TTCCCCTGATATAGGaaaaaaaCAATCATTGGGGGATGGCTTGGAGAGCTGGCGTGGATT 1255
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TTCCCCTGATATAGGAAGAAAGCAATCATTGGGGGATGGCTTGGAGAGCTGGCGTGGATT 1251
Query 1256 CTACCAAAGCATTCGTCCTACACAGATGGGCTTATCACTCAATATTGATATGTCATCGAC 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CTACCAAAGCATTCGTCCTACACAGATGGGCTTATCACTCAATATTGATATGTCATCGAC 1311
Query 1316 AGCCTTCATAGAGGCAAACC-CTGTGATTCAGTTTGTCTGTGATTTGCTTAACCGGGATA 1374
||| ||||||||||| | || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 AGCATTCATAGAGGC-ATCCACTGTTATTAAGTTTGTCTGTGATTTGCTTAACCGGGATA 1370
Query 1375 TTTCTTCTCGACCTTTATCTGATGCTGATCGTGTTAAGATAAAAAAGGCTCTTAGAGGTG 1434
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 TTTCATCTCGACCTCTATCTGATGCTGATCGTGTTAAGATAAAAAAGGCTCTTAGAGGTG 1430
Query 1435 TCAAAGTTGAAGTGACTCATCGAGGAAACATGCGCCGGAAGTACCGCATTTCCGGTTTGA 1494
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 1431 TCAAGGTTGAAGTGACCCATCGAGGAAACATGCGCCGGAAGTACCGTATTTCTGGCTTGA 1490
Query 1495 CTGCTGTGGCCACTCGGGAATTGACATTCCCAGTAGATGAAAGAAATACTCAGAAATCTG 1554
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 CTGCTGTTGCCACTCGGGAATTGACATTCCCAGTAGATGAAAGAAATACTCAGAAATCTG 1550
Query 1555 TTGTAGAATACTTCCACGAAACATATGGTTTTCGCATTCAGCACACTCAACTACCATGCT 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 TTGTAGAATACTTCCACGAAACATATGGTTTTCGCATTCAGCACACTCAACTACCATGCT 1610
Query 1615 TGCAAGTTGGGAATTCTAATAGGCCTAATTACTTACCAATGGAGGTATGCAAGATTGTTG 1674
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TGCAAGTTGGGAATTCTAACAGGCCAAATTACTTACCAATGGAGGTATGCAAGATTGTTG 1670
Query 1675 AAGGCCAGCGGTATTCCAAAAGATTGAATGAGAGACAGATCACTGCTTTGCTGAAGGTTA 1734
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 AAGGCCAGCGATATTCGAAAAGATTGAATGAGAGACAGATCACTGCTTTGCTGAAGGTTA 1730
Query 1735 CCTGTCAGCGCCCGATAGATCGAGAAAAAGATATCTTACAGACGGT-GCAACTCAATGAT 1793
||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| ||
Sbjct 1731 CCTGTCAGCGCCCCCTAGAACGAGAAAAAGATATCATACGGACGGTAG-AACTCAATAAT 1789
Query 1794 TATGCTAAAGATAATTATGCTCAA-GAGTTTGGCATCAAAATAAGTACTTCTCTGGCTTC 1852
||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1790 TATAAGGAAGATCCCTATGCT-AAGGAGTTTGGCATCAAAATAAGTACGTCTCTGGCTTC 1848
Query 1853 TGTTGAGGCTCGTATACTGCCTCCTCCATGGCTTAAGTACCACGAGTCTGGAAGGGAAGG 1912
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 TGTTGAGGCTCGCATACTGCCTCCGCCATGGCTTAAGTACCACGAGTCTGGAAGGGAAGG 1908
Query 1913 GACTTGTCTGCCACAAGTTGGTCAATGGAACATGATGAATAAGAAAATGATCAATGGTGG 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 GACTTGTCTGCCACAAGTTGGTCAATGGAACATGATGAATAAGAAAATGATCAATGGTGG 1968
Query 1973 AACGGTGAATAATTGGATCTGCATCAACTTTTCTAGGCAAGTGCAGGACAATCTAGCGCG 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1969 AACGGTGAATAATTGGATCTGCATCAACTTTTCTAGGCAAGTGCAGGACAATCTAGCTCG 2028
Query 2033 TACATTTTGTCAGGAACTTGCTCAAATGTGTTACGTATCTGGCATGGCATTTAATCCGGA 2092
||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2029 TACGTTTTGTCAGGAACTTGCTCAAATGTGCTATGTATCTGGCATGGCATTTAATCCTGA 2088
Query 2093 ACCAGTCCTCCCACCAGTCAGTGCTCGCCCTGAGCAAGTAGAGAAGGTCTTGAAGACTAG 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2089 ACCAGTCCTCCCACCAGTCAGTGCTCGCCCTGAGCAAGTAGAGAAGGTCTTGAAGACGAG 2148
Query 2153 ATATCATGATGCCACATCAAAACTCTCCCAAGGAAAAGAAATTGATCTGCTTATTGTCAT 2212
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 ATATCATGATGCCACATCAAAACTCTCCCAAGGAAAGGAAATTGATCTGCTTATTGTCAT 2208
Query 2213 TCTGCCCGATAATAATGGATCATTATACGGTGATTTGAAACGCATATGTGAGACTGAACT 2272
||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 TCTTCCAGACAATAACGGATCATTATATGGTGATTTGAAACGCATATGTGAGACTGAACT 2268
Query 2273 CGGCATAGTCTCTCAATGTTGCCTGACAAAGCATGTCTTTAAGATGAGCAAACAATACAT 2332
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 TGGCATTGTCTCTCAATGCTGCCTGACAAAGCATGTCTTTAAGATGAGCAAACAATACAT 2328
Query 2333 GGCTAATGTTGCGCTGAAGATTAATGTGAAGGTTGGAGGAAGAAACACAGTGCTTGTTGA 2392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2329 GGCTAATGTTGCGCTGAAGATTAATGTGAAGGTTGGAGGAAGGAATACAGTGCTTGTTGA 2388
Query 2393 TGCTCTATCTAGGCGGATTCCTCTAGTCAGTGATCGACCCACCATTATATTTGGTGCTGA 2452
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 TGCTTTATCAAGGCGGATTCCTCTAGTCAGTGATCGACCCACCATTATATTTGGTGCTGA 2448
Query 2453 TGTTACCCACCCTCACCCTGGAGAGGATTCAAGCCCATCTATTGCTGCTGTTGTGGCATC 2512
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 TGTTACCCATCCTCACCCTGGAGAGGATTCAAGCCCATCTATTGCTGCTGTTGTGGCATC 2508
Query 2513 TCAGGATTGGCCTGAAATCACTAAATATGCTGGATTAGTTTGCGCTCAAGCGCATAGGCA 2572
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 CCAGGATTGGCCTGAAATCACTAAATATGCTGGATTAGTTTGCGCTCAAGCGCATAGGCA 2568
Query 2573 GGAGCTCATTCAGGATCTGTTCAAAGAGTGGAAGGATCCTCAGAAAGGTGTGGTGACTGG 2632
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2569 GGAGCTCATTCAGGATCTGTTCAAAGAGTGGAAGGATCCTCAGAAAGGGGTGGTGACTGG 2628
Query 2633 TGGCATGATAAAGGAGTTGCTCATAGCCTTCCGTAGATCAACTGGGCATAAACCACTAAG 2692
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2629 TGGCATGATAAAGGAGTTACTCATAGCCTTCCGTAGATCAACTGGGCATAAACCGCTGAG 2688
Query 2693 GATCATCTTCTACAGGGATGGAGTCAGTGAGGGACAATTTTACCAAGTTTTGCTCTATGA 2752
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2689 GATCATCTTCTACAGGGATGGAGTCAGTGAAGGACAATTTTATCAAGTTTTACTCTATGA 2748
Query 2753 ACTTGATGCCATCCGCAAGGCCTGTGCTTCGCTGGAAGCAGGTTATCAACCACCAGTGAC 2812
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2749 ACTTGATGCTATCCGCAAGGCCTGTGCTTCGCTGGAAGCAGGTTATCAGCCACCAGTGAC 2808
Query 2813 ATTTGTGGTGGTGCAGAAGCGTCATCACACGAGGCTGTTTGCTCAGAACCACAATGATCG 2872
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2809 ATTTGTGGTGGTGCAGAAGCGCCATCACACGAGGCTGTTTGCTCACAACCACAATGATCG 2868
Query 2873 CCATTCGGTGGACAGAAGTGGGAATATTTTACCTGGCACTGTTGTGGACTCTAAAATCTG 2932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 TCATTCGGTGGACAGAAGTGGGAATATTTTACCTGGCACTGTTGTGGACTCTAAAATCTG 2928
Query 2933 CCACCCTACAGAGTTTGACTTTTACCTCTGTAGTCATGCTGGTATTCAGGGCACTTCTCG 2992
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2929 TCACCCTACCGAGTTCGACTTTTACCTCTGTAGTCATGCTGGTATTCAGGGAACTTCTCG 2988
Query 2993 ACCTGCTCATTACCACGTTCTTTGGGATGAGAACAACTTTACTGCAGATGGACTTCAATC 3052
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2989 ACCAGCTCATTACCACGTTCTTTGGGATGAGAACAACTTTACTGCAGATGGACTTCAATC 3048
Query 3053 TCTGACCAATAACTTATGTTACACGTATGCAAGATGCACACGCTCAGTTTCAATTGTTCC 3112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3049 TCTGACCAATAACTTATGTTACACGTATGCAAGATGCACACGCTCAGTTTCAATTGTGCC 3108
Query 3113 CCCTGCATATTATGCACATCTAGCAGCTTTTAGGGCTCGATTCTACATGGAGCCAGAGAC 3172
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3109 GCCAGCATATTATGCACATCTAGCAGCATTTAGGGCTCGATTCTACATGGAGCCGGAGAC 3168
Query 3173 ATCAGACAGTGGCTCAATGGCTAGTGGGAGCATGGCACGTGGAGGTGGAATGGCTGGTAG 3232
|||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3169 ATCAGACAGTGGTTCGATGGCTAGCGGGAGCATGGCACGTGGAGGTGGAATGGCTGGTAG 3228
Query 3233 AAGCACACGCGGGCCTAATGTCAATGCTGCAGTGAGGCCACTCCCAGCTCTGAAAGAGAA 3292
|||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3229 AAGCTCACGTGGGCCTAACATCAATGCTGCAGTGAGGCCACTCCCAGCACTGAAAGAGAA 3288
Query 3293 TGTGAAGCGTGTCATGTTCTACTGCTGAGTTGATTCAC-CC-TCTATCTATCTTTATGAC 3350
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 3289 TGTGAAGCGTGTTATGTTCTACTGCTGAGTTGGTTCACACCCTCTATCTATCTTTATGAC 3348
Query 3351 CTAA 3354
||||
Sbjct 3349 CTAA 3352
Score = 104 bits (56), Expect = 5e-21
Identities = 62/65 (95%), Gaps = 0/65 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3378 CTTTCTAAGACTTATCGTGTGTTTGGATATTTCATCACTCTTTCTCTATGAGTATGAGAT 3437
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3353 CTTTCTAAGACTTGTCTTGTGTTTGGATATTTCATCACTCTTTCTCTATGACTATGAGAT 3412
Query 3438 GCTTT 3442
|||||
Sbjct 3413 GCTTT 3417
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132440354040
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5