BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G48650.2 Length=3897 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg923204 jgi|Araly1|923204|scaffold_104485.1 6004 0.0 > Ahg923204 jgi|Araly1|923204|scaffold_104485.1 Length=3635 Score = 6004 bits (3251), Expect = 0.0 Identities = 3470/3578 (97%), Gaps = 5/3578 (0%) Strand=Plus/Plus Query 139 TGTTCTAATCTCGa-aaaaaaTGCAACTTTACTCTGCAATTTTCCGAGGACATATCAGAC 197 ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TGTTCTAATCTTGATAAAAAATGCATTTTTACTCTGCAATTTTCCGAGGACATATCAGAC 60 Query 198 CTAACGCCGTCGTCGGTGCTGCCTCCATGTTTATTCAACATAATTCCATCCAGCTTCATC 257 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||| Sbjct 61 CTAACGCCGTCGTCGGTGCTGCCTCCATTTTTATTCAACATAACTCCGTTCAGCTTCATC 120 Query 258 GGAGCCCTAAATTGTTGTTGAGACCTTCCTCTGTAGTAAGGTCTCTTCATTGCCGGAGGT 317 |||||||||| |||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||| Sbjct 121 GGAGCCCTAAGTTGTTGTTAAAACCCTCCTCTGTGGTTAGGTCTCTTCACTGCCGGAGGT 180 Query 318 CAGGTGGATTGGTTACGCATTCTCAGAGGTCAAGGGTCTTGTGTGTGAAAGCAGCTCGTG 377 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| Sbjct 181 CAGGTGGATTGGTTACGCATTCTCAGAGGTCAAGGGTGTTGTCTGTGAAAGCAGGTCGTG 240 Query 378 GTGATGCTTCTTCTTCGACTCTTGGAATAGAGTGGAGAGCAGCTAATTTACCATATTTTC 437 |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 241 GTGATGCTTCTTCTTCGACTCTTGGATTGGAGTGGAGAGCAGCTAATTTACCATACTTTC 300 Query 438 AGAGGCAAAACTCTGGCTATGGACGTATTGCTTACAATGACTATGAATCAAGTGATGAGT 497 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AGAGGCAAAACTCTGGCTATGGACGTATTGCTTACAATGACTATGAATCAAGTGATGAGT 360 Query 498 CGGATAGAGATGTTGGGTCCTCTCAGTCTCAGCAAATGGCGGGTTCGACTCTTGATAACA 557 | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CAGACAGAGATGTTGGGTCTTCTCAGTCTCAGCAAATGGCGGGTTCGACTCTTGATAACA 420 Query 558 TTGATCAATGGAGATTTAAACTAACTATGCTTCTCCGGAACAAAGAAGACCAAGAAGTTG 617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TTGATCAATGGAGATTTAAACTAACTATGCTTCTCCGGAACAAAGAAGACCAAGAAGTTG 480 Query 618 TTTCAAGGGAGAGAAAAGATCGGCGTGATTTTGATCATATCTCTGCTTTGGCAACTAGGA 677 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || | Sbjct 481 TTTCAAGGGAGAGAAAAGATCGGCGTGATTTTGATCATATCTCAGCTATGGCTACCAGAA 540 Query 678 TGGGATTACACAGCCGTCAGTATTCGAAGATTGTTGTCATTAGTAAAGCTCCTTTGCCAA 737 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TGGGATTACACAGCCGTCAGTATTCGAAGATTGTTGTCATTAGTAAAGCTCCTTTGCCAA 600 Query 738 ATTATAGACCTGATCTTGATGATAAACGCCCACAAAGAGAGGTGGTTTTGCCTTTTGGTC 797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 601 ATTATAGACCTGATCTTGATGATAAACGCCCACAAAGAGAGGTGGTTTTGCCGTTTGGTC 660 Query 798 TACAAAGCGAAGTAGATGCCCATCTACATTCTTTCCTCGATCAGaaaaaaaCATTGATTC 857 | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 661 TTCAAAGCGAAGTAGATACCCATCTACATGCTTTCCTCGATCAGAAAAAAACATTGGTTC 720 Query 858 CGGAGATGCCCAGGCAAAATAGTAGTGAAAGTTTAGCAAAC-GGTTATGGAAACTATGAG 916 | |||||| |||||| |||||||| || ||||||||| ||| | |||||||||||||||| Sbjct 721 CAGAGATGTCCAGGCCAAATAGTAATGGAAGTTTAGC-AACTGATTATGGAAACTATGAG 779 Query 917 ACACCAGAGACCGTGATGCAAAATAGTCTTGCTAGGGAAAGAATACTCCGCCCAAGAAGC 976 | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 780 AAACCAGAGACCGTGATGCAAAATAGTCTTGCCAGGGAAAGAATACTCCGTCCAAGAAGC 839 Query 977 TTACAACTGAAGAGCAAGCAACAGCAATGGGTGGATTCTCCAGAAGGCCAGAAAATGGTA 1036 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 TTACAACTGAGGAGCAAGCAACAGCAATGGGTGGATTCTCCAGAAGGCCAGAAAATGGTA 899 Query 1037 GGGTTTCGCAAAACCCTTCCTGCTTACAAAGAGAAAGATGCACTACTGAAAGCCATTGCA 1096 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 900 GAGTTTCGCAAAACCCTTCCTGCTTACAAAGAGAAAGACGCACTACTGAAAGCCATTGCA 959 Query 1097 GCAAACCAGGTCGTAGTGGTTTCTGGAGAAACTGGATGTGGTAAAACAACACAGCTTCCT 1156 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GCAAACCAGGTCGTAGTGGTTTCTGGAGAAACTGGTTGTGGTAAAACAACACAGCTTCCC 1019 Query 1157 CAGTACATATTAGAATCTGAGATCGAGGCTGCCCGTGGAGCTACATGCAGCATCATATGT 1216 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1020 CAGTACATATTAGAATCTGAGATTGAGGCTGCCCGTGGAGCTTCATGCAGCATCATATGT 1079 Query 1217 ACCCAGCCTAGAAGAATATCGGCTATTTCTGTTTCTGAACGAGTTGCTGCAGAACGTGGA 1276 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 ACCCAGCCTAGAAGAATATCTGCTATTTCTGTTTCTGAACGAGTTGCTGCAGAACGTGGA 1139 Query 1277 GAACAAATTGGAGAATCTGTTGGCTACAAAGTGCGGCTTGAAGGAATGAGAGGGAGAGAT 1336 |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 GAACAAATCGGAGACTCCGTTGGCTACAAAGTGCGGCTTGAAGGAATGAGAGGGAGAGAT 1199 Query 1337 ACACGTCTTCTTTTTTGTACAACTGGTGTTTTACTTAGAAGGTTACTTGTGGATCGTAGC 1396 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1200 ACACGTCTTCTTTTTTGTACAACTGGTGTTTTACTTAGAAGGTTACTTGTTGATCGTAGC 1259 Query 1397 CTGAAAGGTGTGACTCATGTCGTAGTTGATGAGATTCATGAACGTGGAATGAATGAAGAT 1456 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1260 CTGAAAGGTGTGACTCATGTCGTAGTTGATGAGATTCATGAACGTGGGATGAATGAAGAT 1319 Query 1457 TTCCTGCTTATTGTCCTGAAAGATCTTCTTCCTCGTCGACCTGACCTAAAGTTGATTTTA 1516 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 TTCCTGCTTATTGTCCTGAAAGATCTCCTTCCTCGTCGACCTGACCTAAAGTTGATTTTA 1379 Query 1517 ATGAGTGCTACTTTGAACGCTGAGCTCTTTTCTTCTTATTTTGGTGGTGCACCAGCCATG 1576 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 ATGAGTGCTACTTTGAACGCTGAGCTCTTTTCTTCTTATTTTGGTGGTGCACCAGCCATG 1439 Query 1577 CATATCCCAGGTTTTACATACCCTGTCCGAGCCCATTTCTTGGAGGATTATCTTGAGACG 1636 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 CATATCCCAGGTTTTACATACCCTGTCCGAGCCCATTTCTTGGAGGATTATCTTGAGACG 1499 Query 1637 AGTGGGTACAGGCTGACAACATATAATCAAATTGATGATTATGGTGAGGAAAAGACATGG 1696 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 AGTGGGTACAGGCTGACAACATATAATCAAATTGATGATTATGGTGAGGAAAAGACATGG 1559 Query 1697 AAGATGCAAAAACAAGCTCAGTTCaaaaaaaGAAAATCCC-TAATATCCTCTGCAGTAGA 1755 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || || Sbjct 1560 AAGATGCAAAAACAAGCTCAGTTCAAAAAAAGAAAATCCCCTA-TATCCTCTGCTGTTGA 1618 Query 1756 GGATGCTCTTGAAGCTGCAGACTTCAAAGGATACAACTTTCGTACTAGAGATTCTTTGTC 1815 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 GGATGCTCTTGAAGCTGCAGACTTCAAAGGATACAACTTTCGTACTAGAGATTCTTTGTC 1678 Query 1816 ATGCTGGAGTCCTGATTCAATAGGCTTTAACCTCATTGAAAATGTACTCTGTCACATCGT 1875 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| Sbjct 1679 ATGCTGGAGTCCTGATTCGATAGGCTTTAACCTCATTGAGAATGTGCTTTGCCACATCGT 1738 Query 1876 TAAAGGAGAGAGACCTGGTGCTGTTTTGGTATTCATGACCGGTTGGGACGATATAAACTC 1935 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1739 CAAAGGAGAGAGACCTGGTGCTGTTTTGGTATTCATGACCGGTTGGGACGATATAAACTC 1798 Query 1936 CTTGAAGAATCAGCTTGAAGCTCATTCTCTTCTAGGAGACCCGAACAAAGTTTTGTTACT 1995 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 CTTGAAGAATCAGCTTGAAGCTCATTCTCTTCTAGGAGACCCGAACAAAGTTTTGTTACT 1858 Query 1996 TGCCTGTCATGGATCCATGGCCAGCTCTGAGCAGAGGCTGATTTTTGATAGACCTCCAGA 2055 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 TGCCTGTCATGGATCCATGGCCAGCTCTGAGCAGAGGCTGATTTTTGATAGACCTCCAGA 1918 Query 2056 AGGAATTAGGAAAATAGTACTGGCCACCAATATGGCTGAGACAAGTATCACCATCAATGA 2115 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 AGGAATTAGGAAAATAGTGCTGGCCACCAATATGGCTGAGACAAGTATCACCATCAATGA 1978 Query 2116 TGTTGTATATGTGATTGATTGTGGGAAAGCAAAAGAAACATCTTATGATGCGCTTAACAA 2175 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1979 TGTTGTATATGTGATTGATTGTGGTAAAGCAAAAGAAACGTCTTATGATGCGCTTAACAA 2038 Query 2176 TACCCCTTGTCTGCTTCCATCTTGGATTTCAAAGGCAGCTGCTCGCCAAAGAAGAGGAAG 2235 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2039 TACCCCTTGTCTGCTTCCATCTTGGATTTCAAAGGCAGCTGCTCGACAAAGAAGAGGAAG 2098 Query 2236 AGCTGGTCGTGTTATGCCTGGAGAATGTTATCACCTCTATCCTAGATGTGTCTACGAAGC 2295 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 2099 AGCTGGTCGTGTTATGCCTGGAGAATGTTATCACCTCTATCCTAGATGTGTCTATGATGC 2158 Query 2296 TTTTGCTGACTACCAGCAGCCGGAACTTCTAAGGACGCCGTTGCAGTCTCTGTGTTTACA 2355 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2159 TTTTGCTGACTACCAGCAGCCGGAACTTCTAAGGACGCCGTTGCAGTCTCTGTGTCTACA 2218 Query 2356 AATTAAAAGCCTAGGACTTGGAAGCATTTCGGAGTTCCTCTCCAGGGCATTGCAACCTCC 2415 |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2219 AATTAAAAGCTTAGGACTTGGAAGCATTTCAGAGTTCCTCTCCAGGGCGTTGCAACCTCC 2278 Query 2416 TGAAGCATTATCGGTCCAAAATGCTGTTGAGTATCTAAAAATCATTGGGGCTCTTGATGA 2475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2279 TGAAGCATTATCGGTCCAAAATGCTGTTGAGTATCTAAAAATCATTGGGGCTCTTGATGA 2338 Query 2476 CGATGAAAATTTAACACCTTTAGGGAAAAATCTGTCAATGCTTCCTGTGGAGCCTAAACT 2535 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2339 CGATGAAAATTTAACAGCTTTAGGGAAAAATCTGTCAATGCTTCCTGTGGAGCCTAAACT 2398 Query 2536 TGGAAAAATGCTTATTTTAGGGGCTATCTTCAACTGTCTAGATCCAGTAATGACAGTTGT 2595 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 TGGGAAAATGCTTATTTTAGGGGCTATCTTCAACTGTCTAGATCCAGTAATGACAGTTGT 2458 Query 2596 TGCTGGTCTTAGTGTCAGAGACCCATTCCTTATGCCATTTGACAAAAAAGATCTAGCAGA 2655 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2459 TGCTGGTCTTAGTGTCAGAGACCCATTCCTTATGCCATTTGACAAAAAAGATCTAGCAGA 2518 Query 2656 AACAGCAAGGTCCAAGTTCTCTGGCCGTGATTACAGTGATCATTTGACATTGGTTCGAGC 2715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2519 AACAGCAAGGTCCAAGTTCTCTGGCCGTGATTACAGTGATCATTTGACATTGGTTCGAGC 2578 Query 2716 ATACAATGGTTGGAAAGATGCTGAAAGAACACATTCTGGTTACGACTATTGCTGGAAGAA 2775 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2579 ATACAGTGGTTGGAAAGATGCTGAAAGAACACATTCTGGTTACGAATATTGCTGGAAGAA 2638 Query 2776 CTTTCTCTCTTCTCAAACTCTTAAGGCCATGGACTCTATGCGGAAACAATTCTTCAATCT 2835 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2639 CTTTCTCTCTTCTCAAACTCTTAAGGCCATGGACTCTATGCGGAAACAATTCTTCAATCT 2698 Query 2836 CCTCAAGGAGGCTTCTCTGATTGATAACATTGAAGGTTGCAGTAAGCTGAGTCATGATGA 2895 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2699 CCTCAAGGAGGCTTCTCTGATTGATAACATTGAAGGTTGCAGTAAGCTAAGTCATGATGA 2758 Query 2896 ACATCTTGTACGCGCAATCATTTGTGCTGGCATGTTCCCTGGAGTCTGTTCTGTTGTTAA 2955 ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 2759 ACATCTTGTCCGCGCAATCATCTGTGCTGGCCTGTTCCCTGGAATTTGTTCTGTTGTTAA 2818 Query 2956 TAAGGAAAAGTCAATTACGCTCAAGACAATGGAAGATGGACAAGTGCTTCTATACTCGAG 3015 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2819 TAAGGAAAAGTCAATTACGCTCAAGACAATGGAAGATGGGCAAGTGCTTCTATACTCGAG 2878 Query 3016 TTCTGTGAATGGCAATGTACCAATGATTCCCTTCCCTTGGCTAGTCTTCAACGACAAAGT 3075 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2879 TTCTGTGAATGGCAATGTACCAAGGATTCCCTTCCCTTGGCTAGTCTTCAACGACAAAGT 2938 Query 3076 GAAAGTTAATTCTGTGTTTCTGCGAGACTCTACTGCTGTATCTGACTCTGTTCTTCTTTT 3135 |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2939 GAAAGTCAATTCTGTGTTTCTGCGAGACTCCACTGCTGTATCTGACTCTGTGCTTCTTTT 2998 Query 3136 GTTTGGAGATAAAATCTCTTCCGGTGGATTTGATGGTCATCTCAAAATGCTTGGAGGATA 3195 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2999 GTTTGGAGATAAAATCTCTTCCGGTGGATTTGATGGTCATCTCAAAATGCTTGGAGGATA 3058 Query 3196 TCTGGAGTTTTTCATGAAACCTACTTTAGCATATACATACCTTTCGTTAAAAAGAGAGCT 3255 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3059 TCTAGAGTTTTTCATGAAACCTACTTTAGCATATACGTACCTTTCGTTAAAAAGAGAGCT 3118 Query 3256 CGACGAACTTATTCAGAATAAGCTTGTGAATCCAAAACTTGATATTCAACTATACGACAA 3315 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3119 CGACGAACTTATTCAGAATAAGCTTGTGAATCCAAAACTAGATATTCAACTATACGACAA 3178 Query 3316 ACTTATGACTGCCATTAGATTACTTGTGTCAGAGGACCAATGTGAGGGCAGATTCGTCTA 3375 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3179 ACTTATGACTGCCATTAGATTACTTGTGTCAGAGGACCAATGTGAGGGCAGATTCGTCTA 3238 Query 3376 TGGCCGGAAAGCTCTAAGCCCTACACCAGCAAAGAAGTTAAAAGATGTAGGGGCTCAGCT 3435 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| Sbjct 3239 TGGCCGGAAAGCTCTAAGCCCTACACCAACAAAGAAGTTAAAAGAAGTAGGGACTCAGCT 3298 Query 3436 TCAGAACAGCGGTGGTGAAAACAACAAGAACCAACTTCAGACATTACTTGCCCGAGCAGG 3495 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3299 GCAGAACAGTGGCGGTGAAAACAACAAGAACCAACTTCAGACATTGCTTGCCCGAGCAGG 3358 Query 3496 ACACGGATCACCTGTGTACAAGACAAGACAGCTTAAGAACAACCAGTTCCGCTCTATGGT 3555 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3359 ACACGGATCACCTGTGTACAAGACAAGACAGCTTAAGAACAACCAGTTCCGCGCTATGGT 3418 Query 3556 TACCTTCAATGGATTGGATTTCATGGGAAAGCCATGTGGTAGTAAGAAAAATGCAGAGAA 3615 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3419 TACCTTCAATGGATTGGATTTCATGGGGAAGCCATGTGGTAGTAAGAAAAATGCAGAGAA 3478 Query 3616 GGATGCAGCTCATGAGGCTTTGTTGTGGTTACAAGGCGAGTCCAAGTCAAGTCTGAATGA 3675 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 3479 GGATGCAGCTCATGAAGCTTTGTTGTGGTTACAAGGCGAGTCCAAGTCGAGTCTGAATGA 3538 Query 3676 TCTTAACCACATGTCAATGCTCTTAAAGAAGAACaaaa 3713 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3539 TCTTAACCACATGTCAATGCTCTTAAAGAAGAACAAAA 3576 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 147282807510 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5