BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G50480.1 Length=2269 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg474176 jgi|Araly1|474176|fgenesh2_kg.1__4130__AT1G50480.1 3413 0.0 > Ahg474176 jgi|Araly1|474176|fgenesh2_kg.1__4130__AT1G50480.1 Length=2154 Score = 3413 bits (1848), Expect = 0.0 Identities = 2070/2174 (95%), Gaps = 28/2174 (1%) Strand=Plus/Plus Query 104 AGAGAGTGCGATGAGTTCATCAACAAGAAAGCTTGAGGTTGTTTCACCAGTTCCCGCCGA 163 |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 AGAGAGAGCGATGAGTTCATCATCAAGAAAGCTTGAGCTTGTTTCACCAGTTCCGGCCGA 60 Query 164 TATCGACATAGCTAATTCCGTCGAGCCTTTACACATCTCTGAGATTGCCAAAGATCTTAA 223 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TATCGATATAGCTAATTCCGTCGAGCCTTTACACATCTCTGAGATTGCCAAAGATCTTAA 120 Query 224 TATCAACCCTCTTCACTACGATCTCTATGGCAAGTATAAAGCTAAGGTTTTGTTGTCTGC 283 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TATCAACCCACTTCACTACGATCTCTATGGCAAGTATAAAGCTAAGGTTTTGTTGTCTGC 180 Query 284 GTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGATACTATGTTGTTGTTGGAGGGATTACTCC 343 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGTTACTATGTTGTTGTTGGAGGGATTACTCC 240 Query 344 TACTCCTCTTGGAGAAGGCAAGAGTACTACCACTGTTGGACTTTGCCAAGCCTTAGGCGC 403 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TACTCCTCTTGGAGAAGGCAAGAGTACTACCACTGTTGGACTTTGCCAAGCCTTAGGCGC 300 Query 404 TTACCTCGATAAGAAGGTTGTTACTTGTCTTCGCCAACCGTCACAAGGACCCACCTTTGG 463 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TTACCTTGATAAGAAGGTTGTTACTTGTCTTCGCCAACCGTCACAAGGACCCACCTTTGG 360 Query 464 AATCAAAGGAGGTGCAGCTGGTGGTGGGTATAGTCAGGTGATTCCTATGGATGAGTTCAA 523 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 361 AATCAAAGGAGGTGCAGCTGGTGGTGGGTATAGTCAGGTCATTCCTATGGATGAGTTCAA 420 Query 524 TCTTCATCTCACTGGAGATATTCACGCGATTACCGCTTCCAACAACCTCTTAGCTGCTGC 583 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 421 TCTTCATCTCACTGGAGATATTCACGCGATCACCGCTTCCAACAATCTCTTAGCTGCTGC 480 Query 584 AATCGACACTCGGATTTTCCATGAGACGTCTCAATCCGACAAGGCTCTTTTTAATAGGCT 643 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | Sbjct 481 AATCGACACTCGGATTTTCCATGAGACGTCTCAATCCGACAAGGCGCTTTTTAATAGGTT 540 Query 644 GTGCCCTCCGAATAAAGAAGGGAAGCGTAGTTTCAGTGACATTATGTTCAGGAGATTGAC 703 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GTGCCCTCCGAATAAAGAAGGGAAGCGTAGTTTCAGTGACATTATGTTCAGGAGATTGAC 600 Query 704 AAAGCTTGGGATATCCAAGACCAGTCCTGAGGAGCTTACTCCCGAGGAGATAAAGAAGTT 763 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 601 AAAGCTTGGGATATCCAAGACCACTCCTGAGGAGCTTACTCCCGAGGAGATAAAGAAATT 660 Query 764 TGCGAGGCTTGATATTGATCCTGCTTCTATCACTTGGAGAAGAGTGATGGATGTTAATGA 823 ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 661 TGCTAGGCTTGATATCGATCCTGCTTCTATCACGTGGAGAAGAGTTATGGATGTTAATGA 720 Query 824 TCGGTTCTTGAGGAAGATTACTATTGGTCAGGGACCTGAGGAAAAGGGGATGACTAGAGA 883 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 TCGGTTCTTGAGGAAGATTACTATTGGACAGGGACCTGAGGAAAAGGGGATGACTAGAGA 780 Query 884 AACTGGTTTTGACATTTCTGTTGCTAGTGAGATTATGGCTGTTTTGGCTTTGACAACCTC 943 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 AACTGGTTTTGACATTTCTGTTGCTAGTGAGATTATGGCTGTTTTGGCTTTGACAACCTC 840 Query 944 ACTAGGTGATATGAGAGAGAGGCTTGGTAAAATGGTGATTGGTAACAGCAAGGCAGGGGA 1003 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| Sbjct 841 TCTAGGTGATATGAGAGAGAGGCTAGGTAAAATGGTGATTGGAAACAGCAAAGCCGGGGA 900 Query 1004 TCCGATAACAGCAGATGATCTCGGTGTTGGAGGAGCCTTGACTGTTCTGATGAAAGACGC 1063 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 TCCGATAACAGCAGATGATCTTGGTGTTGGAGGAGCCTTGACTGTTCTGATGAAAGACGC 960 Query 1064 TATTAACCCGACACTCATGCAGACACTGGAAGGGACCCCTGTTCTAGTGCATGCTGGTCC 1123 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| Sbjct 961 TATTAACCCAACACTCATGCAGACACTGGAAGGGACACCTGTCCTTGTTCATGCTGGTCC 1020 Query 1124 TTTTGCAAATATAGCTCATGGAAATTCATCGATTGTTGCTGATAAAATCGCTTTGAAGCT 1183 ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 TTTTGCAAACATAGCTCATGGAAATTCATCGGTTGTTGCTGATAAAATCGCTTTGAAGCT 1080 Query 1184 GGTGGGACCTGGTGGATTTGTGGTAACTGAAGCGGGTTTTGGTTCTGATATTGGAACAGA 1243 |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 GGTGGGACCTGGTGGATTCGTGGTAACAGAAGCGGGTTTTGGTTCTGATATTGGAACAGA 1140 Query 1244 GAAGTTCATGAATATTAAGTGCCGTTACAGTGGGCTAACGCCTCAGTGTGCAATTGTTGT 1303 |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 1141 GAAGTTCATGAATATTAAGTGCCGCTACAGCGGGCTAACACCTCAGTGTGCGATTGTTGT 1200 Query 1304 GGCGACTGTTAGGGCTTTGAAAATGCATGGAGGTGGGCCTGATGTTGTTGCCGGGAGACC 1363 ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1201 GGCGACTGTTAGGGCCTTGAAAATGCATGGTGGTGGGCCTGATGTTGTTGCCGGGAGGCC 1260 Query 1364 TCTTGATCGTGCTTATGTAAGCGAGAATGTTTCCTTAGTTGAAGCTGGCTGTGTGAATCT 1423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 ACTTGATCGTGCTTATGTAAGCGAGAATGTTTCCTTGGTTGAAGCTGGCTGTGTGAATCT 1320 Query 1424 GGCAAAGCACATCTCAAACACAAAGGCCTACGGTGTGAATGTAATTGTTGCTGTGAATAT 1483 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1321 GGCAAAGCACATCTCAAACACAAAGGCCTACGGTGTGAATGTAGTTGTTGCTGTGAATAT 1380 Query 1484 GTTCGCAACAGATACCGAAGCAGAACTAAATGCAGTTAGGAAATTTTCAATGGATGCCGG 1543 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1381 GTTCTCAACAGATACCGAAGCAGAACTAAATGCAGTTAGGAAATTTTCAATGGATGCTGG 1440 Query 1544 TGCTTTTGATGCTGTGGTCTGCTCCCACCATGCTCATAGTGGTAAAGGAGCGGTGGATCT 1603 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| Sbjct 1441 TGCTTTTGATGCGGTGGTCTGCTCCCACCATGCTCATGGTGGCAAAGGAGCGGTGGATCT 1500 Query 1604 TGGTATCGCGGTTGAAAAAGCTTGTCAAAACATTACACAGCCCCTCAGGTTTCTCTACCC 1663 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1501 TGGTATTGCGGTTGAAAAAGCTTGTCAAAACATTACACAGCCACTTAGGTTTCTCTACCC 1560 Query 1664 ATTGGACATTGGTATCAAAGACAAAATTGAGGCAATAGCTAAGTCATATGGAGCCAGTGG 1723 |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 ATTGGACATTAGTATCAAAGACAAAATTGAGGCCATAGCTAAGTCATATGGAGCCAGTGG 1620 Query 1724 TGTTGAATATTCAGACCAGGCAGAGAAACAGATTGAGATGTACACACAACAAGGCTTCTC 1783 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 TGTTGAATACTCAGAACAGGCAGAGAAACAGATTGAGATGTACACACAACAAGGCTTCTC 1680 Query 1784 GAATCTTCCCATATGCATGTCGAAAACACAGTACTCATTCTCACATGATGCATCAAAGAA 1843 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1681 GAATCTTCCCATATGCATGTCGAAAACACAGTACTCATTCTCGCATGATGCATCAAAGAA 1740 Query 1844 AGGAGCACCTTCAGGGTTTGTATTGCCAATTAGGGATGTAAGAGGAAGCATTGGAGCTGG 1903 |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1741 AGGAGCACCTTCGGGGTTTGTTTTGCCAATAAGGGATGTAAGAGGAAGCATCGGAGCTGG 1800 Query 1904 TTTCATATATCCACTGGTTGGTACAATGAGTACAATGCCTGGACTTCCTACAAGACCTTG 1963 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1801 TTTCATATATCCACTGGTTGGTACAATGAGTACAATGCCTGGACTTCCTACAAGACCTTG 1860 Query 1964 TTTCTACGAGATTGATATTGACACTGAAACTGGAAAAGTTCGTGGCCTTTCTTAAGTTTG 2023 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1861 TTTCTACGAGATTGATATTGACACTGAAACTGGAAAAGTTCGTGGCCTTTCTTAAATTTG 1920 Query 2024 GTAGATC--T--GTCAAAGCTTCAAGGCTTTCCTTCATCGTCGTTTCTCACTTCCACAAT 2079 || |||| | |||||||||||||| ||| |||||| | || |||| | |||| ||||| Sbjct 1921 GTGGATCGATCAGTCAAAGCTTCAAG-CTT-CCTTCACCATCATTTCCCTCTTCAACAAT 1978 Query 2080 AAAAATTTGGCGATTGTACTTTGATACTGAGTGTTTTTCCAT-TTTAAGATGAATAATAA 2138 ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| || Sbjct 1979 AAAAATTTGGCGATTGTACTT-GATATTGAGTGTTTTTCCATCTTTAA-ATGAATAA-AA 2035 Query 2139 TAAA-GTATCTTT-TCCTTTTGATTAATCTCTGAAATACTACTCATTATTTGAACTCAAG 2196 |||| |||||||| || | | ||||||||||||||| | ||| | | |||||| Sbjct 2036 TAAAAGTATCTTTATCATCT-GATTAATCTCTGAAA-A--ACT-A--A------CTCAAG 2082 Query 2197 GTAACGTTACAGATAGAACTTCTGATGTTCAAAAACAAAGAATAAA-GCAAATGAATGAC 2255 |||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2083 GTAAAGCTACAGA--GAACTTCGGATGTTCAAAAACAAAGAATAAAAGCAAATGAATGAC 2140 Query 2256 AGTGTTTTCTTCTG 2269 |||||||||||||| Sbjct 2141 AGTGTTTTCTTCTG 2154 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 85436419535 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5