BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G51550.1
Length=2058
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474268 jgi|Araly1|474268|fgenesh2_kg.1__4222__AT1G51550.1 3278 0.0
> Ahg474268 jgi|Araly1|474268|fgenesh2_kg.1__4222__AT1G51550.1
Length=2052
Score = 3278 bits (1775), Expect = 0.0
Identities = 1970/2063 (95%), Gaps = 17/2063 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGACAGTGACGAGACAACAATCATCATTCCCAATAA-TTCTTCTCACCAAGAATCTAAA 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 GAGACAGTGACGAGACAACAATCATCATTCCCAATAATTTCTTCTCACCAAGAATC--AA 58
Query 60 ATCCTTCTCCGATTTCCTCTCATGGCGGCGGAATCAACCAGAAACTCTTCTCCGCCGTCT 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 59 ATCCTTCTCCGATTTCCTCTCATGGCGGCGGAATCAACCAGAAACTCATCTCCGCCGTCT 118
Query 120 ACTTCTCAGTCTTCAAGCCCTATAATCAATTTACCCGATGACCATCTCTTAACCATCTTG 179
||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 ACTTCTCAG---TCGAGTCCTATAATCAACTTACCCGATGACCATCTCTTAACCATCTTG 175
Query 180 CTTCTTCTTCCCGTAGATTCAATCCTCTCCTTCTCAATGACCTGCAAGCGATACAAGTCT 239
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 176 CTTCTTCTTCCCGTAGATTCAATCCTCTCTTTCTCAATGACCTGTAAGAGATACAAGTCT 235
Query 240 CTAGCTTGCTCCGACAGTCTCTGGGAAGCTCTGTGTGAACGAGAATGGGGACCAACATCT 299
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 236 CTAGCTTGCTCCGATAGTCTCTGGGAAGCTCTGTGTGAACGAGAATGGGGACCAACTTCT 295
Query 300 GTAGATGCTTTAAAGTTGTCATCTTTACGAGATGGGTTTTCATGGATGTTGATGTTTCAG 359
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 GTGGATGCTTTGAAGTTGTCATCTTTACGAGATGGGTTTTCATGGATGTTGATGTTTCAG 355
Query 360 CGAGTTTATAAGATGGATTCTGTTTGCTGTCACAAGATCTCAGACCCAGATGATGATGAT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 CGAGTTTATAAGATGGATTCTGTTTGCTGTCACAAGATCTCAGACCCAGATGATGATGAT 415
Query 420 GAAGAATCTTCTTCGTTTCCGATCCCTAGAGCTTCTCATTCTCTCAACTTCGTTAATGAT 479
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 GTGGAATCTTCTTCGTTTCCGATCCCTAGAGCTTCTCATTCTCTCAACTTCGTTAATGAT 475
Query 480 CATCTTGTTCTCTTTGGTGGTGGTTGTCAAGGAGGACGCCATCTTGATGATACATGGACA 539
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 CATCTTGTTCTCTTCGGTGGTGGTTGTCAAGGAGGACGCCATCTTGATGATACATGGACA 535
Query 540 TCATATGTTGATAAGAGCAATCAAAGCATATTGAAATGGAAGAAAGTTAAATCAGGGACT 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 536 TCATATGTTGATAAGAGCAATCAAAGCATATTGAAATGGAAGAAAGTTGAATCAGGGACT 595
Query 600 CCAAGTGGGAGATTCGGACACACCTGCATCGTTATAGGCGAGTATCTACTCTTATTTGGA 659
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 596 CCGAGTGGGAGATTCGGACACACCTGCATCGTTATAGGAGAGTATCTACTCTTATTTGGA 655
Query 660 GGTATAAATGACCGTGGAGAGAGGCTAAATGACACATGGATTGGTCAAGTCTTTTGCCAC 719
|| |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 656 GGAATAAATGACCGTGGAGAGCGGTTAAATGATACATGGATCGGTCAAGTCTTTTGCCAT 715
Query 720 GAGGGACTCTCTTGGAAACTCCTCAATGTTGGGTCTTTGCAGCGGCCTCGTCCTCCTCCT 779
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 GAGGGACTCACTTGGAAACTCCTCAATGTTGGGTCTTTGCAGCGGCCTCGTCCTCCTCCT 775
Query 780 CGTGGTGCTCATTCCGCCTGTTGTATTGCTGAGAAGAAGATGGTTGTACATGGAGGAATC 839
|||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 CGTGGTGCTCATTCTGCCTGCTGTATTGCAGAGAAGAAGATGGTTGTACATGGAGGAATC 835
Query 840 GGGCTGAATGGAGTCAGGCTTGGAGATACATGGATTCTTGAACTTTCTGAAGATTTCAGC 899
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 836 GGGCTGAATGGAGTTAGGCTTGGAGATACATGGATTCTAGAACTTTCTGAAGATTTCA-C 894
Query 900 -TCTGGGACATGGCACATGGTGGAGTCTCCACAATTACCGCCACCGCGCTCAGGGCATAC 958
|| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 895 ATCGGGGACATGGCACATGGTGGAATCTCAACAATCACCGCCACCGCGCTCAGGACATAC 954
Query 959 TTTGACCTGCATTAGAGAAAACCAAGTGGTTCTATTTGGAGGCAGAGGATTAGGATATGA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 TTTGACCTGCATTAGAGAAAACCAAGTGGTTCTATTTGGAGGCAGAGGATTAGGATATGA 1014
Query 1019 TGTGCTTGATGATGTTTGGATCTTGGATATTCAAGAACCGTGTGAAGAAAAATGGATACA 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TGTGCTTGATGATGTTTGGATCTTGGATATTCAAGAACAGTGTGAAGAAAAATGGATACA 1074
Query 1079 GATATTCTACGATTTCCAGGATGTTCCCGAATACGCATCGTTGCCTCGGGTTGGTCACTC 1138
|||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GATATTCTACAATTTCCAGGATGTTCCTGAACACGCATCGTTGCCTCGGGTTGGTCACTC 1134
Query 1139 GGCGACTCTTGTATTGGGAGGTCGAATCTTGATTTATGGCGGTGAAGATTCTTATAGGCA 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GGCGACTCTTGTATTGGGAGGTCGAATCTTGATTTATGGAGGTGAAGATTCTTATAGGCA 1194
Query 1199 TAGGAAAGATGATTTCTGGGTGTTGGATGTTAAAACCATTCCTTCATCAGGTTTGAAACC 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1195 CAGGAAAGATGATTTCTGGGTGTTGGATGTTAAAACCATTCCTTCTTCAGGTTTGAAACC 1254
Query 1259 ACAAGGGCTTAGCTTAAACGGATCATCAGTGTGGAAAAAGCTTGATCGAATCTCATATGG 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TCAAGGGCTTAGCTTAAACGGATCATCAGTGTGGAAAAAGCTTGATCGAATCTCATATGG 1314
Query 1319 ACCAAAAAGTCGGTCTTTTCACCGTGCCTGCGCTGATTGTTCAGGGAGATTTTTATATGT 1378
||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1315 ACCAAAAAGTCGGTCCTTTCACCGTGCCTGTGTTGATTGTTCAGGGAGATTTGTATATGT 1374
Query 1379 GTTTGGCGGAATGGTTGATGGTCTTCTTCAGCCTGCAGCATCGTCTGGTCTAAGGTTTGA 1438
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 GTTTGGCGGTATGGTTGACGGTCTTCTTCAGCCTGCAGCATCGTCTGGTCTAAGGTTTGA 1434
Query 1439 TGGAGAGCTTTTCATGGTGGAGCTTGTTCTTGGCTTCTCTGACCTAGACCATCAACAAAG 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 CGGAGAGCTTTTCATGGTGGAGCTTGTTCTTGGCTTCTCTGACCTAGACCATCAACAAAG 1494
Query 1499 ACCCGGAAAAAGCATGTAATAGTGGTGGTTCCTTCTTTTGTAAATTAGCAGATTTTGTTT 1558
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1495 ACCTGGAAAAAGCATGTAATAGTGGTGGTTCCTTCTTTTGTAAATTAGCAG-TTTTGTGT 1553
Query 1559 AAAAGCATATCGAGAAACCAGAAATGGAACCCA-CATGATCAAATCTCTGATTACAGAGG 1617
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1554 AAAACCATATCGAGAAACCAGAAATGGAACCCATCATGACCAATTCTCTGATTACAGAGG 1613
Query 1618 AACACAAA-AGATGTGTTGAAACT-GGAACTTTCTTATAGATTCTGATTCAGTTTACAAT 1675
|| ||| | | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 AATACACAGATATGTGTTGAAT-TAGGAACTTTCTTATAGATTCTGATTCAGTTTACAAT 1672
Query 1676 ATACAAAATTCCATGACAGTGGATGTAAATATGTAATGTAAGGACTTGTTTGAATTAGA- 1734
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 ATACAAATTTCCATGATAGTGGATGTAAATATGTAATGTAAGGACTTGTTTGAATTAGAC 1732
Query 1735 TACAAAGAATGCAGAATTTTGTGCTATGAAAAACAAACTTGCTTGCCTCATGGGTTGAGT 1794
| || ||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 T-CA--GAATGTAGAATTTTGTTCTATCAAAAACAAATTTGCTTGCCTCATGGGTTGAGT 1789
Query 1795 ATCAATTTGGTTCTCCACATCTCTGCCATGACCTTCCTCGGGGCGGGATCATCTGGACCT 1854
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 ATCAATTTGGTTCTCCACATCTCTGCGATGACTTTCCTTGGGGCGGGATCATCTGGACCT 1849
Query 1855 TTGTCTCTTTGTCCTGAGGTGAAGTATAACTGTCCATCCCAATACCCAGCCAGCGTTGTC 1914
||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1850 TTGTCTCTTTGCCCTGAGGTGAAGTACAAATGTCCATCCCAATACCCAACCAGCGTTGTT 1909
Query 1915 TTCACACGGTATGGTAATTTCCCAATCACATACCATTTCTTGTATTTAAGTTGAACTGGA 1974
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1910 TTCACACGGTATGGTAATTTCCCAATCACATACCATTTCTTGTATTTAAGTTGAACTGAA 1969
Query 1975 AGATTTCACCAACGAGAACCATCTTTTTGGTTTCAGGATGTTTCTCTGTTGTGCCTCCAA 2034
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1970 AGATTTCACCAACGAGAACCATCTTTTTGGTTCCAGGATGCTTCTCTGTTGTGCCTCCAA 2029
Query 2035 CGATTACAATGGAGTTATTAACG 2057
| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 CAATTACAATGGAGTTATTAACG 2052
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77399377840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5