BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G53750.1 Length=1630 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg923937 jgi|Araly1|923937|scaffold_105218.1 2213 0.0 Ahg336830 jgi|Araly1|336830|fgenesh1_pg.C_scaffold_1003395 1267 0.0 > Ahg923937 jgi|Araly1|923937|scaffold_105218.1 Length=1321 Score = 2213 bits (1198), Expect = 0.0 Identities = 1267/1301 (97%), Gaps = 2/1301 (0%) Strand=Plus/Plus Query 129 GAAATCCGGCGACAATGGTGAGAGATATTGAAGATGAGATTAGAGACGAGAAGAATCCTC 188 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 7 GAAATCCGGCGAAAATGGTGAGAGATATTGAAGATGAGATCAGAGACGAGAAGAATCCTC 66 Query 189 GTCCTCTTGATGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCTTACTCTG 248 |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 67 GTCCGCTTGACGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCTTACTCTG 126 Query 249 CACCTATCAAGAAAGTGGAGAAAGAAATTAAGGATCTCGCCAAGAAGATCAACGATCTAT 308 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 127 CACCTATCAAGAAAGTGGAGAAAGAAATTAAGGATCTCGCCAAGAAGATCAACGATCTAT 186 Query 309 GTGGTATCAAGGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTTGTATCTG 368 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 187 GTGGTATCAAGGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTTGTATCTG 246 Query 369 ATAAGCAAATGATGCAAGAAGAGCAACCTCTGCAGGTTGCGAGATGCACAAAGATTATAA 428 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 247 ATAAGCAAATGATGCAAGAGGAGCAACCTCTGCAGGTTGCGAGATGCACAAAGATAATAA 306 Query 429 GTCCAAACACTGAAGACGCCAAATACGTCATAAATGTCAAACAAATTGCTAAGTTTGTTG 488 |||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 307 GTCCAAACACCGAAGATGCAAAATACGTCATTAATGTCAAACAAATTGCTAAGTTTGTTG 366 Query 489 TTGGACTTGGCGATAAAGTTTCTCCCACTGATATTGAGGAAGGCATGCGTGTTGGAGTTG 548 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 367 TTGGACTTGGCGATAAAGTTTCTCCCACTGATATTGAAGAAGGCATGCGTGTGGGAGTTG 426 Query 549 ATCGGAATAAATATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCCAAAATCGATCCTAGCGTGACCA 608 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 427 ATCGGAATAAATATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCGAAAATCGATCCTAGCGTGACCA 486 Query 609 TGATGACTGTCGAAGAGAAACCTGATGTAACTTACAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGC 668 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 487 TGATGACAGTCGAAGAGAAACCTGATGTAACTTACAATGATGTTGGTGGCTGTAAGGAGC 546 Query 669 AGATTGAGAAGATGCGAGAGGTTGTTGAACTGCCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGA 728 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 547 AGATTGAGAAGATGCGAGAGGTTGTTGAACTGCCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGA 606 Query 729 AGCTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGTGTTCTCTGCTACGGACCTCCTGGTACTGGTAAAA 788 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 607 AGCTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGTACTGGTAAAA 666 Query 789 CTCTTCTGGCTAGAGCTGTGGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGGGTTATTGGAA 848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 667 CCCTTCTGGCTAGAGCTGTGGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGGGTTATCGGCA 726 Query 849 GTGAGCTTGTTCAGAAGTATGTTGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGA 908 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 727 GTGAGCTTGTTCAGAAGTATGTTGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGA 786 Query 909 TGGCACGGTCCAAGAAAGCCTGCATTGTGTTCTTTGACGAAGTTGATGCCATTGGTGGTG 968 ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 787 TGGCACGGTCCAAGAAAGCTTGCATTGTATTCTTTGATGAAGTTGATGCCATTGGTGGTG 846 Query 969 CAAGATTTGATGATGGTGTTGGTGGTGATAACGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTG 1028 ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 847 CAAGATTTGATGACGGTGTTGGTGGTGATAATGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTG 906 Query 1029 TGAATCAGCTTGATGGGTTTGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACA 1088 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 907 TGAATCAGCTTGATGGGTTCGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACA 966 Query 1089 GGCCTGACACACTAGACCCAGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAGT 1148 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 967 GGCCTGACACACTAGACCCAGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAGT 1026 Query 1149 TTGGTCTACCTGACCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACAAGAACCATGA 1208 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1027 TTGGTCTTCCTGACCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACACGAACCATGA 1086 Query 1209 ACTGCGAAAGAGACATCCGTTTCGAACTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACGGGAG 1268 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1087 ACTGCGAAAGAGACATCCGTTTCGAACTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACCGGAG 1146 Query 1269 CTGATATTC-GAAGTGTATGCACTGAAGCAGGAATGTACGCAATCAGAGCTAGGAGAAAG 1327 ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1147 CTGATAT-CAGAAGTGTATGCACTGAAGCAGGAATGTACGCAATCAGAGCTAGGAGAAAG 1205 Query 1328 ACTGTGACTGAGAAAGACTTTCTAGACGCAGTGAACAAAGTCATTAAAGGTTACCAAAAG 1387 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1206 ACTGTGACTGAGAAAGACTTTCTGGACGCAGTGAACAAAGTCATTAAAGGTTACCAAAAG 1265 Query 1388 TTCAGTGCCACTCCCAAGTATATGGTCTACAATTAGAGAGA 1428 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1266 TTCAGTGCCACTCCCAAGTACATGGTCTACAATTAGAGAGA 1306 > Ahg336830 jgi|Araly1|336830|fgenesh1_pg.C_scaffold_1003395 Length=2094 Score = 1267 bits (686), Expect = 0.0 Identities = 975/1111 (88%), Gaps = 34/1111 (3%) Strand=Plus/Plus Query 327 ATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTTGTATCTGATAAGCAAATGA-TGCAA 385 ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||| || |||| || Sbjct 989 ATACTGGGTTATCTCTTCCCAGTCAATGGGATCTCATAGCTGATAAACAGATGATTG-TT 1047 Query 386 GAAGAGCAACCTCTGCAGGTTGCGAGATGCACAAAGATTATAAGTCCAAACACTGAAGAC 445 || ||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| || |||||||| ||||||||| Sbjct 1048 GACGAGCAGCCTCTGCATGTTGCGACATGCACACAGATAATCAGTCCAAATACTGAAGAC 1107 Query 446 GCCAAA-TACGTC-AT-AAATGTCAAACAAAT-TGCTAAGTTTGTTGTTGGACTTGGCGA 501 | |||| || ||| | | ||| ||| | || || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1108 G-CAAAGTATGTCGTTGATATG-GAAA-AGATAGGC-AAGTTTGTTGTTGGACTTGGCGA 1163 Query 502 TAAAGT-TTCTCCCACTGATATTGAGGAAGGCATGCGTGTTGGAGTTGATCGGAATAAAT 560 |||| | |||||||||||| || || | ||| |||||||| ||||||||| |||| |||| Sbjct 1164 TAAA-TCTTCTCCCACTGAGATAGAAGTAGGAATGCGTGTGGGAGTTGATAGGAAGAAAT 1222 Query 561 ATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCCAAA-ATC-GATCCTAGCGTG--ACCATGATGACT 616 ||||||| ||||||||||||||| ||||| | | |||||| |||| | ||||||||| Sbjct 1223 ATCAGATACAGATTCCTCTACCT-CCAAAGA-CTGATCCT--CGTGCTATCATGATGACG 1278 Query 617 GTCGAAGAGAAACCTGATGTAACTTACAATGATGTTGGTGG--ATGCAAGGAGCAGATTG 674 || ||||||||||| || |||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||| Sbjct 1279 GTTGAAGAGAAACCGGACATAACTTACTGTGATATCGGTGGCTGTGCAAGGAGCAGATTG 1338 Query 675 AGAAGA-T-GCGA-G-AGGTTGTTGAACTGCCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGAAG 730 |||||| | | || | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1339 AGAAGATTAGAGAGGTATGTTGTTGAACTACCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGAAG 1398 Query 731 CTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGTGTTCTCTGCTACGGACCTCCTGGTACTGGTAAAACT 790 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| Sbjct 1399 CTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGCGTTCTTTGCTATGGTCCTCCGGGTACTGGAAAAACC 1458 Query 791 CTTCTGGCTAGAGCTGTGGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGGGTTATTGGAAGT 850 ||| ||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 1459 CTTGTGGCTAGAGCTGTAGCTAATAGAACCGGTGCTTGCTTTATCAGGATTATTGGCAGT 1518 Query 851 GAGCTTGTTCAGAAGTATGTTGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGATG 910 ||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1519 GAGCTCGTTCAGAAGTACATCGGTGAAGGAGCAAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGATG 1578 Query 911 GCACGGTCCAAGAAAGCCTGCATTGTGTTCTTTGACGAAGTTGATGCCATTGGTGGTGCA 970 ||||| || |||||||| |||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 1579 GCACGCTCAAAGAAAGCTTGCATTTTGTTCATTGACGAAATCGATGCCATTGGTGGTGCA 1638 Query 971 AGATTTGATGATGGTGTTGGTGGTGATAACGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTGTG 1030 ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1639 AGATTTGATGACGGTGTAGGCGGTGATAATGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTGTG 1698 Query 1031 AATCAGCTTGATGGGTTTGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACAGG 1090 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1699 AATCAGCTTGATGGGTTTGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACAGG 1758 Query 1091 CCTGACACACTAGACCCAGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAGTTT 1150 ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 1759 CCTGACATACTGGACCCTGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGCAAGATTGAGTTT 1818 Query 1151 GGTCTACCTGACCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACAAGAACCATGAAC 1210 |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1819 TGTCTGCCTGATCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACACGAACCATGAAC 1878 Query 1211 TGCGAAAGAGACATCCG-TTTCGAACTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACGGGAGC 1269 ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1879 TGCGAAAGAGACATCCGGTTT-GAACTCCTTGCTGGTCTCTGCCCAAATTCAACAGGAGC 1937 Query 1270 TGATATTC-GAAGTGTATGCACT-GAAGCAGGAATGTACGCAATCAG-AGCTAGGAGAAA 1326 |||||| | ||||||| |||| | ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| Sbjct 1938 TGATAT-CAGAAGTGTGTGCA-TAGAAGCCGGAATGTATGCAAT-AGGAGCTAGGAGAAA 1994 Query 1327 GACTGTGACTGAGAAAGACTTTCTAGACGCAGTGAACAAAGTCATTAAAGGTTACCAAAA 1386 | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||| Sbjct 1995 GGCTGTGAGTGAGAAAGACTTTCTGGACGCAGTGAACAAAGTGGTTAAAGGCTATCAAAA 2054 Query 1387 GTTCAGTGCCACTCCCAAGTATATGGTCTAC 1417 ||||||||| |||||||||||||||| |||| Sbjct 2055 GTTCAGTGCAACTCCCAAGTATATGGCCTAC 2085 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 61096752980 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5