BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G54570.1
Length=2458
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924211 jgi|Araly1|924211|scaffold_105492.1 3541 0.0
> Ahg924211 jgi|Araly1|924211|scaffold_105492.1
Length=2154
Score = 3541 bits (1917), Expect = 0.0
Identities = 2074/2151 (96%), Gaps = 5/2151 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 151 GGACTGCCTGAATCAAAAGACAATGGCAACATGTTCTTCAAGCTTATTGGTGTTACCAAA 210
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGACTGCCTGAATCAAAAGGCAATGGCAACATGTTCTTCAAGCTTATTGGTGTTACCAAT 60
Query 211 TTTGAGATTGAGTTCTAACCAAAGACGCAATTTCAAGGTAAGAGCTCAAATCTCTGGTGA 270
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTGAGATGGAGTTCTAACCAAAGACGCAATTTCAAGGTAAGAGCTCAAATCTCTGGTGA 120
Query 271 AAACAAGAAGGCGACATCATTGGAACCAGTGAACAACAACGGTTCGGTCTCTTTGTCTAC 330
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 AAACAAGAAGACGACATCTTTGGAACCAGTGAACAACAACGGTTCGGTCTCTGTGTCTA- 179
Query 331 TACTGTTCAAAACCAAAAAGGGGCAAATGAAGTGAATGGGAAAGGGAAATCCAAGAGAAA 390
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 180 T--TGTCCAAAACCAAAAAGGGGCAAATGAAGTGAATGGGAAAGTAAAATCCCAGAAAAA 237
Query 391 GATAGTGAGTGATGAAATTGAGTTGTTATGGGATGATGGGTATGGCTCCAAATCTGTTAA 450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 238 GATAGTGAGTGATGAAATTGAGTTGTTATGGGATGATGGGTATGGCTCTAAATCTGTTAA 297
Query 451 AGATTACTTTGCTGCGGCTAAAGAGATTTTGAAGGCTGATGGTGGTCCTCCACGGTGGTT 510
|||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 298 AGATTACTTTGCGGCGGCTAGAGAGATCTTGAAACCTGACGGTGGTCCTCCACGGTGGTT 357
Query 511 TAGTCCCGTTGATTGTGGTCGACCTGTTGAAGATGCTCCTACGTTACTCTTCTTACCTGG 570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TAGTCCCGTTGATTGTGGTCGACCTGTTGAAGATGCTCCTACGTTACTCTTCTTACCTGG 417
Query 571 GATGGATGGCACAGGGATGGGCCTTGTTCCACATCACAAAGCTCTTGGCAAGGCTTTTCA 630
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GATGGATGGCACAGGGATGGGCCTCGTTCCACATCACAAAGCTCTTGGCAAGGCTTTTCA 477
Query 631 TGTCTCGTGCCTGCATATTCCTGTACTTGATCGAACTCCATTTGAAGGGCTTCTGAAAGT 690
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 478 TGTCTGGTGCCTGCATATTCCTGTACTTGATCGAACTCCATTCGAAGGACTGGTGAAAGT 537
Query 691 AGTCGAAGATGTTTTGAGGCAGGAGCAGGCTACACGTCCTAATAAGCCGATATATCTCGT 750
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 538 AGTCGAGGATGTTTTGAGGCAGGAGCAGGCTACACGTCCTAATAAGCCGATATATCTTGT 597
Query 751 GGGCGATTCCTTTGGAGGATGCCTGGCTCTTGCTGTTGCTGCTAGAAACCGTTCGTTAGA 810
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 598 GGGCGATTCCTTTGGAGGATGCCTGGCTCTTGCTGTTGCTGCCAGAAACCGTTCATTAGA 657
Query 811 CTTGGTGTTGATACTAGTCAACCCAGCTACATCATTTGATAGGTCACCGCTACAGCCGTT 870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTTGGTGTTGATACTAGTCAACCCAGCTACATCATTTGATAGGTCACCGCTACAGCCGTT 717
Query 871 GCTGCCTATATTAGAGATGGTGCCAGAGGAGCTTCATTTTACTGTTCCATATGCTCTAAG 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GCTGCCTATATTAGAGATGGTGCCAGAGGAGCTTCATTTTACTGTTCCATATGCTCTAAG 777
Query 931 CTTTATTATGGGTGATCCGATAAAGATGGCGACACTTGGTATCGACAACCAACTTCCAAC 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 CTTTATTATGGGTGATCCGATAAAGATGGCGACACTTGGTATCGACAACCAACTTCCAAC 837
Query 991 AGGAGTAAAAATTGAAAAGTTGAGACAAAGGCTTACTAAAACAATGCTCCCGCTTCTCTC 1050
|||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 838 AGGAATCAAAATGGAAAAGTTGAGACAGAGGCTTACTAAAACTATGCTCCCGCTTCTCTC 897
Query 1051 TGAGCTCGGTGGAATTATTCCACGGGAAACCTTACTTTGGAAGCTTAAGTTACTGAGATC 1110
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TGAGCTCGTTGGAATTATTCCACGGGAAACTTTACTTTGGAAGCTTAAGTTACTGAGATC 957
Query 1111 TGGCTGTGCTTATGCCAATTCCCGCATCCATGCTGTTCAAGCTGAAGTCTTGGTCCTTGC 1170
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 958 TGGCTCTGCTTATGCCAATTCCCGCATCCATGCAGTTCAAGCTGAAGTTTTGGTCCTTGC 1017
Query 1171 TAGTGGAAAGGACATGATGCTTCCTAGCCAAGAAGAAGCAAAGCGGCTTCACGGGTTACT 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1018 TAGTGGAAAGGACATGATGCTTCCTAGCCAAGAAGAAGCGAAGCGGCTTCACGGGGTACT 1077
Query 1231 TAAAAACTGTTCAGTTCGATGCTTCAAGGACAATGGGCATACCCTTTTATTGGAAGATAG 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TAAAAACTGTTCAGTTCGATGCTTCAAGGACAATGGGCATACCCTTTTATTGGAAGATAG 1137
Query 1291 CATCAGTTTGCTCACAGTTATAAAAGGTACAGGCAAGTACCGGCGGTCCTGGAGATATGA 1350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CATCAGTTTGCTCACAGTTATAAAAGGTACAGGCAAGTACCGGCGGTCCTGGAGATATGA 1197
Query 1351 TTTGGTTTCTGATTTCTTGCCTCCAAGTAAGGGAGAACTTGCTTACGCCCTTGATGAAGT 1410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TTTGGTTTCTGATTTCTTGCCTCCAAGTAAGGGAGAACTTGCTTACGCCCTTGATGAAGT 1257
Query 1411 GCTTGGATTCTTGCGAAATGCTGTTGGTTCTGTGtttttttCAACTATGGAAGACGGGAA 1470
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GCTTGGATTCTTGCGAAATGCTGTTGGTTCTGTGTTTTTTTCAACTATGGAAGACGGGAG 1317
Query 1471 AATAGTGAAGGGACTTGCTGGTGTTCCAGATAAAGGTCCGGTGCTACTTGTTGGTTACCA 1530
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 AATAGTGAAGGGACTTGCTGGTGTTCCAGATGAAGGTCCGGTGCTACTTGTTGGTTACCA 1377
Query 1531 CATGTTGATGGGTCTTGAACTTGGTCCAATGTCCGAGGCGTTTATAAAAGAGAAGAACAT 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1378 CATGTTGATGGGTCTTGAACTTGGTCCAATGTCCGAGGCATTTATAAAAGAGAAAAACAT 1437
Query 1591 TCTCTTTCGTGGAATGGCCCATCCGGTTCTGTATTCTGATAATGATCCAGCTAAGGCGTT 1650
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TCTCTTTCGTGGAATGGCCCATCCAGTTCTGTATTCTGATAATGATCCAGCTAAGGCGTT 1497
Query 1651 TGATTATGGTGACTGGATTAAAGTATTTGGTGCCTATCCTGTCACCGCAACCAATCTATT 1710
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1498 TGATTATGGCGACTGGATTAAGGTATTTGGTGCCTATCCTGTCACCGCAACCAATCTTTT 1557
Query 1711 TAAGCTGTTAGATTCTAAATCTCATGTCCTTCTCTTCCCTGGTGGTGCACGAGAGGCTCT 1770
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1558 TAAGCTGTTATCTTCTAAATCTCATGTCCTTCTCTTCCCTGGCGGTGCACGAGAGGCTCT 1617
Query 1771 CCATAACCGGGGTGAACAATACAAACTAATTTGGCCTGAACAGCAAGAGTTTGTAAGAAT 1830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CCATAACCGGGGTGAACAATACAAACTAATTTGGCCTGAACAGCAAGAGTTTGTAAGAAT 1677
Query 1831 GGCAGCACGGTTTGGTGCAACAATAGTGCCGTTTGGAACAGTTGGTGAAGACGACATAGC 1890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GGCAGCACGGTTTGGTGCAACAATAGTGCCGTTTGGAACTGTTGGTGAAGACGACATAGC 1737
Query 1891 TGAATTGGTTCTTGATTACAACGACCTGATGAAGATCCCTATTCTTAATGACTATATCAC 1950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1738 TGAATTGGTTCTTGATTACAACGACCTGATGAAGATCCCAATTCTTAATGACTATGTCAC 1797
Query 1951 GGAAGTTACTCGCGATACCAAACAATTTAAATTGAGGGAAGAGTCAGAGGGAGAGGTGGC 2010
||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1798 AGAAATAACTCGCGATACGAAACAATTTAAATTGAGGGAAGAATCAGAAGGAGAGGTGGC 1857
Query 2011 AAACCAGCCACTCTACCTACCAGGACTCATACCGAAAGTCCCGGGTAGGTTCTATTACCT 2070
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AAACCAGCCGCTCTACATACCAGGACTCATACCGAAAGTCCCGGGTAGGTTCTATTACCT 1917
Query 2071 GTTTGGGAAACCGATAGAGACAAAGGGAAGACCAGAGCTTGTAAAAGACAAAGAAGAAGC 2130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1918 GTTTGGGAAACCGATAGAGACAAAGGGAAGACCAGAACTTGTGAAAGACAAAGACGAAGC 1977
Query 2131 AAATCAAGTTTACTTGGAGGT-AAAGGCGGAGGTAGAGAATAGTATAGCCTACCTGTTGA 2189
||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1978 AAATCGAGTTTACTTGGAGGTCAAAG-CGGAAGTAGAGAATAGTATAGCCTACTTGTTGA 2036
Query 2190 AGAAACGAGAGGAAGATCCATACAGAAGTGTCTTAGACAGATTAAACTACAGTTTGACGC 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 AGAAACGAGAGGAAGATCCATACAGAAGTGTCTTAGACAGATTAAACTACAGTTTGACGC 2096
Query 2250 ACACTACCGCAACTCATGTTCCATCTTTCGAGCCATGATTCGAACaaaaaa 2300
| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2097 ATACTACCGCAACTCATGTTCCGTCTTTCGAACCATGATTCGAACACAAAA 2147
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92635475840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5