BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55490.1
Length=2087
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474606 jgi|Araly1|474606|fgenesh2_kg.1__4560__AT1G55490.2 3225 0.0
Ahg921636 jgi|Araly1|921636|scaffold_102917.1 178 2e-43
> Ahg474606 jgi|Araly1|474606|fgenesh2_kg.1__4560__AT1G55490.2
Length=2055
Score = 3225 bits (1746), Expect = 0.0
Identities = 1947/2041 (95%), Gaps = 25/2041 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TTCCTTGCTTCAGCTCCCCTTTTCTTATCCGGAAACCAAAAACTTCCGGTGATAAAACCT 75
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 40 TTCCTTGCTTCAGCTCCCGTTTTCTTATCCGGAAAACAAAAACTTCCGGTGATAGAACCT 99
Query 76 CCTTCGTCATCTCTCTACTTCTTGCTGAATTTTGTCTGTCTTTGAAGTGGATAAAATGGC 135
| |||||| | | || | || | || || | |||| ||||||||
Sbjct 100 CAATCGTCA------T-C-TC-T-CT--A------CT-TC--T----TGGAAAAAATGGC 134
Query 136 GTCAACTTTCACTGCCACATCTTCTATTGGTTCAATGGTTGCTCCGAATGGTCACAAATC 195
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 135 GTCAACTTTCACTGCCACGTCTTCCATTGGTTCAATGGTTGCTCCAAATGGTCACAAATC 194
Query 196 TGATAAGAAACTTATCAGCAAGTTGTCTTCAAGCTCATTTGGAAGGAGACAAAGTGTGTG 255
||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 TGATAAGAAGCTTATGAACAAGTTGTCTTCAAGCTCTTTTGGAAGGAGACAAAGTGTGTG 254
Query 256 TCCTAGACCCAGAAGATCCAGTTCTGCAATTGTGTGCGCAGCAAAGGAATTACATTTCAA 315
|||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 255 TCCTAGACCCAGAAGATCTGGTTCTGCAATTGTATGTGCAGCCAAGGAATTACATTTCAA 314
Query 316 CAAAGATGGGACTACCATTAGGAGACTTCAAGCTGGTGTCAACAAGCTCGCAGATCTTGT 375
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 315 CAAAGATGGGACTACCATAAGGAAACTTCAAGCTGGTGTCAACAAACTTGCAGACCTTGT 374
Query 376 TGGTGTTACACTTGGACCCAAAGGACGAAATGTTGTTCTTGAGAGCAAGTATGGATCACC 435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 TGGTGTTACACTTGGACCCAAAGGACGAAATGTTGTCCTTGAGAGCAAGTATGGATCACC 434
Query 436 ACGAATTGTTAATGATGGTGTGACTGTTGCAAGAGAGGTTGAGTTGGAAGACCCGGTTGA 495
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 AAGAATTGTTAATGACGGTGTGACTGTTGCAAGAGAGGTTGAGTTGGAAGACCCGGTTGA 494
Query 496 GAACATTGGCGCTAAGCTTGTGAGGCAAGCGGCTGCCAAAACCAATGACTTGGCTGGTGA 555
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 GAACATTGGTGCTAAGCTTGTGAGGCAAGCGGCTGCCAAAACCAATGACTTGGCTGGTGA 554
Query 556 CGGTACAACAACATCTGTTGTTCTTGCACAAGGTTTTATCGCTGAGGGTGTCAAGGTGGT 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 555 CGGTACAACAACATCTGTTGTTCTTGCACAAGGTTTTATTGCTGAGGGTGTCAAGGTGGT 614
Query 616 AGCTGCTGGTGCAAACCCTGTTTTGATCACCAGAGGTATTGAGAAGACAGCAAAGGCTTT 675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 AGCTGCTGGTGCAAACCCTGTTTTGATCACCAGAGGTATTGAGAAGACAGCAAAGGCTTT 674
Query 676 GGTTACCGAGCTCAAGAAAATGTCTAAGGAGGTTGAAGACAGTGAACTTGCAGATGTTGC 735
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 GGTTACCGAGCTCAAGAAAATGTCTAAGGAGGTGGAAGACAGTGAACTTGCAGATGTTGC 734
Query 736 AGCTGTTAGTGCGGGTAACAACGACGAAATTGGAAATATGATTGCTGAAGCAATGAGCAA 795
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 AGCTGTTAGTGCTGGTAACAACGATGAAATTGGAAATATGATTGCTGAAGCAATGAGCAA 794
Query 796 AGTGGGCAGGAAAGGTGTGGTGACCCTTGAGGAGGGTAAAAGTGCCGAGAACAACCTCTA 855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 AGTGGGCAGGAAAGGTGTGGTGACCCTTGAGGAGGGTAAAAGTGCCGAGAACAACCTCTA 854
Query 856 CGTCGTAGAAGGAATGCAATTTGACCGTGGTTATATCTCTCCTTACTTTGTGACAGACAG 915
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 855 CGTCGTGGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGTTATATCTCCCCTTACTTTGTGACAGACAG 914
Query 916 CGAGAAAATGTCCGTCGAGTTCGACAATTGCAAGTTACTTCTCGTTGACAAGAAAATTAC 975
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 915 CGAGAAAATGTCTGTCGAGTTCGACAATTGCAAGTTACTTCTCGTTGATAAGAAAATTAC 974
Query 976 CAATGCAAGGGATCTTGTTGGTGTTTTGGAGGATGCAATTAGAGGCGGATACCCAATATT 1035
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 975 CAATGCAAGAGATCTTGTTGGTGTTTTGGAGGATGCAATTAGAGGTGGATACCCAATATT 1034
Query 1036 AATTATTGCTGAAGACATTGAACAAGAAGCTTTAGCGACTCTTGTTGTAAACAAGCTTAG 1095
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 AATAATTGCAGAAGACATTGAACAAGAAGCTTTAGCTACTCTTGTTGTAAACAAGCTTAG 1094
Query 1096 AGGTACACTGAAGATAGCAGCTCTCAGAGCTCCAGGGTTTGGAGAGCGCAAGAGCCAATA 1155
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 AGGTACACTGAAGATTGCAGCTCTCAGAGCTCCAGGATTTGGAGAGCGCAAGAGCCAATA 1154
Query 1156 CCTTGATGATATTGCCATTCTAACTGGAGCAACTGTGATCCGTGAGGAAGTTGGTCTTTC 1215
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1155 CCTTGACGATATTGCCATTCTAACTGGAGCAACTGTGATCCGAGAGGAAGTTGGTCTTTC 1214
Query 1216 ACTTGACAAAGCTGGAAAAGAGGTTCTTGGTAATGCTTCAAAGGTTGTCCTCACAAAGGA 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1215 ACTTGACAAAGCTGGAAAAGAGGTTCTTGGTAACGCTTCAAAGGTCGTCCTCACGAAGGA 1274
Query 1276 GACCTCGACCATAGTGGGTGATGGAAGCACACAGGATGCAGTGAAAAAGCGTGTTACACA 1335
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1275 GACTTCGACCATAGTGGGTGATGGAAGCACACAGGATGCAGTGAAAAAGCGTGTTATACA 1334
Query 1336 GATTAAAAATCTTATTGAGCAAGCGGAGCAAGATTACGAGAAGGAGAAACTCAATGAGAG 1395
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1335 GATAAAAAATCTTATTGAGCAAGCAGAGCAAGATTATGAGAAGGAAAAACTGAATGAGAG 1394
Query 1396 AATTGCAAAGCTCTCTGGTGGAGTTGCTGTGATTCAGGTTGGAGCACAAACTGAGACAGA 1455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 AATTGCAAAGCTCTCTGGTGGAGTTGCTGTGATTCAGGTTGGAGCACAAACTGAGACAGA 1454
Query 1456 ACTCAAAGAGAAGAAGTTGAGAGTTGAAGATGCTCTTAATGCAACAAAGGCCGCTGTCGA 1515
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1455 ACTCAAAGAGAAGAAGTTGAGAGTTGAAGATGCTCTTAATGCTACAAAGGCCGCTGTCGA 1514
Query 1516 GGAAGGTATTGTTGTTGGTGGTGGTTGCACTCTGCTTCGTCTTGCTTCCAAGGTTGATGC 1575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 GGAAGGTATTGTTGTTGGTGGTGGTTGCACTCTGCTTCGTCTTGCTTCCAAGGTTGATGC 1574
Query 1576 CATTAAAGCCACGCTTGATAATGATGAAGAAAAGGTTGGAGCGGATATAGTTAAAAGAGC 1635
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1575 CATTAAAGCCACTCTTGATAATGATGAAGAAAAGGTTGGAGCGGATATCGTCAAAAGAGC 1634
Query 1636 ACTAAGTTACCCCCTAAAACTAATCGCCAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGTGTAGTTAG 1695
||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1635 ACTGAGTTATCCCCTAAAACTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTAGTTAG 1694
Query 1696 CGAGAAGGTGCTTTCCAACGATAACGTGAAATTCGGTTACAATGCTGCAACCGGCAAGTA 1755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 CGAGAAGGTGCTTTCCAACGATAACGTGAAATTCGGTTACAATGCTGCAACCGGCAAGTA 1754
Query 1756 CGAGGATTTGATGGCTGCAGGAATCATCGATCCAACAAAGGTTGTGAGATGTTGCTTGGA 1815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 CGAGGATTTGATGGCTGCAGGAATCATCGATCCAACAAAGGTTGTGAGATGTTGCTTGGA 1814
Query 1816 ACACGCAGCTTCGGTTGCAAAGACTTTCTTGATGTCGGACTGCGTTGTTGTTGAGATCAA 1875
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1815 GCACGCAGCTTCGGTTGCAAAGACGTTCTTGATGTCGGACTGTGTTGTTGTTGAGATCAA 1874
Query 1876 GGAACCTGAACCAGTTCCCGTCGGCAACCCAATGGACAACTCAGGATATGGATACTAAGA 1935
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 GGAACCTGAACCAGTTCCCGTCGGCAACCCAATGGACAACTCAGGATATGGATACTAAGA 1934
Query 1936 GGAGATAGGCTAATATTGAAACGGATTACTTTAGCTTGCGAGTGTAATGATTTTGAACAA 1995
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 GAAGATAGGCTAATATTGAAACGGATTACTTTAGCTTGCGAGTGTAATGATTTTGAACAA 1994
Query 1996 GAGAATGTGTAATGTGAAACTGAAATTTTGAATTAATCATCATATGAATAAATCATGATT 2055
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1995 GAGAATGTGTAATGTGAAACTGAAATTTTGAATCAATCATCATATGAATAAATTATGATT 2054
Query 2056 C 2056
|
Sbjct 2055 C 2055
> Ahg921636 jgi|Araly1|921636|scaffold_102917.1
Length=1660
Score = 178 bits (96), Expect = 2e-43
Identities = 311/413 (75%), Gaps = 22/413 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 1478 GTTGAAGATGCTCTTAATGCAACAAAGGCCGCTGTCGAGGAAGGTATTGTTGTTGGTGGT 1537
||||||||||| || |||||||| ||| | || | || ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1101 GTTGAAGATGCCCTGAATGCAACTAAGTCAGCAATTGAAGAAGGGATTGTAGTTGGTGGT 1160
Query 1538 GGTTGCACTCTGCTT-CGTCTTGCTTCCAAGGTTGA-TGCCATTAAAGCCACGCTTGATA 1595
|||||| | || ||| | || ||| | || || || | ||||||| ||| ||||| |
Sbjct 1161 GGTTGCGCCCT-CTTGCAACTGGCTACAAAAGTGGACAG-AATTAAAGACACCCTTGACA 1218
Query 1596 ATGA-TGAAGAAAAGGTTGGAGCGGATATAGTT-AA-AAGAGCACTAAGTTACCCCCTAA 1652
| | ||| | ||| ||||||| || ||| || || || |||| | || |||||| |||
Sbjct 1219 A-CACAGAACAGAAGATTGGAGCTGAAATA-TTCAAGAA-AGCATTGAGCTACCCCATAA 1275
Query 1653 AACTAATCGCCAAGAATGCTGGTGTTAATGG-AAGTGTAGTTAGCGAGAAGGTGCTT-TC 1710
||| || ||||| || || || ||||| || | | || | || ||||| ||| ||
Sbjct 1276 GACTTATAGCCAAAAACGCAGGCACAAATGGCAA-TATCGTCATAGAAAAGGT-CTTATC 1333
Query 1711 CAACGATAACGTGAAATTCGGTTACAATGCTGC-AACCGGCAAGTACGAGGATTTGATGG 1769
|||| | |||| | | ||||||||||||||| || ||| || || ||| |||| |
Sbjct 1334 CAACAAAAACGCCATGTACGGTTACAATGCTGCAAAGAATCAA-TATGAAGATCTGAT-G 1391
Query 1770 CT-GCAGGAATCATCGATCCAACAAAGGTTGTGAGATGTTGCTTGGAACACGCAGCTTCG 1828
|| || || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1392 CTGGCTGGTATAATCGATCCAACCAAGGTTGTGAGATGTTGCTTGGAACACGCTGCATCA 1451
Query 1829 GTTGCA-AAGAC-TTTCTTGATGTCGGACTGCGTTGTTGTTGAGATCAAGGAA 1879
|| || || || ||||| || |||||||||||| | ||||||||||| |||
Sbjct 1452 GTAGCTCAA-ACGTTTCT-GACATCGGACTGCGTTATAGTTGAGATCAAAGAA 1502
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78503994945
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5