BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G56500.1
Length=3428
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924342 jgi|Araly1|924342|scaffold_105623.1 5072 0.0
> Ahg924342 jgi|Araly1|924342|scaffold_105623.1
Length=3226
Score = 5072 bits (2746), Expect = 0.0
Identities = 3071/3228 (95%), Gaps = 21/3228 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 aaaaaaaaaaaaccaaagcaaaaaaaTGGCTTTGAAACTCACTTCTCCGCCTTCAGTTTT 66
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5 AAAAAAAAAAAATCAAAGCAAAAAAATGGCTTTGAAACTCACTTCTCCGCCTTCAATTTT 64
Query 67 CTCACAATCAAGGAGATTATCTTCTTCTTCGTTAATTCCGATAAGGTC--AA---A-AT- 119
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || || | ||
Sbjct 65 CTCACAATCAAGGAGATTATCTTCTTCTTC---AATTCCAATAAGATCAAAATCCACATC 121
Query 120 ----CCA----CATTCACCGGATTTCGATCGAGAACCGGTGTTTATTTAAGCAAAACGAC 171
||| |||||||||||||||| || | |||||| |||||| ||| ||||||| |
Sbjct 122 AAGACCATCTTCATTCACCGGATTTCGCTCCAAAACCGGAGTTTATCTAACCAAAACG-C 180
Query 172 GGCGCTTCAGTCGTCTACAAAACTGAGTGTGGCGGCGGAGAGTCCTGCGGCGACAATTGC 231
|||||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 181 --CGCTTCCGTCATCTACTAAATTGAATGTGGCGGCGGAGAGTCCTCCGGCGACAATTGC 238
Query 232 GACGGATGATTGGGGGAAAGTATCGGCGGTTCTGTTTGATATGGACGGTGTGCTTTGTAA 291
|||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GACGGAGGATTGGGGGAAAGTATCAGCGGTGCTATTCGATATGGACGGTGTGCTTTGTAA 298
Query 292 CAGTGAAGATCTTTCTAGACGCGCCGCCGTGGATGTTTTTACGGAGATGGGAGTTGAAGT 351
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 299 TAGTGAAGATCTTTCTAGACGCGCCGCCGTTGATGTTTTTGCTGAGATGGGAGTTGAAGT 358
Query 352 CACTGTGGACGATTTCGTTCCTTTTATGGGAACAGGTGAAGCCAAGTTTTTAGGAGGTGT 411
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CACTGTGGATGATTTCGTTCCTTTTATGGGAACAGGTGAAGCCAAGTTTTTAGGAGGTGT 418
Query 412 TGCTTCAGTCAAAGAAGTTAAAGGATTTGATCCAGATGCAGCTAAAGAGAGATTCTTTGA 471
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 419 TGCTTCAGTCAAAGAAGTAAAAGGATTTGATCCAGATGCAGCTAAAAAGAGATTCTTTGA 478
Query 472 AATATATCTCGATAAGTATGCGAAGCCAGAATCTGGGATTGGATTTCCAGGAGCATTGGA 531
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 479 AATATATCTCGATAAGTACGCGAAGCCAGAATCTGGGATTGGATTTCCGGGAGCATTGGA 538
Query 532 GCTTGTTACTGAGTGTAAGAACAAAGGCCTTAAAGTCGCTGTTGCATCTAGTGCTGACCG 591
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GCTTGTTACTGAGTGTAAGAACAAAGGTCTTAAAGTTGCGGTTGCATCTAGTGCTGACCG 598
Query 592 TATCAAAGTTGATGCGAATCTGAAAGCTGCTGGTTTGTCTTTGACCATGTTTGATGCCAT 651
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TATTAAAGTTGATGCGAATCTGAAAGCTGCTGGTTTGTCTTTGACCATGTTTGATGCCAT 658
Query 652 TGTTTCAGCAGATGCCTTTGAGAATTTGAAACCAGCTCCAGATATTTTCCTGGCTGCTGC 711
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 659 TGTTTCAGCAGACGCTTTTGAGAATTTGAAACCAGCTCCAGATATTTTCTTGGCTGCTGC 718
Query 712 AAAGATCTTAGGTGTGCCTACCAGCGAGTGTGTTGTTATTGAAGATGCGCTTGCTGGAGT 771
|||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AAAGATATTGGGTGTGCCGACAAGCGAGTGTGTTGTTATTGAAGATGCGCTTGCTGGAGT 778
Query 772 CCAAGCCGCACAAGCTGCGAACATGAGATGTATAGCCGTAAAAACTACTTTATCTGAAGC 831
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CCAAGCCGCCCAAGCTGCGAACATGAGATGTATAGCTGTAAAAACTACTTTATCTGAAGC 838
Query 832 AATTCTTAAGGATGCTGGTCCTTCTATGATACGAGACGATATTGGAAACATCTCAATCAA 891
|||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 839 AATTCTTAAGGACGCTGGTCCGTCAATGATCCGAGACGATATTGGAAACATTTCAATCAG 898
Query 892 TGACATTCTCACTGGTGGCTCAGATTCTACCAGAAATTCCACAGCAATGCTTGAAGAGAA 951
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 899 TGACATTCTCTCTGGTGGCTCAGATTCTACCAGAAATTCCACAGCAATACTTGAAGAGAA 958
Query 952 CACGGTCAGCGACAAAACCAGCGCTAACGGGTTTCAGGGCTCTCGACGAGATATACTGAG 1011
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 959 CACAGCCAGCGACAAAACCAGCGCTAACGGGTTTCAGGGCTCCCGACGAGATATACTGAG 1018
Query 1012 GTATGGGAGTCTTGGCATTGCTCTTTCTTGTGTCTACTTCGCCGCCACCAACTGGAAGGC 1071
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GTACGGGAGTCTTGGCATTGCTCTTTCTTGTGTCTACTTTGCCGCCACCAACTGGAAGGC 1078
Query 1072 AATGCAATATGCTTCTCCGAAAGCTTTGTGGAATGCATTGGTTGGAGCAAAAAGCCCTTC 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1079 AATGCAATATGCTTCTCCGAAAGCTTTGTGGAATGCATTGGTTGGAGCCAAAAGCCCTTC 1138
Query 1132 TTTTACACAGAACCAAGGTGAAGGGAGAGTGCAACAGTTCGTCGATTACATTGCTGATCT 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TTTTACACAGAACCAAGGTGAAGGGAGAGTGCAACAGTTTGTCGATTACATTGCTGATCT 1198
Query 1192 AGAGAGCAAGCAAACAGCTACAACTGTGCCAGAATTCCCATCTAAACTCGACTGGCTAAA 1251
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1199 AGAGAGCAAGCAAACAGCTACAGCTGTGCCAGAATTCCCGTCTAAACTCGACTGGCTGAA 1258
Query 1252 CACTGCCCCTCTCCAGTTTCGCCGGGATTTAAAAGGGAAAGTGGTTATACTTGATTTTTG 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CACTGCCCCTCTCCAGTTTCGCCGGGATTTAAAAGGGAAAGTGGTTATACTTGATTTTTG 1318
Query 1312 GACCTATTGCTGCATAAACTGTATGCATGTATTACCGGATCTAGAGTTTCTTGAGAAGAA 1371
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1319 GACCTATTGCTGCATAAACTGTATGCATGTATTACCGGATCTAGCGTTTCTTGAGAAGAA 1378
Query 1372 GTACAAGGATATGCCATTCACCGTTGTGGGTGTACACTCGGCTAAGTTCGACAATGAGAA 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GTACAAGGATATGCCATTCACCGTTGTGGGTGTACACTCGGCTAAGTTCGACAATGAGAA 1438
Query 1432 AGATTTAGATGCCATACGAAATGCAGTTCTTCGCTATGATATTAGCCACCCGGTTGTGAA 1491
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GGATTTCGATGCCATACGAAATGCAGTTCTACGCTATGATATTAGCCACCCGGTTGTGAA 1498
Query 1492 TGATGGAGACATGTACATGTGGAGAGAGCTTGGCATCAACTCGTGGCCTACATTTGCTGT 1551
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CGATGGAGACATGTATATGTGGAGAGAGCTCGGCATCAACTCGTGGCCTACATTTGCTGT 1558
Query 1552 TGTTTCTCCTAATGGCAAAGTCATTGCACAAATTGCCGGAGAAGGTCACCGCAAAGATCT 1611
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGTTTCTCCAAATGGCAAAGTCATTGCACAAATCGCCGGAGAAGGTCACCGCAAAGATCT 1618
Query 1612 TGATGACGTGGTGGCGGCAGCTCTGACATATTATGGTGGAAAGAATGTATTAGACAGTAC 1671
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGATGACTTGGTGGCGGCAGCTCTGACGTATTATGGTGGAAAGAATGTATTAGACAGTAC 1678
Query 1672 TCCGCTTCCAACACGTTTGGAGAAAGACAACGATCCACGTTTGGCCACGTCTCCGTTGAA 1731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1679 TCCGCTTCCAACACGTTTGGAGAAAGACAACGATCCACGTTTGGCCACGTCTCCATTGAA 1738
Query 1732 ATTTCCGGGAAAGTTGGCTATTGATACTCTTAATAACAGGCTATTCATCTCAGACAGTAA 1791
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATTTCCGGGGAAGTTGGCTATTGATACTCTTAATAACAGGCTATTCATCTCAGACAGTAA 1798
Query 1792 CCATAACCGTATTATTGTAACTGATCTCGAAGGAAATTTCATAGTCCAAATTGGCAGCAG 1851
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||
Sbjct 1799 CCATAACCGTATTATTGTAACTGATCTTGAAGGAAATTTCATCGTCCAAATCGGTAGCAC 1858
Query 1852 TGGAGAAGAAGGTTTCCAAGATGGTTCCTTCGAAGATGCTGCATTTAATCGTCCTCAGGG 1911
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1859 TGGAGAAGAAGGTTTCCAAGATGGTTCCTTTGAAGATGCTGCATTCAATCGTCCTCAGGG 1918
Query 1912 ACTAGCTTATAATGCTAAGAAGAATCTTCTTTATGTTGCTGACACCGAGAATCATGCTTT 1971
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 ACTTGCTTATAATGCTAAGAAGAATCTTCTTTATGTTGCTGACACCGAGAATCATGCTTT 1978
Query 1972 GAGAGAGATTGATTTTGTCAACGAGAGAGTACAGACTCTGGCTGGTAATGGAACTAAAGG 2031
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 GAGAGAGATTGATTTTGTCAACGAGAGAGTGCGGACTTTGGCTGGTAATGGAACTAAAGG 2038
Query 2032 CTCAGACTACCAAGGTGGAAGAAAAGGAACCAAACAGCTTTTGAATTCTCCTTGGGACGT 2091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CTCAGACTACCAAGGTGGAAGAAAAGGAACCAAACAGCTTTTGAATTCTCCTTGGGACGT 2098
Query 2092 ATGCTTTGAGCCGGTGAATGAGAAGGTATACATTGCAATGGCAGGTCAGCACCAGATTTG 2151
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 ATGCTTTGAGCCGGTGAATGAGAAGGTATACGTTGCAATGGCAGGTCAGCACCAGATTTG 2158
Query 2152 GGAATACAGTGTGCTTGATGGTATTACTCGAGTTTTCAGTGGAAATGGTTATGAAAGAAA 2211
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2159 GGAGTACAATGTGCTTGATGGTATTACTCGAGTTTTCAGTGGAAACGGCTATGAAAGAAA 2218
Query 2212 CCTCAACGGTTCCACCCCTCAGACTACATCATTTGCTCAGCCATCAGGAATCTCATTAGG 2271
|||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2219 CCTCAATGGTTCTACCCCTCAGACTACATCGTTTGCTCAGCCATCGGGAATCTCATTAGG 2278
Query 2272 CCCTGATTTGAAAGAAGCATATATTGCTGATAGCGAGAGCAGTTCTATTCGTGCCCTTGA 2331
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CCCTGATTTGAAGGAAGCATATATTGCTGATAGCGAGAGCAGTTCTATTCGTGCCCTTGA 2338
Query 2332 TCTTCAAACTGGAGGATCAAGATTACTTGCGGGTGGTGATCCGTATTTCTCTGAGAATCT 2391
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 TCTTCAAACTGGAGGATCAAGATTGCTTGCTGGTGGTGATCCGTATTTCTCTGAGAATCT 2398
Query 2392 TTTCAAGTTTGGAGACAATGATGGCGTGGGAGCAGAAGTTCTCCTACAACACCCGCTAGG 2451
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2399 TTTCAAGTTTGGAGACAATGATGGTGTGGGTGCAGAAGTTCTCCTACAACACCCGTTAGG 2458
Query 2452 TGTATTATGCGCAAATGATGGTCAAATATATCTAACTGATAGCTATAACCACAAGATTAA 2511
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TGTATTATGCGCAAAGGATGGTCAAATATATCTAACTGATAGCTATAACCACAAGATTAA 2518
Query 2512 GAAGTTGGACCCTGTAACCAAACGTGTTGTTACTCTCGCTGGAACGGGAAAAGCCGGTTT 2571
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GAAGCTGGACCCTGTAACCAAACGTGTTGTTACTGTCGCTGGAACGGGAAAAGCCGGTTT 2578
Query 2572 TAAGGATGGGAAGGTCAAGGGTGCTCAGCTTTCAGAGCCTGCAGGACTTGCTATAACTGA 2631
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CAAGGATGGGAAGGTCAAGGGTGCTCAGCTTTCAGAGCCTGCAGGACTTGCTATAACTGA 2638
Query 2632 AAACGGGAGGCTGTTTGTGGCGGATACAAATAATAGCCTTATCCGATACATAGATTTGAA 2691
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 AAACAAGAGGCTGTTTGTGGCGGACACAAATAATAGCCTTATCCGATACATAGATTTGAA 2698
Query 2692 CAAAGGAGAAGACTCAGAGATTCTTACATTGGAGTTAAAAGGTGTTCAACCACCAACGCC 2751
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 2699 CAAAGGAGAAGACGCAGAGATTCTTACATTGGAGTTAAAAGGTGTTCAACCGCCAATGCC 2758
Query 2752 AAAGGCAAAATCCCTGAAACGTTTGAGAAAACGTGCCTCGGCTGATACAAAGATTGTCAA 2811
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 AAAGGCAAAATCCTTGAAACGTTTGAGAAAACGTGCCTCGGCTGATACAAAGATTGTCAA 2818
Query 2812 AGTGGATTCTGTAACGTCCCGTGAAGGAGATTTGAATCTCAAAATCTCATTACCAGATGG 2871
||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2819 AGTGGATTCAGTTACGTCACGCGAAGGAGATTTAAATCTCAAAATCTCATTACCTGATGG 2878
Query 2872 CTACCATTTCTCCAAGGAAGCGCGGAGTAAGTTTGTGGTTGATGTGGAGCCTGAAAACGC 2931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 CTACCATTTCTCCAAGGAAGCGCGGAGTAAGTTTGTGGTAGATGTGGAGCCTGAAAACGC 2938
Query 2932 AGTAGCAATCGATCCAACGGAAGGAACTCTGAGTCCCGAAGGTTCAACAATGCTTCATTT 2991
||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2939 AGTAGCAATCGATCCAATGGAAGGAAATCTCAGTCCCGAAGGTTCAACGATGCTTCATTT 2998
Query 2992 TATACAATCTTCAACTTCGGCTTCTGTTGGGAAAATCAGTTGCAAGGTGTACTATTGCAA 3051
|| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 TAAACAATCTTTAACTTCGGCTTCTTTTGGGAAAATCAGTTGCAAGGTGTACTATTGCAA 3058
Query 3052 AGAAGACGAGGTTTGCTTGTATCAGTCTGTACAGTTTGAGGTCCCTTTCAAGGTGGAATC 3111
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 AGAAGACGAGGTTTGCTTGTATCAGTCCGTACAGTTTGAGGTCCCTTTCAAGGTGGAATC 3118
Query 3112 AGAATTATCTGCTTCTCCGACAATCACATTCACGGTTACACCGAGAGCACCCGATGCTGG 3171
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 3119 AGAATCATCTGCTTCTCCGACAATCACATTCACCGTTAAACCGAGAGCACCCGATGCCGG 3178
Query 3172 TGGGTTACAGCTTCAAGGTACTCGCTGAACCACATGACCGTGGTATGA 3219
||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| | || |||||
Sbjct 3179 TGGATTACAGCTTCAAGCTACTCGCTGAACCAAATGATCATGATATGA 3226
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129433805773
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5