BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G59750.1 Length=2484 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475338 jgi|Araly1|475338|fgenesh2_kg.2__468__AT1G59750.1 4056 0.0 > Ahg475338 jgi|Araly1|475338|fgenesh2_kg.2__468__AT1G59750.1 Length=2468 Score = 4056 bits (2196), Expect = 0.0 Identities = 2395/2488 (96%), Gaps = 25/2488 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 TAGCCAAAGGGTTCGTGTCGGCTTCAACCAAACACTGACGGTGTGTGTATACACCTTTAC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TAGCCAAAGGGTTCGTGTCGGCTTCAACCAAACACTGACGGTGTGTGTATACACCTTTAC 60 Query 61 ATACACACCTTTAtctctctctctctcACATCTTTGTTACAAATCAATCTTCTACTGTTT 120 ||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 ATACACACCTTTA--------TCTCTCACATC--T-TCCCAAATCAATCTTCTACTGTTT 109 Query 121 TC-TTTTTCCTCTTCTTACATTATTTTTTGACAGCAATTCTTAGTTTCTCTTCTATCCCC 179 || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 110 TCTTTTTTCCTCTTCTTACATTA-TTTTTGACACCAATTCTCAGTTTCTC-TCTATCCCC 167 Query 180 TTTCTGGGTTTTGTTTGAACCCTAGCTCGCTTTGGATCCAGTGGTTTTAAGTTAAAGGTA 239 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 168 TTTCTGGGTTTTGTTTGAACCCTAGCTCGCTTTGGATCCAGTGGTTTTAAGTTAAAGGTA 227 Query 240 AATTTATCGAAAG-TAAGTAGATTCCTAATGGCAGCTTCCAATCATTCATCTGGT-AAAC 297 ||||||||| | | |||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||| || |||| Sbjct 228 AATTTATCG-AGGTTAAG--GATTCCAAATGGCAGCTACCACTCATTCATCT-GTAAAAC 283 Query 298 CTGGAGGAGTTTTAAGTGATGCTTTATGTAGGGAGCTCTGGCATGCCTGTGCTGGACCTC 357 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 284 CTGGAGGAGTTTTAAGTGATGCTTTATGTAGGGAGCTCTGGCATGCCTGTGCTGGACCTC 343 Query 358 TTGTAACCCTACCTCGTGAAGGGGAACGAGTTTATTATTTCCCTGAAGGCCACATGGAGC 417 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 344 TTGTAACGCTACCTCGTGAAGGGGAACGAGTTTATTATTTCCCTGAAGGCCACATGGAGC 403 Query 418 AGCTCGAGGCATCAATGCACCAAGGTTTGGAGCAACAGATGCCTTCCTTCAACCTCCCAT 477 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 404 AGCTCGAGGCATCAATGCACCAAGGTTTGGAGCAACAGATGCCTTCCTTCAATCTCCCAT 463 Query 478 CTAAGATCCTCTGTAAAGTTATCAACATCCAGCGCAGGGCAGAGCCCGAGACTGACGAAG 537 ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 464 CTAAGATTCTCTGTAAAGTGATCAACATCCAGCGCAGGGCAGAGCCCGAGACTGATGAAG 523 Query 538 TATATGCGCAAATAACCTTATTGCCAGAACTGGATCAAAGCGAACCCACTAGCCCAGATG 597 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 524 TATACGCGCAAATAACCTTATTGCCAGAACTGGATCAAAGCGAACCAACCAGCCCAGATG 583 Query 598 CCCCTGTTCAAGAACCTGAAAAGTGCACCGTACATTCATTTTGCAAGACACTAACTGCTT 657 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 584 CCCCTGTTCAAGAACCTGAAAAGTGTACCGTACATTCATTTTGCAAGACACTAACTGCTT 643 Query 658 CAGACACAAGCACACATGGTGGCTTCTCGGTGCTACGGAGACATGCAGATGATTGTCTCC 717 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 644 CAGACACAAGCACACATGGTGGATTCTCTGTGCTACGGCGACACGCAGATGATTGTCTCC 703 Query 718 CACCCTTGGATATGTCCCAACAACCACCGTGGCAAGAATTGGTTGCAACTGATTTGCACA 777 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 704 CACCCTTGGATATGTCCCAACAACCACCGTGGCAAGAATTGGTTGCAACTGATCTCCACA 763 Query 778 ATAGTGAATGGCATTTTAGGCACATTTTCCGAGGCCAACCAAGGCGTCATTTGCTAACAA 837 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 764 ATAATGAATGGCATTTTAGGCACATTTTCCGAGGCCAACCAAGGCGCCATTTGCTAACAA 823 Query 838 CTGGATGGAGTGTTTTTGTTAGCTCGAAGAAACTAGTGGCTGGTGATGCTTTCATATTCT 897 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 824 CTGGATGGAGTGTTTTTGTTAGCTCGAAGAAACTAGTGGCTGGTGATGCTTTCATATTCT 883 Query 898 TAAGGGGTGAGAATGAAGAGCTCCGAGTAGGTGTTAGGCGGCACATGAGACAACAGACTA 957 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 884 TAAGGGGTGAGAATGAAGAGCTCCGAGTTGGTGTTAGGCGGCACATGAGACAACAGACTA 943 Query 958 ATATCCCGTCATCTGTCATTTCAAGTCATAGCATGCATATTGGGGTCCTTGCAACAGCAG 1017 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 944 ATATCCCGTCATCTGTCATTTCAAGTCATAGCATGCATATTGGGGTCCTTGCGACTGCAG 1003 Query 1018 CTCATGCCATTACAACAGGAACAATCTTTTCTGTCTTCTACAAGCCAAGGACAAGTAGGT 1077 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1004 CTCATGCCATTACAACAGGGACAATCTTTTCTGTCTTCTACAAGCCCAGGACAAGTAGGT 1063 Query 1078 CAGAGTTTATTGTGAGCGTCAATAGGTATCTCGAAGCTAAGACCCAGAAGCTGTCTGTAG 1137 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1064 CAGAGTTTATTGTGAGCGTCAATAGATATCTCGAAGCTAAGACCCAGAAGCTGTCTGTAG 1123 Query 1138 GCATGCGTTTCAAGATGAGATTCGAGGGGGAAGAAGCTCCCGAGAAAAGGTTCAGTGGCA 1197 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1124 GCATGCGTTTCAAGATGAGATTCGAGGGTGAAGAAGCTCCCGAGAAAAGGTTCAGTGGCA 1183 Query 1198 CAATAGTTGGTGTTCAGGAAAATAAGTCTTCGGTCTGGCATGATTCTGAATGGAGATCGC 1257 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1184 CAATAGTTGGTGTTCAGGAAAACAAGTCTTCGGTCTGGCATGATTCTGAATGGAGATCGC 1243 Query 1258 TAAAGGTTCAATGGGACGAACCCTCATCTGTATTTCGTCCTGAAAGAGTTTCACCTTGGG 1317 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1244 TAAAGGTTCAATGGGACGAACCCTCATCTGTATTTCGTCCTGAAAGAGTTTCACCTTGGG 1303 Query 1318 AACTTGAGCCCCTAGTTGCAAATAGTACTCCGTCTTCACAACCTCAGCCTCCGCAAAGGA 1377 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1304 AACTTGAGCCCCTAGTTGCAAATAGTACTCCTTCTTCACAACCTCAGCCTCCACAAAGGA 1363 Query 1378 ACAAACGACCAAGACCTCCTGGTTTACCTTCACCAGCCACTGGTCCATCTGGTCCTGTTA 1437 |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| Sbjct 1364 ACAAACGACCGAGACCTCCCGGTTTACCTTCACCAACCACCGGTCCATCTGCTCCTGTTA 1423 Query 1438 CTCCAGATGGTGTGTGGAAATCCCCGGCAGACACTCCTTCCTCAGTGCCATTATTCTCTC 1497 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1424 CTCCAGATGGTGTGTGGAAATCCCCGGCAGACACTCCTTCCTCAGTGCCATTATTCTCTC 1483 Query 1498 CTCCTGCCAAAGCTGCTACGTTTGGTCATGGTGGGAACAAATCATTTGGAGTATCTATTG 1557 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1484 CTCCTGCCAAAGCTGCTACGTTTGGTCATGGTGGGAACAAATCATTTGGAGTATCTATTG 1543 Query 1558 GATCAGCCTTTTGGCCCA-CCAATGCAGATAGTGCAGCTGAATCCTTTGCTTCAGCGTTT 1616 |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1544 GATCAGCCTTTTGGCCCAGCCA-TGCAGATAGTGCAGCTGAATCCTTTGCTTCAGCGTTT 1602 Query 1617 AACAATGAATCTACTGAAAAGAAACAAACTAATGGAAATGTCTGTAGGCTTTTTGGGTTT 1676 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1603 AACAATGAATCTACTGAAAAGAAGCAAACTAATGGAAATGTCTGTAGGCTTTTTGGGTTT 1662 Query 1677 GAGCTAGTTGAAAATGTTAATGTGGATGAATGTTTCTCTGCTGCCTCTGTGTCTGGTGCT 1736 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1663 GAGCTAGTTGAAAATGTTAATGTGGATGAATGTTTCTCTGCTGCCTCTGTGTCCGGTGCT 1722 Query 1737 GTCGCTGTAGATCAACCTGTCCCATCCAACGAGTTTGACTCTGGCCAGCAATCTGAGCCA 1796 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1723 GTCGCTGTAGATCAACCTGTCCCATCCAATGAGTTTGACTCTGGTCAGCAGTCTGAGCCG 1782 Query 1797 TTAAACATCAACCAATCTGATATTCCTTCGGGGAGTGGTGACCCTGAGAAATCCTCTTTG 1856 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1783 TTAAACATCAACCAATCTGATATTCCTTCGGGGAGTGGTGACCCTGAGAATTCCTCTTTG 1842 Query 1857 AGGTCTCCTCAAGAATCACAAAGTAGACAGATACGTAGCTGCACAAAGGTGCACATGCAA 1916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1843 AGGTCTCCTCAAGAATCACAAAGTAGACAGATACGTAGCTGCACAAAGGTGCACATGCAA 1902 Query 1917 GGCAGTGCAGTAGGCAGAGCTATTGATTTGACAAGGTCAGAGTGTTATGAAGATCTGTTC 1976 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 1903 GGCAGTGCAGTAGGCAGAGCTGTTGATTTGACAAGGTCAGAGTGTTACGAAGATCTATTC 1962 Query 1977 AAGAAGCTGGAAGAGATGTTTGATATCAAGGGTGAACTCTTAGAATCTACCAAAAAATGG 2036 ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1963 AAGAAGCTGGAGGAGATGTTCGAAATCAAGGGTGAACTCTTAGAATCTACCAAAAAATGG 2022 Query 2037 CAAGTCGTTTACACCgatgatgaagatgacatgatgatggttggtgatgatccatggaat 2096 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2023 CAAGTTGTTTACACCGATGATGAAGATGACATGATGATGGTTGGTGATGATCCATGGAAT 2082 Query 2097 gaGTTCTGTGGAATGGTGAGGAAGATATTCATCTACACACCTGAGGAAGTGAAGAAACTT 2156 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2083 GAGTTCTGTGGAATGGTGAGAAAGATATTCATCTACACACCTGAGGAAGTGAAGAAACTT 2142 Query 2157 TCACCGAAGAACAAACTCGCAGTCAATGCAAGGATGCAGCTCAAAGCTGATGCAGAGGAA 2216 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 2143 TCACCGAAGAACAAACTCGCAGTCAATGCAAGGATGCAGCCCAAAACTGATGCAGAGGAA 2202 Query 2217 AATGGGAATACAGAGGGCAGATCATCATCTATGGCGGGATCAAGATGAGTATATCACTGT 2276 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2203 AATGGGAATACAGAGGGCAGGTCATCATCTATGGCTGGATCAAGATGAGTATATCACTGT 2262 Query 2277 GTTATGTTTTAAATGTACTTGCCACGTAGGAAATATGAAAGCAGAAGCAAGAGATCGTTA 2336 | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2263 -T-ATGCTTTAAATGTACTTGCCACGTAGGAAAGATGAAAGCAGAAGCAAGAGATCGTTA 2320 Query 2337 GACAATATGAAAGTTGAGATGTCTGTGTATAGCAATGAAGTTTTATGTCTTCAAGTCTTA 2396 |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 2321 GACAATGTGAAAATTGAGATGTCTGTGTATAGCAATGAAGTTTTATGTCTTCAGGTCCCA 2380 Query 2397 TGAATTCACTTAGATGCAATGTGTTTTGAGGAGTTGTGTAGCTTTTGTACGGGAAA-TAT 2455 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 2381 TGAATTCACTTAGATGCAATGTGTTTTGAGGAGTTGTGTAGCTTTTGTACGGGAAAATGT 2440 Query 2456 GGAAATTAAGTTTCACGTCTTGTTCTAC 2483 |||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2441 GGAAATTAAGATTCACGTCTTGTTCTAC 2468 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 93625822210 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5