BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G60560.1 Length=2404 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg907410 jgi|Araly1|907410|Al_scaffold_0002_491 3397 0.0 > Ahg907410 jgi|Araly1|907410|Al_scaffold_0002_491 Length=2112 Score = 3397 bits (1839), Expect = 0.0 Identities = 2025/2116 (96%), Gaps = 8/2116 (0%) Strand=Plus/Plus Query 74 ATGGAAATAGTCGAATCAT-TAGAAGAGATTCCAGTGCAAAACCCACAAGTAGAAGACTT 132 ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || Sbjct 1 ATGGAAATAGTCGAATC-TATAGAAGAGATTCCAGTGCAAAACCCACAAATAGAAGATTT 59 Query 133 TTCATGGGCTGATTTGACCTGGACCAAATTCGGAACATCAGAGCATCACGACCAAGTAGC 192 |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| Sbjct 60 TTCATGGGCTGACTTAACCTGGACCAAATTCGGAACATCGGAGCATCACGACGAAGTAGC 119 Query 193 A-TTAGTTCCATACGCAAGAGTCGACGAATTCATCATCGGAGAATGCTCAAACGCAGAGT 251 | | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 ACTGA-TTCCATATGCAAGAGTCGACGAATTCATAATCGGAGAATGCTCAAACGCAGAGT 178 Query 252 GCCCTACACGATTCCACATCGAAAGAGGAAGAAAACGCTCTCGAGGCAGTCTCAAAGAGT 311 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 179 GCCCTACACGATTTCACATCGAAAGAGGAAGAAAACGTTCTCGAGGCAGCCTCAAAGAGT 238 Query 312 ACAAGAGCGACGAGTATTTGGAATATAGACTGTATTGGTGTTCATTTGGTCCTGAGAACT 371 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 239 ACAAGAGCGATGAGTATTTGGAATATAGACTGTATTGGTGTTCTTTTGGTCCTGAGAACT 298 Query 372 ATGGAGAAGGTGGTGGTGTGTTACCCAGTAGGAAATATCGTCTCAACACTAGAAATCGAG 431 |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 ATGGAGAAGGTGGTGGTGTGTTGCCCAGTAGAAAATATCGTCTCAACACTAGAAATCGAG 358 Query 432 CTGCGAGACCTCAATCTATGAGAGGATGTACATGTCATTTTGTGGTTAAACGACTCTATG 491 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 359 CTGCGAGACCTCAATCTATGAGAGGATGTACTTGTCATTTTGTGGTGAAACGACTCTATG 418 Query 492 CTCGTCCTTCACTTGCGCTTCTTATATACAATGAGAGACGACATGTCAACAAAGCTGGGT 551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 419 CTCGTCCTTCACTTGCGCTTCTTATATACAATGAGAGACGACATGTGAACAAAGCTGGGT 478 Query 552 TCGTTTGTCATGGACCTCTTGATAGAGATGCGATTGGTCCTGGTGCTAAGAAGATTCCTT 611 | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 TTGTTTGTCATGGACCTCTTGATAGAGATGCTATTGGTCCTGGTGCTAAGAAGATTCCTT 538 Query 612 ATATATGTAATGAGATTCAGCAGCAAACTATGTCTATGATCTATCTTGGGATTCCTGAAG 671 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 ATATATGTAATGAGATTCAGCAGCAAACTATGTCTATGATCTATCTTGGGATTCCTGAAG 598 Query 672 AAAACGTTTTGGAGAAACATATTGAAGGGATTCAGAGGTATTGTGGTTCTGATGCAACTG 731 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 AAAACGTTTTGGAGAAACATATTGAAGGGATTCAGAGGTATTGTGGTTCTGATGCAACTG 658 Query 732 TTGATAGTCTTGCCTCTCAGTATGTTCATAAACTTGGGATGATTATCAAACGTTCCACTC 791 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 TTGATAGTCTTGCCTCTCAGTATGTTCATAAACTTGGGATGATTATCAAACGTTCCACTC 718 Query 792 ATGAGCTGGATTTAGATGATCAAGCTAGTATCAAGATTTGGGCTGAGCGCAACAAGAAAT 851 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 719 ATGAGCTGGATTTAGATGATCAAGCTAGTATCAAGATATGGGCTGAGCGCAACAAGAAAT 778 Query 852 CCATCTTCTTTTATCAGGAATCTTCGGAGACGGATCAGTTTATGTTGGGGATTCAAACGG 911 | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||| Sbjct 779 CAATCTTCTTTTATCAGGAATCTTCGGAAACGGATCAGTTCATGCTCGGGATTCAAACGG 838 Query 912 AGTGGCAGTTGCAGCAGCTTGTGCGTTTTGGGCATTGTAGTCTTGTTGCAGCTGATTCGA 971 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || Sbjct 839 AGTGGCAGTTGCAGCAGCTTGTGCGTTTTGGGCATTGTAGTCTTATTGCAGCTGATTTGA 898 Query 972 CTTTTGGGATAAAAAGACTTAAGTATCCTCTGTGCACGCTTCTTGTATTTGATTCAAGAC 1031 | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 CATTTGGGATAAAGAGACTTAAGTATCCTCTGTGCACGCTTCTTGTATTTGATTCAAGAC 958 Query 1032 ATCATGCTCTCCCTGTCGCTTGGATTATCTCGCGTAGCTATTTGAAATCTGATGTTGA-G 1090 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 959 ATCATGCTCTCCCTGTCGCTTGGATTATCTCGCGTAGCTATTTGAAATCTGATGTT-ACG 1017 Query 1091 AAGTGGATGAAAATACTACTCCAACGCGCCCAGAGTGTTGAGCCTGGTTTCAAAATCAAT 1150 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1018 AAGTGGATGAAAATACTACTCCAACGCGCCCAGAGTGTTGATCCTGGTTTCAAAATCAAT 1077 Query 1151 GGCTTTATCATTGACGATGCTGCAACGGAGACTGATCCCATAAGGGACACATTTTGTTGC 1210 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 GGCTTTATCATTGACGATGCTGCAACAGAGATTGATCCCATAAGGGACACATTTTGTTGC 1137 Query 1211 CCCATCCTTTTCTCTCTCTGGCGTGTTCGTAGATCATGGCTTCGAAATGTTGTGAAGAAG 1270 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1138 CCCATCCTTTTCTCTCTCTGGCGTGTTCGTAGATCCTGGCTTCGGAATGTTGTGAAGAAG 1197 Query 1271 TGCGATAGCATTGAGGTTCAAAGAGATTTATTCAAATGTCTAGGAGAACTCGTGTACAGT 1330 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1198 TGCGATAGCATTGAGGTTCAAAGAGATTTATTCAAATGTTTAGGAGAACTCGTGTACAGT 1257 Query 1331 ATTTGGGATGGAGTAGATACAACAAAGGCTTTAGAAAAGTTAACGCAGGATTTTGTTGAT 1390 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| Sbjct 1258 ATTTGGGATGGAGTAGATACAACAAAGGCTTTAGAAAGGTTAACTCAGGATTTTGTTGAT 1317 Query 1391 CAAACCGCGTTCATGCAGTATTTCACATCCACTTGGTTGCCTAAAATAGGAATGTGGCTT 1450 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 CAAACCGCGTTCATGCAGTATTTCACATCCACTTGGTTGCCTAAAATAGGAATGTGGCTC 1377 Query 1451 TCAACTATGAAAAGTCTTCCGCTTGCAAGCCAAGAAGCATGTGGTGCGATAGAAGCTTAC 1510 ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 TCAACTATGAAAAGTTTTCCTCTTGCAAGCCAAGAAGCATGTGGTGCGATAGAAGCTTAC 1437 Query 1511 CATATAAAGCTGAAAGTAAAATTGTTTGACGATACACACCTCGGTGCCCTTCAGAGAGTA 1570 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 CATATAAAGCTTAAAGTAAAATTGTTTGACGATACACACCTCGGTGCCCTTCAGAGAGTA 1497 Query 1571 GATTGGTTGGTACACAAGCTGACGACTGAACTTCATTCTAGTTATTGGCTTGATCGGTAT 1630 |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 GATTGGTTGGTACACAAGCTGACGACGGAACTCCATTCGAGTTATTGGCTTGATCGGTAT 1557 Query 1631 GCTGATGAAAGTGATTCTTTCCAGAATGTTAAAGAAGAATACATTGCTTCAACATCATGG 1690 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||| Sbjct 1558 GCTGATGAAAGTGATTCTTTCCAAAATGTTAAAGAAGAATACATTGCTTCTACTTCCTGG 1617 Query 1691 TACCGAGCGATG-GAGATTCCTGACTCTGCTGTTACACTAGACGAAAACAATATCCTTCT 1749 || | ||| | |||||||| || || ||||||||||||||||||| || ||||| | Sbjct 1618 CACAGGGCG-TCAGAGATTCCAGAATCCGCTGTTACACTAGACGAAAGTAACCTCCTTGT 1676 Query 1750 AGCGAAGGTTCAGTCTCAGAGAGATAGCGATGTAACACGAGTCGTGTGGAACCCAGGTTC 1809 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1677 TGCAAAGGTTCAGTCTCAGAGAGATAGCGATGTAACACGAGTTGTGTGGAACCCAGGTTC 1736 Query 1810 GGAGTTTGCTTTCTGTGATTGCACTTGGTCTTTGCAAGGAAATCTATGCAAACACATCAT 1869 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1737 GGAGTTTGCCTTCTGTGATTGTGCTTGGTCTTTGCAAGGAAATTTATGCAAACACATCAT 1796 Query 1870 AAAGGTAAATACAATGTGTGAAAACCGCGAAGGATATGGTGACTCAATGTCCTTGCGTTC 1929 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1797 AAAGGTAAATACAATGTGTGAAAACCGCCAAGGATATGGTGACTCAATGTCCTTGCGTTC 1856 Query 1930 CTTCAAAGAGAAACTGAGAAACATTAAGATGAAACCTATGGATGACTCGATAGCTTTGGA 1989 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1857 GTTCAAAGAGAAACTGAGAAACATAAAGATGAAACCTATGGATGACTCGATAGCCCTGGA 1916 Query 1990 TCTGTCGATGGCATTGACGCTGCAGATGTTTGATCAGATAAAGCAGTTGGTGCGATTAAG 2049 |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| Sbjct 1917 TCTGTCAATGGCACTGACGCTGCAGATGTTTGATCAGATAAAGCAATTGGTGCAATTAAG 1976 Query 2050 CGGAACAAATGATATCAGCAATATAGTCAATGATTTGCCAGTGAAATGGGGTTGTAAGAA 2109 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1977 CGGAACAAATGATATCAGCAATATAGTCAATGATTTGCCAGTGAAATGGGGTTGTAAGAA 2036 Query 2110 AGGCCGAACAACCATAGGCATTCCTGCATCTATTGCTGCCTTTACAAAGAAAAGAAGCCA 2169 |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || Sbjct 2037 AGGCCGAACAACCATAGGCATTCCTGCATCCATAGCTGCCTTTACAAAGAAAAGGAGTCA 2096 Query 2170 GAAAAGAAAGCGATAA 2185 |||| ||||||||||| Sbjct 2097 GAAACGAAAGCGATAA 2112 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 90578602610 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5