BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G61690.1 Length=3811 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg924847 jgi|Araly1|924847|scaffold_200408.1 5544 0.0 > Ahg924847 jgi|Araly1|924847|scaffold_200408.1 Length=3560 Score = 5544 bits (3002), Expect = 0.0 Identities = 3388/3573 (95%), Gaps = 31/3573 (1%) Strand=Plus/Plus Query 59 AGAAGAATCAGACGGGAAAATGTTGGAGAAGATCGGATTACCGCCGAAGCCATCTCTAAG 118 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || Sbjct 2 AGAAGAATCAGACGGAAAAATGTTGGAGAAGATCGGATTACCGGCGAAGCCATCTCTGAG 61 Query 119 AGGAAATAGTTGGGTCGTTGATGCTTCTCATTGTCAAGGATGTTCTTCTCAATTCACTTT 178 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 62 AGGAAATAGTTGGGTCGTTGATGCTTCTCATTGTCAAGGATGTTCTTCTCAATTCACTTT 121 Query 179 CATCAATCGCAAGCATCATTGCCGGAGATGTGGGGGATTGTTCTGTGGAACCTGCACTCA 238 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 122 CATCAATCGAAAGCATCATTGCCGGAGATGTGGGGGATTGTTCTGTGGAACCTGCACTCA 181 Query 239 GCAAAGGTTGTCACTACGTGGACAAGGTGACTCACCTGTGCGTATATGTGAACCATGTAA 298 ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||| Sbjct 182 GCATAGGATGTCACTACGTGGACAAGGTGACTCGGCGGTTCGTATCTGTGAACCATGTAA 241 Query 299 GAAAATTGAAGAAGCTGCACGGTTTGAGTTGCGTCATGGTTACAAAAATAGAGCTGCTAA 358 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 242 GAAACTTGAAGAAGCTGCACGGTTTGAGTTGCGTCATGGTTACAAAAATAGAGCTGCTAA 301 Query 359 AGGAGGTAGCTCGAAAAGGACTGTAAAGAATGAGGATGATGTTCTCAGTGAGATTCTAGG 418 || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 302 AGCAGGTAGCTCTAAAAGGACAGTAAAGAATGAGGATGATGTTCTCAGTGAGATTCTAGG 361 Query 419 CTCTGATGTTGATGTATCTTCTTCATCTGAATCTGTGTCTAGCACAGACAGGAATGCTTC 478 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 362 TTCTGATGTTGATGTATCTTCTTCATCGGAATCTGTGTCTAGTACAGACAGGATTGCTTC 421 Query 479 TAAAGAAATGGCAAGTAGCAGTAGTAATAAAGGTATGGAGTTGGA-------T--GCTAG 529 ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| | ||||| Sbjct 422 TAAAGAAATGGCAAGCAGTAGTAGTAATAAAGATATGGAGTTGGATGTTGTGTCAGCTAG 481 Query 530 TCCTGAAGAATTGCGTAAACAAGCAGTAGAAGCGAAGAATAAGTACAGAATTCTTAAAGG 589 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 482 TCCTGAAGAATTGCGTAAACAAGCAGTAGAAGAGAAGAATAAGTACAGAGTTCTTAAAGG 541 Query 590 AGAAGGGAAATCTGATGAAGCTCTAAAAGCATTTAAGAGAGGGAGGGAACTTGAGAGAGA 649 |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 542 AGAAGGGAAATCTGATGAAGCTTTAAAAGCCTTTAAGAGAGGGAGGGAGCTTGAGAGAGA 601 Query 650 GGCCGACGCATTAGAGATATCTTTAAGAAGGAACCGGAAAAGGGAACTGTCTATGCGAAA 709 ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 602 GGCTGACGCATTAGAGATATCCTTAAGAAGGAACCGGAAAAGGGATCTGTCCATGCGAAA 661 Query 710 TGTTGCTGAGACGCAGAACAAGGCTGCTACCAAAGAATCTAGCAAATCACAAAAGCCTCT 769 ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 662 TGTTGCTGAGACGAAAAACAAGGCTGCTACGAAAGAATCTAGTAAATCACAAAAGCCTCC 721 Query 770 ACGTCAAGGGGGTAAAGGAAATGATGATTTGGCAGCTGACCTGAGGGAGCTTGGGTGGTC 829 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||| Sbjct 722 ACGTCAAGGGGGTAAAGGAAATGATGATCTGGCAGCTGAGCTGAAGGATCTTGGGTGGTC 781 Query 830 TGACGATGAAGATAAGAAACCAGCAACTATAAGTTTGGAGGGCGAATTTTCGTCTCTTCT 889 ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 782 TGACGATGAAGATAAAAAACCAGCAACTGTAAGTTTGGAGGGCGAATTTTCGTCTCTTCT 841 Query 890 CCGTGAAATTCCGCGAAGTGCTAATCCTCAGAAGACTGGGGGTATTGACAAGAGTCAGGT 949 |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 842 CCGTGAAATTCCCCGAAGGGCTAACCCTCAGAAGAGTGGGGGAATTGAAAAGAGTCAGGT 901 Query 950 AATTGCCCTTAAGAGAAAA-GCCCTTACGCTGAAACGTGAAGGGAAGCTTGCGGAAGCTA 1008 | |||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 902 ACTTGCCCTTAA-AAAAAACGCCCTTGCGCTGAAACGTGAAGGGAAGCTTGCGGAAGCTA 960 Query 1009 AAGATGAACTGAAAAAGGCTAAAATTTTGGAAAGGGAACTGGAAGAGCAGGAACTTTTGG 1068 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 AAGAGGAACTGAAAAAGGCTAAAATTTTGGAAAGGGAACTGGAAGAGCAGGAACTTTTGG 1020 Query 1069 GTGGAGCTGATGGATCAGATGATGAGCTATCTGCACTTATTAATAGTATGGATGATGACA 1128 |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 GTGGGGCTGATGAATCAGATGATGAGTTATCTGCACTTATTAATAGTATGGATGATGACA 1080 Query 1129 AAGAAGATGATCTGTTAGCTCAATACGAGGGAAGCCATGATTTCGACATTAGTAACCTTG 1188 ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 AAGAAGATGATCTGTTAGCTCAATATGAGGGGAGCCATGATTTCGACATTAGTAACCTTG 1140 Query 1189 TGGGAAATTTAGATGATATTGGAGTTCATGGTGAATATGATGTCACAGATGAAGATATGG 1248 |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1141 TGGGAAATGTAGATGATATTGGAGTTCATGGCGAATTTGATGTCACAGACGAAGATATGG 1200 Query 1249 AGGACCCAGCAATCGCTGCTGCATTGAAATCTTTGGGTTGGAGTGAGGATCCTGGACACC 1308 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 AGGACCCAGCAATTACTGCTGCATTGAAATCTTTGGGTTGGAGTGAGGATCCTGGACACC 1260 Query 1309 ATGAGAATGTCCACTCTCGACCATCTCCTAAAAACAGAGATGAAAGTTTAGCTGAAATTC 1368 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 GTGAGAATGTCCACTCTCGACCATCTCCTAAAAACAGAGATGAAAGTTTAGCTGAAATTC 1320 Query 1369 AGACATTGAAAAGAGAGGCCCTTAATCTAAAACGGGCTGGAAATGTCGTTGAGGCCATGG 1428 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1321 AGACATTGAAAAGAGAGGCCCTTACTCTAAAACGGGCTGGAAATGTCGTAGAGGCCATGG 1380 Query 1429 CTACACTAAAGAAGGCAAAATTACTTGAGAAGGAACTAGAGGCTGCTGATACTTCCTCTG 1488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1381 CTACACTAAAGAAGGCAAAATTACTTGAGAAGGAACTAGAGGCTGCTGATACGTCCTCAC 1440 Query 1489 AAACTGTTGACACAACTAGGGCAGAGAGGGATACGAGTCTTAAACCTCCTCCCAGAAGCA 1548 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 1441 AAACTGTTGATACAACTAGGGCAGAGAGGGATACGAGTCTGAAACTTCCTCCCAGAAGCA 1500 Query 1549 GGCTAGCGATTCAGAAAGAACTTCTTGCAGTGAAAAAGAAAGCACTTACTTTGAGAAGGG 1608 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 GGCTAGCGATTCAGAAAGAACTTCTTGCAGTGAAAAAGAAAGCACTTACTTTGAGAAGGG 1560 Query 1609 AAGGAAAGTTTAACGAAGCAGAAGAAGAATTGAAGAAAGGAGCGGTTCTCCAAAATCAGC 1668 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 AAGGAAAGTTTAACGAAGCAGAAGAAGAATTGAAGAAAGGAGCGGTTCTCCAAAATCAGC 1620 Query 1669 TTGATGAGCTGGACAATTCGTCAAAGTTAGCTGCCACAGGGAAGGCCACTCGTGAAAAAG 1728 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 TTGATGAGCTGGACAATTCGTCAAAGTTAGCTGCCACAGGGAAGGCCACTCGTGAAAAAG 1680 Query 1729 GAAATGATCTGCCTGATATTAGTTCTCTGGATGATGATGGAGAGGTGGATGTAAAAGATG 1788 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 GAAATGATCTGCCTGATATTAGTTCTCTGGATGATGATGGAGAGGTGGATGTAAAAGATG 1740 Query 1789 AGGAGTTAAATGATCCGAATTACTTGTCGATGCTAAAGAGCTTAGGTTGGAATGATGAAG 1848 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 AGGAGTTAAATGATCCGAATTACTTGTCGATGCTAAAGAGCTTAGGTTGGAATGATGAAG 1800 Query 1849 ATAATAATCCTGCAGGTCCTTCATCAGAAAAATCTGACCCACTAAATTCTCGACCAGGGA 1908 ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 1801 ATAGTAATCCTCCAGGTTCTTCATCAGAAAAATCTGACCCAGTTAATTCTCGACCAGGGA 1860 Query 1909 AAACAGCAGAAGCTCAAGGTGCATATGAAGT-ACGTGTTACTAAACCAAGGAGAACTAAA 1967 ||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1861 AAACAACAGAAACTCAAGGTGCATATGAAGTCA-GTGTTACTAAACCAAGAAGAAGTAAA 1919 Query 1968 GCAGAAATACAACGAGAACTCTTAGGGCTGAAAAGAAAGGCTTTAACTTTGCGACGACAG 2027 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 GCTGAAATACAACGAGAACTCTTAGGGCTGAAAAGAAAGGCTTTAACTTTGCGACGACAG 1979 Query 2028 GGTAATGTTGATGAAGCTGAGGAAGTTCTGAACCAGACACAAATATTGGAAGCTCAGATA 2087 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | Sbjct 1980 GGTAATGTTGATGAAGCCGAGGAAGTTCTGAACCAGACAAAAATATTGGAAGCCCAGTTG 2039 Query 2088 ATGGAGATTGATTCAGGCAAGAATCTATATGCTGACAGTGATCAGCCGAAAAAACGATCC 2147 | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||| Sbjct 2040 GTTGAGATTGATTCAGGCAAGAATCTTTATGCTGACAGTGGTCAGCTGAAAGAACGATCC 2099 Query 2148 AATGATCTTGCCACCGACAGTCGGCTCAATGGAGGAGATGATAGCGTTACAGAAAATGAT 2207 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 AATGATCTTGCCACCGACAGTGGGATCAATGGAGGAGATGATAGCGTTACAGAAAATGAT 2159 Query 2208 ATGAAGGACCCAGCGTTATTGTCGACTCTTAAGAATTTGGGATGGGAGGATGAAGAACCA 2267 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 ATGAAGGACCCAGCATTATTGTCGACTCTTAAGAATTTGGGATGGGAGGATGAAGAACCA 2219 Query 2268 AAGAAAGAAGAAGCTTCTTTCGGCTCTGTGCAGTCAAGC-GGTCCACGG-ATAGCAGCCA 2325 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||| Sbjct 2220 AAGAAAGAAGAAGCTGCTTTCGGCTCTGTGCAGTCAA-CTGGTCCG-GGCATAGCAGCCA 2277 Query 2326 AAAGCAAGGGACAAATCCAAAGAGAACTTCTTGACTTAAAAAGAAAGGCACTTGCCTTCA 2385 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2278 AAAGCAAGGGACAAATCCAAAGAGAACTTCTTGACTTAAAAAGAAAGGCACTTGCCTTCA 2337 Query 2386 AGCGTCAAGGGAAAACTGGAGATGCTGATGAATTATACAGTAAGGCCAGTGTTTTGGAGG 2445 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| Sbjct 2338 AGCGTCAAGGGAAAACTGGAGATGCTGATGAATTATATAGTAAGGCCAGCGTATTGGAGG 2397 Query 2446 CACAGCTAGCAGAACTGGAAACCCCCAAGATGGAGATGAAAGGCTCAGCTTCTGCAATTA 2505 ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 2398 CACAGCTAGCAGAACTGGAAACCGCAAAGATGGAGATGAAAGGCTCAGCTTCCGAAATTA 2457 Query 2506 AAC-CTGAAAACTACATGGATGTTGATTTATTAGTTGGATCGCAAATGGAGGATAAAGC- 2563 | | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 2458 A-CTCTGCAAACTATATGGATGTTGATTTATTAGTTGGATCGCAAATGGAAGATAAGGCA 2516 Query 2564 GATAAAATCTGCTAGTGTTTCTCATGCTCCTCAAGATAGTTATGACTTGTTAGGAGACTT 2623 | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2517 G-TAAAATCTGCGAGTGTTTCTCATGCTGCTCAAGATAGTTATGACTTGTTAGGAGACTT 2575 Query 2624 TATCTCCCCTGCTAAATCTGGTTCCTCTGGCGTTGTTTCTCA-ACCTGGCCAGCAGCAAC 2682 ||||||||| | |||||| ||||||||| || || ||||||| || ||||||||| ||| Sbjct 2576 TATCTCCCCAGATAAATCCGGTTCCTCTAGCTTTTTTTCTCAGACA-GGCCAGCAGAAAC 2634 Query 2683 CAAGTATGATGGATTTGCTGACTGGTGAGCATTCTGAGAGGTCTCAAATTCATGCAGAAA 2742 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 2635 CAAGTATGATGGATTTGCTGACTGGTGAGCATAGTGAGATGTCTCAAATTCATGCAGTAA 2694 Query 2743 AAGGAAATGC-TGAGACTATGTCAGGCTTTCGTTCAGGAAACAATCACGGCGCTGAACAA 2801 ||||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 2695 AAGGAAA-GCCTGAGACTAAGTCAGATTTTGGTTCAGGAAACAATCACGGCACTCAACAA 2753 Query 2802 AGAGTGGCACGTGAAGAGTCAGAGCCCAGTCATATTCAATCAGCTTCGATTCAAAATACA 2861 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||| Sbjct 2754 AGAGTGGCACGTGAAGAGTCAGAGCCCAGTAATATTCAATCGGATTCGGTTCAAAATACA 2813 Query 2862 TCTCCTCAGAACACCCTTAAACAAGAGATTCTGGCTCATAAGAAAAAGGCACTTGCCTTA 2921 |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2814 TCTCCTCAGAACACCCTTAAACAAGAAATTGTGGCTCATAAGAAAAAGGCACTTGCGTTA 2873 Query 2922 AAGAGAGAAGGAAACATAAGTGAAGCCAAAAAGGCATTGCAAGAAGCAAAATTGTTGGAG 2981 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2874 AAGAGAGAAGGAAACATAAGTGAAGCCAAAAAGGCATTGCAACAAGCAAAATTGTTGGAG 2933 Query 2982 AGGAGACTACAAGAAGGAGAAAATCCCTCTCCTGAAAAGCTCGGACGAGATGATATGGTT 3041 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2934 AGGAGACTACAAGAAGGAGAAAATCCCTCTCCTGAAAAGCTCGGACGAGATGATATGGTT 2993 Query 3042 TCCACAACGGAGGATCCTCCTGCTCGAGAGAAAGAGAATAGTCCTTCAAGTTCAGCTCCA 3101 || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2994 TCTACAACGCAGGATCCTCCTGCTCGAGAGAATGAGAATAGTCCTTCAAGTTCAGCTCCA 3053 Query 3102 AAGGCAATGTCAGGTCGTGACCGTTTTAAGCTGCAGCAAGAGTCACTAAGTCACAAACGT 3161 ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 3054 AAGGCAATGTCTGGTCGAGACCGATTTAAGCTGCAGCAAGAGTCACTAAGCCACAAACGT 3113 Query 3162 CAAGCCATGAAGCTTCGGAGGGAAGGTAAAATGCAGGAAGCTGAAGCTGAGTTTGAAATC 3221 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3114 CAAGCCATGAAGCTTCGGAGGGAAGGTAAAATGCAGGAAGCTGAAGCTGAGTTTGAAATC 3173 Query 3222 GCCAAAACTCTTGAAGCTCAATTGGAAGATTCAACATCCTCTAAACCAGAACCGGTGGAC 3281 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3174 GCCAAAACTCTTGAAGCTCAATTGGAAGATTCAACATCCTCTAAACCAGAACCGGTGGAC 3233 Query 3282 GATGTAGCGGTGGAAGATTTTCTCGATCCTCAACTCCTGTCTGCCCTCAAAGCTATTGGA 3341 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3234 GATGTAGCGGTGGAAGACTTTCTCGATCCTCAACTCTTGTCTGCCCTCAAAGCTATTGGA 3293 Query 3342 TTAGACAATCCCGTGAATCCTCCACCGGTAAGTAAAACAGACACAACACAAGCTGCGGCA 3401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 3294 TTAGACAATCCCGTGAATCCTCCACCGGTAAGTAAAACAGACACAAGACAAGCTGCGGCA 3353 Query 3402 AAACCAAACCCAGTGAAGGAGAGTAATAGAAATACTAATAATCAAGAGAGAAGTCAATTG 3461 |||||||||||||||||||||||||||| | || | || ||||||||||||||||||| Sbjct 3354 AAACCAAACCCAGTGAAGGAGAGTAATA-A--TA-T--TAGTCAAGAGAGAAGTCAATTG 3407 Query 3462 GAGGAACGAATCAAAGCAGAGAAGGTAAAAGCTGTGACCTTCAAACGTGCAGGGAAACAA 3521 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 3408 GAGGAACGAATTAAAGCAGAGAAGGTAAAAGCTGTGACCTTGAAACGTGCAGGGAAACAA 3467 Query 3522 GCTGAGGCATTAGATGCTCTTCGACGGGCAAAACTATATGAAAAGAAGCTAAACGCTCTT 3581 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 3468 GCTGAGGCATTAGATGCTCTTCGACGGGCAAAACTTTATGAAAAGAAACTAAACGCTCTT 3527 Query 3582 GCTTCAAGTTGATTCAACTCTCCAGTTCATTGG 3614 ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 3528 GCTTCAAATTGATTCAACTCTCCAGTTTATTGG 3560 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 144009856232 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5