BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G62750.1 Length=2666 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475077 jgi|Araly1|475077|fgenesh2_kg.2__207__AT1G62750.1 4146 0.0 > Ahg475077 jgi|Araly1|475077|fgenesh2_kg.2__207__AT1G62750.1 Length=2619 Score = 4146 bits (2245), Expect = 0.0 Identities = 2519/2647 (95%), Gaps = 36/2647 (1%) Strand=Plus/Plus Query 28 AGTGATACGTTAGCCAAAGAGTGTCACCAATTGATTCAATATC-CCaagaggaagaagaa 86 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 1 AGTGATACGTTAGCCAAAGAGTG--ACCAATTGATTCAATATCATCAAGAAGAAGAAGAA 58 Query 87 gaagcaag-agaagaagaagatagaagCGATTTTTATAAAAATGGCGGCGGATGCTCTGA 145 |||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 59 GAAG-AAGAAGAAGAAGAAGAAAGAAGCGATTTTGATAAAAATGGCGGCGGATGCTCTGA 117 Query 146 GAATCTCGAGTTCTAGTTCTGGTTCGTTGGTTTGTAATCTTAATGGTTCACAAAGACGAC 205 |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 118 GAATTTCGAGTTCTAGTTCTGGTTCGTTAGTTTGTAATCTTAATGGTTCACAAAGACGAC 177 Query 206 CTGTTCTTCTTCCTCTGTCTCATCGTGCTACCTTTCTGGGTCTTCCTCCTCGTGCTTCAT 265 |||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 178 CTGTTCTTCTTCCTCTGTCTCATCGTCCAACGTTTCTGGGTCTTCCTCCTCGAGCTTCAT 237 Query 266 CTTCTTCGATTTCTTCTTCAATTCCTCAGTTTCTGGGTACTTCTCGTATTGGGCTAGGTT 325 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 238 CTTCTTCCATTTCTTCTTCAATTCCTCAGTTTCTGGGTACTTCTCGTATTGGGCTTGGTT 297 Query 326 CTTCCAAGCTCTCACAAAAGAAGAAACAATTCTCAGTCTTCGCTGCAGCTGAAGCCGAGG 385 |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 298 CTTCCAAGCTCTCACACAAGAAG--A-AATTCTCAGTCTTCGCTGCAGCTGAAGGAGAGG 354 Query 386 CGAAGCGGGCTGTACCGCTTAAAGATTACCGAAACATCGGTATTATGGCTCACATAGACG 445 | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 CTAAGCGCGCTGTACCGCTTAAAGATTACCGAAACATCGGTATTATGGCTCACATAGACG 414 Query 446 CGGGAAAGACGACAACAACCGAGAGGATTCTTTACTACACAGGAAGAAACTACAAAATCG 505 ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 CGGGAAAAACTACAACAACTGAGAGGATTCTTTACTACACAGGAAGAAACTACAAAATCG 474 Query 506 GTGAAGTGCATGAAGGGACAGCTACAATGGATTGGATGGAACAAGAGCAAGAACGAGGAA 565 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 475 GTGAAGTTCATGAAGGGACAGCTACAATGGATTGGATGGAACAAGAGCAAGAAAGAGGAA 534 Query 566 TCACCATTACTTCAGCTGCAACCACAACGTTTTGGGATAAACACAGGATCAATATTATTG 625 |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| Sbjct 535 TCACTATTACCTCAGCTGCAACCACAACGTTTTGGGACAAACATAGGATTAATATTATTG 594 Query 626 ATACACCGGGTCACGTCGATTTCACTCTGGAAGTTGAACGTGCT-TTAAGAGTTCTCGAT 684 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 595 ATACACCGGGTCACGTCGATTTCACTCTTGAAGTTGAACGTGCTCTT-AGAGTTCTCGAT 653 Query 685 GGAGCTATATGCTTGTTCGATAGTGTTGCTGGTGTTGAGCCTCAGTCTGAGACTGTGTGG 744 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 654 GGAGCTATATGCTTGTTTGATAGTGTTGCTGGTGTTGAGCCTCAGTCTGAGACTGTGTGG 713 Query 745 AGACAAGCTGATAAATATGGTGTGCCTAGGATTTGCTTTGTTAACAAGATGGACAGGCTT 804 ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| Sbjct 714 AGACAAGCTGATAAATACGGTGTGCCTCGGATTTGCTTTGTTAACAAGATGGACCGTCTT 773 Query 805 GGAGCTAACTTTTTCAGGACTAGGGACATGATTGTGACCAATTTGGGTGCTAAGCCGCTG 864 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 774 GGAGCTAACTTTTTCAGGACTAGGGACATGATTGTGACCAATTTGGGTGCTAAGCCATTG 833 Query 865 GTGCTTCAGATACCAATTGGTGCTGAAGATGTCTTTAAAGGTGTTGTTGATCTTGTGAGG 924 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 834 GTGCTTCAGATTCCAATTGGTGCTGAAGATGTCTTTAAAGGTGTTGTTGATCTTGTGAGG 893 Query 925 ATGAAAGCTATAGTTTGGTCAGGAGAAGAGCTTGGTGCAAAGTTCAGTTACGAGGATATT 984 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 894 ATGAAAGCTATAGTTTGGTCAGGAGAAGAGCTTGGTGCCAAGTTCAGTTACGAGGATATT 953 Query 985 CCAGAAGATCTTGAAGATTTGGCTCAAGAGTATCGGGCGGCGATGATGGAATTGATTGTT 1044 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 954 CCAGTGGATCTTGAAGATTTGGCTCAAGAGTATCGGGCTGCGATGATGGAATTGATTGTT 1013 Query 1045 GATTTGGATGATGAGGTCATGGAGAACTATTTAGAAGGAGTTGAGCCTGACGAGGCCACG 1104 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1014 GATTTGGATGATGAGGTCATGGAGAACTATTTAGAAGGAGTTGAGCCTGACGAGGCCACG 1073 Query 1105 GTAAAGAGATTGGTTAGAAAAGGAACCATCACGGGCAAGTTTGTGCCAATTCTATGTGGT 1164 ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1074 GTAAAGAGATTAGTTAGAAAAGGAACCATCACCGGCAAGTTTGTGCCTATTCTATGTGGT 1133 Query 1165 TCAGCCTTTAAGAACAAAGGAGTGCAGCCATTGCTCGACGCTGTGGTCGATTATCTGCCT 1224 |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| Sbjct 1134 TCAGCCTTTAAGAATAAAGGTGTGCAGCCATTGCTTGATGCTGTGGTTGATTATCTGCCT 1193 Query 1225 TCGCCCGTTGAAGTCCCGCCGATGAATGGAACAGATCCTGAGAACCCGGAAATTACCATT 1284 ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1194 TCGCCGGTTGAAGTCCCGCCGATGAACGGAACAGATCCTGAGAACCCGGAAGTTACCATT 1253 Query 1285 ATACGGAAACCAGATGATGACGAGCCATTTGCTGGGCTAGCATTCAAGATCATGAGTGAT 1344 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1254 ATACGGAAACCAGATGATGATGAGCCATTTGCTGGGTTAGCATTCAAGATCATGAGTGAT 1313 Query 1345 CCTTTTGTGGGTTCTCTTACATTTGTGAGGGTTTACTCAGGGAAAATCTCAGCTGGTTCT 1404 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1314 CCTTTTGTGGGTTCTCTTACATTTGTGAGGGTTTACTCAGGGAAAATCTCGGCTGGTTCT 1373 Query 1405 TACGTGTTGAATGCTAACAAAGGAAAGAAGGAGAGAATCGGAAGACTCTTGGAAATGCAC 1464 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1374 TACGTGTTGAATGCTAACAAAGGAAAGAAGGAGAGAATCGGAAGACTATTGGAAATGCAC 1433 Query 1465 GCAAACAGCAGAGAAGATGTTAAAGTGGCTTTGACAGGTGACATTATCGCTCTTGCGGGT 1524 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1434 GCAAATAGCAGAGAAGATGTTAAAGTGGCTTTGACAGGTGACATTATCGCTCTTGCGGGT 1493 Query 1525 CTCAAAGATACAATCACTGGTGAAACCTTGAGTGATCCAGAAAACCCCGTTGTTCTTGAA 1584 ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1494 CTCAAAGATACAATCACTGGTGAGACCCTGAGTGATCCAGAAAACCCTGTTGTTCTTGAA 1553 Query 1585 CGAATGGACTTCCCTGATCCCGTCATCAAGGTAGCGATTGAGCCAAAAACAAAAGCAGAC 1644 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1554 CGAATGGACTTCCCTGATCCCGTCATCAAGGTAGCGATTGAGCCAAAAACGAAAGCAGAC 1613 Query 1645 ATCGACAAAATGGCGACAGGGTTGATCAAGCTCGCTCAAGAAGACCCGTCTTTCCATTTT 1704 || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1614 ATTGATAAAATGGCGACAGGATTGATCAAGCTCGCTCAAGAAGACCCGTCTTTCCATTTT 1673 Query 1705 TCTCGTGATGAAGAGATGAACCAAACCGTCATTGAAGGAATGGGAGAACTTCATCTCGAG 1764 || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1674 TCCCGTGATGAAGAGTTGAACCAAACCGTCATTGAAGGAATGGGAGAACTTCATCTCGAG 1733 Query 1765 ATTATCGTTGACAGACTTAAAAGAGAGTTCAAGGTGGAGGCTAACGTTGGTGCACCGCAA 1824 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1734 ATTATCGTTGACAGACTTAAAAGAGAGTTCAAGGTGGAGGCTAACGTTGGTGCACCACAA 1793 Query 1825 GTCAACTACCGTGAGAGTATCTCCAAAATAGCTGAAGTGAAATACACACACAAGAAGCAA 1884 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1794 GTCAACTACCGTGAGAGTATCTCCAAAATAGCGGAAGTGAAATACACACACAAGAAGCAA 1853 Query 1885 TCAGGTGGACAAGGTCAGTTTGCTGATATTACAGTCCGGTTTGAGCCATTGGAAGCAGGG 1944 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1854 TCAGGTGGACAAGGTCAGTTTGCTGATATTACAGTCCGGTTTGAGCCATTGGAAGCAGGA 1913 Query 1945 TCAGGATACGAATTCAAGAGTGAGATCAAAGGAGGAGCTGTGCCAAGAGAGTATATTCCT 2004 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1914 TCAGGATACGAATTCAAGAGTGAGATTAAAGGAGGAGCTGTGCCAAGAGAGTATATTCCC 1973 Query 2005 GGTGTCATGAAAGGACTTGAGGAGTGTATGAGCACCGGTGTGCTTGCTGGTT-TCCCGGT 2063 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 1974 GGTGTCATGAAAGGACTTGAGGAGTGTATGAGCTCCGGTGTGCTTGCTGGTTAT-CCGGT 2032 Query 2064 TGTTGATGTCCGTGCTTGTCTAGTTGACGGATCTTACCATGACGTAGACTCAAGCGTGCT 2123 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| Sbjct 2033 TGTTGATGTCCGTGCTTGTCTAGTTGACGGATCTTACCATGATGTGGACTCAAGTGTGCT 2092 Query 2124 AGCTTTCCAGCTTGCTGCAAGAGGAGCTTTCCGTGAAGGGATGAGGAAAGCGGGTCCGAG 2183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2093 AGCTTTCCAGCTTGCTGCAAGAGGAGCTTTCCGTGAAGGGATGAGGAAAGCGGGTCCGAG 2152 Query 2184 AATGCTTGAACCTATCATGAGAGTTGAAGTTGTTACACCAGAAGAACATCTTGGTGATGT 2243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2153 AATGCTTGAACCTATCATGAGAGTTGAAGTTGTTACACCAGAAGAACATCTTGGTGATGT 2212 Query 2244 CATTGGTGATCTTAACTCACGAAGAGGTCAAATTAACAGCTTCGGAGACAAACCCGGTGG 2303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2213 CATTGGTGATCTTAACTCACGAAGAGGTCAAATTAACAGCTTCGGAGACAAACCCGGTGG 2272 Query 2304 TCTCAAGGTGGTCGACTCTCTGGTTCCATTGGCAGAGATGTTTCAGTACGTGAGTACATT 2363 |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2273 TCTCAAGGTGGTGGATTCTCTGGTTCCATTAGCAGAGATGTTTCAGTATGTGAGTACATT 2332 Query 2364 GAGAGGGATGACAAAAGGTCGAGCTTCTTACACAATGCAACTGGCTAAGTTCGACGTTGT 2423 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2333 GAGAGGGATGACAAAAGGTCGAGCTTCTTACACAATGCAACTGGCTAAGTTCGATGTTGT 2392 Query 2424 TCCTCAACATATTCAGAACCAACTTTCATCCAAGGATCAAGAAGTTGCTGCTTA-AACAG 2482 |||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||| Sbjct 2393 TCCTCAGCATATTCAGAACAAACTTTCAGACAAAGATCAAGAAGTTACTGCTTAGAACAG 2452 Query 2483 ATTTTGTTTTGCCTAGACATAAAAACTTATTGTGATTTTGTTTGGTCTAT-ATA--GACA 2539 ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| Sbjct 2453 ATTTTGTTTTGCCTACACTTAAAA-CTTATTGTGATTTTGTTTGGTTTATTATACAGACA 2511 Query 2540 TGTAAGCTAATCAAATTTGTGAAGACAAGGTTGTTATTGTCTTAAAACGCATGGATATGA 2599 |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2512 TGTAAGCTAATCAAATTTGT----------T----ATTGTCTTAAAACACATGGATATGA 2557 Query 2600 GAAAGAAAGAAAAATTGATATATCAGAAAAGTCTGAAAAATGAGAAGAATTCGATCTTAG 2659 |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 2558 GAAA-AAA-AT---TTGATATATCAGAAAAGTCTGAAAAATGGGACGAATTCGATCTTAG 2612 Query 2660 TGTTTGG 2666 ||||||| Sbjct 2613 TGTTTGG 2619 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 100558246800 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5