BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G63490.1 Length=3717 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg924607 jgi|Araly1|924607|scaffold_200168.1 5446 0.0 > Ahg924607 jgi|Araly1|924607|scaffold_200168.1 Length=4427 Score = 5446 bits (2949), Expect = 0.0 Identities = 3288/3457 (95%), Gaps = 2/3457 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 TTTGGTTCAGGAACAGTGTCTAGGACGCAGATAGAGAAAAAGTTTTGGGAGATAGTAGAA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 972 TTTGGTTCAGGAACAGTGTCTAGGACGCAGATAGAGAAAAAGTTTTGGGAAATAGTAGAA 1031 Query 61 GGGTCAGGTGGTGAGGTTGAAGTTATGTATGGTAATGACTTGGATACTTCTGTTTACGGG 120 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1032 GGGTCAGGTGGAGAGGTTGAAGTTATGTATGGTAATGACTTGGACACTTCTGTTTACGGG 1091 Query 121 AGTGGTTTTCCTCGAATAGGCGACCAAAGACCAGAATCAGTTGAGGCAGATATATGGGAT 180 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1092 AGTGGTTTTCCTCGAATAGGGGACCAAAGACCAGATTCAGTTGAGGCAAATATTTGGGAT 1151 Query 181 GAGTATTGTGGTAGCCCCTGGAATCTCAATAACATGCCTAAGTTGAAAGGATCTATGCTT 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1152 GAGTATTGTGGTAGCCCCTGGAATCTCAATAACATGCCTAAGTTGAAAGGATCTATGCTT 1211 Query 241 CAGGCCATTCGACATAACATTAATGGTGTTACAGTGCCTTGGCTATATCTTGGAATGCTC 300 || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1212 CAAGCCATTCGGCATAACATTAATGGTGTTACAGTGCCTTGGCTGTATCTTGGAATGCTC 1271 Query 301 TTCTCTTCTTTTTGTTGGCATTTTGAGGACCATTGTTTTTACTCTGTCAATTATCTACAC 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1272 TTCTCTTCTTTTTGTTGGCATTTTGAGGACCATTGTTTTTACTCTGTCAATTATCTACAC 1331 Query 361 TGGGGAGAGGCAAAATGTTGGTATGGTATTCCAGGCAGTGCTGCTAGTGCTTTTGAAAAG 420 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1332 TGGGGAGAGGCAAAATGTTGGTATGGTGTTCCAGGCAGTGCTGCTAGTGCTTTTGAAAAG 1391 Query 421 GTCATGCGAAAAACCCTACCCGATCTCTTTGATGCTCAGCCAGATTTGCTCTTTCAACTA 480 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1392 GTCATGCGGAAAACCCTTCCCGATCTCTTTGATGCTCAGCCAGATTTGCTCTTTCAACTA 1451 Query 481 GTTACCATGTTGAGTCCGACTGTTTTACAAGAAAATAAAGTCCCGGTCTACACAGTATTA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1452 GTTACCATGTTGAGTCCGACTGTTTTACAAGAAAATAAAGTCCCGGTCTACACAGTATTA 1511 Query 541 CAGGAGCCAGGAAACTTCGTGATCACATTTCCAAAATCCTTTCATGCTGGATTCAATTTT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1512 CAGGAGCCAGGAAACTTCGTGATCACATTTCCAAAATCCTTTCATGCTGGATTCAATTTT 1571 Query 601 GGTCTAAATTGTGCAGAGGCCGTCAACTTTGCTACTGCTGATTGGCTACCTTATGGTGGT 660 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1572 GGTTTAAATTGTGCAGAGGCCGTCAACTTTGCTACTGCTGATTGGCTACCTCATGGTGGT 1631 Query 661 TCTGGGGCGGAGCTGTATCGGCTGTACCGGAAACCTTCAGTCATATCTCATGAAGAGCTT 720 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1632 TCTGGGGCGGAGCTGTATCGTCTGTACCGGAAACCTTCAGTGATATCTCATGAAGAGCTT 1691 Query 721 CTCTGCGTGGTAGCTAAGGGAAACTGCTGCAATAACGAAGGGTCAATACATTTGAAGAAA 780 |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1692 CTCTGCGTGGTAGCTAAGGGAAACTGTTGCAATACCGAAGGATCAATACATTTAAAGAAA 1751 Query 781 GAATTGCTCAGAATATACAGCAAGGAAAAAACCTGGAGAGAGCAGCTCTGGAAAAGTGGT 840 |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1752 GAATTGCTGAGAATATACAGCAAGGAAAAAAACTGGAGAGAGCAGCTCTGGAAAAGTGGT 1811 Query 841 ATTTTGAGATCTTCTCCTATGTTTGTGCCTGAATGCGCTGATTCTGTGGGCATCGAAGAG 900 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1812 ATTTTGAGATCTTCTCCTATGTTTCTGCCTGAATGCCCTGATTCTGTGGGCATCGAAGAG 1871 Query 901 GATCCAACATGCATCATATGCCAGCAGTTTCTTCATCTTTCTGCTATCGTCTGCAATTGC 960 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1872 GATCCAACATGCATCATCTGCCAGCAGTTTCTTCATCTTTCTGCTATCGTCTGCCATTGC 1931 Query 961 AGGCCATCTGTTTTTGCATGCTTAGAGCACTGGAAGCATCTTTGTGAATGTGAACCTACG 1020 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1932 AGGCCATCTGTTTTTGCATGCTTGGAGCACTGGAAGCACCTTTGTGAATGTGAACCTACG 1991 Query 1021 AAGTTGCGACTTGAATATCGTTATACCCTTGCCGAGTTAGATATGATGGTACAAGAAGTT 1080 |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 1992 AAGTTGCGTCTTGTATATCGTTATACCCTTGCCGAGTTGGATAGGATGGTACAAGAAGTT 2051 Query 1081 GAAAAGTTTGGTGGGTGCAAAACACAAGAAACCAAAATCTCACAACGGCCGAGTTCAGGC 1140 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| Sbjct 2052 GAAAAGTTTGGTGGCTGCAAAACACAAGAAACCAAAAACTCACAACGGCCAAGTTCAGGC 2111 Query 1141 ACCAAACGATCTATTGCTTTAAATAAAAAGCAGGAGGGAATGCAAGTGAGTCAGGCACGG 1200 |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2112 ACCAAACGATCTATTGCTTTCAACAAAAAGCAGGAAGGAATGCAAGTGAGTCAGGCACGA 2171 Query 1201 CCAGCAGACAAATGGCTTCTTAGAGCATCAAAGGTTCTTGACGCTGCGTTTTCTAGTGTT 1260 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| Sbjct 2172 CCAGCAGACAATTGGCTTCTTAGAGCATCAAAGGTTCTCGACGATGCCTTTTCTAGTGTT 2231 Query 1261 GAATATGCCACCCTTTTGAAGGAATCAGAACAGTTTCTTTGGGCTGGATCAGAAATGGAC 1320 ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2232 GAATATGCCACTCTTTTAAAGGAAGCAGAACAGTTTCTTTGGGCTGGATCAGAAATGGAC 2291 Query 1321 CGTGTACGAGATGTTACAAAAAGTTTGAACAAAGCAAAGATATGGGCTGAAGCTGTTAGT 1380 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2292 CGTGTACGAGATGTTACAAAAAGTTTGAACAAAGCAAAGATATGGGCTGAAGCTGTTAGT 2351 Query 1381 GACTGTCTTTCAAAAGTCGAAGGTGAAGTCAACGATGATTCAATGAAAGTTCACTTGGAA 1440 |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2352 GACTGTCTTTCAAAAGTCGAAGGTGAAGCCAACAATGATTCAATGAAAGTTCACTTGGAA 2411 Query 1441 TTTATTGATGAGTTGCTGAGAGTTAATCCTGTTCCTTGCTTTAATTCTGGTTATCTGAAA 1500 ||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 2412 TTTATTGATAAGTTGGTGAGAGTTAACCCCGTTCCTTGCTTTCAGTCTGGTTATCTGAAA 2471 Query 1501 CTAAAGGACTATGCTGAAGAAGCTAGAAAATTGTCCGAGAAAATCGATTCAGCTCTCTCG 1560 ||||||| |||||||||| | |||||| ||||| |||||| | ||||||||||| || Sbjct 2472 TTAAAGGATTATGCTGAAGTGGTTAGAAAGTTGTCTGAGAAAGTTGATTCAGCTCTGTCA 2531 Query 1561 AGTAGCCCAACTATCACCCAGCTGGAGCTATTGCATTCTGAAGTCTCCAGATCGCCAATC 1620 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 2532 AGTAGCCCAACTATCACCCAGCTGGAGCTTTTGCATTCTGAAGTCTCCAGTTCACCAATC 2591 Query 1621 TCCCTaaaaaaaCACGAGATCTTGTCAAAGAAAATCTCTTCCGCAAAGATGTTAGCTAAA 1680 ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2592 TCCCTAATAAAACACGAGATCTTATCAAAGAAAATCTCTTCCGCAAAGATGTTAGCTAAA 2651 Query 1681 AGGGCGAAACGCTATCTCACAGACGCTAAACCTCCAGGAATTGAAATGGATGCACTTTTC 1740 ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2652 AGGGCGAGACGCTATCTCGCAGACACTAAACCTCCAGGACTTGAAATGGATGCACTTTTC 2711 Query 1741 AAGCTAAATTCAGAGATGTTAGAGCTTCATGTTCAACTTCCAGAAACAGAAGGGATTCTG 1800 |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2712 AAGCTAAAGTCAGAGATGTTAGAGCTTCAGGTGCAACTTCCAGAAACAGAAGGGATTTTG 2771 Query 1801 GATTTGGTAAAGAAATCAGAATCAGCCCGTGATAAAAGTAACAAAGTTTTGACTGGTTCT 1860 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2772 GATTTGGTAAAGAAATCAGAATTAGCCCGTGATAAAAGTAACAAAGTTTTGACTGGTTCT 2831 Query 1861 TTATCTCTCGAGAATGTGGAAGAGTTGCTTCATGAATTCGATAGTTTCAGCATTAACGTT 1920 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2832 TTATCTCTCGAGAATGTGGAAGAGCTGCTTCATGAATTCGATAGTTTCAGCATTAACGTT 2891 Query 1921 CCTGAGTTGAATATCCTGAGGCAGTATCATGTTGACACTTTGTCTTGGATTTCACGCTTT 1980 |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2892 CCTGAGTTGACTATCCTGAGGCAGTACCACGTTGACACTTTGTCTTGGATTTCACGCTTC 2951 Query 1981 AATGATGTAATGGTTGATGTTCGTGAAGGCAAGGACCAACGAAAGCTAATTAGTGACCTC 2040 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2952 AATGATGTAATGGTTGATGTTCGTGAAGGCAAGGACCAACAAAAGCTAATTAGTGACCTG 3011 Query 2041 AGTTCCCTTCTACGGGATGGAGCATCCTTAGGCATTCAAGTTGAAGGACTCCCTCTTGTT 2100 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3012 AGTTCCCTTCTACGGGATGGGGCATCCTTAGGCATTCAAGTTGAAGGACTCCCTCTTGTT 3071 Query 2101 GAAGTTGAATTGAAGAAGGCATCTTGCCGGGAAAAAGCTCGAACGGTTTATACTGCAAGA 2160 ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3072 GAAGTTGAATTAAAAAAGGCATCTTGCCGGAAAAAAGCTCGAACGGTTTATACTGCAAGA 3131 Query 2161 AAATCTCTGGATTTCATTGAGCAACTGCTCTCGGAAGCTGTTATACTACACATCGAAGAG 2220 | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||| Sbjct 3132 AGGTCTCTGGATTTCATTGAGCAGCTGCTCTCGGAAGCTGTTGTTCTACAAATCGAGGAG 3191 Query 2221 GAGGAGATATTTGTTGAGATCTCGGGAATTTTGTCAACAGCACGGTGTTGGGAGGAAAGA 2280 |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 3192 GAGGAGCTATTTGTTGAGATCTCTGGAATTTTGTCAACAGCACGGTGTTGGGAAGAAAGA 3251 Query 2281 GCAAGCACTATCCTTGAAAATGAAACTCAGATGTACGAGCTTAAAGATCTCGTAAGGATG 2340 ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| Sbjct 3252 GCAAGCAGTATCCTTGCTAGTGAAACTCAGATGTACGACCTTAAAGATCTGGCAAGGATG 3311 Query 2341 TCAGTCAACATTGATGCGGTTTTACCTACTCTGCAAGG-CATAGAGAACACAATCTCGTC 2399 ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||| || Sbjct 3312 TCAATCAACATTGATGCGGTTTTGCCTTCTCTG-AAGGGCATAGAGAACACAATCTCATC 3370 Query 2400 GGCTGAAACTTGGCTTCAGAAATCTGAGCCTTTTCTATCAGCCACTTCCTCTATGGCATC 2459 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| Sbjct 3371 GGCTGAAACTTGGCTTCAGAAATCTGAGCCTTTTTTATCAGCCATTTGCTCTATGGCATC 3430 Query 2460 ATCTCCATGTTCTATGCTTGAACTTCCTGTATTAAAGGATCTAGTTACTCAGGCTAAATT 2519 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| Sbjct 3431 ATCTCCATGTTCTCTGCTTGAACTTCCTGTATTAAAGGACCTAGTTACTCAGTCTAAATC 3490 Query 2520 GCTCAATGTTCAGCTTCAAGAGCCACGAATTCTTGAAACATTGTTGCTTAACTGCGAGAG 2579 ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || Sbjct 3491 GCTTAACGTTCAGCTTCAAGAGCCACGAATTCTTGAAACACTGTTGCTTAATTGCGAAAG 3550 Query 2580 GTGGCAGTGTGATAATCATCAGCTCTTGCAAGAAACTGAAGATTTGTTGGACAATGCGAA 2639 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3551 GTGGCAGTGTGATAATCATCAGCTCTTGCAAGAAACTGAGGATTTGTTGGACAATGCGAA 3610 Query 2640 AATAGATGATGGCACGCATAGCAATATCCTTCCGAAGATAATGGATTTGATAACCAGAGT 2699 |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 3611 AATAGATGATGGCATGCATAACAATATCCTTCCGAAGATTTTGGATTTGATAACCAGAGT 3670 Query 2700 GGACTCCGCTAGGAGATCTGGTCTGGCCCTTGGTCTCAATTTCGATGAACTTCCCAAACT 2759 |||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3671 GGACTCTGCTAGAAAATCTGGTCTGTCCCTTGGTCTCAATTTCGATGAACTTCCCAAACT 3730 Query 2760 TCGAACTGCAAGTCTAAAACTAGGATGGTGTTGTAAGACCATCACGTTAAGCTCTAGCTC 2819 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3731 TCAAACTGCAAGTCTAAAACTAGGATGGTGTTGTAAGACCATCACGTTAAGCTCTAGCTC 3790 Query 2820 ACCTACCTCTGAGTTGCTAGAAGATGTTGGAAAGCCCTCGTTACAGCATATTCAGCAGCA 2879 |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 3791 ACCTTCCTCTGAGTTGCTAGAAGATGTAGGAAAGCCCTCGTTACAGCAAATTCAGCAGCA 3850 Query 2880 CTTAAAAGAGGGACAAACACTTGAAATATTACCTGAAGAGTATTACTTAGGCAAGAGACT 2939 | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3851 CATAAAAGAGGGACAAACACTGGAAATATTACCCGAAGAGTATTACTTAGGCAAGAGACT 3910 Query 2940 CATGGAGTTAAAAGACACTGGACTGGAGTGGGCAAAACGAGCTAGAAAGGTGGTAACAGA 2999 ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 3911 AATGGAGTTAGAAGGCACTGGACTGGAGTGGGCAAAACGAGCTAGAAAGGTGGTGACAGA 3970 Query 3000 CTCAGGTGCTCTTGCCTTGGAAGATGTTTTCGAGCTTATTTCTGAGGGTGAAAACTTACC 3059 ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3971 CTCGGGTGCTCTTGCCTTAGAAGATGTTTTTGAGCTTATTTCTGAGGGTGAAAACTTACC 4030 Query 3060 TGTTCATGCAGAGCAGGAACTTCAGTCTTTACGAGCTCGGAGTATGTTACACTGCATTTG 3119 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4031 TGTCCATGCAGAGCAGGAACTTCAGTCTTTACGAGCTCGGAGTATGTTACACTGCATTTG 4090 Query 3120 TCTAAAGCCATACAACTCAAGATCCATGGTTTCTTGTAGTCAATGTGGCGAATGGTATCA 3179 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4091 TCTAAAACCATACAACTCAAGATCCATGGTTTCTTGTAGTCAATGTGGCGAATGGTATCA 4150 Query 3180 CACCTATTGTTTAAAGCTTCATTGGCGGCCTAAGGCTTATGTCTGCTCCGCTTGCTGTCC 3239 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4151 CACCTATTGTTTAAAACTTCATTGGCGGCCTAAGGCTTATGTCTGCTCCGCTTGCTGTCC 4210 Query 3240 ACTGGCAGAAACCACTCCACAGATCGATCCCGCCAGAGCAACAGAGCCAGAGAGACCGTC 3299 |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 4211 ACTGGCGGAATCCACTCCACTGATTGATCCCGCCAGAGCAAAAGAGCCAGAGACACCGTC 4270 Query 3300 TCTGAACCAAAGACGGACAAGAATGGTCGCGACTGATGCAGCAGTTAATGACTTAAAGTG 3359 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||| Sbjct 4271 TCTGAACCAAAGACGGACAAGAATGGTTGCGACTGATGCAGCGGTTGATGACTTACGGTG 4330 Query 3360 GAAAACCCGAAAACACATCAAACGGACAACTAAACGGAGTCCTCAGGTTCATATTCTTCC 3419 |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 4331 GAAAACCCGAAAACACATCAAACGAATAACTAAACGGTGTCCTCAGGTTCATATTCTTCC 4390 Query 3420 CTGGTTTTTCACTTAAAAACCAACATAATAATCTCTT 3456 ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| Sbjct 4391 CTGGTTTTTCACTTAAAAACCAAGACAATAAACTCTT 4427 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 140432444370 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5