BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G66330.1
Length=1610
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475736 jgi|Araly1|475736|fgenesh2_kg.2__866__AT1G66330.2 2259 0.0
> Ahg475736 jgi|Araly1|475736|fgenesh2_kg.2__866__AT1G66330.2
Length=1551
Score = 2259 bits (1223), Expect = 0.0
Identities = 1357/1422 (95%), Gaps = 7/1422 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 92 TCAA-GTTTATCTCAATGGCTCTTAACGTGAGCAAGGTTGTTCCCAATAGTCCAATTTTA 150
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||
Sbjct 110 TCAAGGTTTATCTCAATGGCTCTTAACGTGAGCAAGATTGTTCCTAAGAGTCCAATTTTA 169
Query 151 GTTAAGAGTGTTAATGCTTCAAGATCTCGAAGAGTTCTGTTGGCGTATGTTCATCATCCT 210
| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 170 GCCAAGAGTGTTAATGCATCAAGATCTCAAAGAGTTTTGTTGGCGTTTGTTCATCATCCT 229
Query 211 TTAGCTGCTAATAAGGGTTCATCTATTGAAGAGTTAAAGCAAGGTCTTTGTTGTACAAAG 270
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 230 CTAGCTGCTAAAAAGGGTTCATCTGTTGAAGAGTTAAAACAAGGTCTTTGTTGTATAAAG 289
Query 271 ACTGTCACTTTTGTTAGTTCTCGGAGATGTTCTACATTGTGCTTTGTTGGAAAGTCTCAA 330
||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 290 ACTGTCACTTTTGTTAGTTCTCGAAGATCTTCAACATTGTGCTTTGTTGGAAAATCTCAA 349
Query 331 GACACTGAAACTAATTCCCAAGTTGTACAAAAAGAAGGTGAGAAGCAAGTGATGCCGAGG 390
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 GACACTGAAACTAGTTCTCAAGTTGTACAAAAAGAAGGTGAGAAGCAAGTGATGCCGAGG 409
Query 391 AGGAAAAGTAGTAACTCAAGCCAACTTTTGGTGGAATATGTGTCTAATGATGCTAAGTTT 450
||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 AGG-AAA--AGTAACTCAAGCCAAGTTTTGGTTGAATATGTGTCTAATGATGCTAAGTTT 466
Query 451 GTGAATGAAAGAGCTCGTAATGACTTTGTTCTTCTATCTCGTGGTATTATGAGACTTGAT 510
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 467 GTGAATGAAAGGGCTCGTAATGACCTTGTTCTTCTATCTCGAGGTATTATGAGACTTGAT 526
Query 511 GCTCGTGCACGACAGGATGTTGCCATTCTTGGTTCCGGGTTCCTTAAACTCGATGCTCGG 570
|||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 527 GCTCGTGCTCGCCAGGATGTTGCCATTCTTGGGTCTGGGTTCCTTAAACTTGATGCTCGG 586
Query 571 GCAAGAGAAGATACAGAGAAAATAGACCGTGATGTCAAGAGAAAAGCCGAGCGCCTTCAT 630
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 587 GCAAGAGAAGATACAGAGAAAATAGATCGTGATGTCAAAAGAAAGGCTGAGCGCCTTCAT 646
Query 631 CATATTGCTACTATATTTAAAAACATAGCTGAGTCTAAGTTGAAAAATGCCGCTGATAAG 690
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 CATATTGCTACTATATTAAAAAACATAGCGGAGTCTAAGTTGAAAAATGCCGCTGATAAG 706
Query 691 CATTGGAGCGATGGCGCTTTAGAGGCTGATTTAAGGCGAGCAGATTTCCGTGCTAAACAA 750
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 CATTGGAGTGATGGCGCTTTAGAGGCTGATTTAAGGCGAGCAGATTTCCGTGCTAAACAA 766
Query 751 CGGGCCATGGAAGACGCATTAATGGCTTTAGAGTTTATTAAGAACATCCACGACATGATG 810
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 767 CGGGCCATGGAAGACGCGTTAATGGCTTTAGAGTTCATTAAGAACATCCACAACATGATG 826
Query 811 GTGAACAAAATGGTTGACAGCTTGGTGACATCTGAAACTGGTACCACGGATCGCATATCG 870
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 GTGAACAAAATGGTTGACAGCTTGGCAACATCTGAAACTGGTACCACGGATCGCATATCG 886
Query 871 CTTGAGAAGAATGGAATAGCTCTCGGGTTTTTCCCTGGGGAAGTTTCATCTGATCGCATA 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 CTTGAGAAGAATGGAATAGCTCTCGGGTTTTTCCCTGGGGAAGTTTCATCTGATCGCATA 946
Query 931 TCTGCTATTGAGGAAGCTTACAAGAGTATGGCATCAGCGCTCTCAGAAGCCGATGGAATT 990
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 947 TCTGCTATTGAGGAAGCTTACAAGAGTATGGCATCAGCACTCTCAGAAGCCGATGGAATT 1006
Query 991 GACTACACTGACCCTGAAGAACTCGAGTTGTTAGTCACGACTCTGATTGACCTTGATGCA 1050
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 GACTACACTGACCCCGAAGAACTCGAGTTGTTAGTCACGACTCTGATTGACCTTGATGCA 1066
Query 1051 ATGGATGGTAAAAGTAGTGCATCTCTCTTGGCTGAATGCTCAAGCTCTCCAGATGTCAAT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 ATGGATGGTAAAAGTAGTGCATCTCTCTTGGCTGAATGCTCAAGCTCTCCAGATGTCAAT 1126
Query 1111 ACAAGAAAAGCGTTGGCTAATGCTTTAGCAGCGGCACCATCAATGTGGACACTAGGAAAT 1170
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 ACAAGAAAAGCGTTGGCTAATGCCTTAGCAGCTGCACCATCAATGTGGACACTAGGAAAT 1186
Query 1171 GCAGGAATGGGAGCATTACAGAGACTCGCTGAAGACAGTAACCCGGCGATTGCAGCAGCT 1230
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 GCAGGCATGGGAGCATTACAGAGACTCGCTGAAGACAGTAACCCGGCGATTGCAGCAGCT 1246
Query 1231 GCTTCGAGAGCGATCAATGCGCTGAAGAAGCAATGGGAAGTAGAGGAAGGAGACTCACTG 1290
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 GCTTCGAGAGCGATCAGTGCGCTGAAGAAGCAATGGGAGGTAGAGGAAGGAGACTCACTT 1306
Query 1291 AGGTTTATGATGAACTTCGAGAGGCCGAATGATGATGATGATGTAGACAGTGACCTTGAT 1350
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1307 AGGTTTATGATGAACTTCGAGACGCCGAATGATGATGATGATGGAGAGAGTGACCTTGAT 1366
Query 1351 GAGATCTGAAAATGATTTTTTCATGTAAACGAAGATGAAGTTTGTAGATAATTTTCAGTG 1410
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 GAGATCTGAAAATGATTTTT-CATGTAAACGAAGATGATGTTTGTAGATAATTTTCAGTG 1425
Query 1411 AACTTTAGTGTTACAGAGATGATAGTAGGTGACTTCGTTGGGGTCATGTAATTAATTAAA 1470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 AACTTTAGTGTTACAGAGATGATAGTAGGTGACTTCGTTGGGGTCATGTAATTAATTAAA 1485
Query 1471 ACTGGCCGATTTAGTATTTTGTTGTTGAGATAT-TCATATAT 1511
| ||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct 1486 AGAGGCCGATTTGGTATTTTGTTGTTGGGATATAT-ATATAT 1526
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60334948080
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5