BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G68020.2 Length=2919 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg908375 jgi|Araly1|908375|Al_scaffold_0002_1456 4191 0.0 Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857 231 2e-59 > Ahg908375 jgi|Araly1|908375|Al_scaffold_0002_1456 Length=2574 Score = 4191 bits (2269), Expect = 0.0 Identities = 2480/2583 (96%), Gaps = 9/2583 (0%) Strand=Plus/Plus Query 204 ATGGTTTCAAGATCGTATTCAAATCTGTTGGAGTTAGCTTCAGGAGACTCACCAACGTTT 263 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGTTTCAAGATCATATTCGAATCTGTTGGAGTTAGCTTCAGGAGACTCACCAACGTTT 60 Query 264 GGACGCATGAACCGACAAATCCCACGAATCATGGCCGTTGCTGGAATCATGTCAAACATC 323 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GGACGCATGAACCGACAAATCCCAAGAATCATGGCCGTTGCTGGAATCATGTCAAACATC 120 Query 324 GATAATGACTCTAAAGACACTGATCTGTCTCCTAAAGATCGTATCATCATTGTAGCCAAT 383 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 121 GATAATGACTCTAAAGAAACTGATCTGTCTCCTAAAGATCGTATCATCATTGTAGCTAAT 180 Query 384 GAATTACCTATACGAGCTCAGAGAAGGGTTGATGGTAATGgtagtggtagtagtagtagt 443 |||||||| || ||||||||||||| || | | | | |||||| | ||||||||| | Sbjct 181 GAATTACCAATCCGAGCTCAGAGAA-GGCT-A--G--AGGGTAGT-G--GTAGTAGTACT 231 Query 444 agtaCTTGTTGTAGCAAAGGTTGGAACTTTTCTTGGGATGAGAATTCACTTCTTCTCCAA 503 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 232 AGTACTTGTTGTAGCAAAGGTTGGAACTTTTCTTGGGATGAGAATTCACTTCTTCTTCAA 291 Query 504 TTGAAAGATGGGTTAGGAGATGAAGCTATTGAAGTTATCTATGTTGGTTGTTTGAAAGAA 563 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 292 TTGAAAGATGGGTTAGGAGATGAAGCTATTGAAGTTATCTATGTTGGTTGTTTGAAAGAA 351 Query 564 GAGATTCCTCTTAATGAGCAAGAAGAAGTGTATCAGATTCTTCTTGAGAGTTTCAAGTGT 623 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 352 GAGATTCCTCTTAATGAGCAAGAAGAAGTGTATCAGGTTCTTCTTGAGAGTTTCAAGTGT 411 Query 624 GTGCCTACGTTTTTGCCTTTGGATTTGTACACTAGATACTACCATGGATTCTGTAAGCAA 683 ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 412 GTGCCTACGTTCTTGCCTTTGGATTTGTATACTAGATACTACCATGGATTCTGTAAGCAA 471 Query 684 CAGCTTTGGCCTTTGTTTCATTACATGTTGCCACTTTCTCCTGATCTTGGAGGTAGGTTT 743 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 472 CAGCTTTGGCCTTTGTTTCATTACATGTTGCCACTTTCTCCTGATCTTGGAGGTAGGTTT 531 Query 744 GATAGGACTTTGTGGCAAGCTTATGTCTCTGTGAACAAGATTTTTGCTGATAGAATTATG 803 |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 532 GATAGGGCTCTCTGGCAAGCTTATGTCTCTGTGAACAAGATTTTTGCTGATAGGATTATG 591 Query 804 GAGGTGATTAATCCTGAGGATGATTTTGTGTGGATACATGATTATCATTTGATGGTTTTG 863 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 592 GAAGTGATTAATCCTGAGGATGATTTTGTGTGGATACATGATTATCATTTGATGGTTTTG 651 Query 864 CCTACTTTCTTGAGGAAGAGGTTTAACAGAGTCAAGCTTGGTTTCTTCCTTCATAGTCCA 923 |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 652 CCTACTTTCTTGAGGAAGAGGTTTAATAGGGTGAAGCTTGGTTTCTTCCTTCATAGTCCG 711 Query 924 TTTCCATCGTCTGAGATTTACAAAACTTTGCCTATTCGTGAAGAGCTTCTTCGGGCTTTG 983 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 712 TTTCCATCGTCTGAGATTTACAAAACTTTGCCTATTCGTGAGGAGCTTCTTCGGGCTTTG 771 Query 984 CTAAACTCGGATTTGATAGGGTTCCATACTTTTGACTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGT 1043 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 772 CTAAACTCGGATTTGATAGGGTTCCATACTTTTGACTACGCAAGGCATTTCTTGTCTTGT 831 Query 1044 TGTAGTCGAATGCTTGGTCTTACTTATGAATCTAAGAGAGGATACATTGGACTTGAGTAT 1103 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 832 TGTAGTCGAATGCTCGGTCTTACTTATGAATCTAAGAGAGGATACATTGGACTTGAGTAT 891 Query 1104 TATGGTAGAACCGTGAGTATCAAAATTCTACCTGTTGGAATCCACATGGGTCAGCTTCAG 1163 || |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||| Sbjct 892 TACGGTAGAACCGTGAGTATCAAAATTTTGCCTGTGGGAATTCATATGGGTCAGCTTCAG 951 Query 1164 TCGGTTTTGAGCTTACCCGAGACTGAAAGGAAAGTCGGGGAACTTATTGAACGGTATGGT 1223 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 952 TCGGTTTTGAGCTTACCCGAGACTGAAAGGAAAGTCGGGGAGCTTATTGAGCGGTATGGT 1011 Query 1224 CGAAAAGGCAGGACGATGCTGCTTGGTGTGGATGATATGGACATTTTCAAAGGGATTACT 1283 ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || Sbjct 1012 CGAAAGGGCAGGACAATGCTGCTCGGTGTGGATGACATGGACATTTTTAAAGGGATAACC 1071 Query 1284 TTAAAGCTGTTGGCTATGGAGCAGCTGCTTATGCAACATCCTGAATGGCAAGGGAAGGTT 1343 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1072 TTGAAGCTTTTGGCTATGGAGCAGCTGCTTATGCAACATCCTGAATGGCAAGGGAAGGTT 1131 Query 1344 GTGTTGGTGCAGATAGCTAATCCGGCGAGAGGGAAAGGGAAAGATGTTAAAGAGATGCAA 1403 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1132 GTGTTGGTGCAGATAGCTAATCCGGCGAGAGGGAAAGGGAAAGATGTCAAAGAGATGCAA 1191 Query 1404 GCTGAGACGTATTCAACTGTTAAGCGGATTAATGAAACGTTTGGGAGACCCGGTTACGAT 1463 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| Sbjct 1192 GCTGAGACGGATTCAACTGTTAAGCGGATTAATGAGACGTTTGGGAGACCCGGATATGAT 1251 Query 1464 CCTATAGTATTGATCGATGCACCGTTGAAGTTCTATGAAAGGGTTGCTTATTACGTAGTA 1523 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1252 CCTATAGTATTGATTGATGCACCGTTGAAGTTCTATGAAAGGGTTGCTTATTACGTAGTA 1311 Query 1524 GCTGAGTGTTGTTTGGTGACAGCGGTTAGGGATGGGATGAATCTTATACCTTATGAGTAC 1583 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| Sbjct 1312 GCTGAGTGTTGTTTGGTGACTGCGGTTAGGGATGGAATGAATCTTATACCTTACGAATAC 1371 Query 1584 ATAGTTTCTCGTCAAGGAAATGAGAAACTGGACAAAATTCTGAAGCTGGAGGCGAATAAT 1643 |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||| Sbjct 1372 ATAGTTTCCCGTCAAGGAAATGAGAAGCTGGACAAAATTTTAAAGCTGGAGCCGAATAAT 1431 Query 1644 CGTAACAAGAAAAGCATGCTGGTGGTTTCTGAGTTTATTGGTTGCTCTCCATCGCTAAGC 1703 | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1432 CATAACAAGAAAAGCATGCTAGTGGTTTCTGAGTTTATTGGTTGCTCTCCGTCGCTAAGT 1491 Query 1704 GGAGCCATTCGTGTTAATCCATGGAATGTTGATGCAGTAGCTGATGCAATGGATAGTGCC 1763 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1492 GGAGCCATTCGTGTTAATCCCTGGAATGTTGATGCAGTAGCTGATGCAATGGATAGTGCC 1551 Query 1764 CTTGAAGTAGCTGAACCGGAGAAGCAGCTAAGACATGAGAAGCATTACAAGTATGTGAGC 1823 |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1552 CTTGAAGTGGCTGAACCGGAGAAGCAGCTAAGGCATGAGAAGCATTACAAGTATGTGAGC 1611 Query 1824 ACACATGATGTTGGCTATTGGGCTCGTAGCTTCCTCCAAGATCTTGAGAGGAGTTGTGGT 1883 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1612 ACACATGATGTTGGTTATTGGGCTCGTAGCTTCCTCCAAGATCTTGAGAGGAGTTGTGGT 1671 Query 1884 GAGCATGGACGAAGGAGGTGTTGGGGAATTGGGTTTGGTCTCAGTTTCAGAGTTGTGGCA 1943 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1672 GAACATGGACGAAGGAGGTGTTGGGGAATTGGGTTTGGTCTCAGTTTCAGAGTTGTGGCA 1731 Query 1944 CTAGACCAGAGCTTCAGGAAGCTGTCAATGGAACACATAGTATCAGCTTATAAGAGGACA 2003 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1732 CTAGACCAGAGCTTCAGAAAGCTGTCAATGGAACACATAGTATCAGCTTATAAGAGGACA 1791 Query 2004 AAGACACGGGCTATCCTTTTAGACTATGATGATACTTTAATGCCACAAGGCTCGATCGAT 2063 |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 1792 AAGACACGGGCTATCCTTTTGGACTACGATGATACTTTAATGCCACAGGGCTCTATCGAT 1851 Query 2064 AAAAGGCCTTCATCGAAGTCAATCGACATATTGAACACCTTGTGTAGGGACAAGGGCAAT 2123 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1852 AAAAGACCTTCATCGAAGTCAATCGACATCTTGAACACCTTGTGTAGGGACAAGGGCAAT 1911 Query 2124 CTGGTGTTCATTGTTAGTGCTAAAAGCCGAGAAACTCTATCGGACTGGTTTAGTCCTTGT 2183 ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1912 CTGGTGTTCATTGTTAGCGCCAAAAGCCGAGAAACTCTATCGGACTGGTTTAGTCCTTGT 1971 Query 2184 GAGAAGCTTGGTATTGCTGCTGAACATGGCTATTTTCTGAGGCTAAGGAAGGCAGTAGAG 2243 ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1972 GAGAAGCTTGGAATTGCTGCGGAACATGGCTATTTTCTGAGGCTAAGGAAGGCAGTAGAA 2031 Query 2244 TGGGAAAACTGTGTGGCAGCAGTAGATTGTTCTTGGAAGCAAATTGCCGAGCCTGTGATG 2303 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2032 TGGGAAAACTGTGTGGCAGCAGCAGATTGTTCTTGGAAGCAAATTGCAGAGCCTGTGATG 2091 Query 2304 GAACTCTACACCGAGACAACCGATGGCTCAACAATTGAAGACAAGGAGACTGCTCTTGTT 2363 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2092 GAACTCTACACTGAGACAACCGATGGATCAACAATTGAAGACAAGGAGACTGCTCTTGTT 2151 Query 2364 TGGAGTTATGAGGATGCTGACCCTGATTTTGGCTCATGTCAAGCTAAGGAACTTCTAGAT 2423 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2152 TGGAGTTATGAGGATGCTGACCCTGATTTTGGCTCATGTCAAGCTAAGGAACTTCTAGAT 2211 Query 2424 CATCTTGAAAGTGTCCTTGCCAATGAACCTGTAACAGTGAAACGAGGACAGAACTATGTT 2483 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 2212 CATCTTGAAAGTGTCCTTGCCAATGAACCTGTAACAGTCAAGCGAGGACAGAACTATGTT 2271 Query 2484 GAGGTCAAGCCACAGGGCGTGAGCAAGGGACTTATAGCGAGAAGGATGCTTTCGATGATG 2543 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 2272 GAGGTCAAGCCACAGGGCGTGAGCAAAGGACTTATCGCCAGAAGGATGCTTTCGATGATG 2331 Query 2544 CAAGAAAGAGGAACACTTCCTGAGTTTGTTCTATGTATTGGAGATGACCGGTCTGACGAA 2603 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 2332 CAAGAAAGAGGAACACTTCCTGAGTTTGTCCTATGTATTGGAGATGACCGATCTGATGAA 2391 Query 2604 GACATGTTTGAGGTGATCTGCAGTTCCACTGAAGGCCCTTCGATTGCCCCAAGAGCTGAG 2663 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2392 GACATGTTTGAGGTGATATGCAGTTCCACTGAAGGCCCTTCAATTGCCCCAAGAGCTGAG 2451 Query 2664 ATTTTCGCTTGTACTGTCGGTCAAAAGCCTAGCAAGGCCAAGTATTACCTGGATGACACT 2723 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2452 ATTTTCGCTTGTACTGTCGGTCAAAAGCCTAGCAAGGCCAAGTATTACCTGGATGACACT 2511 Query 2724 ACTGAGATTGTCAGGTTAATGCATGGTTTAGCTTCTGTTACAGACCAGATCACTCCTGTT 2783 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2512 ACTGAGATTGTCAGGTTAATGCATGGGTTAGCTTCTGTTACAGACCAGATCACTCCTGTT 2571 Query 2784 TAA 2786 ||| Sbjct 2572 TAA 2574 > Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857 Length=2616 Score = 231 bits (125), Expect = 2e-59 Identities = 310/397 (78%), Gaps = 22/397 (6%) Strand=Plus/Plus Query 772 CTGTGAACAAGATTTTTGCTGAT-AGAAT-TATGGAGGTGATTAATCCTGAGGATGATTT 829 |||| |||||||| || |||||| || || | | || ||| | || || || ||||||| Sbjct 536 CTGTTAACAAGATCTTCGCTGATAAG-ATCT-TCGAAGTGCTAAACCCAGATGATGATTA 593 Query 830 TGTGTGGATACATGATTATCATTTGATGGTTTTGCCTACTTTCTTGAGGAAGAGGTTT-A 888 || ||||| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| | Sbjct 594 CGTCTGGATTCATGATTATCATCTCATGATTTTGCCCACTTTTTTGAGGAACAGGTTTCA 653 Query 889 ACAGAGTCAAGCTT-GGTTTCTTCCTTCATAGTCCATTTCCATCGTCTGAGATTTACAAA 947 | || | |||||| || || ||||| |||||||| ||||| || || ||||||||| Sbjct 654 TCGGA-TAAAGCTTGGGATT-TTCCTCCATAGTCCCTTTCCTTCATCGGAGATTTACCGT 711 Query 948 ACT-TTGCCTATTCGTGAAGAGCTTCTTC---GGGCTTTGCTAAACTCG-GATTTGATAG 1002 ||| || ||| | | || ||| ||| || ||| ||| || || | | |||||| | | Sbjct 712 ACTCTT-CCTGTGAGAGACGAGATTC-TCAAAGGG-TTT-CTGAA-TTGTGATTTGGTTG 766 Query 1003 GGTTCCATACTTTTGACTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTCGAATGCTTGGTC 1062 | ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| Sbjct 767 GATTCCACACATTCGATTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTAGGATGCTTGGTC 826 Query 1063 TT-ACTTATGAATCTAAGAGAGGATACATTGGACTTGAGTA-TTATGGTAGAACCGTGAG 1120 || | ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || || ||||| ||||| Sbjct 827 TTGA-TTATGAATCGAAAAGAGGCTACATTGGTCTTGAATACTTC-GGAAGAACTGTGAG 884 Query 1121 TATCAAAATTCTACCTGTTGGAATCCACATGGGTCAG 1157 ||||| ||| | || ||||| ||||| ||||| ||| Sbjct 885 CATCAAGATTTTGCCGGTTGGGATCCATATGGGCCAG 921 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 110195078785 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5