BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G68890.1
Length=5352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926183 jgi|Araly1|926183|scaffold_201744.1 8442 0.0
> Ahg926183 jgi|Araly1|926183|scaffold_201744.1
Length=5191
Score = 8442 bits (4571), Expect = 0.0
Identities = 4998/5204 (96%), Gaps = 29/5204 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 AATTCATCACAGCGAAGAAGATGCGATCTTCGTTTCTAGTCTCGAATCCTCCATTTCTAC 83
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1 AATTCATCACAGCGAAGAAGATGCGATCTTCGTTTCTAGTTTCGAATCCTCCGTTTCTAC 60
Query 84 CTTCTCTAATCCCTCGTTACAGTTCTAGAAAATCCATCAGACGTAGCAGAGAACGCTTCT 143
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTCTCTAATCCCTCGTCACAGTTCTAGAAACTCCTTCAGACGTAGCAGAGAACGCTTCT 120
Query 144 CCTTCCCTGAGTCTCTTCGTGTCTCTCTTCTTCATGGAATCCGAAGAAACATTGAGGTCG 203
||||| |||||||||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCTTCGCTGAGTCTCTTCGTGT-T-TC-TCTTCATGGAATCGGAAGAAACATTGAGGTCG 177
Query 204 CTCAAGGAGTTCAATTCGATGGTCCGATTATGGATAGAGA--C-------GTGAATTT-G 253
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |
Sbjct 178 CTCATGGAGTTCAATTTGATGGTCCGATTATGGATAGAGATGCTTTGGAGGTGAATTTAG 237
Query 254 GATGATGATTTAG-TGGTTCAAGTGTGTGTGACTCGTACATTGCCTCCAGCTTTGACTCT 312
| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 G-TGATGATTT-GATGGTTCAAGTGTGTGTGACTCGTACATTGCCTCCAGCTTTGACTCT 295
Query 313 TGAGCTTGGTCTCGAGAGTCTCAAGGAAGCTATTGACGAATTGAAGACTAATCCTCCTAA 372
||||||||| || ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TGAGCTTGGCCTTGAGAGCCTCAAGGAAGCTGTTAACGAATTGAAGACTAATCCTCCTAA 355
Query 373 GTCATCTAGTGGAGTCTTACGATTTCAAGTGGCTGTGCCTCCAAGGGCTAAAGCTTTGTT 432
|||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 356 GTCATCTACTGGCGTCTTGCGATTTCAAGTGGCTGTGCCTCCAAGGGCAAAAGCTTTGTT 415
Query 433 CTGGTTTTGCTCTCAACCAACGA-CTTCCGATGTGTTTCCTGTGTTTTTCCTCTCCAAGG 491
| |||||||||||| || || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 TTTGTTTTGCTCTCAGCCGAC-ATCTTCTGATGTGTTTCCTGTGTTTTTCCTCTCCAAGG 474
Query 492 ATACTGTTGAGCCTTCTTATAAATCACTTTATGTAAAGGAACCTCATGGGGTTTTTGGGA 551
| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AAACTGTGGAGCCTTCTTATAAATCACTCTATGTAAAGGAACCTCATGGGGTTTTTGGGA 534
Query 552 TTGGGAATGCATTCGCTTTTGTTCATTCATCTT-CAGTTGACTCCAATGGACATAGCATG 610
||||||||||| || |||| |||||| | |||| || | |||||||| ||||||||||||
Sbjct 535 TTGGGAATGCACTCTCTTTCGTTCATCCGTCTTCCA-TCGACTCCAAGGGACATAGCATG 593
Query 611 ATCAAAACATTCCTCTCAGATGAATCAGCTATGGTGACGGCCTATGGTTTTCCAGATATT 670
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 ATGAAAACATTCCTCTCAGATGAATCAGCTATGGTGACGGCCTATGGTTTTCCAGATATT 653
Query 671 GAATTCAACAAATACTCTACTGTAAATAGCAAAGATGGCTCTTCTTACTTTTTCGTTCCT 730
||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 GAATTCAACAAATACTCTACTGTCAATAGCAAGGGTGGCTCTTCTTACTTTTTCGTTCCT 713
Query 731 CAGATTGAGTTAGATGAGCACGAGGAGGTCTCTATATTAGCAGTTACATTGGCATGGAAT 790
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 714 CAGATTGAGTTAGATGAGCACGAGGAGGTCTCTATATTAGCAGTTACACTGGCATGGAAT 773
Query 791 GAATCTCTCTCTTACACAGTTGAGCAAACAATTAGTTCATATGAGAAATCAATTTTTCAG 850
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 GAATCTCTCTCTTACAGATTTGAGCAAACAATTAGTTCATATGAGAAATCAATTTTTCAG 833
Query 851 GTTTCTTCTCATTTCTGCCCAAATGTAGAGGATCACTGGTTCAAACATCTAAAAAGTTCT 910
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 GTTTCTTCTCATTTCTGCCCAAATTTAGAGGATCACTGGTTCAAACATCTAAAAAGTTCT 893
Query 911 TTAGCGAAGCTTAGTGTTGAAGAGATACATCCACTTGAGATGGAGCATATGGGCTTTTTC 970
|||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 CTAGCAAAGTTTAGTGTAGAAGAGATACATCCAATTGAGATGGAGCATATGGGCTTTTTC 953
Query 971 ACCTTTTCTGGGAGAGATCAGGCTGACGTCAAGGAACTGAAAAGTATACAATCATCATGT 1030
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 ACTTTTTCTGGGAGAGATCAGGCTGACGTCAAGGAACTGAAAAGTATACAATCATCATGT 1013
Query 1031 CAGTTCCATTGCAAGCTTTCACCTGACGTTGTTTTCTCAAACAACATGCTGAATCGAGAG 1090
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1014 CAGTTCCATTGCAAGCTTTCACCTGACGTTGATTTCTCAAACAATATGCTGAATCGAGAG 1073
Query 1091 ACTGAAGTGAGCAACTTCTTGAGAGATGAAGCTAACATCAATGCTGTATGGGCATCAGCT 1150
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 ACTGAAGTGAGCAACTTCTTGAAAGATGAGGCTAACATCAATGCTGTATGGGCATCAGCT 1133
Query 1151 ATAATTGAAGAATGCACTCGTCTTGGTTTGACGTACTTTTGTGTAGCCCCTGGATCAAGG 1210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1134 ATAATTGAAGAATGCACTCGTCTTGGTTTGACGTACTTTTGTGTAGCTCCTGGATCAAGG 1193
Query 1211 TCTTCCCATCTTGCTATCGCTGCTGCCAACCATCCCCTTACAACGTGTCTTGCATGCTTT 1270
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 TCTTCCCATCTTGCAATTGCTGCTGCCAACCATCCCCTTACAACGTGTCTTGCATGCTTT 1253
Query 1271 GATGAACGATCTCTTGCGTTTCACGCTATTGGTTATGCTAAAGGATCCCTCAAACCAGCA 1330
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 GATGAACGATCTCTTGCGTTTCATGCTATTGGTTATGCTAAAGGATCCCTCAAACCAGCA 1313
Query 1331 GTCATTATAACATCATCAGGAACTGCCGTTTCAAATCTTCTTCCAGCGGTTGTTGAAGCC 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GTCATTATAACATCATCAGGAACTGCCGTTTCAAATCTTCTTCCAGCGGTTGTTGAAGCC 1373
Query 1391 AGTGAGGATTTCTTACCACTGCTACTACTTACCGCAGATCGTCCTCCTGAACTTCAGGGA 1450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 AGTGAGGATTTCTTACCACTGCTACTACTTACCGCAGATCGTCCTCCTGAACTTCAGGGA 1433
Query 1451 GTTGGCGCAAATCAAGCAATAAATCAAATAAACCACTTCGGTTCGTTCGTCAGATTCTTC 1510
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1434 GTTGGCGCAAATCAATCAATAAATCAAATAAACCACTTCGGTTCGTTTGTCAGATTCTTC 1493
Query 1511 TTCAATCTTCCTCCTCCAACCGATCTTATTCCAGTCCGAATGGTCCTTACGACTGTAGAC 1570
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1494 TTCAATCTTCCTCCTCCAACTGATCTTATTCCAGTCCGAATGGTCCTTACCACTGTAGAC 1553
Query 1571 TCCGCTCTACATTGGGCAACAGGATCTGCTTGTGGACCAGTACATCTCAATTGTCCTTTT 1630
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 TCTGCTCTACATTGGGCAACAGGTTCTGCTTGTGGACCAGTACATCTCAATTGTCCTTTT 1613
Query 1631 AGAGACCCACTTGACGGTAGTCCAACAAATTGGTCATCTAACTGCTTAAATGGATTAGAC 1690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1614 AGAGACCCACTTGACGGTAGTCCAACAAATTGGTCATCCAACTGCTTAAAAGGATTAGAC 1673
Query 1691 ATGTGGATGTCTAATGCTGAGCCATTCACAAAATATTTTCAAGTACAAAGCCATAAAAGC 1750
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 ATGTGGATGTCGAATGCTGAACCATTCACAAAATATTTTCAAGTACAAAGCCATAAAAGC 1733
Query 1751 -GATGGTGTAACAACTGGCCAAATTACTGAGATCTTACAAGTAATCAAAGAGGCTAAGAA 1809
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 AG-TGGTGTAACAACTGGCCAAATTACTGAGGTCTTACAAGTAATCAAAGAGGCTAAGAA 1792
Query 1810 GGGTCTTCTTCTTATTGGTGCAATCCATACAGAGGATGAAATTTGGGCTTCGCTTCTGTT 1869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 GGGTCTTCTTCTTATTGGTGCAATCCATACAGAGGATGAAATTTGGGCTTCGCTTCTGTT 1852
Query 1870 GGCGAAAGAGCTGATGTGGCCTGTAGTTGCAGATGTCTTGTCTGGTGTACGGCTGCGCAA 1929
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1853 GGCGAAAGAGCTGATGTGGCCTGTAGTTGCAGATGTCTTGTCGGGTGTACGGCTGCGCAA 1912
Query 1930 GCTTTTTAAACCTTTTGTTGAGAAGTTGACGCATGTTTTTGTTGATCATCTTGATCATGC 1989
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 GCTTTTTAAACCTTTTCTTGAGAAGTTGACGCCTGTTTTTGTTGATCATCTTGATCATGC 1972
Query 1990 CTTATTTTCAGACTCTGTCAGGAATTTGATAGAGTTTGATGTTGTTATCCAGGTTGGAAG 2049
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 CTTGCTTTCAGACTCTGTCAGGAATTTGATAGAGTTTGATGTTGTTATCCAGGTTGGAAG 2032
Query 2050 TCGGATAACAAGTAAAAGAGTTTCTCAGATGCTAGAGAAATGCTTTCCATTTGCATACAT 2109
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 TCGGATAACAAGTAAAAGAGTTTCTCAGGTGCTAGAGAAATGCTTTCCATTTGCATACAT 2092
Query 2110 TTTGGTTGATAAGCATCCATGCCGACATGACCCATCACACCTGGTCACTCACAGGGTCCA 2169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TTTGGTTGATAAGCATCCATGCCGACATGACCCATCACACCTGGTCACTCACAGGGTCCA 2152
Query 2170 AAGCAACATTGTTCAGTTTGCTAATTGTGTGCTTAAATCTCGATTTCCATGGAGGAGAAG 2229
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 2153 AAGCAACATTGTTCAGTTTGCTGATTGTGTGCTTAACTCTCAATTTCCAAGGAGGAGAAG 2212
Query 2230 CAAGTTGCATGGTCATCTACAGGCATTGGATGGCGCTATTGCCCGGGAAATGTCATTTCA 2289
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2213 CAAGTTGCATGGTCATCTACAAGCATTGGATGGTGCTATTGCCCGGGAAATTTCATTTCA 2272
Query 2290 AATATCTGCTGAAAGCTCCCTGACTGAACCTTACGTTGCACATATGCTTTCTAAAGCACT 2349
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2273 AATATCTGCTGAAAGCTCCCTGACCGAACCTTACGTTGCACACATGCTTTTTAAAGCACT 2332
Query 2350 AACTTCTAAATCTGCTCTTTTCATCGGGAATAGTATGCCAATAAGGGATGTGGATATGTA 2409
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 AACATCTAAATCTGCTCTTTTCATCGGGAATAGTATGCCAATAAGGGATGTGGATATGTA 2392
Query 2410 TGGATGTAGTTCAGAAAATTCTTCTCATGTGGTAGATATGATGTTGAGTGCAGAACTACC 2469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 TGGATGTAGTTCAGAAAATTCTTCTCATGTGGTAGATAAGATGTTGAGTGCAGAACTACC 2452
Query 2470 ATGTCAATGGATACAAGTAACTGGAAATAGAGGAGCTAGTGGCATTGATGGGTTGCTCAG 2529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 ATGTCAATGGATACAAGTAACTGGAAATAGAGGAGCTAGTGGCATTGATGGGTTGCTCAG 2512
Query 2530 CTCGGCCACTGGCTTTGCTGTAGGATGCAAGAAGAGAGTGGTCTGTGTGGTTGGGGACAT 2589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2513 CTCGGCCACTGGCTTTGCTGTAGGATGCAAGAAGAGAGTGGTCTGTGTGGTGGGGGACAT 2572
Query 2590 CTCTTTCCTTCATGATACAAATGGATTGGCGATTTTGAAGCAGAGGATTGCAAGGAAACC 2649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 CTCTTTCCTTCATGATACAAATGGATTGGCGATTTTGAAGCAGAGGATTGCAAGGAAACC 2632
Query 2650 AATGACAATTCTTGTGATAAACAACCGTGGAGGTGGAATCTTCCGACTTCTTCCTATTGC 2709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 AATGACAATTCTTGTGATAAACAACCGTGGAGGTGGAATCTTCCGACTTCTTCCTATTGC 2692
Query 2710 AAAGAAAACAGAGCCTAGCGTGTTAAATCAATATTTCTATACAGCACATGACATTTCCAT 2769
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2693 AAAGAGAACAGAGCCTAGCGTGTTAAATCAATATTTCTATACATCACATGACATTTCCAT 2752
Query 2770 TGAAAACTTGTGTTTGGCACATGGTGTGAGGTATGTTCACGTTGGGACGAAAAGTGAACT 2829
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 TGAAAACTTGTGTTTGGCACATGGTGTGAGGTATGTACACGTTGGGACGAAAAGTGAACT 2812
Query 2830 TGAGGATGCTCTATTTGTACCAAGCGTGGAGGAGATGGATTGCATTGTGGAGGTTGAAAG 2889
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TGAGGATGCTCTATTTGTACCCAGCGTGGAAGAGATGGATTGCATTGTGGAGGTTGAAAG 2872
Query 2890 CTCTATAAACGCTAACGCGATTGTTCATAGCACTTTGGAGAGGTTTGCACGCCAAGCCGC 2949
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2873 CTCTATAAACGCTAACGCAATCGTTCATAGCACTTTGGAGAGGTTTGCACGCCAAGCTGC 2932
Query 2950 AGAAAATTCCCTGGGCATTGTTTCTGCCAGTTCTTTTCTTCATCCGATGATCAAAAATGT 3009
|||||||||||| |||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2933 AGAAAATTCCCTAGGCATTATCTCGGCCAGTTCTCTTCTTCATCCGATGATCGGAAATGT 2992
Query 3010 ACTTCTTTGCCAAGTCTCTGGAATACAATATTCGCAGTACAGAGTCAAACTGTGTGACAG 3069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 ACTTCTTTGCCAAGTCTCTGGAATACAATATTCGCAGTACAGAGTCAAACTGTGTGACAG 3052
Query 3070 ACCTACCATATGTTCTGATGAATTCTCTCAATTCCATCGAGAAGGGTTCATACTCTCCCT 3129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 3053 ACCTACCATATGTTCTGATGAATTCTCTCAATTCCATCGAGAAGGATTTATACTCTCCCT 3112
Query 3130 GACTTTGGAGGATGGAAGCATTGGCTATGGAGAGGTTGCACCTCTGAACAGTAATGTAGA 3189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3113 CACTTTGGAGGATGGAAGCATTGGCTATGGAGAGGTTGCACCTCTGGACAGTAATGTAGA 3172
Query 3190 GAACTTAATGGATGTTGAGGGGCAGCTTCAGTTAGTTCTTCACCTCATGAATGAAGCTAA 3249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 3173 GAACTTAATGGATGTTGAGGGGCAGCTTCAGTTAGTTCTTCACCTCGTGAATGGAGCTAA 3232
Query 3250 ATTTAGTTACATGCTTCCTTTGTTAAATGGCTCGATTTCTTCCTGGATTTGGAGTGAACT 3309
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3233 ATTTAGTTACATGCTTCCTTTGTTAAATGGCTCTATTTCTTCCTGGATTTGGAGTGAACT 3292
Query 3310 TGGAATTACTGCATCATCGATTTTCCCTAGTGTCAGATGTGGTCTGGAAATGGCTCTTCT 3369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3293 TGGAATTACTGCATCATCGATTTTCCCTAGTGTCAGATGTGGTCTGGAAATGGCTCTTCT 3352
Query 3370 AAACGCAATGGCAGTAAGACATGATTCTAGTTTGTTGGGGATACTTCATTATCAGAAAGA 3429
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3353 AAATGCTATGGCAGTAAGACATGATTCTAGTTTGTTGGGGATACTTCATTATCAGAAAGA 3412
Query 3430 AGAAAATGGTTCTGCTCAGCCACACTCTGTTCAAATATGTGCCCTTCTTGATTCTGAAGG 3489
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3413 CGAAAATGGTTCTGCTCAGCCACATTCTGTTCAAATATGTGCCCTTCTTGATTCTGAAGG 3472
Query 3490 TACTC-CACTGGAGGTCGCATACGTTGCTAGAAAACTTGTTCAAGAAGGGTTCAGTGCTA 3548
||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3473 TAC-CGCATTGGAGGTCGCATACGTTGCTAGAAAACTTGTTGAAGAAGGGTTCAGTGCTA 3531
Query 3549 TTAAACTTAAAGTTGGTCGTCGAGTGAGCTCTGTTCAAGATGCTTTAGTTATGCAAGAAG 3608
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3532 TTAAACTTAAAGTTGGTCGTCGAGTGAACTCTGTTCAAGATGCTTTAGTTATGCAAGAAG 3591
Query 3609 TAAGGAGAGCCGTTGGCGTTCAAATTGAACTCCGTGCAGATGCAAATTGTCGTTGGACTT 3668
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3592 TAAGGAGAGCCGTTGGCGATCAAATTGAACTCCGTGCAGATGCAAATTGTCGTTGGACTT 3651
Query 3669 TTGAAGAGGCTAGAGAGTTTGGTTTATTGGTGAACAGCTGTAATTTAAAATATATTGAGG 3728
|||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3652 TTGAAGAGGCTACAGAGTTTGGTTTGTTGGTGAAAAGCTGTAATTTAAAATATATTGAGG 3711
Query 3729 AACCTGTCCAGAATAAAGATGACCTTATAAGGTTTCATGAAGAAACTGGATTACCAGTGG 3788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3712 AACCTGTCCAGAATAAAGATGACCTTATAAGGTTTCATGAAGAAACTGGATTACCAGTGG 3771
Query 3789 CACTTGATGAGACTCTTGATGATTTTGAGGAATGTCCTCTGCGTATGCTTACCAAATATA 3848
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 3772 CACTTGATGAGACTCTTGATGATTTTGAGGAATGTCCTCTACTTATGCTTACCAAATATA 3831
Query 3849 CGCACCCTGGAATAGTTGCTGTTGTTATTAAACCAAGTGTTGTGGGAGGGTTTGAGAATG 3908
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3832 CCCATCCTGGAATAGTTGCTGTTGTTATTAAACCAAGTGTTGTGGGAGGGTTTGAGAATG 3891
Query 3909 CAGCACTGATTGCTCGGTGGGCACAGCAGCATGGAAAGATGGCTGTTATAAGTGCTGCAT 3968
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3892 CAGCCCTGATTGCTCGGTGGGCACAGAAGCATGGAAAAATGGCTGTTATTAGTGCTGCAT 3951
Query 3969 ATGAAAGTGGCCTAGGTTTATCAGCATATATTTTATTTGCATCATATTTGGAGATGG-AG 4027
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 3952 ACGAAAGTGGCCTAGGTTTATCAGCATATATTTTATTTGCATCATATTTGGAGTTGGTA- 4010
Query 4028 AACGTGAAAGCATCCACAGAGCAGAAGCAAGGAACGCCCCCTTCTGTAGCCCATGGTCTT 4087
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 4011 AACGTCAAAGCATCCACAGAGCAGAAGCAAGGAACATCGCCTTCTGTAGCCCATGGTCTT 4070
Query 4088 GGAACTTACCGGTGGCTTAGTGAAGACGTAATGATGAATACATTAGGGATATTTCGTAGC 4147
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 GGAACTTATCGTTGGCTTAGTGAAGACGTAATGATGAATACATTAGGGATATTTCGTAGC 4130
Query 4148 CCTTACAGTGGATTTGTTGAAGGATTTATTGCTGATGCTAGTAGAAATCTAAAGGATGTT 4207
||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4131 CCTTATAGTGGATTTGTTGAAGGATTTGTTGCTGATTCTAGTAGAAATCTAAAGGATGTT 4190
Query 4208 AAGATAAACAACGATGTTATTGTTAGAACCAGTAAAGGAATTCCTGTTCGGAGGTATGAA 4267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4191 AAGATAAACAACGATGTTATTGTTAGAACCAGTAAAGGAATTCCTGTCCGGAGGTATGAA 4250
Query 4268 CTGAGGGTGGATGTAGATGGTTTCTCTCATTTCATAAGAGTCCATGACGTTGGGGAGAAT 4327
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||
Sbjct 4251 CTGAGGGTGGATGTAGATGGGTTCTCTCATTTCATTAGAGTCCACGACATTGGGCAGAAT 4310
Query 4328 GCAGAAGGAAGTGTAGCTTTGTTTCTTCATGGATTTCTTGGAACTGGTGAAGAATGGATC 4387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4311 GCAGAAGGAAGTGTAGCTTTGTTTCTTCATGGATTTCTTGGAACTGGTGAAGAATGGATC 4370
Query 4388 CCCATCATGACGGGTATCTCAGGATCTGCGAGATGCATTTCAGTCGATATTCCTGGTCAC 4447
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4371 CCCATCATGAAGGGTATCTTGGGATCTGCGAGATGCATTTCAGTCGATATTCCTGGTCAC 4430
Query 4448 GGAAGGTCAAGGGTACAAAGTCATGCTAGTGAGACCCAGACGTCCCCAACTTTCTCAATG 4507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4431 GGAAGGTCAAGGGTACAAAGTCATGCTAGTGAGACCCAGACGGCCCCAACTTTCTCAATG 4490
Query 4508 GAGATGATAGCGGAGGCATTGTATAAGTTGATTGAGCAAATTACTCCTGGGAAAGTAACC 4567
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4491 GAGATGATAGCGAAGGCATTGTATAAGTTGATTGAGCAAATTACTCCTGGGAAAGTAACT 4550
Query 4568 ATAGTTGGATATTCCATGGGAGCAAGGATAGCACTGTACATGGCTTTGAGGTTTAGCAAC 4627
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4551 ATAGTTGGATATTCCATGGGAGCAAGAATAGCCCTGTACATGGCTTTGAGGTTTAGCAAC 4610
Query 4628 AAGATCGAAGGAGCTGTCGTGGTATCAGGGAGCCCGGGACTCAAGGATCCAGTAGCACGG 4687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 4611 AAGATCGAAGGAGCTGTCGTGGTATCAGGGAGCCCGGGACTCAAGGATCCAGTGGCAAGG 4670
Query 4688 AAAATTCGAAGTGCTACAGATGATTCCAAAGCACGAATGATGGTTGACAATGGACTATAT 4747
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4671 AAAGTTCGAAGTGCAACAGATGATTCCAAAGCACGAATGATGGTTGACAATGGACTCGAA 4730
Query 4748 ATCTTTATCGAGAATTGGTACAATGGAGGCTTGTGGAAGAGCTTGAGAAATCATCCCCAT 4807
|||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4731 ATCTTTCTAGAGAACTGGTACAATGGAGGCTTGTGGAAGAGCTTGAGAAATCATCCCCAT 4790
Query 4808 TTTAGTAAAATTGCTGCAAGCCGCTTGCTACATGGTGATGTTCCTAGTGTTGCAAAGCTC 4867
||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4791 TTTAGTAAAATAGTTGCAAGCCGCTTGCTACATGATGATGTTCCTAGTGTTGCAAAGCTC 4850
Query 4868 CTGTCTGATCTAAGCAGTGGGAGACAACCGTCATTGTGGGAAGAGTTGGAGGATTGTGAT 4927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4851 CTGTCTGATCTAAGCAGTGGGAGACAACCGTCATTGTGGGAAGAGTTGGAGGATTGTGAT 4910
Query 4928 ACAAATATCTCGCTCGTATTCGGGGAGAAAGATGTCAAATACAAGCAAATCGCTACTAGA 4987
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4911 ACAAATATCTCGCTCGTATTCGGAGAGAAAGATGTCAAATTCAAGCAAATCGCTACTAGA 4970
Query 4988 ATGTACCGCGAGATGAGTAAAAGCAAGAAGAGCGTAAACAATATCATCGAGATAGTTGAA 5047
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4971 ATGTACCGCGAGATGAGTAAAAGCAAGAATAGCGTAAACAATATCATCGAGATGGTTGAA 5030
Query 5048 ATTCCAGAGGCTGGTCACGCTGTACATCTCGAGAGCCCTCTTCGCGTGATTCTCGCCCTC 5107
|| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||
Sbjct 5031 ATCCCAGAGGCTGGTCACGCTGTCCATCTCGAGAACCCTCTTCACATGATTCTCGCCCTT 5090
Query 5108 AGAAAATTCTTAACAAGAGTTCACAACAGTTCTACAGAGACAGAGCTTTCTCAGAAGCTC 5167
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5091 AGAAAATTCTTAACAAGAGTGCACAAAAGTTC-ACAGAGACAG--CTTTCTCAGAAGCTC 5147
Query 5168 TTGTTAGCACTAAAAGAAATGTAAAACAGATTTGGAACATGAAG 5211
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5148 TTGTTAGCACTAAAAGAAATGTAAAACAGATTTGAAACATGAAG 5191
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 202656576225
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5