BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G70290.1 Length=3019 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg926342 jgi|Araly1|926342|scaffold_201903.1 4063 0.0 > Ahg926342 jgi|Araly1|926342|scaffold_201903.1 Length=2612 Score = 4063 bits (2200), Expect = 0.0 Identities = 2484/2620 (95%), Gaps = 24/2620 (1%) Strand=Plus/Plus Query 221 GCTGTTAGCTCTGTTTCTCCATGGTGTCAAGATCTTGTGCTAATTTTCTAGACTTATCAT 280 |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1 GCTGTTAGTTCTGTTTCTTCATGGTGTCAAGATCTTGTGCTAATTTTCTAGACATATCAT 60 Query 281 CTTGGGACCTTTTAGATTTTCCTCAAACTCCACGAACTCTTCCACGCGTCATGACTGTTC 340 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 CTTGGGACCTTTTAGATTTTCCTCAAACTCCAAGAACTCTTCCACGCGTCATGACTGTCC 120 Query 341 CGGGAATCATCACCGACGTAGAC---GGTGATACAACCTCCGAAGTAACTTCTA-CCTCC 396 | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 121 CTGGAATCATCACCGACGTAGACGGAGGAGATATAACCTCCGAAGTAACTTC-ATCCTCC 179 Query 397 GGTGGTTCACGTGAGAGGAAGATCATTGTAGCTAACATGTTACCACTCCAATCTAAAAGA 456 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 GGTGGCTCACGTGAGAGGAAGATCATTGTTGCTAATATGTTACCACTCCAATCTAAAAGA 239 Query 457 GATGCAGAAACTGGTAAATGGTGTTTTAACTGGGACGAAGACTCTCTCCAGTTACAACTT 516 ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 GATACAGAAACTGGTAAATGGTGTTTTCATTGGGACGAAGACTCTCTCCAGTTACAACTT 299 Query 517 AGAGATGGGTTCTCTTCAGAAACAGAGTTTCTCTACGTTGGATCACTTAACGTAGACATC 576 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 300 AGAGATGGGTTTTCTTCAGAAACAGAGTTTCTCTACGTTGGATCACTTAACGTTGATATC 359 Query 577 GAAACTAACGAACAAGAAGAAGTTTCACAGAA-GCTTTTAGAGGAATTTAACTGCGTTGC 635 ||||| | || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 GAAACGAGTGAGCAAGAAGAAGTTTCACA-AAGGCTTTTAGAGGAATTTAACTGCGTTGC 418 Query 636 AACGTTTTTGTCTCAAGAGTTGCAAGAAATGTTCTATCTTGGTTTCTGTAAACATCAGTT 695 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 AACGTTTTTGTCTCAAGAGTTGCAAGAAATGTTCTATCTTGGTTTCTGTAAACATCAGTT 478 Query 696 ATGGCCACTCTTTCATTACATGCTTCCAATGTTTCCTGATCATGGTGATCGTTTTGATC- 754 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | Sbjct 479 ATGGCCACTCTTTCATTACATGCTTCCAATGTTTCCTGATCATGGAGATCGTTTCGA-CA 537 Query 755 GACGTCTATGGCAAGCTTATGTATCAGCCAACAAGATATTTTCAGATAGAGTTATGGAAG 814 | ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 GGCGTTTATGGCAAGCTTATGTGTCTGCTAACAAGATATTTTCAGATAGAGTTATGGAAG 597 Query 815 TTATCAACCCTGAGGATGATTACGTTTGGATTCAAGATTATCATCTTATGGTTCTTCCTA 874 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 TTATCAACCCTGAGGATGATTATGTTTGGATTCAAGATTATCATCTTATGGTTCTTCCTA 657 Query 875 CTTTCTTGAGGAAACGTTTTAATAGGATCAAACTCGG-TTTCTTCCTTCATAGTCCGTTT 933 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| Sbjct 658 CTTTCTTGAGGAAACGTTTTAATAGGATTAAACTCGGGTTT-TTCCTTCATAGTCCGTTT 716 Query 934 CCTTCTTCAGAGATTTACCGCACATTGCCTGTTCGTGACGAGATTTTGAGAGGTTTGTTG 993 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 CCTTCTTCAGAGATTTACCGCACATTGCCTGTTCGTGACGAGATTTTGAGAGGTTTGTTG 776 Query 994 AATTGTGATCTCATTGGTTTCCATACGTTTGATTACGCGA-GGCATTTCTTGTCTTGTTG 1052 ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 777 AATTGTGATCTTATTGGATTCCATACGTTTGATTACGC-ACGGCATTTCTTGTCTTGTTG 835 Query 1053 TAGTAGAATGCTTGGTCTTGATTACGAGTCTAAGCGCGGTCACATAGGTCTTGATTACTT 1112 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 836 TAGTAGAATGCTTGGTCTTGATTATGAGTCTAAGCGCGGTCATATAGGGCTTGATTACTT 895 Query 1113 TGGTAGGACTGTGTATATCAAAATACTTCCTGTTGGTGTTCATATGGGTAGATTGGAGTC 1172 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 896 TGGTAGGACTGTGTATATCAAAATTCTTCCTGTTGGTGTTCATATGGGTAGATTGGAATC 955 Query 1173 TGTTTTGAGTCTTGATTCTACTGCGGCGAAGACGAAAGAGATTCAAGAACAGTTTAAAGG 1232 |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 TGTTTTGAATCTTGATTCTACTGCGGCGAAAACGAAAGAGATTCAAGAACAGTTTAAAGG 1015 Query 1233 GAAGAAGCTTGTTCTTGGTATCGATGATATGGATATATTTAAAGGGATAAGCTTAAAGCT 1292 ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 GAAAAAACTGGTTCTTGGTATCGATGATATGGATATATTTAAAGGGATAAGCTTAAAGCT 1075 Query 1293 TATAGCAATGGAACATCTCTTTGAGACTTATTGGCATTTGAAAGGGAAAGTTGTTCTTGT 1352 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1076 TATAGCAATGGAACATCTCTTTGAGACTTATTGGCATTTGAGAGGGAAAGTTGTTCTTGT 1135 Query 1353 TCAGATAGTGAACCCTGCAAGATCTTCTGGTAAAGATGTTGAAGAAGCGAAGAGGGAGAC 1412 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| Sbjct 1136 TCAGATAGTGAACCCTGCAAGATCCTCTGGTAAAGATGTGGAAGAAGCGAAAAGAGAGAC 1195 Query 1413 GTATGAGACTGCGAGGAGGATCAATGAGCGTTACGGTACTTCTGACTATAAGCCGATAGT 1472 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1196 GTATGTGACTGCGAAAAGGATCAATGAGCGTTACGGTACTTCTGATTATAAGCCGATAGT 1255 Query 1473 TTTGATCGATCGTCTTGTTCCACGTTCTGAGAAAACCGCGTATTATGCTGCAGCAGATTG 1532 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 CTTGATTGATCGTCTTGTTCCACGTTCTGAGAAAACCGCGTATTATGCTGCAGCAGATTG 1315 Query 1533 TTGCTTAGTGAATGCAGTGAGAGATGGTATGAACTTAGTTCCTTATAAGTATATCGTCTG 1592 |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1316 TTGCTTGGTGAATGCTGTGAGAGATGGTATGAACTTAGTTCCTTATAAGTATATAGTCTG 1375 Query 1593 CAG-GCAGGGGACTCGAAGTAATAAGGCCGTTG-TGGATTCATCGCCTCGCACAAGCACT 1650 ||| | |||| ||||||| | |||||| ||| || |||||||||| ||||||||||| Sbjct 1376 CAGAGAAGGG-ACTCGAA--AC-AAGGCCCTTGATG-ATTCATCGCCCCGCACAAGCACG 1430 Query 1651 CTTGTCGTGTCTGAGTTTATTGGATGCTCACCTTCTTTGAGTGGTGCCATTAGGGTGAAT 1710 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1431 CTTGTTGTGTCTGAGTTTATTGGATGCTCGCCTTCTTTGAGTGGTGCCATTAGGGTGAAT 1490 Query 1711 CCATGGGATGTGGATGCTGTTGCTGAAGCGGTAAACTCGGCTCTTAAAATGAGTGAGACT 1770 ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1491 CCATGGGATGTGGATGCTGTTGCGGAGGCGGTAAACTCGGCTCTTAAAATGAGTGAGACC 1550 Query 1771 GAGAAGCAACTACGGCATGAGAAACATTATCATTATATTAGCACTCATGATGTTGGTTAT 1830 ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1551 GAGAAGCAACTACGGCATGAGAAACATTACCACTATATTAGCACTCATGATGTTGGTTAC 1610 Query 1831 TGGGCAAAGAGCTTTATGCAGGATCTTGAGAGAGCGTGCCGAGATCATTATAGTAAACGT 1890 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1611 TGGGCAAAGAGCTTTATGCAGGATCTTGAGAGAGCGTGCCGGGATCATTATAGTAAACGT 1670 Query 1891 TGTTGGGGGATTGGTTTTGGTTTGGGGTTCAGAGTTTTGTCACTCTCTCCAAGTTTTAGG 1950 |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1671 TGTTGGGGGATTGGATTTGGATTGGGGTTCAGAGTTTTGTCGCTCTCTCCAAGTTTTAGG 1730 Query 1951 AAGCTATCTGTGGAACACATTGTTCCAGTTTATAGAAAAACACAGAGAAGAGCTATATTT 2010 |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1731 AAGCTATCCGTGGAACACATTGTCCCGGTTTATAGAAAAACACAGAGAAGGGCGATATTT 1790 Query 2011 CTTGATTATGATGGTACTCTTGTTCCTGAAAGCTCCATTGTTCAAGATCCAAGCAAC-GA 2069 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || Sbjct 1791 CTTGATTATGATGGCACTCTTGTTCCTGAAAGCTCCATTGTTCAAGATCCAAGCT-CTGA 1849 Query 2070 GGTTGTCTCTGTTCTGAAAGCTCTCTGTGAAGATCCGAATAACACGGTGTTTATTGTTAG 2129 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1850 GGTTGTCTCTGTTCTGAAAGCTCTCTGCGAAGATCCCAATAACACGGTGTTTATTGTTAG 1909 Query 2130 TGGAAGAGGTAGAGAGTCTCTGAGCAATTGGCTATCTCCTTGTGAAAATCTTGGAATAGC 2189 ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1910 TGGAAGAGGAAAAGAGTCTCTGAGCAACTGGCTATCTCCTTGTGAAAATCTTGGAATAGC 1969 Query 2190 AGCTGAACATGGATACTTCATTAGATGGAAGAGCAAAGATGAGTGGGAGACTTGTTATTC 2249 || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1970 GGCGGAACACGGATACTTCATAAGGTGGAATAGCAAAGATGAGTGGGAGACTTGTTATTC 2029 Query 2250 GCCTACGGATACAGAGTGGAGGTCAATGGTGGAACCGGTTATGAGATCGTATATGGAGGC 2309 ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2030 ACCTTCGGATACAGAGTGGAGGTCATTGGTGGAACCGGTTATGAGATCGTATATGGAGGC 2089 Query 2310 AACAGATGGGACGAGTATAGAGTTTAAAGAAAGTGCTTTGGTGTGGCACCATCAAGACGC 2369 ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2090 AACGGATGGAACCAGTATAGAGTTTAAAGAAAGTGCTTTGGTGTGGCACCATCAAGACGC 2149 Query 2370 AGATCCTGACTTTGGATCATGTCAAGCTAAGGAGATGCTTGATCATCTAGAGAGTGTTCT 2429 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2150 AGATCCGGACTTTGGATCATGTCAAGCTAAGGAGATGCTTGATCATCTAGAGAATGTTCT 2209 Query 2430 CGCCAATGAGCCTGTGGTTGTCAAGAGAGGTCAACACATCGTTGAAGTCAAACCACAAGG 2489 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2210 CGCCAATGAGCCTGTGGTTGTCAAGAGAGGTCAACACATCGTTGAAGTCAAACCACAGGG 2269 Query 2490 TGTAAGCAAAGGTCTAGCTGCGGAGAAAG-TAATCCGAGAAATGGTAGAACGCGGGGAGC 2548 |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| Sbjct 2270 TGTAAGCAAAGGTCTAGCTGCGGA-AAAGGTAATCCGAGGAATGGTAGAACGCGGGCAGC 2328 Query 2549 CACCGGAAATGGTGATGTGCATAGGAGACGATAGATCAGACGAAGACATGTTTGAGAGCA 2608 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2329 CACCGGAAATGGTGATGTGCATAGGAGACGATAGATCAGACGAAGACATGTTTGAGAGCA 2388 Query 2609 TATTAAGCACAGTGACAAATCCGGAACTTCTTGTGCAGCCAGAGGTTTTTGCATGCACGG 2668 |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2389 TATTAAGCACAGTGACAAATCCAGAGCTTCTTGTTCAGCCAGAGGTTTTTGCATGCACGG 2448 Query 2669 TTGGAAGAAAACCAAGCAAAGCTAAATACTTCTTGGACGATGAAGCCGACGTGCTTAAGC 2728 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2449 TTGGAAGAAAACCAAGCAAAGCTAAATACTTCTTGGACGATGAAGCCGACGTGCTTAAGC 2508 Query 2729 TCCTAAGAGGTCTTGGAGACTCATCATCGAGCTTAAAACCTAGTTCTTCTCACACACAAG 2788 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 2509 TCCTAAGAGGCCTTGGAGACTCATCATCAAGCTTAAAACCCACATCTTCTCACACACAAG 2568 Query 2789 TTGCATTTGAAAGCATCGTTTAAAGTGGAGAAGTGCCAAA 2828 || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2569 TTTCATTTGAAAGCATCGTTTAAAGTGGGGAAGTGCCAAA 2608 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 114004103285 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5