BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G70610.1 Length=2400 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg476191 jgi|Araly1|476191|fgenesh2_kg.2__1321__AT1G70610.1 3818 0.0 > Ahg476191 jgi|Araly1|476191|fgenesh2_kg.2__1321__AT1G70610.1 Length=2344 Score = 3818 bits (2067), Expect = 0.0 Identities = 2263/2356 (96%), Gaps = 19/2356 (1%) Strand=Plus/Plus Query 16 TTTCGAAACGACGCGTTTTAATTCTTCTTCTGCATTTCATATGAACCAAGGAAAAAGCTT 75 |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1 TTTCGAAACGACGCGTTTCATTTCTTCTTCTGCATTTCATATGAACCAAGGAATAAGCTT 60 Query 76 GAAGCGTCGTGACTCGT-GAAGCTTCTTCATCTTTAGTCCACCGAACATAAATGGCTCAG 134 ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | Sbjct 61 GAAGC--CGTGACTCGTGGAAGCTTCTTCATCTTTAGTCCGCCGTTCATAAATGGCTCTG 118 Query 135 CAAGTACTCGGCTGCACGAGCCGCCCCATCCGCGTTTCTCTTCACCGGTGTTCTGTTAT- 193 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| Sbjct 119 CAAGTACTCGGCTGCACGAGCCGCCCAATCCGCGTCTCCCTTCACCGGTGTTCTGTTATC 178 Query 194 TACCACCAGTGAC-ACTATCAGAAGGAAGAATCTCCGATTCGTTAGAAACCCGAGATTGT 252 | | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 179 T-CTACCAGTGACAAC-ATCAGAAGGAAGAATCTCCGATTTGTTAGAAACCCGAGATTGT 236 Query 253 CGTTTTCTCTTCAATCTTCAACTAGAAATTATC-GTCTGCCTTCGATTAATTGCTCGACG 311 ||||||||||||||||||| | ||||||||| | || | ||||||||||||||||||||| Sbjct 237 CGTTTTCTCTTCAATCTTCCAGTAGAAATTACCGGT-TACCTTCGATTAATTGCTCGACG 295 Query 312 GTGAATGGAGCAGTAGCGGAAACTGCGGAATATTACGAAGGAGAAGGAGATAACGTTTCA 371 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 296 GTGAATGGAGCAGTAGCGGAAACTGCGGAATATTACGAAGGAGAAGGAGACAACGTTTCA 355 Query 372 CTTGCTGAGAAAATCCGGCAATGTATTGATTTCCTCCGGACGATTTTACCAGGTGGAAGC 431 || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 356 GTTCCTGAGAAAATTCGCCAATGTATTGATTTCATCCGGACGATTTTACCAGGTGGAAGC 415 Query 432 TGGTGGAGTTTCTCCGATGAAGTTGATGGTAGGTTCATTGCTAAGCCTGTGACTGTTTGG 491 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 416 TGGTGGAGTTTCTCCGATGAGGTTGATGGTAGGTTCATTGCAAAGCCTGTGACTGTTTGG 475 Query 492 CGTGCGTTAAGTCGGATGTGGGAACTTGTGGCTGAGGATCGTTGGGTTATCTTCGCTGCG 551 ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 476 CGTGCTTTAAGTCGGATGTGGGAGCTTGTGGCTGAGGATCGTTGGGTTATCTTCGCTGCG 535 Query 552 TTTTCCACTCTTATAGTAGCCGCGCTTTCAGAGATAACTATTCCGCATTTTTTAACAGCT 611 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 536 TTTTCCACTCTTATCGTAGCCGCGCTTTCAGAGATAACTATTCCGCATTTTTTAACTGCT 595 Query 612 TCGATCTTCTCGGCACAAAGTGGTGATATCGCTGTGTTTCATCGAAATGTCAAGCTCTTG 671 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 596 TCGATCTTCTCGGCACAAAGTGGTGATATCGCTGTGTTTCGTCGAAATGTCAAGCTCTTG 655 Query 672 GTTACGTTATGTGTTACTTCAGGCATTTGCAGTGGCATACGAGGATGCTTCTTTGGGATT 731 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 656 GTTACGTTATGTGTTACTTCAGGCATTTGCAGTGGCATACGAGGATGCTTCTTTGGGATT 715 Query 732 GCTAACATGATACTTGTGAAACGAATGAGGGAAACACTATACTCCACTCTTCTCTTCCAG 791 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 716 GCTAACATGATACTTGTGAAACGAATGAGGGAAACACTATACTCCACTCTTCTCTTCCAG 775 Query 792 GATATATCATTTTTCGACTCTCAAACTGTTGGTGACTTAACAAGCAGACTTGGCTCAGAC 851 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 776 GATATATCATTTTTCGACTCTCAAACTGTTGGTGACTTAACAAGCAGACTTGGATCAGAT 835 Query 852 TGTCAGCAAGTCTCGAGGGTCATCGGAAATGATCTGAACATGATATTTCGCAATGTTCTT 911 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 836 TGTCAGCAAGTCTCGAGGGTCATCGGAAATGATCTGAACATGATATTCCGCAATGTTCTT 895 Query 912 CAGGGTACAGGGGCATTGATTTATTTGCTAATTTTGTCTTGGCCCCTTGGGCTGTGCACA 971 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 896 CAGGGTACAGGGGCATTGATTTATTTGCTAATTTTGTCTTGGCCCCTTGGGCTGTCCACA 955 Query 972 TTGGTGATATGCTGTATTTTGGCTGCGGTTATGTTCGTTTATGGGATGTACCAAAAGAAG 1031 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 TTGGTGATATGCTGTATTTTGGCTGCGGTTATGTTCGTTTATGGGATGTACCAAAAGAAA 1015 Query 1032 ACAGCGAAGCTAATTCAGGAGATCACAGCTTCTGCAAATGAAGTCGCTCAAGAGACATAC 1091 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 ACAGCGAAGCTAATTCAGGAGATCACAGCTTCTGCAAATGAAGTCGCTCAAGAGACATAC 1075 Query 1092 TCTTTGATGAGAACCGTTCGTGTATATGGGACAGAGAAGCAAGAGTTTAAAAGGTACAAT 1151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 TCTTTGATGAGAACCGTTCGTGTATATGGGACAGAGAAGCAAGAGTTTAAAAGGTACAAT 1135 Query 1152 CACTGGCTTCAGAGATTGGCGGATATAAGTTTGAGACAGAGTGCTGCATATGGTATTTGG 1211 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 CACTGGCTTCAGAGATTAGCGGATATAAGTTTGAGACAGAGTGCTGCATATGGTATTTGG 1195 Query 1212 AACTGGAGCTTCAACACTCTATACCATGCAACTCAGATTATTGCTGTCCTGGTTGGAGGA 1271 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 AACTGGAGCTTCAACACTCTATACCATGCAACTCAGATTATTGCTGTCCTGGTTGGAGGA 1255 Query 1272 TTGTCTATCTTAGCTGGTCAAATAACAGCAGAGCAGCTGACAAAGTTTCTGTTGTATAGT 1331 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 TTGTCTATCTTAGCTGGTCAAATAACAGCAGAGCAGCTGACAAAGTTTCTGTTGTATAGT 1315 Query 1332 GAGTGGTTAATCTATGCTACATGGTGGGTGGGAGATAATTTATCATCTTTGATGCAATCG 1391 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 GAATGGTTAATCTATGCTACATGGTGGGTGGGAGATAATTTATCATCTTTGATGCAATCA 1375 Query 1392 GTTGGAGCAAGTGAAAAGGTTTTCCAAATGATGGATCTCAAGCCAAGTGATCAATTCATA 1451 |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 GTTGGAGCGAGTGAAAAGGTCTTCCAAATGATGGATCTCAAGCCAAGTGATCAATTCATA 1435 Query 1452 TCAAAAGGAACGAGACTGCAGAGACTGACAGGACATATCGAGTTTGTAGATGTGTCATTT 1511 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 1436 TCAAAAGGAACAAGACTGCAGAGACTGACAGGACATATCGAGTTTGTAGAAGTGTCGTTC 1495 Query 1512 AGCTACCCTTCAAGAGATGAGGTAGCGGTGGTTCAAAACGTAAACATT-TCCGTGCATCC 1570 ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||| Sbjct 1496 AGCTACCCTTCAAGAGAGGAGGTGGCGGTGGTTCAAAACGTAAGC-TTGTCCGTGCATCC 1554 Query 1571 TGGTGAAGTGGTAGCAATCGTTGGTCTAAGTGGCAGTGGCAAAAGTACACTGGTTAATCT 1630 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1555 TGGTGAAGTGGTAGCAATCGTTGGTCTAAGTGGCAGTGGCAAAAGTACACTGGTTAATCT 1614 Query 1631 TTTGCTGCAACTCTACGAACCAACAAGTGGTCAGATTCTACTAGATGGGGTTCCTTTGAA 1690 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 TTTGCTGCAACTGTACGAACCAACAAGTGGTCAGATTCTACTAGATGGGGTTCCTTTGAA 1674 Query 1691 AGAGTTGGATGTCAAGTGGCTTAGGCAAAGAATCGGATACGTGGGGCAGGAACCAAAGCT 1750 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1675 AGAGTTGGATGTCAAGTGGCTAAGGCAAAGAATCGGATACGTGGGGCAGGAACCAAAGCT 1734 Query 1751 CTTCCGCACAGACATCAGTTCGAACATCAAGTACGGATGTGATCGTAATATATCGCAAGA 1810 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1735 CTTCCGCACGGACATCAGTTCCAACATCAAGTACGGATGTGATCGTAATATATCGCAAGA 1794 Query 1811 AGATATAATATCGGCTGCAAAGCAAGCCTATGCACATGACTTTATCACAGCACTTCCGAA 1870 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || Sbjct 1795 AGATATAATATCGGCCGCAAAGCAAGCCTATGCACATGAATTTATCACAGCACTGCCCAA 1854 Query 1871 TGGTTACAACACAATTGTTGATGATGATCTACTCAGTGGAGGGCAGAAACAACGGATTGC 1930 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1855 TGGTTATAACACAATTGTTGATGATGATCTACTCAGTGGAGGGCAGAAACAACGGATTGC 1914 Query 1931 CATTGCTCGTGCCATCCTTAGAGATCCTAGAATCCTCATCCTCGATGAAGCCACAAGTGC 1990 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 CATTGCTCGTGCCATCCTTAGAGATCCTAGAATTCTCATCCTCGATGAAGCCACAAGTGC 1974 Query 1991 ACTCGATGCAGAGAGCGAACACAATGTTAAGGGCGTACTTCGTTCTATCGGAAACGACTC 2050 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 ACTCGATGCAGAGAGCGAACACAATGTTAAGGGTGTACTTCGTTCTATCGGAAACGACTC 2034 Query 2051 AGCAACAAAGAGAAGCGTCATAGTGATAGCACACAGACTTTCTACAATTCAAGCTGCGGA 2110 ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2035 AGCAACAAAGAAAAGTGTCATAGTGATAGCACACAGACTTTCTACAATTCAGGCTGCGGA 2094 Query 2111 TAGAATAGTGGCTATGGACAGTGGACGAGTCGTCGAGATGGGCAGTCACAAAGAACTTTT 2170 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2095 TAGAATAGTGGCTATGGACAGTGGACGAGTCGTCGAGATGGGCAACCACAAAGAACTTTT 2154 Query 2171 GAGCAAAGATGGCTTATACGCGAGATTGACGAAGAGACAAAACGATGCCGTCTTATGATT 2230 ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||| Sbjct 2155 GAGCAAAGATGGCTTATACGCAAGATTGTCGAAGAGACAAGCCGATGCTGTCGTATGATT 2214 Query 2231 GATCCTACACATGCTAAACTGTTCATGAAATAGTCATGATTATGTTTTTGAATGGTCATG 2290 |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2215 GATCCTGCACATGCTAAACTATTCATGAA-TAGTCATGATTATGTTTTTGAATGGTCATG 2273 Query 2291 ACGATA-TGTAATGGCAAAATTATGTAAAG-TGTAACCATAGAGAATTCTTATTATTTCA 2348 |||||| || | ||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| | | Sbjct 2274 ACGATAATG-A-TGGAAAAATTGTGTAAAGGTGTAACCATAGAAAATTCTTATT-TA--A 2328 Query 2349 CACAAATCGTGTCGTT 2364 |||||||||||||||| Sbjct 2329 CACAAATCGTGTCGTT 2344 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 90426241630 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5