BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G70820.1
Length=2154
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476213 jgi|Araly1|476213|fgenesh2_kg.2__1343__AT1G70820.1 3469 0.0
> Ahg476213 jgi|Araly1|476213|fgenesh2_kg.2__1343__AT1G70820.1
Length=2149
Score = 3469 bits (1878), Expect = 0.0
Identities = 2067/2158 (96%), Gaps = 13/2158 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATATTTGTTTTC-TTTCTTTGGATCTCTGCTTTCAAGTCTGAAACTT-GAACTCTGTTTC 58
||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATATTTG-TTTCTTTTATTTGGATCTCTGCCTTCAAGTCTGAAACTTAGAACTCTGTTTT 59
Query 59 TAATTTACTTCAAAAGCTATGGCGTCGACTTCAACATCATCTTTAATGGCTTCTAAAACT 118
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TAATTTACTTCAAAAGCTATGGCGTCGGCTTCAACATCATCTTTAATGGCTTCTAAAACT 119
Query 119 GTAATCTCCAAAACAGCTCTGTTTTCTTCCTTACCGGGAATAGTCAGCCGGAGTTTTTTA 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 120 GTAATCTCCAAAACAGCTCTGTTTTCTTCCTTACCGGGAATAGTCAACCGGAGTTTTTTA 179
Query 179 ACATTCGCACCGGCTTCTCCTTCCGTTAAACCCCTTAGGATAAGATCTTCAAATGTTACT 238
||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 180 ACATTGGCACCAGTTTCTCCTTCCGTTAAACCCCTGAGGACAAGATCTTCAAGTGTTACT 239
Query 239 AAGTTCGATGAAGTAACCAACAGTCTTGACGAAGACATGGACCAGATTCGACGGTTACAA 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 240 AAGTTCGATGAAGTAACCAACAGTCTTGACGAAGATATGGACCAGATTCGACGGTTGCAA 299
Query 299 AACGGTTCTGACGTGAGAGGAGTCGCATTGGAAGGAGAGAAAGGTCGAACAGTTGACCTA 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 300 AACGGTTCTGACGTGAGAGGAGTCGCATTGGAAGGAGAGAAAGGTCGAACGGTTGACCTA 359
Query 359 ACGCCTGCAGCTGTTGAAGCAATCGCAGAGAGCTTTGGAGAATGGGTTGCAGCAACGGAG 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACGCCTGCAGCTGTTGAAGCAATCGCAGAGAGCTTTGGAGAATGGGTTGCAGCAACGGAG 419
Query 419 AGTAACGGAAACGGCGTCATTAAGATTTCTCTCGGACGGGATCCACGTGTTTCCGGTGGG 478
||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGTAACGGAAATGGCGTCCTTAAGGTTTCTCTCGGACGGGATCCACGTGTTTCCGGTGGG 479
Query 479 AAGCTAAGCACGGCAGTGTTTGCCGGCTTAGCTCGTGCAGGCTGTTTAGCTTTTGACATG 538
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 480 AAGCTAAGCACGGCGGTGTTTGCCGGTTTAGCTCGTGCAGGTTGTTTAGCTTTTGACATG 539
Query 539 GGTTTAGCTACAACGCCAGCTTGCTTCATGAGCACGTTACTCTCTCCATTCGAATACGAC 598
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GGTTTAGCTACTACTCCAGCTTGCTTCATGAGCACGTTACTCTCTCCATTCGAATACGAC 599
Query 599 GCTTCAATTATGATGACAGCTTCTCATTTACCGTATACAAGAAACGGACTCAAGTTCTTT 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCTTCAATTATGATGACAGCTTCTCATTTACCGTATACAAGAAACGGACTCAAGTTCTTT 659
Query 659 ACCAAGAGAGGAGGATTAACGTCTCCTGAAGTGGAGAAGATATGCGATTTAGCTGCGCGA 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ACCAAGAGAGGAGGATTAACGTCTCCTGAAGTGGAGAAGATATGCGATTTAGCTGCGCGA 719
Query 719 AAGTACGCTACTAGGCAGACTAAAGTCTCTACATTGATCAGAACGCGACCGCAGCAAGTT 778
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 720 AAGTACTCTACTAGGCAGAATAAAGTCTCTACATTGATCAGAATGCGACCTAAGCAAGTT 779
Query 779 GATTTTATGAGCGCTTACTCTAAGCACCTTAGAGAAATCATTAAAGAGAGAATCAATCAC 838
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 780 GATTTCATGAGCGCTTACTCTAAGCACCTTAGAGAAATCATTAAAGAGAGAATAAATCAC 839
Query 839 CCTGAACACTATGACACTCCTCTCAAAGGATTTCAGATAGTTGTGAATGCGGGTAATGGG 898
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 840 CCTGAACACTACGACACTCCGCTCAAAGGATTTCAGATAGTTGTGAATGCTGGTAATGGG 899
Query 899 TCAGGAGGCTTCTTTACGTGGGACGTTCTAGACAAGTTAGGAGCCGATACATTCGGTTCG 958
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TCAGGAGGGTTCTTTACGTGGGACGTTCTAGACAAGTTAGGAGCCGATACATTCGGTTCG 959
Query 959 CTCTATCTAAACCCTGACGGGATGTTCCCTAATCACATTCCTAATCCGGAAAACAAAATC 1018
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTCTATCTAAACCCAGACGGGATGTTCCCCAATCACATTCCTAATCCGGAAAACAAAATC 1019
Query 1019 GCAATG-CAACACACCCGAGCCGCGGTTCTTGAGAACTCAGCAGATCTCGGGGTTGTGTT 1077
|||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCAATGTCA-CACACCCGAGCCGCGGTTCTTGAAAACTCAGCGGATCTCGGGGTTGTGTT 1078
Query 1078 TGATACGGATGTTGACAGGAGTGGAGTGGTGGATAACAAAGGAAATCCTATCAACGGAGA 1137
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||
Sbjct 1079 TGACACGGATGTTGACAGGAGTGGAGTGGTGGATAACAGAGGAAATCCTATAAATGGAGA 1138
Query 1138 TAAGCTTATTGCGCTTATGTCAGCTATAGTGCTTAAAGAACATCCAGGAAGTACAGTAGT 1197
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1139 TAAGCTCATTGCGCTGATGTCAGCTATAGTGCTTAAAGAACATCCAGGAAGTACAATAGT 1198
Query 1198 GACTGACGCAAGAACGAGTATGGGGCTAACTAGGTTTATAACGGAGCGAGGAGGGAGGCA 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GACTGACGCAAGAACGAGTATGGGGCTAACTAGGTTTATAACGGAGCGAGGAGGGAGGCA 1258
Query 1258 TTGTTTGTATAGAGTAGGGTATAGAAACGTGATTGACAAGGGAGTAGAGCTGAACAAAGA 1317
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TTGTTTGTACAGAGTAGGCTATAGAAACGTGATTGACAAGGGAGTAGAGCTGAACAAAGA 1318
Query 1318 CGGCATCGAGACTCATCTCATGATGGAAACTTCAGGACATGGTGCGGTTAAGGAGAATCA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1319 CGGCATCGAGACTCATCTCATGATGGAAACTTCAGGACATGGTGCTGTTAAGGAGAATCA 1378
Query 1378 CTTCTTGGATGATGGTGCATACATGGTGGTGAAGATCATAATTGAAATGGTGAGAATGAG 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTTCTTGGATGATGGTGCATACATGGTGGTGAAGATCATAATTGAAATGGTGAGAATGAG 1438
Query 1438 ACTCGCGGGATCAAATGAAGGTATCGGTAGTTTGATCGAAGATCTTGAGGAGCCGTTAGA 1497
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 ACTCGCGGGATCAAATGAAGGTATCGGTAGTCTGATCGAAGATCTTGAGGAGCCGTTAGA 1498
Query 1498 AGCGGTTGAGCTTCGGTTGAATATTTTATCAGAGCCAAGAGATGCCAAAGCAAAAGGCAT 1557
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGCGGTTGAGCTGCGGTTGAATATTTTATCAGAGCCAAAAGATGCCAAAGCAAAAGGCAT 1558
Query 1558 TGAAGCCATTGAGACTTTCAGGCAATACATTGAGGAAGGAAAACTGAAAGGGTGGGAATT 1617
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1559 TGAAGCCATTGAGACTTTCAGACAATACATCGAGGAAGGAAAACTGAGAGGGTGGGAATT 1618
Query 1618 AGGCACGTGTGGGGATTGTTGGGTTACTGAAGGTTGCTTGGTGGACTCAAATGATCATCC 1677
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGGCACGTGTGGGGATTGTTGGGTGAGTGAAGGTTGCTTGGTGGACTCAAATGATCATCC 1678
Query 1678 ATCTGCTATTGATGCTCACATGTACAGGGCAAGAGTGAGTGATGAAGAGAGTGGGGAAGA 1737
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 ATCTGCCATTGATGCTCACATGTACAGGGCAAGAGTGAGTGATGAAGAGAGTGGGGAAGA 1738
Query 1738 GTATGGTTGGGTGCATATGAGGCAGAGTATTCATAACCCTAACATCGCACTTAATATGCA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GTATGGTTGGGTGCATATGAGGCAGAGTATTCATAACCCTAACATCGCACTTAATATGCA 1798
Query 1798 ATCAATGCTTCCTGGTGGATGTCTCTCCATGACAAGAATCTTCAGAGACCAGTTTCTTGA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ATCAATGCTTCCTGGTGGATGTCTCTCCATGACAAGAGTCTTCAGAGACCAGTTTCTTGA 1858
Query 1858 AGCTAGTGGGGTGGCTAGATTCCTGGATATAAGTGACTTCGACAATTACATCGGAGGTCA 1917
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1859 AGCTAGTGGGATTGCTAGATTCCTGGATATAAGTGACTTCGACAATTACATCGGAGGACA 1918
Query 1918 ATCTTGAAGGTTCTTAATTAAATGTGAAATTTGTAATTAAACCACAACATGAATTCTTAT 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1919 ATCTTGAAGGTTCTTAATTAAATGTGAAATTTGTAATTAAAACACAACATGAATTCTTAA 1978
Query 1978 GCATTGTATATGTAAATAAACTATATTTTTTACCAGGTTTCAGTCTTTCTCGTTTTAAGT 2037
| || ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1979 G--TT--ATATGTAAATAAAGTTTTTTTTTTACCAGGTTTCAGTCTTTCTCGTTCTAAGT 2034
Query 2038 CTCGCTTATGACTATGAATTATGTAGTTAAATCATTG-GGAATCATGAGATATTTAAGCG 2096
|| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||| | |
Sbjct 2035 CTTGCTTATGACTATGAATTATACAGTAAAATTATTGAGGA-TCATGAGATATTTAGGGG 2093
Query 2097 ATTGTCGGCCCGGTCAGAAAACTCTTTTCTAGAAATAAATGTTTTGGTGAAATTGTTG 2154
||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2094 ATTGTA--CCCAGTCAGAAAGCTCTTTTCTAGATATAAACGTTTTGGTGAAATTGTTG 2149
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81056041360
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5