BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73710.1
Length=2976
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476511 jgi|Araly1|476511|fgenesh2_kg.2__1641__AT1G73710.1 4471 0.0
> Ahg476511 jgi|Araly1|476511|fgenesh2_kg.2__1641__AT1G73710.1
Length=2970
Score = 4471 bits (2421), Expect = 0.0
Identities = 2765/2930 (94%), Gaps = 28/2930 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 70 catcatcatcatcTAGCTCTGAGTTCTAAAGCTAGGGTTTTTCCA-CT--TTCACTTCCC 126
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||
Sbjct 46 CATCATCATCGTCTAGCTCTGAGTTCTAAAGCTAGGGTTTTTCCACCTCCTCCTCTTCCC 105
Query 127 TGTAACTTCTCCTCTAGGGTTTCTTTTAAG---CTTCAACTTCACTGCGCCGCTTCTTCC 183
|||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| | ||| || |||||| |
Sbjct 106 TGTAACTTCTCCTCTAGGGTTTCTTTCAGGCTTCTTCAACTTAATTGCTCCTCTTCTT-C 164
Query 184 T-CTTCTTCAGTTTCTCCACCTCGATGCTCTAAACCTAACCCAAGCTCTCGAAAACGCAA 242
| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 165 TCCTTCTTCAGTTTCTCCAGCTCGATGCTCTAAGCCTAACCCGAGCTCTCGAAAACGCAA 224
Query 243 ATATGGCGGCGTAATCCCTTCCATTTTGCGTTCTCTTGACTCTTCCACTGATATTGAAAC 302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 ATATGGCGGCGTAATCCCTTCCATTTTGCGTTCTCTTGACTCTTCCACTGATATTGAAAC 284
Query 303 AACTCTAGCTTCTCTTTGTCTCAATTTAAGCCCTAAAGAACAAACTGTTCTTCTTAAAGA 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 AACTCTAGCTTCTCTTTGTCTCAATTTAAGCCCTAAAGAACAAACTGTTCTTCTTAAAGA 344
Query 363 GCAGACTCGTTGGGAAAGAGTTCTTCGTGTGTTTCGATTTTTCCAGTCTCACCAAAGTTA 422
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 345 GCAGACTCGTTGGGACAGAGTTCTTCGTGTGTTTCGATTTTTCCAATCTCACCAAGGTTA 404
Query 423 TGTTCCTAATGTGATTCATTACAACATTGTGTTAAGAGCTTTAGGGAGAGCGGGGAAATG 482
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 405 TGTTCCTAATGTGATTCATTACAACATTGTGTTACGAGCTTTGGGGAGAGCTGGGAAATG 464
Query 483 GGATGAATTGAGGCTTTGTTGGATTGAGATGGCTCATAATGGTGTTTTGCCTACTAACAA 542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 GGATGAATTGAGGCTTTGTTGGATTGAGATGGCTCATAATGGTGTTTTGCCTACTAACAA 524
Query 543 TACTTATGGTATGCTTGTTGATGTTTATGGTAAAGCTGGTCTTGTTAAGGAAGCTCTTCT 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 TACTTATGGTATGCTTGTTGATGTTTATGGTAAAGCTGGTCTTGTTAAGGAAGCTCTTCT 584
Query 603 TTGGATTAAGCATATGGGACAGAGAATGCATTTCCCTGATGAAGTCACTATGGCTACTGT 662
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TTGGATTAAACATATGGGTCAGAGAATGCATTTCCCTGATGAAGTCACTATGGCTACTGT 644
Query 663 TGTTAGAGTTTTCAAGAACTCCGGTGAGTTTGATCGTGCTGATAGGTTCTTTAAAGGTTG 722
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 645 TGTTCGAGTTTTCAAGAATTCCGGTGAGTTTGATCGTGCTGATAGATTCTTTAAAGGTTG 704
Query 723 GTGCGCTGGA-A----AA----GTTGATCTTGATTTGGATTCTATTGATGATTTTCCTAA 773
|||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 705 GTGCGCTGGATATGTTAATCTTGATGATCTTGATTTGGATTCTATTGATGATTTTTCTAA 764
Query 774 GAATGGTTCAGCTCAATCTCCTGTGAACTTGAAGCAGTTCTTGTCGATGGAGCTTTTTAA 833
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 765 GAATGGCTCAGCTCAATCTCCTGTGAACTTGAAGCAATTCTTGTCCATGGAGCTCTTTAA 824
Query 834 GGTTGGTGCAAGGAATCCTATTGAGAAAAGTCTGCATTTTGCATCTGGTTCAGACTCTTC 893
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 825 GGTTGGTGCGAGGAACCCTATTGAGAAAAGTCTGCATTTTGCATCTGGGTCTGACTCTTC 884
Query 894 TCCGAGGAAGCCAAGGTTAACTTCCACCTTCAACACTCTGATTGATTTGTATGGAAAGGC 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 885 TCCGAGGAAGCCAAGGTTAACTTCCACCTTCAACACTCTGATTGATTTGTACGGGAAGGC 944
Query 954 AGGTCGTTTAAACGATGCTGCTAATCTCTTCTCGGAGATGTTGAAATCTGGAGTACCTAT 1013
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 AGGTCGTTTAAACGATGCAGCCAATCTCTTCTCGGAGATGTTGAAATCTGGAGTACCTAT 1004
Query 1014 AGATACTGTAACGTTTAACACGATGATACATACTTGTGGAACTCATGGGCATTTGTCAGA 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1005 AGATACTGTAACGTTTAACACGATGATACATACTTGTGGAACTCATGGGCACTTGTCAGA 1064
Query 1074 GGCTGAATCCTTGTTGAAGAAGATGGAAGAGAAAGGGATATCCCCTGATACTAAGACATA 1133
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 GGCTGAATCTTTATTGAAGAAGATGGAAGAGAAAGGGATATCCCCTGATACTAAGACATA 1124
Query 1134 TAATATCCTTTTGTCTCTTCATGCTGATGCTGGGGACATTGAGGCAGCTCTTGAGTACTA 1193
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||
Sbjct 1125 TAACATCCTTTTGTCTCTTCATGCCGATGCTGGGGACATTGAGGCCGCTCTTAAATACTA 1184
Query 1194 TAGGAAAATTAGGAAAGTAGGACTTTTTCCTGATACTGTAACTCATCGAGCTGTTCTTCA 1253
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1185 TAGGAATATTAGGAAAGTGGGACTTTTTCCTGATACTGTAACTCACCGAGCTGTTCTTCA 1244
Query 1254 TATCTTGTGTCAGCGGAAAATGGTTGCAGAAGTTGAAGCTGTGATAGCTGAGATGGACAG 1313
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1245 TATCTTGTGCCAGCGGAAAATGGTTGCAGAGGTTGAAGCTGTGATGGCCGAGATGGACAG 1304
Query 1314 AAATAGCATTCGCATTGATGAGCACTCTGTTCCTGTTATTATGCAGATGTATGTCAATGA 1373
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 AAATAGCATTCGGATTGATGAGCACTCTGTTCCTGTTATTATGCAGATGTATGTCAATGA 1364
Query 1374 AGGTTTAGTCGTACAGGCAAAAGCTCTGTTTGAGAGGTTCCAGTTGGATTGTGTGCTTTC 1433
||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 AGGGTTGGTCGGACAGGCAAAATCTCTGTTTGAGAGGTTCCAGTTGGATTGTGTGCTTTC 1424
Query 1434 GTCAACGACACTTGCAGCAGTTATTGATGTCTATGCTGAAAAGGGACTGTGGGTTGAAGC 1493
|||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 GTCAACCACACTTGCAGCGGTAATTGATGTCTATGCTGAAAAGGGACTGTGGGTTGAAGC 1484
Query 1494 GGAGACTGTGTTCTATGGGAAAAGAAACATGTCAGGCCAGAGGAATGATGTTTTGGAGTA 1553
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1485 AGAGACTGTGTTCTATGGGAAAAGAAACATGACAGGTCAGAGGAATGATATTTTGGAGTA 1544
Query 1554 CAATGTCATGATCAAGGCTTATGGTAAGGCCAAACTTCATGAGAAAGCACTTTCTCTCTT 1613
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 CAATGTCATGATCAAAGCTTATGGTAAGGCCAAACTTCATGAGAAAGCACTTTCTCTCTT 1604
Query 1614 CAAAGGGATGAAGAACCAAGGGACTTGGCCTGATGAGTGCACTTACAATTCCCT-ATTCC 1672
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1605 CAAAGGGATGAAGAACCTAGGGACTTGGCCTGATGAGTGCACTTACAATTCCCTTATAC- 1663
Query 1673 AGATGCTTGCTGGGGTTGATTTAGTGGACGAAGCCCAGCGGATCTTGGCTGAAATGCTGG 1732
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1664 AGATGCTTGCTGGGGTTGACTTAGTGGACGAAGCCCAGAGGATATTGGCTGAAATGCTGG 1723
Query 1733 ATTCGGGCTGTAAACCTGGATGCAAGACCTATGCTGCTATGATAGCTAGCTATGTGCGGC 1792
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 ATTCGGGCTGTAAACCCGGATGCAAGACCTATGCTACTTTGATAGCTAGCTATGTGCGGC 1783
Query 1793 TTGGCCTGTTGTCTGATGCAGTTGACCTGTACGAGGCAATGGAAAAAACAGGGGTGAAAC 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1784 TTGGCCTGTTGTCTGATGCAGTTGACCTGTACGAGGCAATGAAAAAAACAGGGGTGAAGC 1843
Query 1853 CGAATGAAGTTGTTTATGGTTCCTTAATTAATGGGTTTGCTGAGAGTGGAATGGTCGAAG 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 CGAATGAAGTTGTTTATGGTTCCTTAATTAATGGGTTTGCTGAGAGTGGAATGGTCGAAG 1903
Query 1913 AAGCGATTCAATACTTTAGAAT-GATGGAAGAACATGGCGTTCAGTCCAATCATATCGTT 1971
|||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 AAGCTATTCAATACTTTA-AATTGATGGAAGAACATGGTGTTCAGTCCAATCATATCGTT 1962
Query 1972 CTGACTTCCCTTATCAAGGCTTATAGCAAAGTGGGGTGTCTTGAAGAAGCTAGGAGAGTG 2031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 ATGACTTCCCTTATCAAGGCTTATAGCAAAGTGGGGTGTCTTGAAGAAGCTAGGAGAGTG 2022
Query 2032 TATGACAAAATGAAGGATTCAGAAGGTGGCCCAGATGTTGCTGCATCAAACAGCATGCTA 2091
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 TATGACAAAATGAAGGATTCAGAAGGTGGGCCAGATGTTGCTGCATCAAACAGCATGCTA 2082
Query 2092 AGTCTGTGTGCAGATCTTGGCATAGTTTCTGAAGCAGAATCCATTTTCAATGCTCTCAGA 2151
||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2083 AGTCTCTGTGCAGATCTCGGCATAGTTTCAGAAGCAGAATCCATTTTCAATGATCTGAGA 2142
Query 2152 GAAAAAGGCACATGTGATGTTATTTCGTTTGCAACAATGATGTACTTGTACAAGGGCATG 2211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 2143 GAAAAAGGCACATGTGATGTTATTTCGTTTGCAACAATGATGTATTTATACAAGGGAATG 2202
Query 2212 GGCATGCTCGACGAGGCTATTGAAGTGGCTGAAGAAATGAGAGAGTCTGGTCTACTAAGT 2271
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 GGCATGCTCGACGAGGCCATTGAAGTGGCTGAAGAGATGAGAGAGTCTGGTCTACTAAGA 2262
Query 2272 GACTGCACTTCATTTAATCAGGTTATGGCTTGCTACGCTGCTGATGGGCAGTTAAGTGAA 2331
||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2263 GACTGCACTTCGTTCAACCAGGTTTTGGCTTGCTACGCCGCTGATGGGCAGTTACGTGAA 2322
Query 2332 TGCTGTGAACTGTTTCATGAGATGTTAGTTGAAAGAAAGCTCTTGCTGGATTGGGGAACA 2391
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 TGCTGTGAACTGTTTCATGAGATGCTAGTTGAAAGAAAGCTCTTGCTGGATTGGGGAACG 2382
Query 2392 TTTAAAACGCTCTTCACGCTCTTGAAGAAAGGTGGGGTGCCAAGTGAAGCTGT-GTCGCA 2450
||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||
Sbjct 2383 TTTAAAACGCTATTCACTCTGTTGAAGAAAGGTGGGGTGCCAAGTGAAGCCGTAG-CACA 2441
Query 2451 GCTACAAACCGCATACAATGAAGCTAAACCACTGGCAACACCAGCAATCACTGCAACTCT 2510
|||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||
Sbjct 2442 GCTACAAACCGCCTATAACGAAGCTAAACCGCTTGCCACACCAGCTATAACTGCAACTCT 2501
Query 2511 GTTCTCAGCCATGGGTTTGTATGCATATGCGCTGGAATCATGCCAAGAGCTCACAAGTGG 2570
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2502 GTTCTCAGCCATGGGTCTGTATGCATACGCGCTGGAATCATGCCAAGAGCTCACAAGAGA 2561
Query 2571 TGAAATTCCTCGCGAGCATTTTGCATACAACGCAGTGATATACACTTATAGTGCATCAGG 2630
|||| | ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 TGAAGTCCCTCGTGAGCATTATGCGTACAACGCAGTGATATACACTTATAGTGCATCAGG 2621
Query 2631 AGACATTGACATGGCCCTAAAGGCATACATGAGAATGCAGGAAAAAGGTCTAGAACCAGA 2690
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2622 AAACATTAACATGGCCCTAAAGGCATACATGAGAATGCAGGAAAAAGGTTTAGAACCAGA 2681
Query 2691 TATTGTCACGCAAGCCTACCTTGTTGGGATATACGGGAAAGCGGGAATGGTGGAAGGTGT 2750
| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2682 TGTTGTCACACAGGCCTACCTTGTTGGGATATACGGGAAAGCTGGAATGGTGGAAGGTGT 2741
Query 2751 GAAGAGGGTACATAGCCGGCTGACGTTTGGGGAGCTTGAACCAAGCCAATCGTTGTTTAA 2810
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2742 GAAGAGGGTACATAGCCGGCTTACGTTTGGGGAACTTGAACCAAACCAGTCGTTGTTTAA 2801
Query 2811 AGCAGTTAGAGATGCTTATGTGAGTGCAAACAGACAGGACTTGGCTGATGTGGTGAAGAA 2870
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2802 AGCGGTTAGGGATGCTTATGTGAGTGCAAATAGACAGGACTTGGCTGATGTGGTGAAGAA 2861
Query 2871 AGAGATGAGCATTGCTTTTGAAGCTGAAAGGGAGTGTAGTTCaagatctgg--a-gaaga 2927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2862 AGAGATGAGCATTGCTTTTGAAGCTGAAAGGGAGTGTAGTTCAAGATCTGGGGAAGAAGA 2921
Query 2928 agaagaagacgatgaagaggaa-aattctgaagaagaCGAGGCATTTTGA 2976
||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2922 AGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAAT-CTGAAGAAGACGAGGCATTTTGA 2970
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112366222750
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5