BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G73730.1 Length=2167 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg926748 jgi|Araly1|926748|scaffold_202309.1 2641 0.0 > Ahg926748 jgi|Araly1|926748|scaffold_202309.1 Length=1735 Score = 2641 bits (1430), Expect = 0.0 Identities = 1645/1748 (94%), Gaps = 17/1748 (1%) Strand=Plus/Plus Query 132 TTTTGATTGATTTTGTTTAAATGGGCGATCTTGCTATGTCCGTAGCAGACATCAGGATGG 191 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 TTTTGATTGATTTTGATTAAATGGGCGATCTTGCTGGGTCCGTGGCAGACATCAGGATGG 60 Query 192 AGAATGAGCCTGATGATTTAGCTAGTGATAATGTTGCTGAGATTGATGTGAGTGATGAAG 251 |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGAATGAGCCTGATGACTTGGCTAGTGATAATGTTGCTGAGATTGATGTGAGTGATGAAG 120 Query 252 AGATTGATGCTGACGACCTTGAGAGACGGATGTGGAAAGATCGTGTCAGGCTTAAAAGAA 311 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 AGATTGATGCTGAAGACCTTGAGAGACGGATGTGGAAAGATCGTGTCAGGCTTAAAAGAA 180 Query 312 TCAAAGAGCGACAAAAAGCTGGCTCTCAAGGAGCTCAAACGAAGGAGACACCTAAGAAAA 371 ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 181 TCAAAGAGCGACAGAAAGTTGGCTCTCAGGGAGCTCAAACGAAGGAGACACCGAAGAAAA 240 Query 372 TCTCTGATCAAGCTCAGAGGAAGAAAATGTCTAGAGCTCAAGATGGTATCCTTAAGTACA 431 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 241 TCTCGGATCAAGCTCAGAGGAAGAAAATGTCTAGAGCTCAAGATGGTATACTTAAGTACA 300 Query 432 TGTTGAAGCTTATGGAAGTCTGCAAAGTTCGCGGGTTTGTCTATGGTATAATACCGGAAA 491 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 301 TGTTGAAGCTTATGGAAGTCTGCAAAGTTCGCGGGTTTGTTTATGGTATAATACCGGAAA 360 Query 492 AGGGCAAGCCTGTGAGTGGTTCCTCTGACAATATAAGAGCTTGGTGGAAAGAGAAAGTGA 551 |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AGGGAAAGCCCGTGAGCGGTTCCTCTGACAATATAAGAGCTTGGTGGAAAGAGAAAGTGA 420 Query 552 AGTTTGATAAGAACGGTCCTGCTGCTATTGCTAAATACGAAGAGGAGTGTTTAGCGTTTG 611 |||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 421 AGTTTGATAAGAACGGGCCAGCCGCAATTGCTAAATACGAAGAGGAGTGTTTAGCTTTTG 480 Query 612 GGAAATCTGATGGGAATAGGAATTCACAGTTTGTTCTCCAGGATTTGCAAGATGCTACTT 671 | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 481 GTAAATCCGATGGGAATAGGAATTCGCAGTTTGTTCTCCAGGACCTGCAAGATGCAACTT 540 Query 672 TAGGGTCTTTGTTATCTTCTTTGATGCAACATTGTGATCCTCCTCAAAGGAAGTATCCGT 731 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TAGGGTCTCTGTTATCTTCTTTGATGCAACATTGTGATCCTCCTCAAAGGAAGTATCCGC 600 Query 732 TGGAGAAAGGGACGCCTCCGCCTTGGTGGCCAACGGGGAATGAAGAATGGTGGGTGAAAC 791 |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 TGGAAAAAGGGACTCCTCCGCCTTGGTGGCCAACCGGGAATGAAGAATGGTGGGTGAAAC 660 Query 792 TCGGTCTGCCTAAAAGCCAGAGTCCTCCTTACCGAAAACCTCATGATCTCAAGAAGATGT 851 |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 661 TCGGTCTGCCCAAAAGCCAGAGTCCTCCTTACAGAAAACCGCACGATCTCAAGAAGATGT 720 Query 852 GGAAGGTTGGAGTTTTAACGGCAGTGATCAATCATATGTTACCTGATATTGCAAAGATTA 911 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 721 GGAAGGTTGGAGTTTTAACGGCAGTGATCAATCATATGTTGCCTGATATTGCAAAGATTA 780 Query 912 AGAGGCATGTTCGTCAGTCGAAATGTTTACAGGACAAGATGACAGCTAAAGAGAGTGCGA 971 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 AGAGGCATGTTCGCCAGTCGAAATGTTTACAGGACAAGATGACAGCTAAAGAGAGTGCGA 840 Query 972 TTTGGTTGGCGGTTTTGAACCAAGAGGAATCTTTGATTCAGCAGCCTAGCAGTGACAATG 1031 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TTTGGTTGGCGGTTTTGAACCAAGAGGAATCCCTGATTCAGCAGCCTAGCAGTGACAATG 900 Query 1032 GAAACTCCAATGTGACTGAGACACATCGTAGGGGTAATAACGCTGACAGGAGGAAACCTG 1091 ||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GAAACTCCAATGTAACCGAGGCACATCGGAGGGGTAATAACGCTGACAGGAGGAAACCTG 960 Query 1092 TGGTCAACAGTGACAGTGACTATGATGTTGATGGGACAGAGGAAGCTTCAGGTTCAGTTT 1151 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 961 TGATCAACAGTGACAGTGACTATGATGTTGATGGGACAGAGGATGCTTCAGGTTCAGTTT 1020 Query 1152 CATCTAAAGACAGTAGAAGAAATCAGATTCAAAAAGAACAACCAACAGCCATCTCACAT- 1210 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1021 CATCTAAAGACAGTAGAAGAAATCAGACTCAAAAAGAACAACCAACAGCCATTTCACATA 1080 Query 1211 TCAGTAAGAGATCAAGATAAAGCAGAGAAACATCGCAGAAGGAAAAGACCTCGAATTAGA 1270 | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 1081 T-AGTAAGAGATCAAGATAAAACAGAGAAACATCGCAGAAGGAAAAGACCCCGAATCAGA 1139 Query 1271 TCCGGAACTGTCAATCGACAAGAGGAAGAACAACCTGAAGCTCAACAAAGAAACATCTTA 1330 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1140 TCCGGAACAAACAATCGACAAGAGGAAGAACAACCTGAAGCTGAACAAAGAAACATCTTA 1199 Query 1331 CCTGATATGAATCATGTTGATGCCCCTCTGCTAGAATATAACATCAACGGTACTCATCAA 1390 ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 CCTGATATGAATCATGTGGATGACCCTCTGCTAGAATATAACATCAACGGTACTCATCAC 1259 Query 1391 GAGGACGATGTTGTCGACCCAAATATTGCCTTAGGACCAGAGGATAATGGTCTGGAACTA 1450 ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || Sbjct 1260 GAGGAAGATGTTGTAGACCCAAACATTGCCTTAGGACCAGAGGAGAATGGTCTGGAATTA 1319 Query 1451 GTGGTTCCTGAGTTCAATAACAACTATACTTATCTTCCACTTGTTAAT-GAACAA-ACTA 1508 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| | || Sbjct 1320 GTGGTTCCTGAGTTCCATAACAACTATACTTATCTTCCACCTGTTAATAGA-CAAGA-TA 1377 Query 1509 TGATGCCTGTAGACGAAAGGCCAATGCTTTATGGACCAAACCCTAACCAAGAGCTTCAAT 1568 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| Sbjct 1378 TGATGCCTGTAGACGAAAGGCCAATGCTTTATGGACCAAATCCTAACCATGAGCTGCAAT 1437 Query 1569 TTGGGTCAGGGTACAACTTCTACAATCCCTCTGCAGTGTTTGTACATAACCAGGAAGACG 1628 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 1438 TTGGGTCAGGTTACAACTTCTACAATCCCTCTGCAGTGTTTGTGCATAATCAGGAAGACG 1497 Query 1629 ACATTCTCCATACACAGATAGAAATGAATACACAAGCACCACCTCACAACAGTGGGTTCG 1688 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1498 ACATTCTCCATACACAGATAGAAATGAATGCACAAGCACCACCTCACAACAGCGGGTTCG 1557 Query 1689 AGGAGGCCCCAGGAGGAGTACTTCAACCCCTTGGTTTACTCGGAAATGAAGACGGTGTAA 1748 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1558 AGG---CCCCAGGAGGAGTACTTCAACCCCTTGGTTTACTCGGAAATGAAGACGGCGTAG 1614 Query 1749 CAGGGAGTGAGTTGCCTCAGTATCAGAGTGGCATTCTGTCTCCATTGACTGACTTGGAC- 1807 |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||| | |||| || | Sbjct 1615 CAGGGAGTGAGTTGTCTCAGTATCCGAGTGACATTATGTCTCCATTTAATGACCTGT-CG 1673 Query 1808 TTTGACTATGGTGGTTTTGGTGATGATTTCTCATGGTTTGGAGCTTAGTGTCTTGCCAtt 1867 ||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1674 TTTGATTATGGTA-TT--G---ATGATTTCTCATGGTTTGGAGCTTAGTGTCTTGCCATT 1727 Query 1868 ttttttGG 1875 |||||||| Sbjct 1728 TTTTTTGG 1735 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 81551214545 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5