BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74470.1
Length=1648
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476582 jgi|Araly1|476582|fgenesh2_kg.2__1712__AT1G74470.1 2595 0.0
> Ahg476582 jgi|Araly1|476582|fgenesh2_kg.2__1712__AT1G74470.1
Length=1613
Score = 2595 bits (1405), Expect = 0.0
Identities = 1558/1629 (96%), Gaps = 21/1629 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 agagagagagagagaCTCCATTGTTGAAGTGTGTTCACTGAACTCCTCCTCAAACAACAA 84
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGAGAGAGAGAGAGAGTCCATTGTCGAAGTGTGTTCACTGAACTCCTCCTCAAACAACAA 60
Query 85 TGGCGACGACGGTTACACTCAAATCCTTCACCGGACTTCGTCAATCATCAACGGAGCAAA 144
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGGCGACGACAGTTACACTCAAATCCTTCACCGGACTTCGTCAATCATCAACGGAGCAAA 120
Query 145 CAAACTTCGTCTCTCATGTACCGTCATCACTTTCTCTCCCTCAACGACGGACCTCTCTCC 204
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 121 CAAACTTCGTCTCTCATGTACCGTCGTCACTTTCTCTCCCCCAACGACGGAGCTCTCTCC 180
Query 205 GAGTAACCGCAGCCAGAGCCACTCCCAAACTCTCCAACCGTAAACTCCGTGTCGCCGTCA 264
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 181 GAGTAACCGCATCCAGAGCCACTCCCAAACTCTCCAACCGTAAACTCCGCGTCGCCGTCA 240
Query 265 TCGGTGGTGGACCAGCAGGCGGGGCAGCTGCAGAGACTCTAGCACAAGGAGGAATCGAGA 324
|||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCGGTGGTGGTCCGGCAGGTGGAGCAGCTGCAGAGACTCTAGCACAAGGAGGAATCGAGA 300
Query 325 CGATTCTCATCGAGCGTAAGATGGACAATTGCAAGCCTTGCGGTGGCGCGATTCCTCTCT 384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CGATTCTCATCGAGCGTAAGATGGACAATTGCAAGCCTTGCGGTGGCGCGATTCCTCTCT 360
Query 385 GTATGGTCGGAGAATTCAACTTGCCGTTGGATATTATTGATCGGAGAGTGACGAAGATGA 444
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTATGGTCGGAGAATTCAATTTGCCGTTGGACATTATCGACCGGAGAGTGACGAAGATGA 420
Query 445 AGATGATTTCGCCGTCGAACATTGCTGTTGATATTGGTCGTACGCTTAAGGAGCATGAGT 504
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGATGATTTCGCCGTCGAACATCGCTGTTGACATTGGCCGTACGCTTAAGGAGCATGAGT 480
Query 505 ATATAGGTATGGTGAGAAGAGAAGTTCTTGATGCTTATCTGAGAGAGAGAGCTGAGAAGA 564
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATATAGGTATGGTGAGAAGAGAAGTGCTTGATGCGTATCTGAGAGAGAGAGCTGAGAAGA 540
Query 565 GTGGAGCCACTGTGATTAACGGTCTCTTCCTTAAGATGGATCATCCGGAGAATTGGGACT 624
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTGGAGCCACTGTGATCAACGGTCTCTTCCTTAAGATGGATCATCCGGAGAATTGGGACT 600
Query 625 CGCCGTACACTTTGCATTACACTGAGTACGATGGTAAAACTGGAGCTACAGGGACGAAGA 684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 601 CGCCGTACACTTTGCATTACACTGAGTACGATGGTAAAACTGGAGCTACGGGGACGAAGA 660
Query 685 AAACAATGGAGGTTGATGCTGTCATTGGAGCTGATGGAGCTAACTCTAGGGTTGCTAAAT 744
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGACAATGGAGGTTGATGCTGTGATTGGAGCTGATGGAGCTAACTCTAGGGTTGCTAAAT 720
Query 745 CTATTGATGCTGGTGATTACGACTACGCAATTGCATTTCAGGAGAGGATTAGGATTCCTG 804
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTATTGATGCTGGTGATTACGATTACGCAATCGCATTTCAGGAGAGGATTAGGATTCCTG 780
Query 805 ATGAGAAAATGACTTACTATGAGGATTTAGCTGAGATGTATGTTGGAGATGATGTGTCGC 864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGAGAAAATGACTTACTATGAGGATTTAGCTGAGATGTATGTTGGAGATGATGTGTCGC 840
Query 865 CGGATTTCTATGGTTGGGTGTTCCCTAAGTGCGACCATGTAGCTGTTGGAACAGGTACTG 924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGGATTTCTATGGTTGGGTGTTCCCTAAGTGCGACCATGTAGCTGTTGGAACAGGTACTG 900
Query 925 TGACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGAC-CAGAAACAGAGCTAAGGAC 983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||
Sbjct 901 TGACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACTC-GAAACAGAGCCAAAGAC 959
Query 984 AAGATTCTTGGAGGGAAGATCATCCGTGTGGAGGCTCATCCGATTCCTGAACATCCGAGA 1043
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 960 AAGATTCTTGGAGGCAAGATCATCCGGGTGGAGGCTCACCCGATTCCCGAACACCCGAGA 1019
Query 1044 CCACGTAGGCTCTCGAAACGTGTGGCTCTTGTAGGTGATGCTGCAGGGTATGTGACTAAA 1103
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CCACGTAGGCTCTCGAAACGTGTTGCTCTTGTAGGTGATGCTGCAGGGTATGTGACTAAA 1079
Query 1104 TGCTCTGGTGAAGGGATCTACTTTGCTGCTAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATT 1163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCTCTGGTGAAGGGATCTACTTTGCTGCTAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATT 1139
Query 1164 GTCGAAGGTTCACAGAATGGTAAGAAGATGATTGACGAAGGGGACTTGAGGAAGTACTTG 1223
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GTTGAAGGTTCACAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAAGGGGACTTGAGGAAGTACTTG 1199
Query 1224 GAGAAATGGGATAAGACATACTTGCCTACCTACAGGGTACTTGATGTGTTGCAGAAAGTG 1283
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1200 GAGAAATGGGATAAGACATACTTGCCTACCTACAGGGTGCTTGATGTGTTACAGAAAGTG 1259
Query 1284 TTTTACAGATCAAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAATGATGAGTATGTT 1343
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1260 TTTTACAGATCGAATCCGGCAAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTGCTGATGAGTATGTT 1319
Query 1344 CAGAAGATGACATTCGATAGCTATCTGTACAAGCGGGTTGCGCCGGGTAGTCCTTTGGAG 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CAGAAGATGACATTCGATAGCTATCTGTACAAGCGGGTTGCACCGGGTAGTCCTTTGGAG 1379
Query 1404 GATATCAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGAAGTTTGGTTAGGGCTAATGCTCTAAGGAGA 1463
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GATATCAAGTTGGCAGTGAACACCATTGGAAGTTTGGTTAGGGCTAATGCTCTAAGGAGA 1439
Query 1464 GAGATTGAGAAGCTTAGTGTTTAAGAAACAAATAATGAGGTCTATCTCCTTTCTTCATCT 1523
||||||||||||||||||||||||||||||| | | || || ||||||||
Sbjct 1440 GAGATTGAGAAGCTTAGTGTTTAAGAAACAA-T--------C---CT--TT-CTTCATCT 1484
Query 1524 CTATCTCTCtttttttGTCTGTTAGTAATCTATCTACACTAATGTTGTTACTCTTCAATG 1583
| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1485 CAATCTCTCTTTTTTTGTTTGTTAGTAAACTATCTACACTAATGTTGTTGCTCTTCAATA 1544
Query 1584 TA-T-T-CAGTATCATATTTATGTTTTCTGTTCATTGAATTAGTCAAAAA-GCATTTGGC 1639
|| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1545 TACTATTCAGTATCATATTTATGTTTTCTGTTCATTGAATTAGTCAAAAAAGCATTTGGC 1604
Query 1640 TTTACAATC 1648
|||||||||
Sbjct 1605 TTTACAATC 1613
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61782377390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5