BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G74790.1 Length=2458 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg476615 jgi|Araly1|476615|fgenesh2_kg.2__1745__AT1G74790.1 3603 0.0 > Ahg476615 jgi|Araly1|476615|fgenesh2_kg.2__1745__AT1G74790.1 Length=2324 Score = 3603 bits (1951), Expect = 0.0 Identities = 2221/2348 (95%), Gaps = 32/2348 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 AATTTTATTATTTGATTTTCAGTCCTATCTCTCTTCTCTTGTCTTGTCCTGAGATCAGAT 60 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 AATTTTATTATTTGATTTTCAGTCCTA-------TCTCTTGTCTTGTTCTGAGATCAGAT 53 Query 61 GTATAAAAAAGAGActtcttttcttcttctctcttgattctctcttcCACTGTCATTATC 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 54 GTATAAAAAAGAGACTTCTTTTCTTCTTCTCTCTTGATTGTCTCTTCCACTGTCATTATC 113 Query 121 TTCAAGATTTGTCTCTTGCGAGACTCGATGAAGCTTCATCAATTTCTTGTGTTCCTT-TT 179 ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| ||| || Sbjct 114 CTCAAGATTTGTCTCTTGTGAGACTCGATGACGCTTCATCGATCGCTTGTGTT-CTTCTT 172 Query 180 CTTGTTCCTCTCATGTTT-TGCTCTTTCTTCATGGGCTCTTCCTCTCTGTTCCGATTCAA 238 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173 CTTGTTCCTCTCATGTTTCT-CTCTTTCTTCATGGGCTCTTCCTCTCTGTTCCGATTCAA 231 Query 239 GAGCTCCCTCGGAGGTGAATTCGACATTGAGCTTTTGTCCTTACAAAGGAAAAACATGCT 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 232 GAGCTCCCTCGGAGGTGAATTCGACATTGAGCTTTTGTCCTTACAAAGGAAAAACATGCT 291 Query 299 GCAATACAATGAAAGATACCAGTTTGATGAAGCAATTTCAAGCTATGAACATTTCCGACA 358 ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 292 GCAATACAATGGAAGATTCCAATTTGATGAAGCAATTTCAAGCTATGAACATTTCCGACA 351 Query 359 AGGGTTGTGCTTCTGTTGTAAAATCAATCCTTTGTGCTAATTGCGATCCTTTTTCATCAG 418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 352 AGGGTTGTGCTTCTGTTGTAAAATCAATCCTTTGTGCTAAATGCGATCCTTTTTCATCGG 411 Query 419 ACTTATTCAGAGATAACTCAGATCAGCAGTCTGTTCCAATCCTCTGCAACTCGACCAGTT 478 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 412 ATTTATTCAGAGATAACTCAGATCAGCAGTCTGTTCCAATCCTCTGCAACTCTACCAGTT 471 Query 479 CAGCAAATTCCACAGAGAATTTTTGCTCTGAGACATGGGAGACATGTCAAAACGTCTCCA 538 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 472 CAGCAAATTCCACAGAGGATTTTTGCTCTGAGACATGGGAGACATGTCAAAACGTTTCCA 531 Query 539 TATCGGGTTCTCTTTTCGCTGCCTCATTACAAGGCCGAGCTGGAGCGCC-GTCAAATAAA 597 |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||| Sbjct 532 TATCGGGTTCTCTTTTTGCTGCCTCATTGCAAGGCCGAGCTGGAGCGCCAG-CGAATAAC 590 Query 598 AATGCCTCCAAGCTTGCTGATCTATGGCAGTCCAAAACCGATTTCTGCAGTGCCTTTGGT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 591 AATGCCTCCAAGCTTGCTGATCTATGGCAGTCCAAAACCGATTTCTGCAGTGCCTTTGGT 650 Query 658 GGAGCTAGCTCCAATGAAACTGTTTGCTTCAGCGGTGAGCCAGTTGCTCTTAATGACAAT 717 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 651 GGAGCTAGCTCCACTGAAACTGTTTGCTTCAGCGGTGAGCCAGTTGCTTTTAATGACAAT 710 Query 718 GATACTACTCCTGACAAGCCGCCTTCTGGTATATGCCTTGAGAAAATTGGAAACGGTTCT 777 || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 711 GACACTACTCCTGACAAGCCGCCTTCTGGTTTATGCCTTGAGAAAATCGGGAACGGTTCT 770 Query 778 TACCTCAACATGGTTCCTCACCCTGATGGCTCCAACCGTGCATTCTTCTCTACGCAACCT 837 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 771 TACCTCAACATGGTTCCTCACCCTGATGGCTCCAACCGTGCATTCTTCTCTACGCAACCT 830 Query 838 GGAATAGTATTCTTGGCTGGTATACCGGATCAAGATTCTGGCGGGGTTTTGGATGTGGAT 897 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 831 GGAATAGTATTCTTGGCTGGTATACCGGATCAAGATTCTGGCGGGGTATTGGATGTGGAT 890 Query 898 CCATCTAGCCCATTTGTGGATATGACTGATGAGATTCATTTTGATACTGAGTTTGGGATG 957 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 891 CCATCTAGCCCATTTGTGGATTTGACTGATGAGATTCATTTTGATACTGAGTTTGGGATG 950 Query 958 ATGGGAATGGCTTTTCATCCAAAGTTTGCTCAAAATGGGCGTTTTTTCGCTTCTTTCAAC 1017 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 951 ATGGGAATGTCTTTTCATCCAAAGTTTGCTCAAAATGGGCGGTTTTTCGCTTCTTTTAAC 1010 Query 1018 TGCGATAAGTCCAAGTGGCCAGGCTGTACTGGAAGGTGCTCATGTAACTCCGATGTGAAC 1077 || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1011 TGTGATAAGTCCAAGTGGCCGGGCTGTACTGGAAGGTGCTCATGTAACTCCGATGTGAAC 1070 Query 1078 TGTGATCCTTCCAAACTAACTCCTGACAGTGGATCTCAACCATGCCAATACCAAACCGTA 1137 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 1071 TGTGATCCTTCCAAACTAACTCCTGACAGTGGATCTCAACCTTGCCAATTCCAAACCGTA 1130 Query 1138 ATAGCTGAGTATACAGCCAATTCTACCTCGTCAGACCCTTCTAAGGCAAAGAACGCTAAG 1197 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1131 ATAGCTGAGTATACAGCCAATGGTACCTCGTCAGACCCTTCTAAGGCAAAGAATGCTAAG 1190 Query 1198 CCAACAGAAGTCAGGAGGATTTTCACAATGGGACTTCCCTTCACATCACACCATGCTGGA 1257 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1191 CCAACAGAAGTCAGGAGGATTTTCACAATGGGACTTCCCTTCACATCACACCATGCCGGA 1250 Query 1258 CAGATTCTCTTTGGTCCAGATGGGTACCTATACTTTATGATGGGAGATGGAGGTGGAGGA 1317 || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1251 CAAATTCTCTTTGGTCCAGATGGGTATCTATACTTTATGATGGGAGATGGAGGTGGAGGC 1310 Query 1318 GCAGACCCGTATAATTTCGCACAGAACAAGAAATCTTTGCTAGGAAAGATCATGAGGCTT 1377 |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1311 GCAGACCCATATAATTTCTCACAGAACAAGAAATCTTTGCTAGGAAAGATCATGAGGCTT 1370 Query 1378 GATGTAGATAACATTCCTAGTGCTTCTGAGATCTCCAAAATGGGTCTATGGGGAAACTAC 1437 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1371 GATGTAGATAACATTCCTAGTGCTTCTGAGATCTCCAAAATGGGTCTATGGGGAAACTAC 1430 Query 1438 TCTATACCAAAAGACAACCCTTTTCGTGAAGACAAAGAGCTTGAACCTGAAATATGGGCT 1497 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1431 TCTATACCAAAAGACAACCCTTTTCGTGAAGACAAAGAGCTTGAACCTGAAATATGGGCT 1490 Query 1498 GTTGGATTGAGAAACCCTTGGAGATGCAGCTTTGATTCTTCTAGGCCTTCTTACTTCATG 1557 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1491 ATTGGATTGAGAAACCCTTGGAGATGCAGCTTTGATTCTTCTAGGCCTTCTTACTTTATG 1550 Query 1558 TGTGCTGATGTTGGACAGGACACATATGAAGAGGTGGATCTCATAAGCAAAGGAGGAAAC 1617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 1551 TGTGCTGATGTTGGACAGGACACATATGAAGAGGTGGATCTCATTACCAAAGGAGGAAAC 1610 Query 1618 TATGGTTGGCGTGTTTACGAAGGCCCGGATCTTTTCCATCCTGAGTCATCCCCTGGAGGA 1677 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 1611 TACGGTTGGCGTGTTTACGAAGGCCCGGATCTTTTCCAGCCGGAGTCATCCCCTGGAGGA 1670 Query 1678 AACACATCTGTTAAATCACTAAACCCGATATTTCCTGTGATGGGTTACAACCACTCAGAA 1737 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1671 AACACATCTATTAAATCATTAAACCCGATATTTCCTGTGATGGGTTACAACCACTCTGAA 1730 Query 1738 GTTGACTCAAGCGGAAAATCAGCTTCAATCACTGGAGGTTACTTTTATAGATCTGAAACT 1797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 1731 GTTGACTCAAGCGGAAAATCAGCTTCAATCACTGGAGGGTACTTTTATAGATCTGAGACT 1790 Query 1798 GATCCTTGCATAGCTGGAAGGTACGTATATGCTGATCTATATGGAAATGGCGTGTGGGCG 1857 ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1791 GATCCTTGCATAGCTGGAATGTACGTGTATGCTGATCTATATGGAAATGGCGTGTGGGCG 1850 Query 1858 GGGATTGAAACGCCTGCTAATAGCGGGAGCTTTGTGACCAAAAGAACAACCTTCAGCTGT 1917 ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1851 GGGATTGAAACTCCTGCTAATAGCGGGAACTTTGTGACCAACAGAACAACCTTCAGCTGC 1910 Query 1918 GCCAGTGACTCACCCATGAAATGTAGTGATTCCCCGGGAACTTCAGGGCTCTCCCTAGGG 1977 ||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | || ||||| Sbjct 1911 GCCGGTGACTCACCCATGAAATGCAGCGATTCTCCGGGAACTTCAGGGTTATCTCTAGGA 1970 Query 1978 TATGTCTTCTCCTTTGGTGAGGATAACAACAAAGACATCTACTTGCTCACAAGCAATGGT 2037 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1971 TATGTCTTCTCCTTTGGTGAGGATAACAACAAAGACATCTACTTGCTTACAAGCAATGGT 2030 Query 2038 GTCTATAGAGTAGTAAGGCCGAGCCGTTGCAACTTGACTTGCTCCAAGGAAAACTCCAC- 2096 ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2031 GTCTATAGAGTGGTTAGGCCGAGCCGTTGCAAGTTGACTTGCTCCAAGGAAAACTCCACG 2090 Query 2097 --AGCTAGAAGAAACCCCGGTACCTCAAGTTCTCCTTCTTCTTCATCGTCTTCTTGTTAT 2154 |||||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2091 GCAGCTAGAAGAAAACCTGGTCCCTCGAGTTCGCCTTCTTCTTCGTCGTCTTCTTGTTAT 2150 Query 2155 AAGCATATAAATGGTTTCCATGGAAGCTTGGTGGTTTTGTTTGTGTCTCTGTCTTTGATT 2214 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2151 AAGCATATAAATGGTTTCCCTGGAAGCTTGGTGGTTTTATTTGTGTCTCTGTCTTTGATT 2210 Query 2215 CTGCTAGGTTTATTAAACTAATTTG-CAAAAGTTGTTTCTTGTTTGTGTTGAAGAATT-A 2272 |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| || || ||| | || | Sbjct 2211 CTGCTAGGTTTATTAATCTAGTTTTTCAAAAGTTGTTTCTTCTT-GT-TTGT-G--TTGA 2265 Query 2273 TTATGAGATTGTATGTTCAGGATCTTTTGAGAGAACACAATACATGTATGATGAATGAGA 2332 | | | ||||||| |||| ||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||| Sbjct 2266 --A--A-A--GTATGTTGGGGATGTTTTGAGAGAATACA-TGTATG-ATGATGAATGAGA 2316 Query 2333 CCAACGAT 2340 |||| ||| Sbjct 2317 CCAAAGAT 2324 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 92635475840 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5