BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G76930.1
Length=1060
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476851 jgi|Araly1|476851|fgenesh2_kg.2__1981__AT1G76930.1 708 0.0
> Ahg476851 jgi|Araly1|476851|fgenesh2_kg.2__1981__AT1G76930.1
Length=1322
Score = 708 bits (383), Expect = 0.0
Identities = 599/693 (86%), Gaps = 55/693 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CATCAAACACAAAGCAAAACACATAACACAATGGGGGCACCAATGGCCTCTTTCCTTGTC 60
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Sbjct 1 CATCAAACACAAAGCAAAACACATAACAAAATGGGGTCACCAATGGCCTCTTTCCTTGTC 60
Query 61 TTAGCATTCTCCCTTGCTTTTGTCTCTCAAACCACCGCAAATTACTTCTACTCTTCCCCT 120
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Sbjct 61 TTAGCATTCTCCCTTGCTTTTGTCTCTCAAACCACTGCAAATTACTTCTACTCTTCCCCT 120
Query 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
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Sbjct 121 CCTCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 180
Query 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
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Sbjct 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
Query 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTT 300
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Sbjct 241 CCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTT 300
Query 301 TACAAGTCT---CCCCCA-C-------C---A----------CCGGTTTACAAGTCTCCC 336
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Sbjct 301 TACAAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCA 360
Query 337 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTT 396
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Sbjct 361 CCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 420
Query 397 AAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCACTACTC 455
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Sbjct 421 AAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCATTACTC 479
Query 456 CCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCG--------------G-TTAAGCATTA 500
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Sbjct 480 GCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTA 539
Query 501 CTCCCCTCCTCCGTCGTATaccactctccaccaccaccggtt---cactactcacctcct 557
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Sbjct 540 CTCCCCTCCTCCG--GTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCT 597
Query 558 ccagtcgtataccactctccaccaccaccggttca---ctactcacctcctccagttgta 614
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Sbjct 598 CCCGT--T-TACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCGGTT-TA 653
Query 615 taccactccccaccaccacccaAGAAGCACTAC 647
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Sbjct 654 CA--AGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTAC 684
Score = 667 bits (361), Expect = 0.0
Identities = 467/515 (91%), Gaps = 19/515 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 124 CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAG 183
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Sbjct 316 CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAG 375
Query 184 CACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCT 243
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 376 TACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCT 435
Query 244 CCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTTTA 302
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||
Sbjct 436 CCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTA 494
Query 303 CAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCC 362
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Sbjct 495 CAAGTCTCCCCCACCA-C------C--GTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCC 545
Query 363 TCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTA 422
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Sbjct 546 TCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTA 605
Query 423 CAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCC 482
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Sbjct 606 CAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACC 665
Query 483 ACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCGTCGTATaccactctccaccaccaccggtt 542
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Sbjct 666 ACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCC--CGTTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTT 723
Query 543 ca-c-t-actcacctcctccagtcgtataccactctccaccaccaccggttcactactca 599
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Sbjct 724 AAGCATTACTCCCCTCCTCCAGT--T-TACAAGTCTCCACCACCACCGGTTCACTACTCT 780
Query 600 cctcctccagttgtataccactccccaccaccacc 634
|||||||| || |||||| | || |||||||||||
Sbjct 781 CCTCCTCCCGTAGTATACTATTCACCACCACCACC 815
Score = 651 bits (352), Expect = 0.0
Identities = 465/517 (90%), Gaps = 17/517 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
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Sbjct 361 CCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 420
Query 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
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Sbjct 421 AAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCG 480
Query 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTT 300
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Sbjct 481 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACC------GT-CT-C-CCCCACCACCGGTT 531
Query 301 TA-CAAGT-CTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACT 358
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Sbjct 532 AAGC-ACTACT-CCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACT 589
Query 359 CCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGG 418
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Sbjct 590 CCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCGG 649
Query 419 TTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTC 478
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Sbjct 650 TTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCCCGTTTACAACTCTC 709
Query 479 CCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCC-GTCGTATaccactctccaccaccac 537
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Sbjct 710 CCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCAGT--T-TACAAGTCTCCACCACCAC 766
Query 538 cggttcactactcacctcctccagtcgtataccactctccaccaccaccggttcactact 597
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Sbjct 767 CGGTTCACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACTATTCACCACCACCACCGGTTCACTACT 826
Query 598 cacctcctccagttgtataccactccccaccaccacc 634
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Sbjct 827 CTCCTCCTCCAGTAGTATACCACTCCCCACCACCACC 863
Score = 632 bits (342), Expect = 1e-180
Identities = 727/893 (81%), Gaps = 106/893 (12%)
Strand=Plus/Plus
Query 117 CCCTCCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTC-CCCACCACCAC 175
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Sbjct 517 CCC-CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCC-CCACCAC 574
Query 176 CGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTC-CCCACCACCACCGGTTAAGCAC 234
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 575 CGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCC-CCACCACCGGTTAAGTAC 633
Query 235 TACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCT 294
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |
Sbjct 634 TACTCTCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAG--C-A---------- 680
Query 295 CCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCAC 354
| ||| ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 -C----TAC---TCTCCTCC-CC-CC-GTTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCAT 729
Query 355 TACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCT 414
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Sbjct 730 TACTCCCCTCCTCCAGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCT 786
Query 415 -CCG--GTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCC-G--GTT 468
||| || ||| | || || |||||||||||| |||||||| |||||||| | ||
Sbjct 787 CCCGTAGTATACTATTCACCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCTCCAGTAGTA 843
Query 469 TACAAGTCTCCC-CCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCT-CCGTCGTATaccactc 526
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Sbjct 844 TACCACTC-CCCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACCACTC 899
Query 527 tccaccaccaccggttcactactcacctcctccagtcgtataccactctccaccaccacc 586
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Sbjct 900 CCCACCACCACC----CA--A-GAAGC-ACT--A-T-GAATACAAATCTCCTCCTCCTCC 947
Query 587 ggttcactactcacctcctccagttgtataccactccccaccaccac-ccaAGAAGCACT 645
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Sbjct 948 GGTCCATTACTCTCCCCCTCC-G--GTTTACCATTCTCCTCC-CC-CTCC--G--G---T 995
Query 646 ACGAATACAAATCTCCTCCTCCTCC-GTACACCACTACTCACCTCCACACCAACCCTACC 704
| ||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 --G--TACCATTCTCCTCCCCCTCCGGTACACCACTACTCACCTCCACACCAACCCTACC 1051
Query 705 TTTACAAATCACCACCTCCTCCTCACTACTAGATTACTTAATCGTCTCTAATGGAGTCGA 764
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Sbjct 1052 TTTACAAAT--CC-CCACCTCCTC-CT-C------AC-T-A------CT-A-GGAGTCGA 1090
Query 765 CGACGATACACAAGAAAACAAAGAATCGTTTGGTGATATAATAAAAGACACAAGATCGTT 824
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1091 CGACGGTACACAAGAAAACAAAGAATCGTTTGATGATATAATAAAAGACACAAGATCATT 1150
Query 825 GACGGGAGAATTGAAACGG--ATACATATGTCAAAAGAGAAAGTTTCCCATTTTAATGTC 882
|||| || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 GACGAGAAAATTGAAACGGATATACATAAGTCTAAAGAGAAAGTTTCCCATTTTAATGTC 1210
Query 883 TTTTCTTTATTTATAAATACG-T-TACTGTAATAAACTTCAAACATGTTAATGAGTG-TG 939
|||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1211 TTTTCTTTATTTCTAAATACGTTATATTGTAATAAACTTCAAACATGTTAATGAGTGTTG 1270
Query 940 ATCCC-T-TCATGCATGCAAATCAGTTATATGTTTGTAAGTAGAAGTCCTGTT 990
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1271 -TCCCTTCTCATGCATGCAAATCAGTTATATGTTTGTAAGTTGAAGTCATGTT 1322
Score = 592 bits (320), Expect = 2e-168
Identities = 492/567 (87%), Gaps = 43/567 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 409 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCCCCACCGGTT 468
Query 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAG--T---CC-CCA---------CCACCACCG 225
||||| |||||||||||||| ||||||||| | || ||| |||||||||
Sbjct 469 AAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCCCCACCACCG 528
Query 226 GTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTAC 285
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Sbjct 529 GTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTAC 588
Query 286 TCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCG 345
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | || ||
Sbjct 589 TCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTT-A-A-GT-------AC----- 633
Query 346 GTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTAC 405
| | | | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 634 -T-A--C--T-CTCC--TCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTAC 684
Query 406 TCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCG 465
|| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 685 TCTCCTCCCCCCGTTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCA 744
Query 466 GTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCC-GTCGTATaccac 524
|||||||||||||| |||||||||||| | | | |||| |||||||| || |||||| |
Sbjct 745 GTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTCA-C-T-ACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACTAT 801
Query 525 tctccaccaccaccggttcactactcacctcctccagtcgtataccactctccaccacca 584
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 802 TCACCACCACCACCGGTTCACTACTCTCCTCCTCCAGTAGTATACCACTCCCCACCACCA 861
Query 585 ccggttcactactcacctcctccagttgtataccactccccaccaccacccaAGAAGCAC 644
|||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 CCGGTTCACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACCACTCCCCACCACCACCCAAGAAGCAC 921
Query 645 TACGAATACAAATCTCCTCCTCCTCCG 671
|| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 TATGAATACAAATCTCCTCCTCCTCCG 948
Score = 551 bits (298), Expect = 4e-156
Identities = 454/524 (87%), Gaps = 31/524 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 265 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCCCCACCGGTT 324
Query 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 325 AAGCATTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCG 384
Query 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTT 300
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 385 CCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTT 444
Query 301 TACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTTA-CAAGT-CTCCCCCACCACCGGTTAAGCAC-TA 356
||||||||||| ||| ||||||||| | || | ||| || || |||||| | || |
Sbjct 445 TACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCAT-TACTCGCCT-CCTCCGGTTTA-CAAGT- 499
Query 357 CTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCC 416
|||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 CTCCCC-CA-CC-----ACC-GTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCC 551
Query 417 GGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTC 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 552 GGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTC 611
Query 477 TCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCGTCGTATaccactctccaccacca 536
||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| || ||| | ||||||||||||
Sbjct 612 TCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCG--GTTTACAAGTCTCCACCACCA 669
Query 537 ccggtt---cactactcacctcctccagtcgtataccactctccaccaccaccggttca- 592
||||| |||||||| ||||| || || | ||| ||||||| |||||||||||| |
Sbjct 670 CCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCCCGT--T-TACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAG 726
Query 593 c-t-actcacctcctccagttgtataccactccccaccaccacc 634
| | |||| |||||||||||| || | | || |||||||||||
Sbjct 727 CATTACTCCCCTCCTCCAGTT-TACA--AGTCTCCACCACCACC 767
Score = 499 bits (270), Expect = 1e-140
Identities = 472/559 (84%), Gaps = 56/559 (10%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 169 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 228
Query 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 229 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCC 288
Query 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGT 299
|||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||| |||||||| ||
Sbjct 289 CCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCCGT 347
Query 300 TTACAAGTCT-C-CC-CCA-C---------C-AC-CG---------GTTTACAAGTCTCC 335
|||||||||| | || ||| | | || || ||||||||||||||
Sbjct 348 TTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCC 407
Query 336 CCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGG 394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 408 ACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGG 466
Query 395 TTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCG------------- 441
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 TTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCCCCACCAC 526
Query 442 -G-TTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATT 499
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 527 CGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACT 586
Query 500 ACTCCCCTCCTCCGTCGTATaccactctccaccaccaccggttca---ctactcacctcc 556
||||||||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 587 ACTCCCCTCCTCC--CGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCC 644
Query 557 tccagtcgtataccactctccaccaccaccggtt---cactactcacctcctccagttgt 613
||| || | ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |
Sbjct 645 TCCGGT--T-TACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCCCGTT-T 700
Query 614 ataccactcccc-accacc 631
| | | |||||| ||||||
Sbjct 701 ACAACTCTCCCCCACCACC 719
Score = 407 bits (220), Expect = 9e-113
Identities = 365/429 (85%), Gaps = 34/429 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 163 TCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCA 222
||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 115 TCCCCTCCTCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCA 174
Query 223 CCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTAC 282
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 175 CCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAG--C 232
Query 283 TACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 342
| || || | | | || || | || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 233 -A-----CTACT-C-G----C----CT---CC-TC-CC-GTTTACAAGTCTCCACCACCA 270
Query 343 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCA 401
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 271 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCA 329
Query 402 CTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCC 461
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 330 TTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCC 389
Query 462 TCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCGTCGTATac 521
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||
Sbjct 390 TCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCG--GTTTAC 447
Query 522 cactctccaccaccaccggttca-c-t-actcacctcctccagtcgtataccactctcca 578
| |||||||| ||||||||| | | | |||| |||||||| || | ||| | |||||
Sbjct 448 AAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGT--T-TACAAGTCTCCC 504
Query 579 ccaccaccg 587
|||||||||
Sbjct 505 CCACCACCG 513
Score = 401 bits (217), Expect = 4e-111
Identities = 403/483 (83%), Gaps = 51/483 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 124 CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAG--T---CC-CCA--------- 168
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || |||
Sbjct 460 CCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCC 519
Query 169 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTC-CCCACCACCACCGGT 227
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Sbjct 520 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCC-CCACCACCGGT 578
Query 228 TAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTC 287
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Sbjct 579 TAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTC 638
Query 288 CCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGT 347
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Sbjct 639 TCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTG-A-A-G-C------ACTAC---T 685
Query 348 TAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTC 407
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Sbjct 686 ----CTC--CTCCCC-CC---G-TTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTC 734
Query 408 CCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGT 467
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Sbjct 735 CCCTCCTCCAGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCTCCCGT 791
Query 468 --T-TACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCC-GTCGTATacca 523
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Sbjct 792 AGTATACTATTCACCACCACCACCGGTTCA-C-T-ACTCTCCTCCTCCAGTAGTATACCA 848
Query 524 ctctccaccaccaccggttcactactcacctcctccagtcgtataccactctccaccacc 583
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Sbjct 849 CTCCCCACCACCACCGGTTCACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACCACTCCCCACCACC 908
Query 584 acc 586
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Sbjct 909 ACC 911
Score = 366 bits (198), Expect = 2e-100
Identities = 284/323 (88%), Gaps = 16/323 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 319 CCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAG 378
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Sbjct 151 CCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAG 210
Query 379 TCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 438
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Sbjct 211 TCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCA 270
Query 439 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCA 497
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Sbjct 271 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCA 329
Query 498 TTACTCCCCTCCTCCGTCGTATaccactctccaccaccaccggttca---ctactcacct 554
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Sbjct 330 TTACTCTCCTCCTCC--CGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCT 387
Query 555 cctccagtcgtataccactctccaccaccaccggtt---cactactcacctcctccagtt 611
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Sbjct 388 CCTCCCGT--T-TACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTT 444
Query 612 gtataccactccccaccaccacc 634
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Sbjct 445 -TACA--AGTCTCCACCCCCACC 464
Score = 357 bits (193), Expect = 9e-98
Identities = 357/429 (83%), Gaps = 39/429 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 211 TCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 270
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Sbjct 115 TCCCCTCCTCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCA 174
Query 271 CCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAG 330
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Sbjct 175 CCGGTTAAG--C-A-----CTACT-C-G----C----CT---CC-TC-CC-GTTTACAAG 210
Query 331 TCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 390
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Sbjct 211 TCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCA 270
Query 391 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCA 449
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Sbjct 271 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCA 329
Query 450 CTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCC 509
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Sbjct 330 TTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCC 389
Query 510 TCCGTCGTATaccactctccaccaccaccggtt---cactactcacctcctccagtcgta 566
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Sbjct 390 TCC--CGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGT--T- 444
Query 567 taccactctccaccaccaccggttca-c-t-actcacctcctccagttgtataccactcc 623
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Sbjct 445 TACAAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTT-TACAAGTCTCC 503
Query 624 cc-accacc 631
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Sbjct 504 CCCACCACC 512
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 39457219095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5