BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77300.1
Length=5791
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476894 jgi|Araly1|476894|fgenesh2_kg.2__2024__AT1G77300.1 6704 0.0
> Ahg476894 jgi|Araly1|476894|fgenesh2_kg.2__2024__AT1G77300.1
Length=5534
Score = 6704 bits (3630), Expect = 0.0
Identities = 4127/4366 (95%), Gaps = 38/4366 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 136 ATGGACTGTAAGGAAAACGGTGTTGGTGACGCTTCTGGGTGCAATATTGATGCTAACTCT 195
||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTGCAAGGAAAACGGTATTAGTGACGCTTCTGGGTGCGATATTGATGCTAACTCT 60
Query 196 CTGGCCTCAAATCTTGCGATGAATACCAATGAAGATTTCTATGAGAAATTGAGTTCTCGT 255
||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 61 CTGGCCTCAAATCTTGCGATGGACATCAATGAAGATTTCTATGAGAAGTTGAGTTCTTGT 120
Query 256 GGGCAAAATTTAGATTCAGTCAGTAGTTTGGAGATTCCTCAGACTGCTTCA-TCTGTAAA 314
||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | || |||
Sbjct 121 GGGCACAATATAGATTCAGTCAGTAGTTTGGAGACTCCTCAGGTTGCTTCAGT-TGGAAA 179
Query 315 CCATACGATTGAAGGCCAAAGGAAGTGCTTTACAGAGATTGAGCAGATGGGATACGGGAA 374
|||| ||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 180 ACATATGATAGAAGGCCAAGGGAAGTGTTTTATAGAGATTGAGCAGATGGGAGACGGGAA 239
Query 375 CAGTAATAGTCAAGAAGATGCTGGAAACACTGATGATGATCTATATGTTTGTTACAATGC 434
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||
Sbjct 240 CAGTAATAGTGAAGAAGATGCTGGAAACACTGATGATGGTCTCTATGTTTGTTACAACGC 299
Query 435 TGATGACACTCAGG-AGCAGGGAGTGGTTTCAGGTGAGCTTGAACAAAGTCAAGAATTAA 493
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | | |||
Sbjct 300 TGATGACACTC-GGAAGCAGGGAGTGGTTTCAGGTGAGCTTGAACGAACTCACGGAGTAA 358
Query 494 TTTGTGATACTGATTTACTGGTAAATTGCAACAAGCTGGATGATGGAAAGGAAAGTCAGG 553
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TTTGTGATGCTGATTTACTGGTAAATTGCAACAAGCTGGATGATGGAAAGGAAAGTCAGG 418
Query 554 ACACAAATGTGTCCCTTGTATCCATTTTTTCTGGGAGTATGCAAGAGAAAGAAGCTCCTC 613
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 419 ACACAAATCTGTCCCTTGTATCCATCGTTTCTGGGAGTATGCAAGAGAAAGGAGCTCCTC 478
Query 614 AGGCTAAAGAAGATGAAGGTTATGGTGGCACAACATTGCCTATAGGGGGCAGTGGAATAG 673
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 479 AGGCTAAAGAAGATGAAGGTTGTGGTGGCACAACATTGCCTATAGGGGGCAATGGAATAG 538
Query 674 ATACGGAATCAACTTTTGTGAATGATGCACCAGAACAATTCGAGTCTTTGGAAACCACAA 733
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATAATGAATCAACTTTTGTGAATGATGCACCAGAACAATTCGAGTCTTTGGAAACCACAA 598
Query 734 AGCACATAAAACCTGATGAAGTTGAAAGTGATGGTATTAGTTATAGGTTTGATGATGGAG 793
|||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 599 AGCAGAGAAAACCTGATGAAGTTGATAGTGGTGGTATTAGTTATACGTTTGATGATGGAG 658
Query 794 GTAAGGAA-GGAAGAAATGGACCATCGAGTGATCTAGATACTGGTTCTTCTGATGATATA 852
|||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 659 GTAAGGAAGGGAA-AAATGAACCATCGAGTGATCAAGATAATGGTTCTTCTGATGATATA 717
Query 853 TCTCTCAGTCAGAGTTTTTCGTTTCCAGATTCGTTATTGGACTCTAGTGTATTTGGCTGT 912
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TCTCTCATTCAGAGTTTTTCGTTTCCAGATTCGCTATTGGACTCTAGTGTATTTGGCTGT 777
Query 913 AGCGCCACAGAAAGTTATCTGGAGGATGCAATTGATATTGAAGGCAATGGGACTATTGTT 972
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 778 AGCGCCACAGAAAATTATCTGGAGGATGCAAGTGATATTGAAGGCAATGTGCCTATTGTG 837
Query 973 GTATCCCCTTCATTAGCTATCACAGAAATGTTAAATAATGATGATGGTGGCCTATGTTCA 1032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 838 GTATCCCCTTCATTAGCTATCACAGAAATGTTAAATAATCATGACGGTGGCCTATGTTCA 897
Query 1033 CATGATCTTAACAAGATCACAGTCACAGAGACGATCAATCCAGATTTGAAGTTGGTACGT 1092
||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 898 TATGATCTTAACGATATCACAGTCACAGAGACAATCAATCCAGAGTTGAAGTTGGTACAT 957
Query 1093 GAGGATAG-GCTTGACACTGATCTTTCCGTGATGAATGAAAAGATGCTAAAAAACCATGT 1151
|||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 958 GAGGAT-GAGCTTGACACTGATCTTTCCGAGAAGAATGAAAAGATGCTGAAAAACCATGT 1016
Query 1152 TGGGGATTCATCAAGTGAAAGTGCCGTGGCCGCTTTGAGTATGAATAATGGTATGGCTGC 1211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGGGGATTCATCAAGTGAAAGTGCCGTGGCCGCTTTAAGTATGAATAATGGTATGGCTGC 1076
Query 1212 TGATCTGAGAGCTGAAAATTTCAGTCAGAGTTCACCCATAGACGAAAAAAC-TTTAGATA 1270
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||| | ||
Sbjct 1077 TGATCTGAGAGCTGAAAATTTCAGTCAGATTTCACCCATAGACGACAAATCTTTTTG-TA 1135
Query 1271 TGGAAGCCAATTCCCCTATTACTGACTCTTCTTTGATATGGAATTTTCCATTGAACTTTG 1330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TGGAAGCCAATTCCCCTATTACTGACTCTTCTTTGATATGGAATTTTCCATTGAACTTTG 1195
Query 1331 GAAGTGGAGGAATCGAAGTCTGTAATCCTGAAAATGCAGTTGAGCCACTCAGAATAGTAG 1390
||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1196 GAAATGGAGGCATCGAAGTCTGTAATCCTGACAATGCAGTTGAGCCACTCAGAATAATAG 1255
Query 1391 ATGACAATGGCAGAATAGGTGGTGAAGTTGCTTCTGCATCAGGGAGTGATTTTTGTGAAG 1450
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1256 ACGACAATGGCAGAATAGGTGGTGAAGTTGCTTCTGCATCAGGGACTAATTTTTGTGAAA 1315
Query 1451 CTGGCATGTCTTCTTCCCGAAGGAAGGCCCGAGACGGGAAACAATGTAAAGTGGTGCAGA 1510
||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1316 CTGGCTTGTCTTCTTCCCGAAGGAAGACCCGAGATGGTAAACAATGTAAAGTGGCGCAGA 1375
Query 1511 CAAAAACGAGTGCTCGCCATCTGAGAAAATCCTCTAGAAAGAAACAATCAGAAAGAGACA 1570
|||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1376 CAAAAATGAGTGCTCGCCATCCAAGAAAATCCACTAGAAAGAAACAATCAGAAAGAAACC 1435
Query 1571 TTGAGTCAATTTTCAAGTGCTCAAAGCAGAAGAGGAGCTCTCTTTTAAAAACAAGTCGTT 1630
|||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 TTGAATCTATTTTCAAGTGTTCAAAGCAGAAAAGGAGCTCTCTTTTAAAAACAAGCCGTT 1495
Query 1631 CATCTGAGTGGGGATTACCAAGCAAGACCACTGAAATCTTCTTACAGAGCAATAATATTC 1690
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1496 CATTTGAGTGGGGATTACCAAGCAAGACCACTGAAATCTTCTTACAGAGCAAAAATATTC 1555
Query 1691 CCTATGATGGACCTCCGCATCATGAACCACAGAGATCTCAGGGAAATCTTAATAATGGAG 1750
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1556 CCTATGATGGACCTCCGCATCATGAACCACAGAGACCTCAGGGCAATCTTAATAATGGAC 1615
Query 1751 AGCATAATAGAAGTTCTCATAACGGGA-ATGTAGAAGGATCTAACAGAAACATCCAAGCA 1809
||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AGCATAATAGAAGTTCTCATAAC-GGATATGTTGAAGGATCTAACAGAAACATCCAAGCA 1674
Query 1810 TCAAGTGGCTCTTGCCTTCGTTTGAAAGTTAAATTTGGTAAATCAGGTGGCCAAAATCCT 1869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TCAAGTGGCTCTTGCCTTCGTTTGAAAGTTAAATTTGGTAAATCAGGTGGCCAAAATCCT 1734
Query 1870 CTGAACATTACAGTCTCTAAGGTCAGTGGTAACTCCTTACCTGGTAATGGTATTGTAAAA 1929
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||
Sbjct 1735 TTGAACATTACAGTCTCTAAGGTCAGTGGTAACTCTTTGCCTGCTAATGGTATTGTTAAA 1794
Query 1930 GCAGGAACATGTTTAGAATTGCCAGGATCAGCACATTTTGGTGAGGATAAAATGCAAACT 1989
|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1795 GCAGGAACATGTTTAGAATTGCTAGGATCAGCAAATTTTGCTGAGGATAAACCGCAAACT 1854
Query 1990 GTGGAAACTAA-AGAGGACTTGGTAGAGAAAAGCAACCCTGTGGAGAAAGTTTCATATCT 2048
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1855 GTGGAAAC-AAGAGAGGACTTGGTAGAGAAAAGCAACCCTGTGGAGATAGTTTCATATCT 1913
Query 2049 TCAGTCATCTGATTCTATGAGGGATAAGAAATATAACCAAGACGCTGGGGGTTTATGTAG 2108
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1914 GCAGTCATCTGATTCTATGAGGGATAAGAAAAATAATCAAGACGCTGCGGGTTTATGTAG 1973
Query 2109 GAAGGTGGGTGGTGATGTTTTAGATGATGACCCACACCTTTCCTCTATTAGAATGGTTGA 2168
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1974 GAAGCTGGGTGGTGATGTTTTAGATGATGACCCACATCTTTCCTCTATTATAATGGTTGA 2033
Query 2169 GGAGTGCGAGAGGGCCACTGGAACGCAGTCCCTGGACGCTGAAACTTCACCAGATTCTGA 2228
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 AGAGTGCGAGAGGGCCACTGGAACACGGTCCCTGGACGCTGAAACTTCACCAGATTCTGA 2093
Query 2229 AGTTATCAACTCTGTGCCTGATTCCATTGTCAATATTGAACATAAAGAGGGTCTGCATCA 2288
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2094 AGTTATCAACTCTGTGCCTGAATCCATTACCAATATTGAACATAAAGAGGGTTTGCATCA 2153
Query 2289 TGGtttttttAGCACTCCAGAAGATGTGGTCAAGAAGAACAGAGTATTAGAAAAAGAAGA 2348
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2154 TGGTTTTTTCACCACTCCAGAAGATGTGGTCAAGAAGAACAGAGTAGTAGAAAAAGAAGA 2213
Query 2349 TGAATTGCGT-GCTTCAAAATCTCCTTCAGAAAATGGTTCACATCTAATTCCCAATGCaa 2407
|||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2214 TGAATTGC-TGGCTTCAAAATCTCCTTTGGAAAATGGTTCACATCTAATTCCCAGTGCAA 2272
Query 2408 aaaaaGCTAAACA-TCCGAAGTCTAAAAGTAATGGAACAAAGAAAGGTAAATCCAAGTTT 2466
|||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 2273 AAAAAGGTAAACATTCC-AAGTCTAAAAGTAATGGAACAAAGAAAGGGAAATCCAAGATT 2331
Query 2467 TCCGAATCTGCCAAAGACGGGAGAAAAAATGAATCACATGAAGGGGTAGAGCAACGCAAA 2526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2332 TCCGAATCTGCCAAAGACGGGAGAAAAAATGAATCACATGAGGGGGTAGAGCAACGCAAA 2391
Query 2527 TCCCTGAATACCAGTATGGGAAGGGATGATAGTGATTATCCTGAAGTAGGGAGAATAGAG 2586
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2392 TCCCTGAATACCAGTATTGGAAGGGATGATAGTGATTATCTTGAAGTAGGGAGAATAGAG 2451
Query 2587 TCTCACAAAACAACAGGTGCCCTTCTAGATGCTGATATTGGGAAAACCAGTGCCACTTAT 2646
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2452 TCTCACAAAACAACAGGTGCCCTTCTAGATACTGATATTGGGAAAATCAGTGCCACTTAT 2511
Query 2647 GGTACCATATCATCAGATGTGACCCATGGGGAAATGGTTGTGGATGTTACTATTGAAGAT 2706
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2512 GGTACCATATCATCAGATGTGACCAATGTGGAAACGGTTGTGGATGTTACTATTGAAGAT 2571
Query 2707 AGCTATTCCACAGAGAGTGCCTGGGTTCGATGTGATGATTGCTTTAAATGGCGACGAATA 2766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2572 AGCTATTCCACAGAGAGTGCCTGGGTTCGATGTGATGATTGCTTTCAATGGCGACGAATA 2631
Query 2767 CCTGCTTCTGTTGTAGGATCAATTGACGAGAGCTCTAGATGGATCTGTATGAACAACTCA 2826
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2632 CCTGCTTCTGTTGTAGGATCAATTGACGAGAGCTCCAGATGGATCTGTTTGAACAACTCA 2691
Query 2827 GATAAAAGATTTGCGGATTGCTCAAAATCTCAAGAGATGTCAAATGAAGAAATTAATGAA 2886
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692 GATAAAAAATTTGCGGATTGCTCAAAATCTCAAGAGATGTCAAATGAAGAAATTAATGAA 2751
Query 2887 GAGTTGGGCATAGGACAGGATGAAGCAGATGCATATGATTGTGATGCGGCTAAAAGAGGG 2946
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 GAGTTGGGAATAGGACAGGATGAAGCAGATGCATATGATTGTGATGCGGCTAAAAGAGGG 2811
Query 2947 AAAGAAAAGGAACAGAAGAGCAAGCGTTTGACAGGTAAGCAAAAGGCGTGCTTCAAGGCT 3006
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 AAAGAAAAGGAACAAAAGAGCAAGCGTTTGACAGGTAAGCAAAAGGCGTGCTTCAAGGCT 2871
Query 3007 ATAAAAACAAACCAGTTCCTTCATCGCAATCGTAAATCTCAAACAATTGACGAGATAATG 3066
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2872 ATAAAAACAAACCAGTTTCTTCATCGCAATCGTAAATCTCAAACAATTGATGAGATAATG 2931
Query 3067 GTTTGTCACTGCAAACCATCACCTGATGGTAGGTTGGGTTGTGGAGAAGAATGCCTCAAT 3126
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 GTTTGTCACTGCAAACCACCACCTGATGGTAGGTTGGGTTGTGGAGAAGAATGCCTCAAT 2991
Query 3127 AGAATGCTTAACATTGAATGTCTTCAAGGTACCTGTCCAGCTGGCGATTTGTGTTCAAAT 3186
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2992 AGAATGCTTAACATTGAATGTCTTCAAGGTACCTGCCCAGCTGGCGATTTGTGCTCAAAT 3051
Query 3187 CAGCAGTTTCAAAAACGGAAGTATGTTAAGTTTGAGAGATTCCAATCCGGTAAGAAGGGT 3246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3052 CAGCAGTTTCAAAAACGGAAGTATGTTAAGTTTGAGAGATTCCAATCCGGTAAGAAGGGT 3111
Query 3247 TATGGCCTGAGATTGCTCGAGGATGTACGAGAGGGGCAATTCCTAATTGAATATGTTGGA 3306
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3112 TATGGCCTGAGATTGCTCGAGGATGTACGAGAGGGGCAATTCCTTATTGAATATGTTGGA 3171
Query 3307 GAGGTGCTTGATATGCAATCCTATGAGACTCGCCAAAAAGAATATGCTTTCAAGGGTCAG 3366
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3172 GAGGTGCTTGATATGCAATCCTATGATACTCGCCAAAAAGAATATGCTTGCAAGGGTCAG 3231
Query 3367 AAACATTTCTATTTCATGACACTAAATGGGAATGAGGTAATAGATGCTGGTGCAAAGGGA 3426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3232 AAACATTTCTATTTCATGACACTAAATGGGAATGAGGTAATAGATGCTGGTGCAAAGGGA 3291
Query 3427 AACCTAGGGCGTTTCATTAACCATAGCTGTGAACCAAACTGCCGTACTGAAAAGTGGATG 3486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3292 AACCTAGGGCGTTTCATTAACCATAGCTGTGAACCAAACTGCCGTACTGAAAAGTGGATG 3351
Query 3487 GTGAATGGTGAAATTTGCGTTGGAATATTCTCCATGCAAGACCTTAAGAAGGGTCAAGAG 3546
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 GTGAATGGTGAAATTTGCGTTGGAATATTCTCCATGAAAGACCTTAAGAAGGGTCAAGAG 3411
Query 3547 TTGACATTTGACTACAACTATGTGAGGGTTTTTGGTGCTGCCGCCAAAAAGTGCTATTGT 3606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3412 TTGACATTTGACTACAACTATGTGAGGGTTTTTGGTGCTGCCGCCAAAAAGTGCTATTGT 3471
Query 3607 GGATCATCACATTGCAGAGGGTATATTGGGGGAGATCCTCTGAATGGTGATGTAATTATT 3666
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3472 GGGTCATCGCATTGCAGAGGGTATATTGGGGGAGATCCTCTGAATGGTGATGTAATTATT 3531
Query 3667 CAAAGTGATTCAGATGAAGAGTATCCTGAACTTGTGATCCTTGATGATGATGAAAGTGGA 3726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3532 CAAAGTGATTCAGATGAAGAGTATCCTGAACTTGTGATCCTTGATGATGATGAAAGTGGA 3591
Query 3727 GAAGGAATCTTAGGTGCAACATCTAGGACCTTCACTGATGACGCTGACGAGCAAATGCCA 3786
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3592 GAAGGAATCTTAGATGCAACATCTAGGACCTTCATTGATGACGCTGACGAGCAAATGCCA 3651
Query 3787 CAGAGCTTTGAAAAGGTTAATGGTTACAAGGACCTTGCTCCTGATAATACCCAAACACAG 3846
|||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3652 CAGAACTCTGAAACGGTTAATGGTTCCAAGGACCTTGCTCCTGATAATGCCCAATCACAG 3711
Query 3847 AGCTCAGTATCTGTAAAACTTCCAGAGAGAGAAATTCCTCCACCTCTTCTTCAGCCAACT 3906
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3712 AGCTCAGTATCTGTAAAACTTCCTGAGAGAGTAATTCCTCCACCTCTTCTTCAGCCAACT 3771
Query 3907 GAAGTTTTGAAGGAACTTTCGTCAGGCATATCTATTACTGCTGTCCAGCAAGAGGTTCCC 3966
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3772 GAAGTTTTGAAGGAACTTCCGTCAGGCATAGCTGTTAGTGCTGTCCAGCAAGAGGTTCCC 3831
Query 3967 GCTGAAAAGAAGACTAAAAGCACATCTCCCACGTCCAGTTCTCTTAGCAGAATGTCCCCG 4026
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3832 GTTGAAAAGAAGACTAAAAACACATCTCCCACGTCCAGTTCTCTTAGCAGACTGTCCTCG 3891
Query 4027 GGTGGTACAAATTCTGATAAGACGACAAAGCATGGATCAGGAGAAGATAAAAAGATACTT 4086
|||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3892 GGTGGTGCAAATACTGATATGACGACAAAGCATGGATCGGGAGAAGATAAAAAGATACTT 3951
Query 4087 CCACG---TC--C-TCGTCCTCGTATGAAAACTTCTCGCTCATCTGAGTCTAGTAAGCGA 4140
||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3952 CCACGGCCTCGTCCTCGTCCTCGTTTGAAAACTTCTCGCTCATCTGTTTCTAGTAAGCGA 4011
Query 4141 GACAAAGGAGGTATTT-ATCCTGGTGTTAACAAAGCACAGGTTATACCAGTTAATAAGTT 4199
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 4012 GACAAAGGAGGTATTTTATC-TGGTGTTAACAAAGCACAGATTATACCAGTCAATAAGTT 4070
Query 4200 GCAACAGCAGCCCATCAAATCTAAAGGATCAGAGAAAGTTTCTCCCAG----T--ATCGA 4253
|||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||| |||| | || ||
Sbjct 4071 ACAACAGCAACCTATCAAATCTAAAAGATCAGAGGAAGTTTCTTCCAGCGGGTGTATTGA 4130
Query 4254 AACATTTGAAGGGAAACTGAACGAGTTACTAGATGCCGTAGGAGGGATAAGCAAGCGGAG 4313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4131 AACATTTGAAGGGAAACTGAACGAGTTACTAGATGCCGTAGGAGGGATAAGCAAGCGGAG 4190
Query 4314 GGATTCAGCAAAAGGCTACTTGAAACTTCTGCTGCTCACTGCCGCTTCGCGAGGCACGGA 4373
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 4191 GGATTCAGCAAAAGGCTACTTGAAACTTCTGCTGCTCACTGCCGCTTCCCGAGGCAC--A 4248
Query 4374 TGAAGAAGGAATTTAT---AGCAATCGAGATCTTTCAATGATTCTTGATGCCCTTTTGAA 4430
|||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4249 -GAAGGAGGAACCTATTGCAGCAATCGAGATCTTTCAATGATTCTTGATGCCCTTTTGAA 4307
Query 4431 GACAAAGTCAAAATCTGTTTTAGTGGACATAATCAACAAGAATGGT 4476
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 4308 GACAAAGTCAAAATCTGTTTTAGTTGACGTAATCAACAAGAATGGT 4353
Score = 1677 bits (908), Expect = 0.0
Identities = 1044/1110 (94%), Gaps = 8/1110 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4680 GGTTCAT-AATATTGCGCGGAGCTTCCGAGACAGATGGATACCTAAGCATTTTAGAAAAC 4738
||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4431 GGTTCATCGA-ATTGCACGGAGCTTCCGAGACAGATGGATACCTAAACATTTTAGAAAAC 4489
Query 4739 CTTGGCGCATCAACAGGGAGGAGAGATCGGAGTCTATGAGGTCACCTATAAACAGAAGGT 4798
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4490 CTTGGCGCATCGACAGGGAGGAGAGATCGGAGTCTATGAGGTCACCTATAAACAGCAGGT 4549
Query 4799 TCAGAGCATCACAAGAACCTCGATATGATCATCAGTCCCCAAGACCTGCAGAACCAGCTG 4858
||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4550 TCAGAGCTTCACAAGAACCTCGATATGAACATCGGTCCCCAAGACCTGCAGAACCAGCTG 4609
Query 4859 CGTCTGTCACATCATCAAAGGCTGCAACTCCTGAAACAGCATCTGTATCTGAGGGATATT 4918
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4610 CGTCTGTCACACCATCAATGGCTGCAACTCCTGAAACAGCATCTGTATCTGAGGGATATT 4669
Query 4919 CAGAACCTAATTCCGGTCTTCCTGAGACAAATGGACGCAAGCGCAAAAGCAGATGGGACC 4978
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4670 CAGAACCTAATTCCAGTCTTCCTGAGACAAATGGACGCAAGCGCAAAAGCAGATGGGACC 4729
Query 4979 AGCCGTCTAAGACAAAAGAACAAAGAATCATGACTATCTTGTCCCAACAAACAGATGAAA 5038
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||
Sbjct 4730 AGCCGTCTAAGACAAAAGAACAAAGAACCATGACTATCTCGTCTCAACAAAGAGATGAAA 4789
Query 5039 CTAATGGAAATCAGGATGTCCAAGATGACCTTCCACCCGGGTTTTCATCACCCTGCACAG 5098
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4790 CTAATGGTAATCAGGATGTCCAAGATGACCTTCCACCCGGGTTTTCATCACCCTGCACAG 4849
Query 5099 ATGTGCCTGATGCAATTACTGCACAGCCGCAACAAAAGTTCCTTTCTCGCTTACCAGTTT 5158
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4850 ATGTGCCTGATGCGATTACTGCACAGCCGCAACAAAAGTTCCTTTCTCGCTTACCAGTAT 4909
Query 5159 CCTATGGGATTCCACTTAGCATTGTTCATCAATTTGGTTCACCTGGCAAAGAGGACCCGA 5218
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4910 CCTATGGGATCCCACTTAGCATTGTTCATCAATTTGGTTCACCCGGCAAAGAGGACCCGA 4969
Query 5219 CCACCTGGTCTGTTGCTCCTGGCATGCCGTTCTATCCATTTCCACCTCTACCGCCAGTGT 5278
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4970 CCACCTGGTCCGTTGCTCCTGGGATACCGTTCTATCCATTTCCACCTCTACCGCCAGTGT 5029
Query 5279 CTCATGGTGAGTTTTTTGCTAAGAGAAACGTAAGAGCCTGTTCCTCGTCCATGGGAAACC 5338
|||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 5030 CTCATGGTGAGTTTTTCGCTAAGAGAAATGTAATAGCCTGTTCCTCCTCCATTCGAAACC 5089
Query 5339 TGACTTACTCCAATGAGATCTTACCAGCTACACCTGTGACTGACTCGACCGCTCCAACCC 5398
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||
Sbjct 5090 CGACTTACTCCAATGAGATCTTACCGGCTACACCTGTGACTGACTCAACTGCTCCAAACC 5149
Query 5399 GTAAGAGAGAGTTGTTTTCATCTGATATAGGGACAACTTACTTTCGGCAACAGAAACAGA 5458
| ||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5150 GGAAGAGAGAGA-GTT--CATTTGATATAGGAACAACTTACTTTCGGCAACAGAAACAGA 5206
Query 5459 GTGTTCCTCCATGGTTGCGGAACAATgggggggAGAAAACAGCAAACAGCCCTATACCTG 5518
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 5207 ACGTTCCTCCATGGTTGCGGAACAACGGGTGGGAGAAAACAGTAAACAGCTCTATACCTG 5266
Query 5519 GAAATCTAACTTTAGAGAAGAAGCTCAACAGTTAAGTATTCTTAATTTTAGAGAAGTACA 5578
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5267 GGAATCTAACTTTAGAGAAGAAGCTCAACAGTTAAGTATTCATAATTTTAGAGAAGTACA 5326
Query 5579 GTCGATGAAGTTGAAATGGAGACAATGCATCTCTTAAAGGAGAATTACAGTGATTGATTG 5638
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5327 GTCGATGAAGTTGAAATGGAGACAGTGCAGGTCTTAAAGGAGAATTACAGTGATTGATTG 5386
Query 5639 GTTTATTTGGCCCATAGGAAAATCAATCCCCTCTAGGGGAGTCATATGCGTTTC-TTTCC 5697
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 5387 GTTTATTTGGCTCATAGGAAAATCAATCCCCTTTAGGGGAGTCATGTGCGTTTCGTTTCT 5446
Query 5698 TATCCCTCTCCTTTCTTTAGTATATTCTAAATTCTTTTACAATCAAAAAGTCCCATTTCA 5757
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||
Sbjct 5447 T-TCCCTTTCCTTTCTTTAGTATATTCTAAATTCTTTTATAATTAAAA-GTCACATTTCA 5504
Query 5758 ATGTAAAAGCAATCACATTCTTTAATCTTT 5787
||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 5505 ATGTAAAAGAAATCACATTCTTTAATCTTT 5534
Score = 122 bits (66), Expect = 2e-26
Identities = 79/85 (93%), Gaps = 1/85 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4551 GAA-GGTATTAGAGTATCTTGCCACAAGGAAAATCCTTGCACTGGAGCATATAATCAGAA 4609
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4347 GAATGGTATTAGAGTATCTTGCCACAAGGGAAATCCTTGCACTGGAGCATATAATCAGAA 4406
Query 4610 GGCCTCCTTTTGCAGGGATGGAAAG 4634
| ||||||| | ||||||||||||
Sbjct 4407 GACCTCCTTGCGTAGGGATGGAAAG 4431
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 219363850772
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5