BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT1G77410.1

Length=2638
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1        4211    0.0  


> Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1
Length=2635

 Score = 4211 bits (2280),  Expect = 0.0
 Identities = 2524/2640 (96%), Gaps = 23/2640 (1%)
 Strand=Plus/Plus

Query  10    TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATAGTCCCAAA  69
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct  1     TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATCGTCCCAAA  60

Query  70    CTATAAAAACTCTCTAGAATCTTCAAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC  129
             |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  61    CTAT-AAAACTCTCTAGAATCAT-AAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC  118

Query  130   AGTACTCGCTAG-TTTTTCTCGTTCTCATGGCGGTTATAGTTGCCGGAGACGTCGCAAAC  188
             |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||
Sbjct  119   AGTATTCGCTAGCTTTTT-TCGTTCTCATGGCGGTTATCGTAGCCAGAGACGCCGCAAAC  177

Query  189   GTAACATACGACGGTCGCTCGCTGATCATCGACGGCGAACATAAGATCCTTTTCTCCGGC  248
             ||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
Sbjct  178   GTAACCTACGACGGGAGATCGCTGATCATCGACGGCCAACATAAGATCCTTTTCTCCGGA  237

Query  249   TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCCTTGATAGCAAAGGCAAAA  308
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  238   TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCATTGATAGCAAAGGCAAAA  297

Query  309   TCTGGAGGAATAGATGTAGTAGACACATATGTGTTCTGGAACGTTCACGAGCCGCAACAA  368
             |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct  298   TCTGGAGGAATAGATGTAATAGACACATATGTGTTCTGGAACATTCACGAGCCGCAACAA  357

Query  369   GGCCAGTTCGATTTCAGTGGAAGCCGTGATATCGTGAAGTTTATCAAGGAAGTAAAAAAT  428
             ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||   
Sbjct  358   GGCCAGTTCGATTTCAGTGGACGCCGTGATATCGTGAAGTTTATTAAGGAAGTAAAAGCG  417

Query  429   CATGGCTTATATGTCTGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAATGGTCTTATGGG  488
             || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  418   CACGGCTTATATGTATGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAGTGGTCTTATGGG  477

Query  489   GGTTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTCCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA  548
             || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  478   GGGTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTTCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA  537

Query  549   TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGCGA-AAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA  607
             |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  538   TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGC-ACAAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA  596

Query  608   CTTGTATGCTTCCCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT  667
             |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  597   CTTGTATGCTTCTCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT  656

Query  668   GGTTGGTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGACAGCAAAATTGGC  727
             ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct  657   GGTAGCTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGGCAGCAAAATTGGC  716

Query  728   TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCATGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC  787
             |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  717   TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCTTGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC  776

Query  788   TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC  847
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  777   TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC  836

Query  848   CAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA  907
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  837   AAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA  896

Query  908   ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCGTTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCTAAGAA  967
             |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  897   ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCATTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCCAAGAA  956

Query  968   TGGAAGCTTTGTAAACTACTACATGTATCATGGAGGAACCAACTTCGGGAGAAATGCTTC  1027
             |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  957   TGGAAGTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACAAACTTCGGGAGAAATGCTTC  1016

Query  1028  ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGGTTACTTAG  1087
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct  1017  ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGATTACTTAG  1076

Query  1088  GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTACATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC  1147
             |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1077  GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTGCATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC  1136

Query  1148  TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCATTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT  1207
             ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1137  TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCACTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT  1196

Query  1208  TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCCATT-CTGGTGAATCAAGACAAATGCGAGTCTA  1266
             |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct  1197  TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCC-TTACTTGTGAATCAAGACAAATGGGATTCTA  1255

Query  1267  CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTGTAAGTGTCCTGCCAG  1326
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  1256  CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTATAAGTGTCCTGCCAG  1315

Query  1327  ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCACAATACAACACGAGAACAA  1386
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct  1316  ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCGCAATACAACACGAGAACAA  1375

Query  1387  GGAAAGCAAGACAAAATTTGTCGTCTCCTCAAATGTGGGAGGAATTTACAGAAACAGTCC  1446
             ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct  1376  GGAAACCAAGACAAAATTTGTCTTCTCCTCACATGTGGGAGAAATTTACAGAAACTGTCC  1435

Query  1447  CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACCACAC  1506
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  1436  CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACAACAC  1495

Query  1507  AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTCAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT  1566
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  1496  AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTGAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT  1555

Query  1567  CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTCGGACATGCTCTACACGCCTTTGTTAATGGGAGATTCA  1626
             |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct  1556  CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTTGGACATGTTCTACACGCCTTTGTTAATGAGAGATTCA  1615

Query  1627  TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCACAGATTTTTGCTGGAGAAAAATATGTCAT  1686
             ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| 
Sbjct  1616  TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCATAGTTTTTTGCTAGAGAAAAATATGTCAC  1675

Query  1687  TGAATAATGGCACAAATAACTTGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGATTACCGAATTCAG  1746
             |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct  1676  TGAATAATGGCACAAATAACATGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGGTTACCGAATTCAG  1735

Query  1747  GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT  1806
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1736  GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT  1795

Query  1807  ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGCCTGAAAGGGGAGAAAT  1866
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct  1796  ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGGCTGAAAGGGGAGAAAT  1855

Query  1867  TCCATGTTTACACTGAAGATGGGTCCGCAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA  1926
             | ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1856  TTCATGTTTACACTGAAGATGGGGCCAAAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA  1915

Query  1927  AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTCATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG  1986
             |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1916  AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTTATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG  1975

Query  1987  TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATAG  2046
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  1976  TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATTG  2035

Query  2047  GTCGGTACTGGGTCTCATTTCACACTTACAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA  2106
             |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2036  GTCGGTACTGGGTCTCATTTCATACTTCCAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA  2095

Query  2107  TACCGAGATCTTTTCTTAAACCAAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAGAG  2166
             ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct  2096  TACCGCGATCTTTTCTTAAACCCAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAAAG  2155

Query  2167  AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCGGTCACTGAAGTCTGTGGTCATG  2226
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct  2156  AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCAGTCACTGAAATCTGTGGTCATG  2215

Query  2227  TCTCCAATACAAATCCTCATCCTGTCATATCTCCAAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAA--  2284
             ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  
Sbjct  2216  TCTCCAATACATATCCTCATCCTGTGATATCTCCGAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAATG  2275

Query  2285  AA-A------TCTAACATACCGGTATGATAGGAAGCCTAAGGTTCAGCTCCAGTGTCCTA  2337
             || |      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct  2276  AACAGAGACATCTAAAATACCGGTATGATAGAAAGCCTAAGGTACAGCTCCAGTGTCCTA  2335

Query  2338  CTGGCAGGAAAATTTCAAAGATATTGTTTGCAAGCTTTGGCACTCCAAATGGAAGTTGCG  2397
             |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct  2336  CTGGCAGGAAAATTTCAAAGGTATTGTTTGCAAGCTTTGGCAATCCAAATGGAAGTTGCG  2395

Query  2398  GGAGCTATTCTATTGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCTT  2457
             |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  2396  GGAGCTATTCAATAGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCCT  2455

Query  2458  GTCTGaaaaaaaGTAGGTGTTCTGTACCTGTATGGAGCAAAACATTTGGTGGTGATTCAT  2517
             |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct  2456  GTCTGAGAAAAAGTAGGTGTTCTGTACCAGTATGGAGCAAAACATTTGGCGGTGATTCAT  2515

Query  2518  GTCCACACACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTCGT  2577
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct  2516  GTCCACAGACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTAGT  2575

Query  2578  TAGTATAGATTTCTGTTCCCTTTTTCTTT--CTT----ATTATGAACAAATAACAAAAGT  2631
             ||||||||||||||||| |||||||||||  |||    |||||||||||||||||| |||
Sbjct  2576  TAGTATAGATTTCTGTTTCCTTTTTCTTTATCTTTCTTATTATGAACAAATAACAATAGT  2635



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 99491719940


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5