BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G77410.1 Length=2638 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1 4211 0.0 > Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1 Length=2635 Score = 4211 bits (2280), Expect = 0.0 Identities = 2524/2640 (96%), Gaps = 23/2640 (1%) Strand=Plus/Plus Query 10 TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATAGTCCCAAA 69 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1 TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATCGTCCCAAA 60 Query 70 CTATAAAAACTCTCTAGAATCTTCAAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC 129 |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTAT-AAAACTCTCTAGAATCAT-AAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC 118 Query 130 AGTACTCGCTAG-TTTTTCTCGTTCTCATGGCGGTTATAGTTGCCGGAGACGTCGCAAAC 188 |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||| Sbjct 119 AGTATTCGCTAGCTTTTT-TCGTTCTCATGGCGGTTATCGTAGCCAGAGACGCCGCAAAC 177 Query 189 GTAACATACGACGGTCGCTCGCTGATCATCGACGGCGAACATAAGATCCTTTTCTCCGGC 248 ||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 178 GTAACCTACGACGGGAGATCGCTGATCATCGACGGCCAACATAAGATCCTTTTCTCCGGA 237 Query 249 TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCCTTGATAGCAAAGGCAAAA 308 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 238 TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCATTGATAGCAAAGGCAAAA 297 Query 309 TCTGGAGGAATAGATGTAGTAGACACATATGTGTTCTGGAACGTTCACGAGCCGCAACAA 368 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 298 TCTGGAGGAATAGATGTAATAGACACATATGTGTTCTGGAACATTCACGAGCCGCAACAA 357 Query 369 GGCCAGTTCGATTTCAGTGGAAGCCGTGATATCGTGAAGTTTATCAAGGAAGTAAAAAAT 428 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 358 GGCCAGTTCGATTTCAGTGGACGCCGTGATATCGTGAAGTTTATTAAGGAAGTAAAAGCG 417 Query 429 CATGGCTTATATGTCTGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAATGGTCTTATGGG 488 || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 418 CACGGCTTATATGTATGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAGTGGTCTTATGGG 477 Query 489 GGTTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTCCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA 548 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 GGGTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTTCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA 537 Query 549 TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGCGA-AAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA 607 |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGC-ACAAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA 596 Query 608 CTTGTATGCTTCCCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT 667 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 597 CTTGTATGCTTCTCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT 656 Query 668 GGTTGGTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGACAGCAAAATTGGC 727 ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 657 GGTAGCTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGGCAGCAAAATTGGC 716 Query 728 TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCATGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC 787 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCTTGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC 776 Query 788 TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC 847 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 777 TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC 836 Query 848 CAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA 907 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 AAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA 896 Query 908 ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCGTTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCTAAGAA 967 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 897 ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCATTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCCAAGAA 956 Query 968 TGGAAGCTTTGTAAACTACTACATGTATCATGGAGGAACCAACTTCGGGAGAAATGCTTC 1027 |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 957 TGGAAGTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACAAACTTCGGGAGAAATGCTTC 1016 Query 1028 ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGGTTACTTAG 1087 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1017 ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGATTACTTAG 1076 Query 1088 GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTACATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC 1147 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1077 GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTGCATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC 1136 Query 1148 TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCATTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT 1207 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1137 TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCACTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT 1196 Query 1208 TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCCATT-CTGGTGAATCAAGACAAATGCGAGTCTA 1266 |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||| Sbjct 1197 TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCC-TTACTTGTGAATCAAGACAAATGGGATTCTA 1255 Query 1267 CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTGTAAGTGTCCTGCCAG 1326 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1256 CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTATAAGTGTCCTGCCAG 1315 Query 1327 ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCACAATACAACACGAGAACAA 1386 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1316 ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCGCAATACAACACGAGAACAA 1375 Query 1387 GGAAAGCAAGACAAAATTTGTCGTCTCCTCAAATGTGGGAGGAATTTACAGAAACAGTCC 1446 ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 1376 GGAAACCAAGACAAAATTTGTCTTCTCCTCACATGTGGGAGAAATTTACAGAAACTGTCC 1435 Query 1447 CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACCACAC 1506 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1436 CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACAACAC 1495 Query 1507 AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTCAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT 1566 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1496 AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTGAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT 1555 Query 1567 CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTCGGACATGCTCTACACGCCTTTGTTAATGGGAGATTCA 1626 |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1556 CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTTGGACATGTTCTACACGCCTTTGTTAATGAGAGATTCA 1615 Query 1627 TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCACAGATTTTTGCTGGAGAAAAATATGTCAT 1686 ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1616 TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCATAGTTTTTTGCTAGAGAAAAATATGTCAC 1675 Query 1687 TGAATAATGGCACAAATAACTTGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGATTACCGAATTCAG 1746 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1676 TGAATAATGGCACAAATAACATGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGGTTACCGAATTCAG 1735 Query 1747 GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT 1806 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT 1795 Query 1807 ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGCCTGAAAGGGGAGAAAT 1866 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1796 ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGGCTGAAAGGGGAGAAAT 1855 Query 1867 TCCATGTTTACACTGAAGATGGGTCCGCAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA 1926 | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1856 TTCATGTTTACACTGAAGATGGGGCCAAAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA 1915 Query 1927 AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTCATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG 1986 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1916 AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTTATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG 1975 Query 1987 TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATAG 2046 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1976 TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATTG 2035 Query 2047 GTCGGTACTGGGTCTCATTTCACACTTACAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA 2106 |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2036 GTCGGTACTGGGTCTCATTTCATACTTCCAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA 2095 Query 2107 TACCGAGATCTTTTCTTAAACCAAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAGAG 2166 ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2096 TACCGCGATCTTTTCTTAAACCCAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAAAG 2155 Query 2167 AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCGGTCACTGAAGTCTGTGGTCATG 2226 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| Sbjct 2156 AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCAGTCACTGAAATCTGTGGTCATG 2215 Query 2227 TCTCCAATACAAATCCTCATCCTGTCATATCTCCAAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAA-- 2284 ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2216 TCTCCAATACATATCCTCATCCTGTGATATCTCCGAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAATG 2275 Query 2285 AA-A------TCTAACATACCGGTATGATAGGAAGCCTAAGGTTCAGCTCCAGTGTCCTA 2337 || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2276 AACAGAGACATCTAAAATACCGGTATGATAGAAAGCCTAAGGTACAGCTCCAGTGTCCTA 2335 Query 2338 CTGGCAGGAAAATTTCAAAGATATTGTTTGCAAGCTTTGGCACTCCAAATGGAAGTTGCG 2397 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2336 CTGGCAGGAAAATTTCAAAGGTATTGTTTGCAAGCTTTGGCAATCCAAATGGAAGTTGCG 2395 Query 2398 GGAGCTATTCTATTGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCTT 2457 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2396 GGAGCTATTCAATAGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCCT 2455 Query 2458 GTCTGaaaaaaaGTAGGTGTTCTGTACCTGTATGGAGCAAAACATTTGGTGGTGATTCAT 2517 |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2456 GTCTGAGAAAAAGTAGGTGTTCTGTACCAGTATGGAGCAAAACATTTGGCGGTGATTCAT 2515 Query 2518 GTCCACACACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTCGT 2577 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2516 GTCCACAGACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTAGT 2575 Query 2578 TAGTATAGATTTCTGTTCCCTTTTTCTTT--CTT----ATTATGAACAAATAACAAAAGT 2631 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| Sbjct 2576 TAGTATAGATTTCTGTTTCCTTTTTCTTTATCTTTCTTATTATGAACAAATAACAATAGT 2635 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 99491719940 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5