BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G78240.1
Length=2760
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927231 jgi|Araly1|927231|scaffold_202792.1 3450 0.0
> Ahg927231 jgi|Araly1|927231|scaffold_202792.1
Length=2094
Score = 3450 bits (1868), Expect = 0.0
Identities = 2016/2087 (97%), Gaps = 12/2087 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 355 Caa-aaaaaTGTCAATGCCACTACAACGTGGCATCTCTGGAGTACGAGTTTCTGATAGCA 413
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 15 CAACAAAAATGTCAATGCCACTACAACGTGGCATATCTGGAGTACGAGTTTCTGATAGCA 74
Query 414 GTGATGATTTGAGAGACTCTCAAATGAAAGACAAAACTGAAAGAGCTCGTTCTACTGAGA 473
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |
Sbjct 75 GTGATGATTTGAGTGACTCTCAAATGAAAGACAAAACTGAAAGACCTCGTTCTTCTGATA 134
Query 474 ACAACAACTTAACCTTAAGGTTTCCTTTTGGTTTCCTCTTTAGTAATCAATCTTCTTCCA 533
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 AC--C-ACTTAACCTTAAGGTTTCCTTTTGGTTTCCTCTTTAGTAATCAATCTTCTTCCA 191
Query 534 AACACGGTGGTGGTGGCGAAAACGGTTTTTCTGCTGATCCATATAGTGCAAGAAGCAGGC 593
| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 AGCACGGTGGTGCCGGCGAAAATGGTTTTTCTGCTGATCCATATAGTGCAAGAAGCAGGC 251
Query 594 ATAGATTGATG-TTGTTGTTTCTCAAGATCAGTTTGGTTCTTATTGTGGTTATTGCTCTT 652
| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 252 ACAGATTGATGCTT-ATGTTTCTTAAGATCAGTTTGGTTCTTATTGTGGTTATTGCT-TT 309
Query 653 -GCTGGTTCTTTCTGGTGGACTATTTCCATTTCGACTTCTTCCAGAGGTCATGTATATCA 711
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 310 AGCTGGATCTTTCTGGTGGACCATTTCCATTTCGACTTCTTCGAGAGGTCATGTATATCA 369
Query 712 CAATTATAGGAGGTTACAGGAGCAGCTTGTTTCAGACTTATGGGATATTGGGGAGATTTC 771
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 370 CAATTATAGGAGATTACAGGAGCAGCTTGTTTCTGACTTGTGGGATATTGGGGAGATTTC 429
Query 772 TCTTGGTCCTAATAGGTGGAAGGAGCTTGAATATTGTAATATAGAATCTGAGAATTTTGT 831
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 430 TCTTGGTCCTAATAGGTGGAAGGAGCTCGAATATTGTAATATAGAGTCTGAGAATTTTGT 489
Query 832 CCCTTGCTTTAATGTTTCTGAGAATCTTGCTCTGGGTTACTCCAATGGTGATGAAAATGA 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 490 TCCTTGCTTTAATGTTTCTGAGAATCTTGCTCTGGGTTACTCCAATGGTGATGAAAATAA 549
Query 892 TCGGTTTTGTGGGCCTGGATCAAAGCAAGAATGTTTAGAGTTGCCACCGGTGAAATATCG 951
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 550 TCGGTTTTGTGGGCCTGGATCAAAGCAAGAATGTTTAGTGTTACCACCGGTGAAATATCG 609
Query 952 AGTCCCTCTTAGGTGGCCGACTGGTAAAGATATAATCTGGCATTCTAATGTTAAGATTAC 1011
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 610 AGTTCCTCTTAGGTGGCCGACTGGTAAAGATATCATCTGGTATTCTAATGTTAAGATTAC 669
Query 1012 TGCTCAAGAAGTTGTGTCTTCTGGTAGCATAACCAAGAGGATGATGATGATGGAAGATGA 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 670 TGCTCAAGAAGTTGTGTCTTCTGGTAGCATAACCAAGAGGATGATGATGATGGAAGACGA 729
Query 1072 TCAGATATCTTTCAGGTCAGCATCTCCTATGTCTGATGAGGTTGAAGACTATTCCCATCA 1131
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 TCAGATATCTTTCCGGTCAGCATCTCCTATGTCTGATGAGGTTGAAGACTATTCCCATCA 789
Query 1132 GATCGCTGAAATGATCGGGATTAAGAAGGATAACTTCATAGAAGCTGGTGTGAGAACTAT 1191
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 GATCGCTGAAATGATTGGGATTAAGAAGGATAACTTCATAGAAGCTGGTGTGAGAACTAT 849
Query 1192 CTTGGATATTGGATGTGGTTATGGTAGCTTTGGGGCACATCTATTGTCCAAACAGATTTT 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 CTTGGATATTGGATGTGGTTATGGTAGCTTTGGGGCACATCTATTGTCCAAACAGATTTT 909
Query 1252 AACTATGTGCATAGCAAACTACGAAGCTTCGGGTAGCCAAGTTCAGCTAACACTCGAAAG 1311
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 AACCATGTGCATAGCAAACTACGAAGCCTCGGGTAGCCAAGTTCAGCTAACACTCGAAAG 969
Query 1312 GGGTCTTCCTGCAATGATTGGCTCTTTTATATCAAAGCAATTGCCATATCCTTCTCTTTC 1371
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 970 GGGTCTCCCTGCAATGATTGGCTCTTTTATATCAAAGCAATTGCCATATCCTTCCCTGTC 1029
Query 1372 CTTTGATATGTTGCATTGCTTAAGATGTGGCATTGATTGGGACCAGAAAGATGGGCTTCT 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 CTTTGATATGTTGCATTGCTTAAGATGTGGCATTGATTGGGACCAGAAAGATGGGCTTCT 1089
Query 1432 CCTTGTAGAAATTGACAGGGTTCTCAAGCCCGGTGGTTACTTTGTATGGACATCTCCGCT 1491
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 CCTTGTAGAAATTGACAGGGTTCTCAAACCCGGTGGTTACTTTGTATGGACATCTCCGCT 1149
Query 1492 CACAAACCCTCGTAACAAGGATCATCTTAAAAGATGGAACTTTGTTCATGATTTTGCTGA 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 CACAAACCCTCGTAACAAGGATCATCTTAAAAGATGGAACTTTGTTCATGATTTTGCTGA 1209
Query 1552 AAGCATCTGTTGGACTCTTTTAAATCAGCAAGATGAGACAGTTGTCTGGAAAAAGACTAT 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 AAGCATCTGTTGGACTCTTTTAAATCAGCAAGACGAGACAGTTGTCTGGAAAAAGACTAT 1269
Query 1612 CAACACCAAATGTTATAGTTCCCGGAAACCTGGAGTGGGCCCTTCTGTGTGTACCAAAGG 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 CAACACCAAATGTTATAGTTCCCGGAAACCTGGAGTGGGCCCTTCTGTGTGTACCAAAGG 1329
Query 1672 GCACGATGTTGAGTCTCCTTATTACAGGCCGCTTCAGATGTGTATAGGTGGAACACGTAG 1731
|||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1330 ACACGATGTCGAGTCTCCATATTACAGGCCTCTTCAGATGTGTATTGGTGGAACACGTAG 1389
Query 1732 CCGGAGGTGGATTCCCATTGAAGGCAGGACAAGATGGCCTAGCCGGTCTAACATGAACAA 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 CCGGAGGTGGATTCCCATTGAAGGCAGGACAAGATGGCCTAGCCGGTCTAACATGAACAA 1449
Query 1792 GACTGAACTTTCATTATATGGTCTTCACCCCGAGGTGCTTGGAGAGGATGCTGAGAACTG 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 GACTGAACTTTCATTATATGGTCTTCACCCCGAGGTGCTTGGAGAGGATGCTGAGAACTG 1509
Query 1852 GAAGATAACAGTGAGAGAATACTGGTCTCTCTTGTCTCCTCTGATATTCTCTGATCATCC 1911
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 GAAGATAACTGTGAGAGAATACTGGTCTCTCTTGTCTCCTCTGATATTCTCTGATCATCC 1569
Query 1912 AAAAAGACCCGGCGATGAAGATCCATCACCGCCTTATAACATGCTCAGAAACGTACTGGA 1971
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1570 AAAGAGACCCGGCGATGAAGATCCATCACCGCCTTATAACATGCTCAGAAACGTATTGGA 1629
Query 1972 TATGAATGCTCAATTCGGTGGTCTCAATTCCGCCTTGTTGGAAGCAAGAAAATCAGTCTG 2031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1630 TATGAATGCTCAATTCGGTGGTCTCAATTCCGCCTTGTTGGAAGCAAGGAAATCAGTCTG 1689
Query 2032 GGTCATGAATGTGGTCCCTACAGCTGGACCTAACCACCTCCCCATGATACTTGACCGTGG 2091
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1690 GGTCATGAATGTGGTCCCTACAGCTGGACCTAACCACCTCCCCATGATCCTTGACCGTGG 1749
Query 2092 CTTTGTCGGAGTTTTGCACAACTGGTGTGAACCATTCCCGACTTACCCGAGAACATATGA 2151
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750 CTTTGTCGGAGTTTTGCATGACTGGTGTGAACCATTCCCGACTTACCCGAGAACATATGA 1809
Query 2152 CCTGGTACATGCAGACAATCTCTTGTCGCTTCAGACAAGTCAGCCCCGAAAAACATGTCT 2211
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||
Sbjct 1810 CCTGGTACATGCAGACAATCTCTTGTCACTTCAGACAAGCCAGCGCCGAAAATCATGTCA 1869
Query 2212 ACTTATTGATATATTCACAGAGATTGACCGATTGCTTCGTCCAGAGGGATGGGTGATAAT 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870 ACTTATTGATATATTCACAGAGATTGACCGATTGCTTCGTCCAGAGGGATGGGTGATAAT 1929
Query 2272 CCGTGACACGGCACAGCTGGTGGAAAAG-GCGAGAGAGAC-GATAACGCAGTTGAAGTGG 2329
||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| | | | |||||||||||||||||
Sbjct 1930 CCGTGACACGGTGCAGCTGGTGGAAA-GCGCGAGAGCGTCAG-TAACGCAGTTGAAGTGG 1987
Query 2330 GAAGCTCGAGTAATAGAGGTTGAAAGCAGCAGTGAACAAAGACTTCTCATCTGCCAAAAA 2389
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1988 GAGGCTCGAGTAATAGAGGTTGAAAGCAGCAGTGAACAAAGACTTCTCATCTGCCAAAAA 2047
Query 2390 CCATTCACCAAGCGACAATCAATCTGAAGAAGAAGAAGAACATAGAC 2436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2048 CCATTCACCAAGCGACAATCAATCTGAAGAAGAAGAAGAACATAGAC 2094
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104138729830
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5