BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79030.1
Length=1882
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg340056 jgi|Araly1|340056|fgenesh1_pg.C_scaffold_2002155 2261 0.0
> Ahg340056 jgi|Araly1|340056|fgenesh1_pg.C_scaffold_2002155
Length=1614
Score = 2261 bits (1224), Expect = 0.0
Identities = 1304/1343 (97%), Gaps = 4/1343 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 42 ATGGAGGATATTGGGTTGGTTAAGCAAGGTTGGAAATGGATGCAATCTCAGAAACATATG 101
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGATATTGGTTTGGTTAAGCAAGGTTGGAAATGGATGCAATCTCAGAAACATATG 60
Query 102 TGCTCCGATGCTTGTTCTGCGATGCGATGCTTTGGGGAGATGATAGGAGGGCTTGTGGAG 161
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 61 TGCTCCGATGCTTGTTCTGCGATGCGATGCTTTGGGGAGAAGATTGGAGGGCTTGTGGAG 120
Query 162 CGTCACTGGCCATTGGTGTGTAGTGGATGTGGGAAGCTATTAGGATTGCTTCAG-TTGTC 220
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||
Sbjct 121 CGTCATTGGCCATTGGTGTGTAGTGGATGTGGGAAGCTATTAGGGTTGCTTC-GCTTGTC 179
Query 221 AGTTCTTTATTGGAAAGACTGCATTTTTAGGGGTTTCCATTGCAGCGCCAAATTGGGTTC 280
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AATTCTTTATTGGAAAGACTGCATTTTTAGGGGTTTCCATTGCAGCGCCAAATTGGGTTC 239
Query 281 AGCTGCTTTGCTTCTGATAATGTGGAGTTGCTTCCTTAGCTTGACTTCCTTATCTTGCTT 340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 AGCTGCTTTGCTTCTGATAATGTGGAGTTGCTTCCTTAGCTTGACTTCCTTTTCTTGCTT 299
Query 341 GCTCTATGTTCTCCTTAGTATGGGAGCTGCTGCAGCTGTTGTTCTGAACTTGGGTTGCAC 400
| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGTTTATGTTCTCCTCAGTATGGGAGCTGCTGCAGCTGTTGTTCTGAACTTGGGTTGCAC 359
Query 401 TCCTGGGCTCTTTATCGTAGGACTATTTGGAATTTTGATTTTATGGATGTATGCAAACTT 460
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCCTGGGCTCTTTATTGTAGGACTATTTGGAATTTTGATTTTATGGATGTATGCAAACTT 419
Query 461 TTGGATCACTGGAACATTGTTTATAGTCGGAGGCTATTTATTCTCCTTAAATCATGCTCG 520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 420 TTGGATCACTGGAACATTGTTTATAGTCGGAGGCTATTTATTCTCCTTAAATCATGCCCG 479
Query 521 CGTGGTGGTTCTTGTGGCGGGCTTATATGCGATGTATTGTGTCAAAGTCAGACTTGGATG 580
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CGTGGTGGTTCTAATGGCGGGCTTATATGCCATGTATTGTGTCAAAGTCAGACTTGGATG 539
Query 581 GCTTGGTCTTTTCCTCTCAATAAATCTTGCTTTCTTGTCCAACGATATATTAAATTGTCT 640
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GCTTGGTCTTTTCCTCTCAATAAATCTTGCCTTCTTGTCCAACGATATATTAAATTGTCT 599
Query 641 TCTTCAATGGTGTGACAATCTAAGTGAAAAACCACAACACGAGGAACCAAAGAAACCGAA 700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 600 TCTTCAATGGTGTGACAATCTAAGTGAAAAACCACAACACGATGAACCAAAGAAAGCGAA 659
Query 701 AGAAACAATCATAGAAGAAGACTATTCAAGGGAATTTGAGTATCCTTCAGTTCCTGTCGA 760
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 660 AGAAACAATCATAGAAGAAGACTATTCAGGGGAATTTGAGTATCCTTCAGTTCCTGTC-A 718
Query 761 A-GATGAAACCGAGACAAAGATTCACGAGAATAAGTCTTCTGCTAAACCAACTGCGCCTT 819
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ATGATGAAACCGAGACAAAGATTCACGAGAATAAGTCGTCTGCTAAACCAACTGCGCCTT 778
Query 820 CTACTGTTGTTAATACCGTAAAGGAAATTTCTAGTGTTAAAATAGTCAAAATAGAAGAGT 879
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 779 CTACTGTTGTTAATACCGTAAAGGAGATTTCTAGTGTTAAAATAGTCAAAATAGAAGAAT 838
Query 880 CAAGTTCAGCTGATGAAATGAAGAGAATACTGAATAGTTTGAATCATTATGAAGCATTGG 939
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 839 CAAGTTCAGCTGATGAAATGAAGAGAATACTGAATAGTTTGAATCATTATGAAGCACTGG 898
Query 940 GGGTCCCTCGGCATAAAAAGATCGATGCTGCGGTGCTTAAGAAAGAGTATAGGAAGAAGG 999
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 899 GGGTCCCTCGGCATAAAAAGATCGATGCTGCGGTGCTTAAGAAAGAGTATAGAAAGAAGG 958
Query 1000 CAATGTTGGTTCATCCTGATAAAAATATGGGGAGTCCATTGGCAAGTGAATCATTCAAGA 1059
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 959 CAATGTTGGTTCATCCCGATAAAAATATGGGGAGTCCATTGGCAAGTGAATCGTTCAAGA 1018
Query 1060 AACTTCAAAGTGCTTACGAGGTTCTATCTGATTTCGTAAAGAAGAGAGATTACGATGAGC 1119
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AACTTCAAAGTGCTTACGAGGTTCTTTCTGATTTCGTAAAGAAGAGAGATTACGATGAGC 1078
Query 1120 AACTACGAAAAGAAGAATCTAGGACTAGGAGTGTTTGTCAGACATCTCATGCTTCTTCGC 1179
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AATTACGAAAAGAAGAATCTAGGACTAGGAGTGTTTGTCAGACATCTCATGCTTCTTCGC 1138
Query 1180 ATCAGAGTGGTCCTGATTATCGATCAGATGAGTCAAGGCGGATACACTGTACAAAATGTG 1239
||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1139 ATCAGAGTGGTCCTGATTATCGATCTGAAGAGTCGAGGCGGATACACTGTACAAAGTGTG 1198
Query 1240 GTAATTCACACATATGGATATGTACCAATAGGACAAAAGCAAAGGCAAGATGGTGCCAGG 1299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTAATTCACACATATGGATATGTACCAATAGGACAAAGGCAAAGGCAAGATGGTGCCAGG 1258
Query 1300 ATTGTGGCCAATATCATCAAGCAAAAGATGGAGATGGATGGGTCGAACTCAAAGGGACAT 1359
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATTGTGGTCAATATCATCAAGCAAAAGATGGAGATGGATGGGTCGAACTCAAAGGGACAT 1318
Query 1360 TACCCTTCGAGAGAGCACATAAG 1382
||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1319 TACCCTTTGAGAGAGCACATAAG 1341
Score = 453 bits (245), Expect = 2e-126
Identities = 265/275 (96%), Gaps = 0/275 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1453 AGGGAATGGCTTGTAGACCAAACACGCATAGACCAAGCTTTCATGTGAACATGGTTGGGT 1512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 AGGGAATGGCTTGTAGACCAAACACGCATAGACCAAGTTTTCATGTGAACATGGTTGGGT 1399
Query 1513 TAGAAAAGACAACACAGAGATCAAACTCAAGTAGGTTCCCATGGGATCTAGATGTGGAGA 1572
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TAGAAAAGACAACACAGAGATCAAACTCAAGTAGGTTCCCTTGGGATCTAGATGTGGAGA 1459
Query 1573 TGATGGATGAGGACGAAGAAGAGTTTGAGCTATGGCTTCAACAAGCTCTTGCTTCAGGTC 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TGATGGATGAGGACGAAGAAGAGTTTGAGCTATGGCTTCAACAAGCTCTTGCTTCAGGTC 1519
Query 1633 TCTTCTGCGAAACCTCAAAACGTAGAAAAAGCTGGAGCCCTTTCAAGTTGGGCCAGATGA 1692
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1520 TCTTCTGCGAAACCTCGAAACGCAGAAAAAGCTGGAGCCCGTTCAAGTTAAGCCAGATGA 1579
Query 1693 AAAGCAAGAAACAGTGGCGAAGAACTTCCACTTGA 1727
|||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1580 AAAGCAAGAAGCAATGGCGAAGAACATCCACTTGA 1614
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70695494720
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5