BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G80260.1
Length=3297
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477227 jgi|Araly1|477227|fgenesh2_kg.2__2357__AT1G80260.1 4813 0.0
Ahg472287 jgi|Araly1|472287|fgenesh2_kg.1__2241__AT1G20570.1 3358 0.0
> Ahg477227 jgi|Araly1|477227|fgenesh2_kg.2__2357__AT1G80260.1
Length=3123
Score = 4813 bits (2606), Expect = 0.0
Identities = 2847/2963 (96%), Gaps = 18/2963 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 209 CACTCAGAACTGGCTCTTCCCTCAGTGAGCGTAACTGAATTGGATCTGGTGAGAGGTCTA 268
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 CACTCAGAACTGGCCCTTCCCTCAGTGAGCGTGACTGAATTGGATCTGGTGAGAGGTC-- 172
Query 269 TTACAAGCTTTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACCAAACTGGACAAACT 328
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 173 -T---A---TTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACCAAACTGGACAAACT 225
Query 329 TTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCTCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCATGTTCTT 388
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 226 TTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCCCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCACGTCCTT 285
Query 389 CTCGCTGGGTTCCTGTATCCCGCTACATGTTTGAAACTCGTTGAGTCTATCGTTGCTGCC 448
|||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 286 CTCGCTGGATTCTTGTATGCCGCTACTTGTTTGAAGCTCGTGGAGTCTATCGTTGCTGCC 345
Query 449 ATTAATACCTCTCTTAGGTCTCCTCCTACCTTAATGGCATTCTCTGACTCTGTCTCCGCA 508
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 346 ATTAATACCTCTCTCAGCTCTCCTCCTACCTTAATGGCGTTCTCTGACTCTGTCTCCGCA 405
Query 509 TGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCGACAATTCTGAT 568
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 406 TGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCAACAATTCTGAT 465
Query 569 ATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTAACCAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTTCAGGT 628
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 ATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTGACAAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTTCAGGT 525
Query 629 GCTGAATATCTCTTACAAGTTGTACATG-GTGCCATCCCTCATACGTTTTTTGATTCAAA 687
|||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GCTGAATATCTCTTACAAGTTGTACATGCG-GCGATCCCTCATACGTTTTTTGATTCAAG 584
Query 688 CTCTACGATTTCCGCTGCTGAGATTGCTGTCCATGTTCTTGATTATCTTTACAAGAAGCT 747
|| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 585 TTCAACTATTTCCGCTGCTGAAATTGCTTTCCATGTTCTTGATTACCTTTACAAGAAGCT 644
Query 748 TGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAAT 807
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 GGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAAT 704
Query 808 GTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATGGTTGTTTGAGGGAAC 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 705 GTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATGCTTGTTTGAGGGAAC 764
Query 868 TCTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATCGGTCTCCGTTGACGA 927
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 765 ACTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATCGGTCTCCGTTAACGA 824
Query 928 TGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAACTCAAAATCAAATGT 987
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 825 TGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAACCCAAAATCAAATGT 884
Query 988 AACTTCACTAAACGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAACTCATCTTTAGCTTC 1047
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 885 AACTTCCCTAAATGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAACTCGTCTTTAGTTTC 944
Query 1048 TGACAAAGACAAAGAGCAAAATACTCGGGTGTTATGTCCCTTATTCATTAAAGACATCTG 1107
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 945 TGACAAAGACAAAGAGCAGAATACTGGGGTGTTATGTCCATTGTTCATTAAAGACATCTG 1004
Query 1108 TAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTAATGCAGCATATTCCTTCCACGTC 1167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 TAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCAGCATATTCCTTCCACGTC 1064
Query 1168 TTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGGGCGAAATGGTTATGGGAAATCTAGCGT 1227
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || |
Sbjct 1065 TTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGAGCGAAATGGTTTTGGGAATTCTGGC-T 1123
Query 1228 -TGGTAGTCTCCTGACTAAAATGAGCAGCTGTAGTAGCACTGCGGACTTATCCTTGTCTG 1286
|||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1124 GTGGTAGACTCCTGGCTAAAAAGAGTAGCTTTAGTAGCACTGCAGACTTATCCTTGTCTG 1183
Query 1287 AAGTCTTTTGTTTGACACTCGCCGGCCTTATAGGCCATGGTGATCATGTCTCTAGATATC 1346
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 AAGTCTTTTGTTTGACACTCGCCGGCTTTATAGGCCATGGTGATCATGTCTCTAGATATC 1243
Query 1347 TGTGGAAAGATGAGGCGGATGAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAGCATCATATATAAGTG 1406
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TGTGGAAAGATGAGGCGGACAAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAGCATCATATATAAGTG 1303
Query 1407 GAGAGCTTGTGAATGACATGGATAATAAAGATCTTCCAGTTCTCACATGCTCAGAGCGAA 1466
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 GAGAGCTTGTGAATGGCATGGATGATAAAGATCTTCCAGTTCTCACATGCTCAGAGCGAA 1363
Query 1467 TGTGGTATAAGTTGTTGGTCGGTGCTGTGCAAGAGAAAAGAGCTATGGAGGCCAAATCAG 1526
||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 TGTGGTATAAGTTGTTGGTTGATGCTCTGCAAGAGAAAAGAGCTATGGAGGCCAAATCAG 1423
Query 1527 AACTCCAGAGTGCATGCTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAATAGTGGTCTCACTGCCC 1586
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 AACTCCAGAATGCATGTTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAATAGTGGTCTCACTGCCC 1483
Query 1587 AAAAGGCGTTGCAGGGGTTATTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTTTCAGTATCTAAAATGG 1646
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1484 AAAAGGCGTTGCAGGGGTTGTTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTGTCAGTATCTAAAATGG 1543
Query 1647 ATCTTGAGAGGAATAGAAATGCTTGGAATGTCTTGAACTTGTCGCAAAACTATTGTCTAC 1706
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1544 ATCTTGAGAGGAATAAAAATACTTGGAATGTCTTGAACTTGTCACAAAACTATTGTCTAC 1603
Query 1707 CCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAATCTGGCATGGCAGATG 1766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1604 CCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAATCTGGCGTGGCAGATG 1663
Query 1767 CTGGACTGAGTGGAACAAACTACAAATTTGGATTCCAATTTGGTAGATCTGAATATATTT 1826
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1664 CTGGATTGAGTGGAACAAACTACAAATTTGGTTTCCAGTTTGGTAGATCTGAATATCTTT 1723
Query 1827 CTTCTCAGGATGACA-CA-AACCTTCTAGAAACATTATTTCCCTTTCCCACTTTGCTTCC 1884
||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1724 CTTCTCAGGATGACACCAGAA--TTCTAGAAACATTATTTCCCTTTCCTACTTTGCTTCC 1781
Query 1885 GTCATTCCAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCAAAAGAATAGTACACT 1944
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 GTCATTACAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCAAAAGAATAGTACACT 1841
Query 1945 TCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGGCAGAGCCAATGGATACTCGACTTCCCGT 2004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 TCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGGCAGAGCCAATGGATACTCGACTTCCCGT 1901
Query 2005 TGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATAAGGAGGCAGGTGGACTACATTGGCAA 2064
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 TGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATCAGGAGGCAGGTGGACTACATTGGCAA 1961
Query 2065 AGTGATTTTGTCAAAACTAATGAATGACTGGAAATTGATGCACGAACTTGCTGTATTGCG 2124
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1962 AGTGATTTTGTCAAAACTTATGAATGACTGGAAATTGATGCACGAACTTTCTGTATTGCG 2021
Query 2125 CGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTTCTGACTGTCATTTTCGA 2184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 TGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTTCTGACTGTCATTTTCGA 2081
Query 2185 TAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACATAATACTTCAGGA 2244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 TAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACATAATACTTCAGGA 2141
Query 2245 ATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTGTTAAGCAGTCCTGATTCATTGGTGGTATC 2304
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 ATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTTTTAAGCAGTCCTGATTCATTGGTGGTATC 2201
Query 2305 TATTTCCAGAGAAGACAGAGACAAAGATGATAAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAAC 2364
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 TATATCCAGAGAAGACAGAGACAAAGATGATAAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAAC 2261
Query 2365 TCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTTTGGAATAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATA 2424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 TCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTTTGGAATAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATA 2321
Query 2425 CAAGGTGCCATGGCCACTTGAGCTTATTGCCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCA 2484
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 CAAGGTGCCATGGCCGCTTGAGCTTATTGCCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCA 2381
Query 2485 GGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGCGAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAG 2544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 GGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGCGAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAG 2441
Query 2545 GTGGATGTGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAACAAAAATCCGCAAGCACCACTGGTTACTAGA 2604
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2442 GTGGATGTGGAAGGGCAAAGGCTCTGCAACAAAAATTCGCAAGCACCACTGGTTACTGGA 2501
Query 2605 ACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCA 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 ACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCA 2561
Query 2665 CACTGCGTGGCGTGAACTGTGTGAAGCGATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCAT 2724
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 CACTGCGTGGCGTGAACTGTGCGAGGCGATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCAT 2621
Query 2725 ATATGTACATGAAACCTACTTGTTATCGATTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAA 2784
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 ATATGTACATGAGACCTACTTGTTATCGATTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAA 2681
Query 2785 GCTGTGGGCAATCATCGCAAGTCGGATCAACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTA 2844
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2682 GCTGTGGGCAATCATTGCAAGTCGGATCAACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTA 2741
Query 2845 CTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGCGA 2904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2742 CTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGTGA 2801
Query 2905 AATGGAAATAGACCGTATAGAGAAACAATTTGAGGACTGTATTGCTTTCCTTCTCAGAGT 2964
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2802 AATGGAAATAGACCGCATCGAGAAACAATTTGAGGACTGTATTGCTTTCCTCCTCAGAGT 2861
Query 2965 ATTATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAAT 3024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 ATTATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAAT 2921
Query 3025 CAATTACAATTATCACTACATGTCAGATACTGGAAGCTTGATGACTACTTCTGGAGCAGA 3084
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 2922 CAATTACAATTATCACTACATGTCAGACACTGGAAGCTTGATGACTAGTGCTGGAGCAGA 2981
Query 3085 GACCAACTCATCCAGACCTTGGACTGCCAAATCTGATGTATGAATGGACCGGGAAATTAT 3144
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2982 GACCAACTCATCCAGACCCAAGACTGCCAAATCTGATGTATGAATGGACCGGGAATTTAT 3041
Query 3145 CGCAA-TGTTGGATTGTCGCAAC 3166
|| || |||||||| ||||||||
Sbjct 3042 CGGAAATGTTGGATCGTCGCAAC 3064
> Ahg472287 jgi|Araly1|472287|fgenesh2_kg.1__2241__AT1G20570.1
Length=2946
Score = 3358 bits (1818), Expect = 0.0
Identities = 2594/2957 (88%), Gaps = 99/2957 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 165 AAACCCTAATTCCGGGAGCGATGTGTAGCCGCAGAGTTTGGACACACTCAGAACTGGCTC 224
|||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 41 AAACGCTAATTCCAGGAGCGATGTGCAGTCGCAGAGTTTGGACACACTCAGAACTAACTC 100
Query 225 TTCCCTCAGTGAGCGT-AACTGAATTGGATCTGGTGAGAGGTCTATTACAAGCTTTGCAA 283
||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 101 CTCCTTCAGTGAGCGTGAA-TGAATCCGATCTGGTGAAAGGTCTCTTACAAGCTTTGCAA 159
Query 284 GGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACCAAACTGG-ACAAACTTTCCGCGCCAAAAG 342
||| | |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||
Sbjct 160 GGTTTCTCTAGTCCCTTCATTTTCTGGGACCAAA-AGGAACAAACTTTCCGCGCTAAAAG 218
Query 343 TCATATACGCGTCTCTCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCATGTTCTTCTCGCTGGGTTCCT 402
| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 219 TGAGATACGAGTCTCTCATTTGTCTCAGTCAAGCCTTCATGTCCTTCTCGCTGGATTTTT 278
Query 403 GTATCCCGCTACATGTTTGAAACTCGTTGAGTCTATCGTTGCTGCCATTAATACCTCTCT 462
|||| |||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 279 GTATGCCGCAACATGTTTGAAGCTTGTGGAGTCTATTGTTGCTGGAATTAATACCTCTCT 338
Query 463 TAGGTCTCCTCCTACCTTAATGGCATTCTCTG-ACTCTGTCTCCGCATGGCTTGAGAGAC 521
||| ||||||||||| ||||||| ||| || | |||||||||| | ||||||||| |
Sbjct 339 TAGATCTCCTCCTACTTTAATGGGATTTTC-GAACTCTGTCTCTGGTTGGCTTGAG-G-- 394
Query 522 TCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCGACAATTCTGATATTACTGTTACTC 581
|| | ||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||| || || |||| ||||
Sbjct 395 -CA-A-ATATTGCTTTGAATGAGGAAGTGAAGATCAACGATTCTAATGTTGCTGTCACTC 451
Query 582 CAACCCTCTTGGGATTAACCAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTTCAGGTGCTGAATATCTCT 641
|||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 452 CAACTCTCTTGGGATTAACTACTTCTTTATCTAGTCTGTGTTCAGGTGCTGAATATCTTT 511
Query 642 TACAAGTTGTAC-ATGGTGCCATCCCTCATACGTTTTTTGATTCAAACTCTA-CGATTTC 699
| |||||||||| | ||||| ||||||||| ||| |||||| || | || | | |||||
Sbjct 512 TCCAAGTTGTACGA-GGTGCGATCCCTCATGCGTATTTTGAGTCGAGTTC-AGCTATTTC 569
Query 700 CGCTGCTGAGATTGCTGTCCATGTTCTTGATTATCTTTACAAGAAGCTTGATGAAGTATG 759
| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 570 AACCGCTGAAATTGCTGTCCACGTTCTTGATTACCTTTACAAGAGGCTGGATGAAGTATG 629
Query 760 CCTTGTACAAGGTGGTGA-------G--GTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAATGTT 810
|||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||| ||
Sbjct 630 CCTTGTCCAAGGTGGTGAGGTTGTGGCCGTGGAAGGATTTCATGTGCTGCTGCAAATATT 689
Query 811 TGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATGGTTGTTTGAGGGAACTCT 870
|||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 690 TGCTGGAAGTTTATTGCCATATGTAGAAGCTTTGGATTCATGGTTATTTGAAGGAACTCT 749
Query 871 TGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATCGGTCTCCGTTGA-CGATG 929
||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 750 TGATGATCCTTTTGAAGAGTTGTTTTTTTCAGCCAACCAATCGGTCTCCGTT-AGCGATG 808
Query 930 CAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAACT-CAAAATCAAATGTA 988
|||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| | | ||||||||||||||
Sbjct 809 CAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCTGTTGACGAGGGTG-CTGGGTCCAAAATCAAATGTA 867
Query 989 ACTTCACTAAA-CGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAACTCATCTTTAGCTTC 1047
||||| ||||| | ||||| ||| |||||||||| ||||| |||| | || || |||
Sbjct 868 ACTTCGCTAAATC-AAAAGGAAGGAATGAGTGGAAATGACTCCAA-T--TC---AGTTTC 920
Query 1048 TGACAAAGACAAAGAGCAAAATACTCGGGTGTTATGTCCC-TTATTCATTAAAGACATCT 1106
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 921 TGACAAAGACAAAGAGCAGAATAATCGGGTGTTATG-CCCACTATTCATAAAAGACATCT 979
Query 1107 GTAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTAATGCAGCATATTCCTTC-CACG 1165
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||
Sbjct 980 GTAAGTCGATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCGGCATATTCCTTCTC-CG 1038
Query 1166 TCTTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGGGCGAAATGGTTATGGGAAATCTAGC 1225
||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||| ||| | |
Sbjct 1039 TCTTCAGAAAAGTGTGGAAAGATTCAGTACCATGGGCAAAATGATTTTGGG-AAT-TCGG 1096
Query 1226 G-T-TGGTAGT-CTCCTGACTAAAATGAGCAGCTGTAGTAGCACTGCGGACTTATCCTTG 1282
| | ||| | | |||||| || | || ||||| ||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1097 GTTGTGGCA-TACTCCTGGCTGGGAGGAACAGCTTTAGAAGCACTGCAGACTTATCCTTG 1155
Query 1283 TCTGAAGTCTTTTGTTTGA-CACTCGCCGGCCTTATAGGCCATGGTGATCATGTCTCTAG 1341
|||||| |||| ||| | | |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1156 TCTGAAATCTTCTGTCT-ATCACTTGCTGGCCTCATAGGCCATGGTGATCATGTATCTAG 1214
Query 1342 ATATCTGTGGAAAGATGAGGCGGATGAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAGCATCATATAT 1401
||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1215 ATACCTGTGGAAAGATGAGACAGATGAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTGGCATTATATAT 1274
Query 1402 AAGTGG-AGAGCTTGTGAAT-G-ACATGGATAATAAAGATCTTCCAGTTCTCACATGCTC 1458
|||||| || ||| ||| || | ||| || | ||| |||| || ||| |||||||| |||
Sbjct 1275 AAGTGGAAG-GCTAGTGGATGGCACA-GG-TGATAGAGATATTTCAGCTCTCACATACTC 1331
Query 1459 AGAGCGAATGTGGTATAAGTTGTTGGTCGGTGCTGTGCAAGAGAAAAGAGCTATGGAGGC 1518
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1332 AGACCGAATGTGGTATAAGTTGTTGGTTGGTGCTGTGCAAGAGAAAAGATCTATAGAGGC 1391
Query 1519 CAAATCAGAACTCCAGAGTGCATGCTATGCTACAGGTGTTAAGGATG-GAAATAGTGGTC 1577
||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||| || | |||| | || ||
Sbjct 1392 CAAATCAGAACTCCAGAGTCCATGTTATGTTAGTCGTGTTAAAGACGAGAAA-AATGTTC 1450
Query 1578 TCACTGCCCAAAAGGCGTTGCAGGGGTTATTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTTTCAGTAT 1637
|| |||| |||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1451 TCGTTGCCGAAAAGGTGTTGCAGCGGTTGTTTTGTCATGAAAACCCTGTTGTTTCAGTAT 1510
Query 1638 CTAAAATGGATCTTGAGAGGAAT-AGAAATGCTTGGAATGTCTTGAACTTGTCGCAAAAC 1696
||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1511 CTAAAATGGATCTTGAGAGGAATAAG-AATGCATGGAATGTCTTGAACTTATCACAAAAC 1569
Query 1697 TATTGTCTACCCTCTCTT-AATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAATCTGG 1755
||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1570 TATTGCCTACCCTC-GTTAAATGATGAGAGTTTGTTGAGTGCTGTTTTTGAGGGATCTGG 1628
Query 1756 CATGGCAGATGCTGGACTGAGTGGAACAAACTACAAATTTGGATTCCAATTTGGTAGATC 1815
| |||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1629 CGTGGCAGATACAGGATTGACCGGAACAAACTACAAATTTGGGTTCCAATTCGGTAGATC 1688
Query 1816 TGAATATATTTCTTCTCAGGATGACA--CAAACCTTCTAGAAACATTATTTCCCTTTCCC 1873
||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1689 TGAATATCTTTCTAATCAGGATGACACCCAAA--TTCTAGAAACGTTATTTCCTTTTCCC 1746
Query 1874 ACTTTGCTTCCGTCATTCCAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAA-TTCTTACCTTTCCAAAA 1932
|| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1747 ACATTACTTCCGTCATTCCAGCCGAAGCTCCATATGTCAGAATTTC-TACCTTTCCAAAA 1805
Query 1933 GAATAGTACACTTCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGGCAGAGCCAATGGATAC 1992
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1806 GAATAGTACACTTCCTTCCAGAGTTCTCAGCTGGATGCTTAAGGCAGAGACAAGGGATAC 1865
Query 1993 TCGACTTCCCGTTGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATAAGGAGGCAGGTGGA 2052
|| |||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1866 TCCACTTCCTGTTGTAATAATGCAAGAATGCTTGACAATCTACATCAGGAGGCAGGTGGA 1925
Query 2053 CTACATTGGCAAAGTGATTTTGTCAAAACTAATGAATGACTGGAAATTGATGCACGAACT 2112
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 CGACATTGGCAAAGTGATTTTGTCAAAACTAATGAATGATTGGAAATTGATGCACGAACT 1985
Query 2113 TGCTGTATTGCGCGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTTCTGAC 2172
||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1986 TGCGGTGTTGCGTGCCATTTACTTGTTAGGTTCAGGGGACCTTCTGCAGCATTTTCTGAC 2045
Query 2173 TGTCATTTTCGATAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACAT 2232
|||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 TGTCATATTCGATAGACTGAGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACAT 2105
Query 2233 AATACTTCAGGAATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTGTTAAGCAGTCCTGATTC 2292
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2106 AATCCTTCAGGAATCTATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGTTGTTAAGCAGTCCTGATGC 2165
Query 2293 ATTGGTGGTATCTATTTCCAGAGAAG---------ACAGAGACAAAGATGATAAGGGTGA 2343
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2166 ATTGGTGGTATCTATTTCCAGTGAAGGGTCTTTGGACAGAGACAAAGATGACAAGGGTGA 2225
Query 2344 CATAATACCCCTTTCTTCAACTCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTTTGGAATAGATTGTCT 2403
| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 2226 CGTAAAAACCCGTTCTTCAACTCGTAAAAGCCGCGTTAACAATTTTGGGATAGATTGCCT 2285
Query 2404 CGAGTCTCTCAAATTCACATACAAGGTGCCATGGCCACTTGAGCTTATTGCCAATAGTGA 2463
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || ||
Sbjct 2286 TGAGTCTCTCAAATTCACATACAAGGTGCCGTGGCCGCTAGAGCTTATTGCGAACAGCGA 2345
Query 2464 GGCCATTAAGAAGTATAACCAGGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGCGAGCAAAATA 2523
|||||||||||||||||||||||| | | | | | |||||||||
Sbjct 2346 GGCCATTAAGAAGTATAACCAGGTCA----A---------A----C--G--AGCAAAATA 2384
Query 2524 TGTGCTTGATAAAGCACGAAGGTGGATGTGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAACAAAAATCCG 2583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 TGTGCTTGATAAAGCACGAAGGTGGATGTGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAACAAAAATCCG 2444
Query 2584 CAAGCACCACTGGTTACTAGAACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTTTTCATCAATA 2643
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2445 CAAGCACCATTGGTTACTGGAACAAAAGCTCCTCAATTTTGTGGATGCTTTTCATCAATA 2504
Query 2644 CGTAATGGACAGGGTATATCACACTGCGTGGCGTGAACTGTGTGAAGCGATGGTAAAAGC 2703
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2505 CGTAATGGACAGGGTATATCACACTGCATGGCGTGAACTGTGCGAAGCTATGGTAAAAGC 2564
Query 2704 AGGGTCTCTGGATGAGGTCATATATGTACATGAAACCTACTTGTTATCGATTCAGCGGCA 2763
||||||||| |||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2565 AGGGTCTCTAGATGAGGTCATAGATGTACATGAGACGTACTTGTTATCAATTCAGAGGCA 2624
Query 2764 ATGCTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGGGCAATCATCGCAAGTCGGATCAACATGATTCT 2823
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2625 ATGTTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGGGTAATCATCGCAAGTCGGATCAACATAATTCT 2684
Query 2824 CGGTTTAGCTCTAGAATTCTACTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTC 2883
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 CGGGTTAGCTCTAGAATTCTACTCAATACAACAGACGCTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTC 2744
Query 2884 AGCCATCAAGGCTAGATGCGAAATGGAAATAGACCGTATAGAGAAACAATTTGAGGACTG 2943
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 AGCTATCAAGGCTAGATGCGAAATGGAGATAGACCGCATTGAGAAACAATTTGAGGACTG 2804
Query 2944 TATTGCTTTCCTTCTCAGAGTATT-ATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTCCCTCATT 3002
|||||| ||||| || |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2805 TATTGCATTCCTCCTTAGAGTATTGA-CTTCGAAGCTGAACGTGGGACACTTCCCTCATC 2863
Query 3003 TGGCTGATTTGGTGACCAGAATCAATTACAATTATCACTACATGTCAGATACTGGAAGCT 3062
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2864 TGGCAGATTTGGTGACCAGAATCAATTACAATTATCACTACATGTCTGACACTGGAAGCT 2923
Query 3063 TGATGACTACTTCTGGA 3079
| |||||| |||||||
Sbjct 2924 TAATGACTGTTTCTGGA 2940
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124448263710
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5