BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G04350.1 Length=2434 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg905775 jgi|Araly1|905775|Al_scaffold_0003_2903 3535 0.0 > Ahg905775 jgi|Araly1|905775|Al_scaffold_0003_2903 Length=2163 Score = 3535 bits (1914), Expect = 0.0 Identities = 2085/2168 (96%), Gaps = 10/2168 (0%) Strand=Plus/Plus Query 142 ATGGAAGATTCTGGAGTGAATCCAATGGATTCACCATCTAAAGGCAGT-GACTTTGGAGT 200 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| Sbjct 1 ATGGAAGATTCTGGAGTGAATCCAATGGATTCACCGTCTAAAGGCAGTGGA-TTTGGAGT 59 Query 201 CTATGGAATCATAGGAGGTGGAATCGTGGCTTTACTTGTGCCTGTGTTACTCTCTGTGGT 260 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 60 TTATGGAATCATAGGAGGTGGAATTGTGGCTTTACTTGTACCAGTGTTACTCTCTGTGGT 119 Query 261 GTTGAATGGAACCAAAAAGGGGAAAAAGAGAGGTGTTCCCATCAAAGTAGGTGGCGAGGA 320 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 120 GTTGAATGGAAGCAAAAAGGGGAAAAAGAGAGGTGTTCCGATCAAAGTAGGTGGCGAGGA 179 Query 321 AGGTTACACAATGCGTCATGCTCGAGCTCCTGAATTGGTTGATGTACCTTGGGAAGGAGC 380 ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 180 AGGTTACACGATGCGTCATGCTCGTGCTCCTGATTTGGTTGATGTTCCTTGGGAAGGAGC 239 Query 381 TGCTACTATGCCTGCTTTGTTTGAGCAGTCTTGTAAGAAGTATTCGAAAGATCGGTTACT 440 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 TACTACTATGCCTGCTTTGTTTGAGCAGTCTTGTAAGAAGTATTCGAAAGATCGGTTACT 299 Query 441 AGGAACTAGAGAGTTTATAGATAAGGAATTTATTACTGCTAGTGATGGGAGGAAGTTTGA 500 || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| Sbjct 300 TGGGACTAGAGAGTTTATAGATAGGGAATTTGTTACTTCTAGTGATGGAAGGAAGTTTGA 359 Query 501 GAAGCTTCATTTAGGAGAGTATAAATGGCAAAGTTATGGAGAGGTTTTTGAACGTGTTTG 560 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 360 GAAGCTTCATTTAGGAGAGTATAAGTGGCAAAGTTATGCAGAGGTCTTTGAACGTGTTTG 419 Query 561 TAACTTTGCGTCGGGGTTAGTTAATGTAGGACATAATGTTGATGATCGTGTTGCTATCTT 620 ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TAACTTTGCGTCGGGGTTAGTGAATGTTGGACATAATGTTGATGATCGTGTTGCTATCTT 479 Query 621 TTCGGATACTCGTGCTGAGTGGTTTATCGCGTTTCAGGGATGTTTCAGGCAGAGCATAAC 680 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 TTCGGATACTCGAGCTGAGTGGTTTATCGCGTTTCAGGGATGTTTCAGGCAGAGCATAAC 539 Query 681 CGTTGTTACTATTTATGCTTCTTTAGGAGAAGAGGCTTTGATTTACTCACTCAATGAGAC 740 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CGTTGTTACTATATATGCTTCTTTAGGAGAAGAGGCTTTGATTTACTCACTCAATGAGAC 599 Query 741 TCGAGTGTCAACCTTAATATGTGACTCAAAACAACTTAAGAAGTTGTCTGCGATACAATC 800 |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 600 TCGAGTATCAACCTTGATATGCGACTCGAAACAACTTAAGAAGTTGTCTACGATACAATC 659 Query 801 AAGCTTGAAAACTGTGAAGAACATTATTTACATTGAAGAAGATGGAGTAGATGTTGCTTC 860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 AAGCTTGAAAACTGTGAAGAACATTATTTACATTGAAGAAGATGGAGTAGATGTTGCTTC 719 Query 861 TAGTGA-TGTCAATAGTATGGGTGATATAACTGTTTCGTCGATCTCTGAAGTTGAGAAAC 919 |||||| | | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TAGTGACT-TAAATAGTATGGGTGACATCACTGTTTCGTCGATCTCTGAAGTTGAGAAAC 778 Query 920 TTGGGCAGAAGAACGC-TGTTCAACCGATCTTACCTTCGAAGAATGGAGTTGCTGTTATA 978 | |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 779 TGGGGCAGAAGAAC-CATGTTCCACCGATCTTACCTTCTAAGAATGGAGTTGCTGTTATA 837 Query 979 ATGTTTACCAGTGGTAGTACTGGTCTACCAAAGGGAGTTATGATTACCCACGGAAATCTT 1038 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 ATGTTTACCAGTGGTAGTACCGGTCTACCAAAGGGAGTTATGATTACCCACGGAAATCTT 897 Query 1039 GTCGCAACTGCTGCAGGAGTTATGAAGGTGGTTCCAAAGTTGGATAAAAATGATACATAT 1098 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 898 GTCGCAACTGCTGCAGGAGTTATGAAGGTGGTTCCAAAGCTGGATAAGAATGATACATAT 957 Query 1099 ATTGCGTACTTACCTTTGGCTCATGTGTTTGAGCTGGAAGCTGAGATTGTGGTCTTTACC 1158 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 ATTGCATACTTACCTTTGGCTCATGTGTTTGAGCTGGAAGCTGAGATTGTGGTCTTTACC 1017 Query 1159 TCAGGTAGTGCCATCGGTTACGGCTCAGCAATGACTTTAACTGACACTTCAAATAAAGTT 1218 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 TCAGGTAGTGCCATCGGTTACGGCTCAGCAATGACTTTAACTGACACTTCAAATAAAGTT 1077 Query 1219 AAGAAAGGAACCAAAGGAGATGTTTCAGCTCTGAAGCCAACTATAATGACTGCAGTTCCA 1278 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 AAGAAAGGAACCAAAGGAGATGTTTCAGCTCTAAAGCCAACTATAATGACTGCAGTTCCA 1137 Query 1279 GCTATTCTGGATCGTGTCCGAGAAGGAGTTCTTAAAAAGGTTGAGGAAAAGGGAGGGATG 1338 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 GCTATTCTGGATCGTGTCCGAGAAGGAGTTCTTAAAAAGGTTGAGGAAAAGGGAGGGATG 1197 Query 1339 GCGAAGACCCTTTTTGACTTTGCATACAAGCGCCGGTTAGCAGCTGTGGATGGAAGTTGG 1398 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 GCAAAGACCCTTTTTGACTTTGCATACAAGCGCCGGTTAGCAGCTGTGGATGGAAGTTGG 1257 Query 1399 TTTGGTGCCTGGGGTTTGGAGAAAATGTTATGGGATGCTCTTGTCTTCAAGAAAATACGC 1458 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 TTTGGTGCCTGGGGTTTGGAGAAAATGTTATGGGATACTCTTGTCTTCAAGAAAATACGC 1317 Query 1459 GCTGTGCTTGGAGGACACATCCGTTTTATGCTC-GTTGGAGGAGCTCCTCTGTCTCCTGA 1517 ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1318 GCTGTGCTTGGAGGACACATCCGATTTATGCTCTGT-GGAGGAGCTCCTCTATCTCCTGA 1376 Query 1518 TTCGCAACGCTTCATCAATATCTGCATGGGGTCTCCCATCGGCCAAGGATATGGATTGAC 1577 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 TTCGCAACGCTTCATCAATATCTGCATGGGGTCTCCCATCGGCCAAGGATATGGATTGAC 1436 Query 1578 TGAAACGTGTGCTGGAGCTACGTTTTCTGAGTGGGACGATCCTGCTGTTGGTCGTGTTGG 1637 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || Sbjct 1437 TGAAACGTGTGCTGGAGCTACGTTTTCTGAGTGGGACGACCCTGCTGTTGGCCGTGTGGG 1496 Query 1638 ACCTCCACTTCCATGCGGCTACGTTAAGCTCGTTTCTTGGGAAGAAGGTGGCTACAGAAT 1697 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1497 ACCTCCACTTCCATGCGGCTATGTGAAGCTCGTTTCTTGGGAAGAAGGTGGCTACAGAAT 1556 Query 1698 TTCAGATAAACCAATGCCTAGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGTAACAGCAGG 1757 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1557 TTCAGACAAACCAATGCCCAGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGTAACAGCAGG 1616 Query 1758 TTACTTCAACAATCAAGAAAAAACCGATGAGGTTTACAAGGTCGATGAGAAGGGCACAAG 1817 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1617 TTACTTCAACAATCAAGAAAAAACCGATGAGGTTTACAAGGTCGATGAGAAGGGCACGAG 1676 Query 1818 GTGGTTTTACACCGGAGATATTGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTCGAAGTCATCGA 1877 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 1677 GTGGTTTTATACCGGAGATATTGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTCGAAGTTATTGA 1736 Query 1878 TAGAAAGAAAGATATTGTTAAACTTCAACATGGGGAATACGTATCCCTTGGAAAGGTGGA 1937 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1737 CAGAAAGAAAGATATTGTTAAACTTCAACACGGGGAATACGTATCCCTTGGAAAGGTGGA 1796 Query 1938 GGCAGCTTTGGGTTCGAGCAATTACGTTGATAACATCATGGTCCACGCAGACCCAATTAA 1997 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1797 GGCAGCTTTGGGTTCGAGCAATTACGTTGATAACATCATGGTACACGCAGACCCAATGAA 1856 Query 1998 CAGCTACTGTGTAGCTCTTGTTGTTCCATCACGAGGAGCATTAGAGAAATGGGCAGAGGA 2057 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1857 CAGCTACTGTGTAGCTCTTGTTGTTCCATCACGAGGAGCGTTAGAGAAATGGGCAGAGGA 1916 Query 2058 AGCTGGAGTTAAACACAGCGAATTCGCTGAGCTATGCGAGAA-AGGTGAAGCAGTCAAGG 2116 ||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1917 AGCAGGAGTTAAACACAGTGACTTCGCCGAGCTATGCGAGAACAG-TGAAGCAGTCAAGG 1975 Query 2117 AGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCCGGGAAGGCGGCAAAGCTCGAAAAGTTTGAGCTTC 2176 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1976 AGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCCGGAAAGGCGGCAAAGCTCGAAAAGTTTGAACTTC 2035 Query 2177 CAGCAAAGATCAAGTTGCTGTCAGAGCCGTGGACACCGGAGTCGGGATTGGTCACTGCTG 2236 |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2036 CAGCAAAGATCAAGTTGCTGCCGGAGCCGTGGACACCGGAGTCGGGATTGGTCACAGCTG 2095 Query 2237 CTCTTAAGATAAAGAGAGAACAAATAAAGTCCAAGTTCAAAGATGAACTCAGCAAGTTAT 2296 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 2096 CTCTTAAGATAAAGAGGGAACAAATAAAGTCCAAGTTCAAAGATGATCTCAGCAAGTTGT 2155 Query 2297 ATGCCTAA 2304 |||||||| Sbjct 2156 ATGCCTAA 2163 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 91721309960 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5