BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G06550.1
Length=743
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485263 jgi|Araly1|485263|fgenesh2_kg.5__1255__AT2G06550.1 1122 0.0
Ahg488660 jgi|Araly1|488660|fgenesh2_kg.6__1794__AT2G06550.1 1116 0.0
Ahg474463 jgi|Araly1|474463|fgenesh2_kg.1__4417__AT2G06550.1 1116 0.0
Ahg472335 jgi|Araly1|472335|fgenesh2_kg.1__2289__AT2G06550.1 1116 0.0
Ahg481775 jgi|Araly1|481775|fgenesh2_kg.4__835__AT2G06550.1 1110 0.0
Ahg493563 jgi|Araly1|493563|fgenesh2_kg.7__2996__AT2G06550.1 1094 0.0
Ahg494167 jgi|Araly1|494167|fgenesh2_kg.7__3600__AT2G06550.1 1066 0.0
> Ahg485263 jgi|Araly1|485263|fgenesh2_kg.5__1255__AT2G06550.1
Length=743
Score = 1122 bits (607), Expect = 0.0
Identities = 698/743 (94%), Gaps = 1/743 (0%)
Strand=Plus/Plus
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Query 181 GTTACTTCATTTTGGAAAAGAACGCGGTTTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
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Query 301 AAAATCCACTATTATTTTAGAGGCCGTGACATTTCAAGATCTATGGATTTGACATGCttt 360
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Query 361 ttttGGGGTTCAAG-TACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGGTTGA 419
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> Ahg488660 jgi|Araly1|488660|fgenesh2_kg.6__1794__AT2G06550.1
Length=743
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Identities = 697/743 (94%), Gaps = 1/743 (0%)
Strand=Plus/Plus
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Query 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGACCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
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Sbjct 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGGCCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
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Query 241 GCATTAGGAGTGGAATAATTGTACTACAGCTTGGAAAGGGCAGTATTCACGCGGACATGG 300
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Sbjct 241 GCATTGGGAGTGGAAGAATTGTCCTACGGCTTGGAAAGGACAGTATTCACGCGGACATGG 300
Query 301 AAAATCCACTATTATTTTAGAGGCCGTGACATTTCAAGATCTATGGATTTGACATGCttt 360
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Query 361 ttttGGGGTTCAAG-TACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGGTTGA 419
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Sbjct 361 TTTTGGGGCTCCAGGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGTTTGA 420
Query 420 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAAGTACGAAATCAATGGACATCAAAACAA 479
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Query 480 AATGGGTTATTACCTCACATATGATATATATCCGAAGTGGGGAACATTCATCCAATCAAT 539
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Sbjct 481 AATGGGTTATTACCTCACAGATGGTATATATCCGAAGTGGGCAACATTCATCCAATCAAT 540
Query 540 TACCCGTCCACGAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 599
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Query 660 TCTGTTTTGGGATAAAGAGGGAATGGGCAAAATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 719
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Query 720 TATGATTATAGAAGATAAACGAG 742
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> Ahg474463 jgi|Araly1|474463|fgenesh2_kg.1__4417__AT2G06550.1
Length=743
Score = 1116 bits (604), Expect = 0.0
Identities = 697/743 (94%), Gaps = 1/743 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAGAAATGTACTACCGCAATTAGGCGTCTGGCATATGGTCTTGCAAACAATGTGATGAA 60
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Sbjct 1 ACAGAAATGTACTGCCGCAATTAGGCGTCTGGCATATGGTCTTGCAAACGATGCGATGGA 60
Query 61 CGCATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTATGAGTCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
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Query 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGACCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
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Query 181 GTTACTTCATTTTGGAAAAGAACGCGGTTTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
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Query 241 GCATTAGGAGTGGAATAATTGTACTACAGCTTGGAAAGGGCAGTATTCACGCGGACATGG 300
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Sbjct 241 GCATTGGGAGTGGAAGAATTGTCCTACGGCTTGGAAAGGACAATATTCACGCGGACATGG 300
Query 301 AAAATCCACTATTATTTTAGAGGCCGTGACATTTCAAGATCTATGGATTTGACATGCttt 360
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Query 361 ttttGGGG-TTCAAGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGGTTGA 419
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Sbjct 361 TTTTGGGGCTCCAGGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGTTTGA 420
Query 420 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAAGTACGAAATCAATGGACATCAAAACAA 479
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Sbjct 421 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACAACTCAGGTACGAAGTCAATGGACATCAATACAA 480
Query 480 AATGGGTTATTACCTCACATATGATATATATCCGAAGTGGGGAACATTCATCCAATCAAT 539
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Sbjct 481 AATGGGTTATTACCTCACAGATGGTATATATCCGAAGTGGGCAACATTCATCCAATCAAT 540
Query 540 TACCCGTCCACGAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 599
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Sbjct 541 TACCCGCCCACAAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 600
Query 600 AGATGTCGAACGTGCTTTTGGAGTCTTGCAGGCTCAGTTTGCTATTATTTGAAACCTAGG 659
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Query 660 TCTGTTTTGGGATAAAGAGGGAATGGGCAAAATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 719
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Sbjct 661 TCTGTTTTGGGATAAAGAGCGAATGGGCAAGATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 720
Query 720 TATGATTATAGAAGATAAACGAG 742
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Sbjct 721 TATGATTGTAGAAGATGAACGAG 743
> Ahg472335 jgi|Araly1|472335|fgenesh2_kg.1__2289__AT2G06550.1
Length=743
Score = 1116 bits (604), Expect = 0.0
Identities = 697/743 (94%), Gaps = 1/743 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAGAAATGTACTACCGCAATTAGGCGTCTGGCATATGGTCTTGCAAACAATGTGATGAA 60
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Query 61 CGCATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTATGAGTCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
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Sbjct 61 CGAATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTGTGAGCCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
Query 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGACCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
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Sbjct 121 CATAATAAATTTATTCCAAGACGAATATTTGAGGCGGCCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
Query 181 GTTACTTCATTTTGGAAAAGAACGCGGTTTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
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Sbjct 181 GTTACTTCATTCTGGAAAGGAACGCGGATTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
Query 241 GCATTAGGAGTGGAATAATTGTACTACAGCTTGGAAAGGGCAGTATTCACGCGGACATGG 300
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Sbjct 241 GCATTGGGAGTGGAAGAATTGTCCTACGGCTTGGAAAGGACAGTATTCACGCGGACATGG 300
Query 301 AAAATCCACTATTATTTTAGAGGCCGTGACATTTCAAGATCTATGGATTTGACATGCttt 360
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Query 361 ttttGGGG-TTCAAGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGGTTGA 419
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Sbjct 361 TTTTGGGGCTCCAGGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGTTTGA 420
Query 420 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAAGTACGAAATCAATGGACATCAAAACAA 479
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Sbjct 421 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAGGTACGAAGTCAATGGACATCAATACAA 480
Query 480 AATGGGTTATTACCTCACATATGATATATATCCGAAGTGGGGAACATTCATCCAATCAAT 539
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Sbjct 481 AATGGGTTATTACCTCACAGATGGTATATATCCGAAGTGGGCAACATTCATCCAATCAAT 540
Query 540 TACCCGTCCACGAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 599
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Query 600 AGATGTCGAACGTGCTTTTGGAGTCTTGCAGGCTCAGTTTGCTATTATTTGAAACCTAGG 659
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Query 660 TCTGTTTTGGGATAAAGAGGGAATGGGCAAAATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 719
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Sbjct 661 TCTGTTTTGGGATAAAGAGCGAATGGGCAAGATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 720
Query 720 TATGATTATAGAAGATAAACGAG 742
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Sbjct 721 TATGATTGTAGAAGATGAACGAG 743
> Ahg481775 jgi|Araly1|481775|fgenesh2_kg.4__835__AT2G06550.1
Length=743
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Identities = 696/743 (94%), Gaps = 1/743 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAGAAATGTACTACCGCAATTAGGCGTCTGGCATATGGTCTTGCAAACAATGTGATGAA 60
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Query 61 CGCATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTATGAGTCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
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Sbjct 61 CGAATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTGTGAGCCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
Query 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGACCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
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Sbjct 121 CATAATAAATTTATTCCAAGACGAATATTTGAGGCGGCCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
Query 181 GTTACTTCATTTTGGAAAAGAACGCGGTTTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTACTTCATTCTAGAAAGGAACGCGGATTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
Query 241 GCATTAGGAGTGGAATAATTGTACTACAGCTTGGAAAGGGCAGTATTCACGCGGACATGG 300
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Sbjct 241 GCATTGGGAGTGGAAGAATTGTCCTACGGCTTGGAAAGGACAGTATTCACGCGGACATGG 300
Query 301 AAAATCCACTATTATTTTAGAGGCCGTGACATTTCAAGATCTATGGATTTGACATGCttt 360
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Sbjct 301 AAAACCCACTATTGTTTTAGAGGCCGTGGCATCACAAGATTTATGGATTTGGCATGCTTT 360
Query 361 ttttGGGG-TTCAAGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGGTTGA 419
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Sbjct 361 TTTTGGGGCTCCAGGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGTTTGA 420
Query 420 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAAGTACGAAATCAATGGACATCAAAACAA 479
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Sbjct 421 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCACGTACGAAGTCAATGGACATCAATACAA 480
Query 480 AATGGGTTATTACCTCACATATGATATATATCCGAAGTGGGGAACATTCATCCAATCAAT 539
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Query 540 TACCCGTCCACGAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 599
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Sbjct 541 TACCCGCCCACAAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 600
Query 600 AGATGTCGAACGTGCTTTTGGAGTCTTGCAGGCTCAGTTTGCTATTATTTGAAACCTAGG 659
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Sbjct 601 AGATGTCGAGCGTGCTTTTGGAGTCTTGCAGGCTCGGTTTGCTATTATTCGAAACCCAGG 660
Query 660 TCTGTTTTGGGATAAAGAGGGAATGGGCAAAATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 719
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Sbjct 661 TCTGTTTTGGGATAAAGAGCGAATGGGCAAGATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 720
Query 720 TATGATTATAGAAGATAAACGAG 742
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Sbjct 721 TATGATTGTAGAAGATGAACGAG 743
> Ahg493563 jgi|Araly1|493563|fgenesh2_kg.7__2996__AT2G06550.1
Length=743
Score = 1094 bits (592), Expect = 0.0
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Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAGAAATGTACTACCGCAATTAGGCGTCTGGCATATGGTCTTGCAAACAATGTGATGAA 60
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Sbjct 1 ACAGAAATGTACTGCTGCAATCAGGCGTCTGGCATATGGTCTTGCAAACGATGCGATGGA 60
Query 61 CGCATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTATGAGTCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
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Sbjct 61 CGAATACCTCCGGATGGGCGCAACCACTGTGAGTCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
Query 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGACCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
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Sbjct 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGGCCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
Query 181 GTTACTTCATTTTGGAAAAGAACGCGGTTTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTACTTCATTCTGGAAAAGAACGCGGATTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
Query 241 GCATTAGGAGTGGAATAATTGTACTACAGCTTGGAAAGGGCAGTATTCACGCGGACATGG 300
||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCATTGGGAGTGGAAGAATTGTCCTACGGCTTGGAAAGGGCAGTATTCACGCGGACATGG 300
Query 301 AAAATCCACTATTATTTTAGAGGCCGTGACATTTCAAGATCTATGGATTTGACATGCttt 360
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Sbjct 301 AAAACCCACTATCGTTCTAGAGGCCGTGGCATCACAAGATTTATGGATTTGGCATGCTTT 360
Query 361 ttttGGGGTTCAAG-TACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGGTTGA 419
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Sbjct 361 TTTTGGGGCTCCAGGTACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGTTTGA 420
Query 420 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAAGTACGAAATCAATGGACATCAAAACAA 479
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Sbjct 421 TGATATATTAGAAAGTCGAGCTCCACGACTCAGGTACGAAGTCAATGGACATCAATACAA 480
Query 480 AATGGGTTATTACCTCACATATGATATATATCCGAAGTGGGGAACATTCATCCAATCAAT 539
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Sbjct 481 CATGGGTTATTACCTCACAGATGGTATATATCCGAAGTGGGCAACATTCATCCAATCAAT 540
Query 540 TACCCGTCCACGAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 599
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Sbjct 541 TACCCGCCCACAAGGACAGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 600
Query 600 AGATGTCGAACGTGCTTTTGGAGTCTTGCAGGCTCAGTTTGCTATTATTTGAAACCTAGG 659
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Sbjct 601 AGATGTCGAGCGTGCTTTTGAAGTCTTGCAGGCTCGGTTTGCTATTATTCGAAACCCAGG 660
Query 660 TCTGTTTTGGGATAAAGAGGGAATGGGCAAAATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 719
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Sbjct 661 TCTGTTTTGGGATAAAGAGCGAATGGGCAAGATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 720
Query 720 TATGATTATAGAAGATAAACGAG 742
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Sbjct 721 TATGATTGTAGAAGATGAACGAG 743
> Ahg494167 jgi|Araly1|494167|fgenesh2_kg.7__3600__AT2G06550.1
Length=742
Score = 1066 bits (577), Expect = 0.0
Identities = 688/743 (93%), Gaps = 2/743 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAGAAATGTACTACCGCAATTAGGCGTCTGGCATATGGTCTTGCAAACAATGTGATGAA 60
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Sbjct 1 ACAGAAATATACTGCCGCAATTAGGCGTTTGACATATGGTCTTGCAAACGATGCGATGGA 60
Query 61 CGCATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTATGAGTCAAGCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
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Sbjct 61 CGAATACCTCCGCATGGGCGCAACCACTGTGAGCCAATCACTAGAGAATTTTGTAGATGG 120
Query 121 CATAATAAATTTATTCCAAGATGAATATTTGAGGCGACCTACACGTGAGGATCTAGAACG 180
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Sbjct 121 CATAATAAATTTATTCCAAGACGAATATTTGAGGTGGCCAACACGTGAGGATCTAGAACG 180
Query 181 GTTACTTCATTTTGGAAAAGAACGCGGTTTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
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Sbjct 181 GTTACTTCATTCTGGAAAGGAACGCGGATTTCCGGGAATGGTAGGAAGCATTGACTGTAT 240
Query 241 GCATTAGGAGTGGAATAATTGTACTACAGCTTGGAAAGGGCAGTATTCACGCGGACATGG 300
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Sbjct 241 GCATTGGGAGTGGAAGAATTGTCCTACGGCTTGGAAAGGACAGTATTCACGCGGACATGG 300
Query 301 AAAATCCACTATTATTTTAGAGGCCGTGACATTTCAAGATCTATGGATTTGACATGCttt 360
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Sbjct 301 AAAACCCACTATTGTTTTAGAGGCCGTGGCATCACAAGATTTATGGAGTTGGCATGCTTT 360
Query 361 ttttGGGGTTCAAG-TACGTGTAATGATATAAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGGTTGA 419
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Sbjct 361 TTTTGGGGCTCCAGGTACGTGTAATGATA-AAATGTTCTTGACCGCTCACCGGTGTTTGA 419
Query 420 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAAGTACGAAATCAATGGACATCAAAACAA 479
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Sbjct 420 TGATATATTAGAAGGTCGAGCTCCACGACTCAGGTACGAAGTCAATGGACATCAATACAA 479
Query 480 AATGGGTTATTACCTCACATATGATATATATCCGAAGTGGGGAACATTCATCCAATCAAT 539
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Sbjct 480 AATTGGTTATTACCTCACAGATGGTATATATCCGAAGTGGGCAACATTCATCCAATCAAT 539
Query 540 TACCCGTCCACGAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAGCAGTGAGAAA 599
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Sbjct 540 TACCCGCCCACAAGGACCGAAAGCATCATTATTTGCTAGTTGTCAAGAAACAGTGAGAAA 599
Query 600 AGATGTCGAACGTGCTTTTGGAGTCTTGCAGGCTCAGTTTGCTATTATTTGAAACCTAGG 659
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Sbjct 600 AGATGTCGAGCGTGCTTTAGGAGTCTTGCAGGCTCGGTTTGCTATTATTCGAAACCCAGG 659
Query 660 TCTGTTTTGGGATAAAGAGGGAATGGGCAAAATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 719
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Sbjct 660 TCTGTTTTGGGATAAAGAGCGAATGGGCAAGATAATGAGAGCATGTATCATATTGCACAA 719
Query 720 TATGATTATAGAAGATAAACGAG 742
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Sbjct 720 TATGATTGTAGAAGATGAACGAG 742
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 27372254406
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5