BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G13370.1
Length=5938
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480306 jgi|Araly1|480306|fgenesh2_kg.3__3007__AT2G13370.1 9221 0.0
> Ahg480306 jgi|Araly1|480306|fgenesh2_kg.3__3007__AT2G13370.1
Length=5854
Score = 9221 bits (4993), Expect = 0.0
Identities = 5523/5769 (96%), Gaps = 76/5769 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 186 AAATAAACGTTACGAATTTCAGAC--TCTTTTTTCCAGTTTCTGTTTGAATTCGATTTCG 243
||| |||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 146 AAAAAAACGTTACGAA-TAGAGACAAACCTTTTTCCAGTTTCTG-TTGAATTCGGTTTCG 203
Query 244 AAGGATTAGATTCTCCGTTCTACTGAGACGTTAGAAGAATTGTGGCTGTTGTCGACTGCA 303
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 204 AAGGATTAGATTATCCGTTCTATTGAGACGTTAGAAG-ATTGTGGCTGTCGTTGACTGCA 262
Query 304 AG-GAGAGCGCTTACTTTAATTGCTGATTTCATGAGACGAGATGGCTTTCTTTAGGAACT 362
|| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 263 AGAGAGAGCGCTTACTTTGATTGCTGTTTTCATGTGACAAGATGGCTTTCTTTAGGAACT 322
Query 363 ACTCAAACGATACTGTGTCACATAATGTTCTTGATGAAAATGAGGAGCGGCAAAATGCTG 422
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 323 ACTCAAACGATACTGTTTCACATAATGTTCTTGATGAAAATGAGGAGCGGCAAAATGCTG 382
Query 423 CTACTTTTCAGAGTTCACCTTTGAATGAAGATGTGGATGGTACTTATAGTGAAAGAGGCT 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 CTACTTTTCAGAGTTCACCTTTGAATGAAGATGTGGATGGTACTTATAGTGAAAGAGGCT 442
Query 483 TTGACATGAACATGGACGTACAGTATCAAAGTGACCCAGAACCAGGATGTAGTATTAGGC 542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 TTGACATGAACATGGACGTACAGTATCAAAGTGACCCAGAACCAGGATGTAGTATTAGGC 502
Query 543 AGCCAAATGAGACAGCAGTTGATAATGTAGCTGATCCTGTGGATTCCCATTATCAATCTT 602
||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 503 AGCAAAATGAGCCAGCAATTGATAATGTAGCTGGTCCTGTGGATTCCCATTATCAACCTT 562
Query 603 CGACAAAGAGATTGGGTGTAACTGGTAGATGGGGTTCCACATTTTGGAAAGATTGTCAGC 662
|||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 563 CGACAAGGAGATTGGGTGTAACTGGGAGGTGGGGTTCCACATTTTGGAAAGACTGTCAGC 622
Query 663 CAATGGGACAAAGAGAGGGTTCTGATCCTGCCAAAGATTCACAATCCGGTTACAAAGAAG 722
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 CAATGGGACAGAGAGAGGGCTCTGATCCTGCCAAAGATTCACAATCCGGTTACAAAGAAG 682
Query 723 CATATCATAGTGAAGATAATCACTCAAATGACCGGAGTGAAAAGTTAGATTCtgaaaatg 782
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 683 CATATCATTCTGAAGATAATCTCTCAAATGACCAGAGTGAAAAGTTAGATTCTGAAAATG 742
Query 783 aaaatgataatgaaaatgaggaggaggataatgaaatgaaCAAGCATCAAAGTGGTCAAG 842
|| || |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 743 --AA--AT--TGAAAATGAGGA-GA--ATAATGAAATGAACAAGCATCAAAGTGGCCAAG 793
Query 843 CTGATGTCCCAGCAGATGAAATGTTGTCTGATGAATATTATGAACAAGATGAAGATAATC 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 CTGATGTCCCAGCAGATGAAATGTTGTCTGATGAATATTATGAACAAGATGAAGATAATC 853
Query 903 AAAGCGACCATGTGCACTACAAAGGGTATAGTAATCCTACAAATTCTAGATCACTGCCAA 962
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 854 AAAGTGACCATGTGCACTACAAAGGGTATAGTAATCCTACAAATTCTAGATCACTGCCGA 913
Query 963 AGGCAGGATCTGCTGTCCATAGCAACTCAAGGACTTCAAGAGCAATTCACAAAAACATTC 1022
|||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 914 AGGCAGGATCTGCTACCCATAGCAACTCAAGGGCCTCAAGAGCAATTCACAAAAACATTC 973
Query 1023 ACTATAGTGATAGTAATCATGACCACAATGGGGATGCTGATATGGACTATGAAGAGGAGG 1082
||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 ACTTTAGTGATAGTAATCATGGCCACAATGGTGATGCTGATATGGACTATGAAGAGGAGG 1033
Query 1083 AAGATGAGGATGACCCTGAAGATGCTGACTTTGAGCCC--T-ATGATGCTGCTGATGATG 1139
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||
Sbjct 1034 AAGATGAGGATGACCCCGAAGATGCTGACTTTGAGCCCTATGATGATGCTGTTGATGATG 1093
Query 1140 GTGGTGCAAGTAAAAAGCATGGCCAAGGTTGGGACGTTTCTGATGAAGACCCTGAGAGTG 1199
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1094 GTGGTGCAAGGAAAAAGCATGGCCAAGGTTGGGACGTTTCTGATGAAGATCCTGAGAGTG 1153
Query 1200 ATGAAGAAATTGATCTTTCCGATTACGAGGACGACTACGGAACAAAAAAGCCCAAGGTTA 1259
|||| || || ||||| |||||||||||||| ||||| || | |||||| ||||| | |
Sbjct 1154 ATGATGATATCGATCTATCCGATTACGAGGATGACTATGGCATAAAAAAACCCAA-G--A 1210
Query 1260 GGCAACAAAGTAAAGGTTTCCGGAAATCAAGCGCTGGACTCGAACGAAAATCATTCCATG 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211 GGCAACAAAGTAAAGGTTTCCGGAAATCAAGCACTGGACTCGAACGAAAATCATTCCATA 1270
Query 1320 TTTCTAGTCGACAAAAGAGGAAAACATCATATCAAGATGACGACTCAGAGGAAGACTCTG 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||
Sbjct 1271 CTTCTAGTCGACAAAAGAGGAAAACATCATATCAAGATGACGGCTCGGAGGAGGACTCTG 1330
Query 1380 AAAATGACAATGATGAGGGTTTTAGAAGCCTGGCCAGAAGAGGCACAACTCTCCGACAAA 1439
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 ACAATGACAATGATGAGGGTTTTAGAAGCCTGGCTAGAAGAGGCACAACTCTCCGACAAA 1390
Query 1440 ACAATGGAAGGTCCACCAATACCATAGGACAGAGTAGTGAAGTTCGCAGCTCCACCCGAT 1499
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 ACAATGGAAGGTCAACCAATAACATAGGACAGAGTAGTGAAGTTCGCAGCTCCACCCGAT 1450
Query 1500 CAGTTCGTAAAGTCTCTTATGTAGAGAGTGAAGACAGTGAAGATATAGATGATGGGAAAA 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1451 CAGTTCGTAAAGTCTCTTATGTAGAGAGTGAAGACAGTGAAGATATAGATGATGGGAGAA 1510
Query 1560 ATCGTAAAAACCAAAAGGATGACATTGAAGAGGAGGATGCTGATGTTATTGAAAAAGTGC 1619
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 ATCGTAAAACCCAAAAGGATGACATTGAAGAGGAGGATGCTGATGTTATTGAAAAAGTGC 1570
Query 1620 TCTGGCATCAGCTGAAGGGTATGGGTGAAGATGTTCAGACAAATAACAAATCAACAGTTC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 TCTGGCATCAGCTGAAGGGTATGGGTGAAGATGCTCACACAAATAACAAATCAACAGTTC 1630
Query 1680 CTGTTCTAGTAAGCCAACTGTTTGATACTGAGCCAGATTGGAATGAAATGGAATTCCTTA 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 CTGTTCTAGTAAGCCAACTGTTTGATACTGAGCCAGATTGGAATGAAATGGAATTCCTTA 1690
Query 1740 TAAAATGGAAAGGCCAATCACACTTGCATTGTCAGTGGAAAACGTTGAGTGATCTCCAAA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 TAAAATGGAAAGGCCAATCACACTTGCATTGTCAGTGGAAAACGTTGAGTGATCTCCAAA 1750
Query 1800 ATCTTAGTGGATTCAAGAAGGTTCTTAACTATACAAAGAAAGTGACGGAGGAGATTAGGT 1859
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 ATCTTAGTGGGTTCAAGAAGGTTCTTAATTATACGAAGAAAGTGACGGAGGAGATTAGGT 1810
Query 1860 ACAGGACAGCACTCTCGCGAGAGGAGATTGAGGTCAACGATGTGAGCAAAGAAATGGATC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 ACAGGACAGCACTCTCGCGAGAGGAGATTGAGGTCAATGATGTGAGCAAAGAAATGGATC 1870
Query 1920 TGGACATCATTAAGCAGAATAGTCAGGTAGAAAGAATAATTGCAGATCGAATAAGCAAAG 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 TGGACATCATTAAGCAGAATAGTCAGGTAGAAAGAATAATTGCAGATCGAATAAGCAAAG 1930
Query 1980 ATGGTTTAGGTGATGTTGTACCAGAGTATCTAGTAAAGTGGCAAGGGCTATCTTATGCTG 2039
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 ATGGTTTAGGTGATGTTGTGCCAGAGTATCTAGTTAAGTGGCAAGGGCTATCTTATGCTG 1990
Query 2040 AAGCAACTTGGGAGAAGGATGTCGATATAGCATTTGCACAAGTTGCTATTGATGAGTACA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 AAGCAACTTGGGAGAAGGATGTCGATATAGCATTTGCACAAGTTGCTATTGATGAGTACA 2050
Query 2100 AGGCTCGTGAAGTTTCAATTGCAGTGCAAGGGAAAATGGTGGAACAGCAGCGTACAAAAG 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 AGGCTCGTGAAGTTTCAATTGCAGTGCAAGGGAAAATGGTGGAACAGCAGCGTACAAAAG 2110
Query 2160 GAAAAGCGAGCTTGAGGAAGCTTGACGAGCAGCCTGAGTGGCTAATTGGAGGTACACTAC 2219
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2111 GAAAAGCAAGCTTGAGGAAGCTTGACGAGCAGCCTGAGTGGCTAAGTGGAGGTACGCTAC 2170
Query 2220 GTGACTATCAGCTGGAGGGTTTGAATTTTCTTGTCAACAGCTGGCTTAATGATACTAATG 2279
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 GGGACTATCAGCTGGAGGGTTTGAATTTTCTTGTCAACAGCTGGCTTAATGATACTAATG 2230
Query 2280 TCATTTTGGCTGATGAAATGGGTCTTGGTAAAACTGTTCAGTCAGTTTCAATGCTTGGGT 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 TCATTTTGGCTGATGAAATGGGTCTTGGTAAAACTGTTCAGTCAGTTTCAATGCTTGGGT 2290
Query 2340 TTTTGCAGAATACCCAACAAATTCCTGGTCCTTTTCTTGTTGTTGTGCCTTTGTCAACAC 2399
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 TTTTGCAGAATACCCAACAAATTCCTGGTCCATTTCTTGTTGTTGTGCCTTTGTCAACAT 2350
Query 2400 TAGCTAATTGGGCTAAAGAATTTAGAAAGTGGCTTCCCGGCATGAATATAATAGTATATG 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 TAGCTAATTGGGCTAAAGAATTTAGAAAGTGGCTTCCCGGCATGAATATAATAGTATATG 2410
Query 2460 TTGGCACCCGGGCTAGTCGAGAGGTATGTCAGCAATACGAATTTTACAATGAAAAGAAAG 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 TTGGCACCCGGGCTAGTCGAGAGGTATGTCAGCAATACGAATTTTACAATGAAAAGAAAG 2470
Query 2520 TAGGCCGGCCCATAAAATTCAATGCACTTTTGACTACTTATGAAGTAG-TCTTGAAGGAT 2578
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2471 TAGGCAGGCCCATAAAATTCAATGCACTTTTGACTACTTATGAAGTAGTTC-TGAAGGAT 2529
Query 2579 AAAGCTGTCCTCTCCAAGATTAAGTGGATTTACTTAATGGTGGATGAAGCACATCGACTG 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 AAAGCTGTCCTCTCCAAGATTAAGTGGATTTACTTAATGGTGGATGAAGCACATCGACTG 2589
Query 2639 AAAAATAGTGAGGCACAGCTCTACACAGCTCTTTTGGAATTTAGCACGAAGAACAAATTG 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590 AAAAATAGTGAGGCACAGCTCTACACAGCTCTTTTGGAATTTAGCACGAAGAACAAATTG 2649
Query 2699 CTTATTACTGGTACTCCACTACAGAATAGTGTCGAAGAGCTTTGGGCTCTGCTCCACTTT 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 CTTATTACTGGTACTCCACTACAGAATAGTGTCGAAGAGCTTTGGGCTCTGCTCCACTTT 2709
Query 2759 CTTGATCCTGGCAAGTTTAAGAATAAGGATGAGTTCGTTGAAAACTACAAGAACCTTAGC 2818
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2710 CTTGATCCTGGAAAGTTTAAGAATAAGGATGAGTTCGTTGAAAACTACAAGAACCTTAGC 2769
Query 2819 TCATTCAATGAATCTGAGCTCGCCAACCTGCATTTAGAATTGAGACCCCATATTCTACGA 2878
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2770 TCATTTAATGAATCTGAGCTCGCCAACCTTCATTTAGAGTTGAGACCCCATATTCTACGA 2829
Query 2879 CGAGTGATTAAAGATGTTGAAAAGTCGTTGCCTCCAAAAATCGAGCGTATACTAAGAGTT 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2830 CGAGTGATTAAAGATGTTGAAAAGTCGTTGCCTCCAAAAATCGAGCGTATACTAAGAGTT 2889
Query 2939 GAGATGTCCCCTCTTCAGAAACAGTACTACAAATGGATACTGGAGCGCAACTTCCATGAT 2998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2890 GAGATGTCCCCTCTTCAGAAACAGTACTACAAATGGATACTGGAGCGCAACTTCCATGAT 2949
Query 2999 TTAAATAAAGGGGTGCGGGGTAATCAGGTTTCACTTTTAAACATCGTGGTGGAGTTGAAG 3058
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2950 TTAAATAAAGGGGTGCGCGGTAATCAGGTTTCACTTTTAAACATTGTGGTGGAGTTGAAG 3009
Query 3059 AAATGCTGCAATCATCCTTTCTTATTTGAAAGTGCAGACCATGGATATGGGGGTGACATA 3118
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3010 AAATGCTGCAATCATCCTTTCTTATTTGAAAGCGCAGACCATGGATATGGGGGTGACATA 3069
Query 3119 AACGATAACTCTAAGCTGGATAAAATTATTCTAAGTAGCGGAAAGCTAGTTATTCTAGAC 3178
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 3070 AACGATAACTCTAAGCTGGATAAAATCATTCTAAGCAGCGGAAAGTTAGTTATCCTAGAC 3129
Query 3179 AAGCTACTGGTTAGACTGCGTGAGACTAAGCATCGTGTGCTTATCTTTTCTCAGATGGTA 3238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3130 AAGCTACTGGTTAGACTGCGTGAGACTAAGCATCGTGTGCTTATCTTTTCTCAGATGGTA 3189
Query 3239 AGAATGTTAGATATCCTGGCAGAATACCTGTCTCTTAGAGGTTTCCAGTTCCAGAGACTG 3298
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3190 AGAATGTTAGATATCCTGGCAGAATACTTGTCTCTTAGGGGTTTCCAGTTCCAGAGACTG 3249
Query 3299 GATGGTAGTACTAAGGCAGAACTGCGTCAGCAAGCAATGGATCATTTTAACGCACCTGCT 3358
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3250 GATGGTAGTACTAAGGCAGAACTGCGTCAGCAGGCAATGGATCATTTTAATGCACCTGCT 3309
Query 3359 AGTGACGACTTTTGCTTTCTTCTTTCGACCCGAGCTGGTGGACTGGGTATCAATCTGGCT 3418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3310 AGTGACGACTTTTGCTTTCTTCTTTCGACCCGAGCTGGTGGACTGGGTATCAATCTTGCT 3369
Query 3419 ACTGCTGATACAGTCGTTATATTTGACTCTGATTGGAATCCACAAAATGACCTGCAGGCC 3478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3370 ACTGCTGATACAGTCGTTATATTTGACTCTGATTGGAATCCACAGAATGACCTGCAGGCC 3429
Query 3479 ATGAGTCGAGCGCATAGAATTGGGCAACAAGAGGTCGTGAACATTTATAGATTTGTCACT 3538
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3430 ATGAGTCGAGCGCACAGAATTGGGCAACAAGAGGTCGTGAACATTTATAGATTTGTCACT 3489
Query 3539 AGCAAAAGTGTTGAAGAAGAAATCCTGGAGCGCGCCAAAAGAAAAATGGTTCTTGATCAT 3598
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3490 AGCAAAAGTGTTGAAGAAGAGATCCTGGAGCGCGCCAAAAGAAAAATGGTTCTTGATCAT 3549
Query 3599 TTGGTTATTCAAAAACTGAATGCGGAGGGTAGGCTGGAGAAGCGAGAAACTAAAAAAGGA 3658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3550 TTGGTTATTCAAAAACTGAATGCGGAGGGTAGGCTGGAGAAGCGAGAAACTAAAAAGGGA 3609
Query 3659 AGTAATTTTGACAAGAATGAGCTTTCTGCAATATTGAGATTTGGAGCGGAAGAACTTTTT 3718
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3610 AGTAATTTTGACAAGAACGAGCTTTCTGCAATATTGAGATTTGGAGCGGAAGAACTTTTT 3669
Query 3719 AAAGAGGATAAAAATGATGAAGAAAGCAAAAAGCGGCTGTTGAGTATGGATATTGATGAA 3778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3670 AAAGAGGATAAAAATGATGAAGAAAGCAAAAAGCGGCTGTTGAGTATGGATATTGATGAA 3729
Query 3779 ATCTTAGAGAGGGCAGAGCAAGTTGAGGAAAAGCATACTGATGAAACAGAACACGAACTG 3838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3730 ATCTTAGAGAGGGCAGAGCAAGTTGAGGAAAAGCATACTGATGAAACAGAACACGAACTG 3789
Query 3839 TTGGGTGCTTTTAAGGTTGCCAACTTTTGCAACGCTGAAGATGATGGGTCCTTCTGGAGT 3898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3790 TTGGGTGCTTTTAAGGTTGCCAACTTTTGCAACGCTGAAGATGATGGGTCCTTCTGGAGT 3849
Query 3899 CGCTGGATAAAACCTGATTCTGTGGTTACGGCCGAAGAAGCTCTTGCACCACGGGCTGCT 3958
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3850 CGCTGGATAAAACCTGATTCTGTGGTTATGGCCGAAGAAGCTCTTGCACCACGGGCTGCT 3909
Query 3959 AGGAATACAAAGAGTTATGTGGATCCTAGCCATCCTGACAGGACTAGCAAAAGAAAAAAG 4018
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3910 AGGAATACGAAGAGTTATGTGGATCCTAGCCATCCTGACAGGACTAGCAAAAGAAAAAAG 3969
Query 4019 AAAGGATCTGAGCCTCCGGAGCATACAGAGAGAAGTCAAAAGCGCAGAAAAACGGAATAT 4078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3970 AAAGGATCTGAGCCTCCGGAGCATACAGAGAGAAGTCAAAAGCGCAGAAAAACTGAATAT 4029
Query 4079 TTTGTTCCTTCAACTCCACTATTAGAGGGGACTTCAGCTCAAGTTAGAGGCTGGTCTTAT 4138
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4030 TTTGTTCCTTCAACTCCAATATTAGAGGGGACTTCGGCTCAAGTGAGAGGCTGGTCTTAT 4089
Query 4139 GGAAATCTTCCTAAGAGAGATGCGCAACGATTTTATCGAACTGTCATGAAGTTTGGGAAC 4198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4090 GGAAATCTTCCTAAGAGAGATGCGCAACGATTTTATCGAACTGTCATGAAGTTCGGGAAC 4149
Query 4199 CATAATCAAATGGCATGTATTGCAGAAGAGGTGGGTGGTGTTGTTGAAGCAGCCCCGGAG 4258
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4150 CATAATCAAATTGCATGTATTGCAGAAGAGGTGGGTGGTGTTGTTGAAGCAGCCCCGGAA 4209
Query 4259 GAAGCACAAGTTGAGCTATTTGATGCTTTAATTGATGGTTGTAAGGAATCTGTTGAAACA 4318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4210 GAAGCACAAGTTGAGCTATTTGATGCTTTAATTGATGGTTGTAAGGAATCTGTTGAAACA 4269
Query 4319 GGAAATTTTGAACCAAAGGGTCCTGTGTTGGATTTCTTTGGTGTGCCAGTTAAAGCAAAC 4378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4270 GGAAATTTTGAACCAAAGGGTCCTGTGTTGGATTTCTTTGGTGTGCCAGTTAAAGCAAAC 4329
Query 4379 GAACTATTAAAACGTGTGCAAGGACTGCAGCTCCTATCAAAGCGTATTAGTCGATATAAC 4438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 4330 GAACTATTAAAACGTGTGCAAGGACTGCAGCTCCTATCAAAGCGCATTAGTCGATATGAC 4389
Query 4439 GATCCAATTTCACAATTCCGGGTGTTGTCATACCTTAAACCTTCAAATTGGTCCAAGGGT 4498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4390 GATCCAATTTCACAATTCCGGGTGTTGTCATACCTTAAACCTTCAAATTGGTCCAAGGGT 4449
Query 4499 TGCGGTTGGAATCAGATCGATGATGCGAGATTGCTTCTGGGAATTCTTTATCATGGTTTT 4558
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 4450 TGTGGTTGGAATCAGATTGATGATGCGAGATTGCTTCTTGGAATACTTTATCATGGTTTT 4509
Query 4559 GGGAATTGGGAAAAGATACGATTAGATGAGAGCCTTGGACTTACAAAGAAGATTGCTCCG 4618
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4510 GGGAATTGGGAAAAGATAAGATTAGATGAGAGCCTTGGACTTACAAAGAAGATTGCTCCT 4569
Query 4619 GTTGAACTTCAACACCATGAGACTTTTCTACCTCGTGCTCCAAACTTAAAGGAGCGTGCC 4678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4570 GTTGAACTTCAACACCATGAGACTTTTCTACCTCGTGCTCCAAACTTAAAGGAGCGTGCC 4629
Query 4679 ACTGCACTTCTGGAAATGGAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAAATACAAATGCCAAAGCA 4738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4630 ACTGCACTTCTGGAAATGGAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAAATACAAATGCCAAAGCA 4689
Query 4739 TCCCGTAAAAATTCCAAAAAGGTCAAGGATAATCTTATTAATCAATTTAAAGCTCCTGCC 4798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 4690 TCCCGTAAAAATTCCAAAAAGGTCAAGGATAATCTTATCAATCAATTTAAAGCACCTGCC 4749
Query 4799 AGAGACCGGAGAGGAAAATCTGGTCCTGCCAATGTAAGTTTATTATCAACAAAAGATGGA 4858
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4750 AGAGACCGAAGAGGAAAATCTGGTCCTGCCAATGTAAGTTTAATATCAACAAAAGATGGA 4809
Query 4859 CCTCGAAAAACCCAAAAAGCTGAGCCGTTGGTGAAGGAAGAAGGGGAAATGTCTGATGAT 4918
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4810 CCTCGGAAAACCCAAAAAGCTGAGCCATTGGTGAAGGAAGAAGGGGAAATGTCTGATGAT 4869
Query 4919 GGGGAAGTTTACGAGCAGTTCAAGGAGCAGAAATGGATGGAATGGTGTGAAGATGTCTTG 4978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4870 GGGGAAGTTTACGAGCAGTTCAAGGAGCAGAAATGGATGGAATGGTGTGAAGATGTCTTG 4929
Query 4979 GCCGATGAAATCAAAACTCTTGGACGTCTACAAAGACTGCAAACCACAAGTGCCGATCTG 5038
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4930 GCTGATGAAATCAAAACTCTTGGACGTCTACAAAGATTGCAAACCACAAGTGCAGATCTG 4989
Query 5039 CCAAAGGAGAAGGTACTTTTCAAAATCCGGAGATATTTGGAAATCCTTGGGCGAAGAATA 5098
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4990 CCAAAGGAGAAGGTGCTTTTCAAAATCCGGAGATATTTGGAAATCCTTGGGCGAAGAATA 5049
Query 5099 GATGCAATTGTCTTAGAACATGAAGAAGATCTATACAAGCAAGATAGAATGACAATGAGA 5158
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5050 GATGAAATTGTCTTAGAACATGAAGAAGATTTATACAAGCAAGATAGAATGACAATGAGA 5109
Query 5159 TTGTGGAACTATGTTTCAACTTTCTCAAATTTGTCGGGGGATCGACTCAATCAAATCTAC 5218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5110 TTGTGGAACTATGTTTCAACTTTCTCAAATTTGTCGGGGGATCGACTCAATCAGATCTAC 5169
Query 5219 TCCAAATTGAAGCAGGAGAAAGAGGAAGAGGAAGGGGTCGGGCCATCGCACCTCAATGGT 5278
|| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5170 TCGAAATTGAAGCAGGAGAAAGAAGAAGAGGGAGGGGTCGGACCATCGCACCTCAATGGC 5229
Query 5279 TCTAGGAACTTCCAGAGGCAACAAAAATTCAAAACAGCAGGGAACTCCCAAGGATCACAG 5338
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 5230 TCTAGGAACTTCCAGAGGCAACAAAAATACAAAACAGCAGGGAATTCCCAAGGATCGCAG 5289
Query 5339 CAGGTTCACAAGGGCATTGACACAGCAAAGTTTGAAGCGTGGAAACGAAGAAGAAGAACA 5398
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5290 CAGGTTCACAAGGGCATTGACACAGCAAAATTTGAAGCGTGGAAACGGAGAAGAAGAACA 5349
Query 5399 GAAAACGATGTTCAGACTGAGCGACCAACGATAACAAACTCTAACTCGCTGGGAATACTC 5458
||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5350 GAAAACGATGTGCAGTCTGAGAGACCACCGATAACAAACTCTAACTCGCTGGGAATACTC 5409
Query 5459 GGCCCTGGACCATTGGATAGAAGCCATAGGGCACGTCAAACCGGATTTCCCCCAAGATAA 5518
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5410 GGCCCTGGACCATTGGATAGAAGCCATCGGGCACGTCAAACTGGATTTCCCCCAAGATAA 5469
Query 5519 GTTTTCTCTGTTCTGGTACCATACATTATGCTCTGCATTTGCCGGTTGAACTCTGGTTTG 5578
||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5470 GTTAACTCTGTTCTGCTACCATACAATATGCAGTGCATTTGCCGGTTGAACTCTGGTTTG 5529
Query 5579 ATCATCGATTCAGAAGCTCAACAACATAGATACCCGGAAAACTCA-ttttttttAAAAA- 5636
||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 5530 ATCATGGATTCAGAAGTTCAACAACATAGATACTTGGAAAATTCAATTTTTTTTAAAAAA 5589
Query 5637 GTCGGAAACACGGCAGCAG---TGTTCGGTTTTGGTTGCTCATATTGGAGATTGGCATAC 5693
||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 5590 GTCAGAAACACCACAGCAGCAATGTACGGTTTTGGTTGCTCACATTGGAGATTGGCATGC 5649
Query 5694 CC-GACTAGCTGATGCTGACGCTG--GCTTACCCGAGAAAGCCATAACTTTGTTATTGGC 5750
|| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5650 CCAGACTAGCTGATGCTGATGCTGATGCTTACCCGAGAAAGCCAAAACTTTGTTATTG-- 5707
Query 5751 AAAGAGATAGCACTTACCAGTTACCAGGTGGTTTGCTTAGGTATAAAT-AGTTGTGGATG 5809
| | ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5708 -------T-----T-ACCAG------G-TGGTTTGCTTAGGTATAAATTAGTTGTGGATG 5747
Query 5810 TAGTCAAAGCTGCTGGACTCCATTTCCTtatatatttatatatatatatatatatatata 5869
||||||| || |||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 5748 TAGTCAA-GCAGCTGAACTCCATTTCCTTATAT-TT-ATATATAT--------------- 5789
Query 5870 tatGTTACCCATTTGGAATAGAGCAAATTGTACATTACCAGTTTTGTTAATTTTAATTTA 5929
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5790 ---GTTACCCATTCGGAATAGAGCAAATTGTACATTACCAGTTTTGTTAATTTTAGTTTA 5846
Query 5930 CTTAATTTT 5938
|||| ||||
Sbjct 5847 CTTA-TTTT 5854
Score = 198 bits (107), Expect = 3e-49
Identities = 134/146 (92%), Gaps = 5/146 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 TCTCCCCGAGACCTCTCGCCTTCTCTCGCAGCCGACGATCCCATCCAAAACCAA--C--G 65
|||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1 TCTCTCCGAGACCTCTCTCC-TCTCTCGCAGCCGACGATCCCATCCAAAACCAAAACTCG 59
Query 66 CTCTCCGGTGATCGTCTTTCCTTTACCTCGCCGACCTTCTCCGTCTTCTCAATTACGATC 125
||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CTCACCGGCGATCGTCTTGCCTTTACCTCGTCGACCTTCTCCGTCTTCTCAATTACGATC 119
Query 126 TATCATCACCAGAATCCGTTTTCTCT 151
|| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TACCATCACCAGAATCCGTTTTCTCT 145
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 224958314003
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5