BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G13440.1 Length=2382 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg480308 jgi|Araly1|480308|fgenesh2_kg.3__3009__AT2G13440.1 3735 0.0 > Ahg480308 jgi|Araly1|480308|fgenesh2_kg.3__3009__AT2G13440.1 Length=2352 Score = 3735 bits (2022), Expect = 0.0 Identities = 2243/2347 (96%), Gaps = 26/2347 (1%) Strand=Plus/Plus Query 7 GCCGCCGCCGCCGCCACCGCCACCGTGAGTCTTCGACATTTCCGCAGCTTCCCTACTATT 66 ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || | Sbjct 13 GCCGCCGCCTCCGCCACCGCCACCTTGAGTCTTCGGCATTTCCGCAGCTTCCCTAGTAGT 72 Query 67 GTCCCAtctcttctc-t-t-ctcctcctcctcctccataccttttcactccccccgtctc 123 ||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| Sbjct 73 GTCCCATCTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTACCTCTTCACTCTCCCCGTCTC 132 Query 124 tgcgtc-t--t------c--c-tccgccctcGCCAACTCTTCCTTAACCGTCCACTCGCC 171 |||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 133 TGCGTCTTCCTCCGCCGCAACTTCCGCCCTCGCCAACTCTTCCTTAACCGTCCCCTCGCC 192 Query 172 GCAAGTTTCAGTTCCTCTTCATCAGGTGCTACCTCTGATTCGACCTACGACGTTATTGTT 231 ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 193 GCAAGCTTCAGTTCCTCTTCATCAGGTGCTACGTCTGATTCGACCTACGACGTGATTGTG 252 Query 232 GTTGGTGCCGGACACGCTGGATGCGAAGCGGCTTTAGCCTCTGCTCGATTAGGAGCTAGT 291 |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 253 GTTGGTGCGGGACATGCTGGATGCGAAGCGGCTTTAGCCTCTGCTCGATTAGGAGCTAGT 312 Query 292 ACTCTGCTTCTCACATTAAACCTCGATCGAATAGCTTGGCAGCCGTGTAATCCAGCAGTA 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 313 ACTCTGCTTCTCACATTAAACCTCGATCGAATAGCTTGGCAGCCATGTAATCCAGCAGTT 372 Query 352 GGTGGACCAGCTAAATCACAATTAGTACATGAAGTTGATGCACTTGGTGGTGATATTGGC 411 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 373 GGTGGACCAGCAAAATCACAATTAGTACATGAAGTTGATGCACTTGGTGGTGATATTGGG 432 Query 412 AAAGTTGCTGACAGATGCTATTTACAGAAGCGTATTTTGAATGTCTCAAGGGGTCCTGCT 471 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 433 AAAGTTGCTGACAGATGCTATTTACAGAAGCGTATTTTAAATGTATCAAGGGGTCCTGCT 492 Query 472 GTAAGATCGTTACGTGCTCAGACTGACAAAAGAGAATATGCTACGGAGATGAAAAAGATA 531 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 493 GTAAGATCGTTACGTGCTCAGACTGACAAAAGGGAATATGCTATGGAGATGAAAAAGATA 552 Query 532 GTGGACAGCACCGAAAATCTCTGTATTAGAGAGGCAATGGTAACAGATATCATAGTTGGG 591 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 553 GTGGACAGCACTGAAAATCTCTGTATTAGAGAGGCAATGGTAACAGATATCATAGTTGGG 612 Query 592 AAGAATGACAACGTGGAAGGCGTGGCCACATTTTTCGGGATGAACTTTTATGCACCTTCT 651 ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 613 AAGAATGACAATGTGGAAGGAGTGGCCACCTTTTTCGGGATGAACTTCTATGCACCTTCT 672 Query 652 GTTATTCTTACCACTGGAACCTTTATGAGTGGGAAGATTTGGGTCGGTAAAAAGTCTATG 711 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 673 GTTATTCTCACCACTGGAACCTTTATGAGTGGGAAGATTTGGGTCGGTAAAAAGTCTATG 732 Query 712 CCAGCAGGAAGAGCTGGCGAGTCAGCTTCACAAGGACTGACAGAGAATTTGCAGAAACTT 771 ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| Sbjct 733 CCAGCTGGAAGAGCTGGTGAGTCAGCTTCACAAGGATTAACAGAGAACTTGCAGAAACTT 792 Query 772 GGATTTGAAACTGATCGCTTAAAGACTGGTACTCCAGCGCGTGTGGATCGCCGGACTATA 831 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 793 GGATTTGAAACTGATCGCTTAAAGACGGGTACTCCAGCGCGTGTGGATCGCCGGACTATA 852 Query 832 GACTTTTCCAATTTGGAGGCTCAACATGGAGACGAAGAGGTCAGCTGGTTTAGTTTCGAC 891 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 853 GACTTTTCCAATTTGGAGGCTCAACATGGAGACGAAGAGGTCAGCTGGTTTAGTTTCGAC 912 Query 892 CCAGATTTTCACATTGAGAGAGAGCAAATGTGCTGCTACCTAACTCGCACAACAAAGATT 951 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 913 CCAGATTTTCATATTGAGAGAGAGCAAATGTGCTGCTACCTAACTCGCACGACAAAGATT 972 Query 952 ACACACCAATTGATCAGAGATAATTTGCATGAGACCCCAACTTATGGTGGATGGGTTGAA 1011 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 973 ACACACCAACTGATCAGAGATAATTTGCATGAGACCCCAACTTATGGTGGATGGGTTGAA 1032 Query 1012 GCAAAAGGTCCTAGGTACTGCCCTTCCATTGAAGACAAGATTGTTAGGTTCAAAGACAAA 1071 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1033 GCAAAAGGTCCTAGGTACTGCCCTTCCATCGAAGATAAGATTGTTAGGTTCAAAGACAAA 1092 Query 1072 GAGTCTCATCAAATATTCCTCGAACCAGAGGGCCGAGATGTTCCTGAGATCTATGTGCAG 1131 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1093 GAGTCCCATCAAATATTCCTGGAACCAGAGGGCCGAGATGTTCCTGAGATTTATGTGCAG 1152 Query 1132 GGATTTTCAACTGGCCTGCCAGAGAATCTCCAGTTGCCACTTCTAAGAAGCTTGCCAGGA 1191 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1153 GGATTTTCAACTGGTCTGCCAGAGAATCTCCAGTTGCCACTTCTAAGAAGCTTGCCAGGA 1212 Query 1192 CTTGAAAATTGCTCCATGCTTAGGCCTGCCTATGCTGTTGAGTATGATTATTTGCCAGCT 1251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1213 CTTGAAAATTGCTCCATGCTTAGGCCTGCCTATGCTGTTGAGTATGATTATTTGCCAGCT 1272 Query 1252 CATCAGTGTTCCAGGTCCCTTATGACGAAGAAGATTGAAGGTCTTTTCTTCTCTGGACAG 1311 ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1273 CATCAGTGTTCTAGGTCCCTTATGACAAAGAAAATTGAAGGTCTTTTCTTCTCTGGTCAG 1332 Query 1312 ATCAACGGCACAACTGGTTATGAAGAGGCTGCTGCACAGGGTATTATATCTGGAATCAAT 1371 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1333 ATCAACGGCACTACTGGTTATGAAGAGGCTGCTGCACAGGGTATTATATCTGGAATCAAT 1392 Query 1372 GCTGCCAGACATGCAGACGGTAAGAAACACGTTGTTCTTGAGAGGGAAAGCAGTTATATA 1431 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1393 GCTGCCAGACATGCAGACGGTAAGAAACACGTTGTTCTTGAGAGGGAAAGCAGTTATATA 1452 Query 1432 GGTACGTTGATTGATGATTTAGTCACAAAGGATCTCAGAGAGCCATACCGCATGCTAACA 1491 |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1453 GGTACGTTGATTGACGATTTAGTCACAAAAGACCTCAGAGAGCCATACCGCATGCTAACA 1512 Query 1492 AGCCGTTCAGAACATCGGCTTCTTCTTCGATTTGATAATGCGGATAGTCGACTAACGCCT 1551 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1513 AGCCGTTCAGAACATCGGCTTCTTCTTCGATTCGATAATGCGGATAGTCGACTCACGCCT 1572 Query 1552 CTGGGGCGTGAACTTGGATTGATAGATGATAGACGATGGAAGTTATACCAAGAGAAGCAA 1611 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1573 CTGGGGCGTGAACTTGGATTGATAGATGATAGACGATGGAAGTTATACCAAGAGAAGCAA 1632 Query 1612 GCAAGGATTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTGAAAACTGTCAAGATTTCAGTTGCAGTAGGT 1671 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1633 GCAAGGATTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTGAAAACTGTCAAGATTTCAGTTGCAGTAGGT 1692 Query 1672 GATTTGGCTGCCGAAGTTTCTAGTGTGTCTTCTCAGCCAGTCAAAGAATCAGCGACACTA 1731 ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1693 GATTTGGCTTCTGAAGTTTCTAGTGTGTCTTCTCAGCCAGTCAAAGAATCAGCAACACTA 1752 Query 1732 GAGAGTCTCCTAAAGAAACCACATATCCACTACAAGCTTCTTGAGAAGCATGGCTTTGGA 1791 |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1753 GAGAGTCTACTAAAGAAACCCCATATCCACTACAAGCTTCTTGAGAAGCATGGCTTTGGA 1812 Query 1792 AATGAAACATTATCTAGAATGGAGAAAGACTGTGTAGAGATCGATATAAAATATGAAGGT 1851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1813 AATGAAACATTATCTAGAATGGAGAAAGACTGTGTAGAGATCGATATAAAATATGAAGGT 1872 Query 1852 TTCATTGTTCGCCAGCAAAACCAACTGCAGCAGATGGTCCACCAACAACATAGACGACTT 1911 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1873 TTCATTGTGCGCCAGCAAAACCAACTGCAGCAGATGGTCCACCAGCAACATAGACGACTT 1932 Query 1912 CCAGACGATTTGGATTACTATTCGATGACAACTCTATCCCATGAAGGGCGTGAAAAACTT 1971 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1933 CCAGATGATTTGGATTACTATTCGATGACAACTCTATCCCATGAAGGGCGTGAAAAACTT 1992 Query 1972 TCAAAGGTGAGACCAGAGACGATCGGGCAGGCAAGCAGAGTGGGTGGAGTCAGTCCTGCC 2031 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1993 TCAAAGGTGAGACCAGAGACGATCGGGCAGGCAAGCAGAGTGGGCGGAGTCAGTCCTGCC 2052 Query 2032 GACATAACAGCTCTGCTCATAACACTTGAATCAAACCGAAGAAGAACTCAAGATGTGAAG 2091 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2053 GACATAACAGCTCTGCTCATAACACTTGAATCGAACCGAAGAAGAACTCAAGATGTGAAG 2112 Query 2092 AGAGGGAAAATATTGGAACATGCCTTGGCAGAATCCAATCCACAGTGGGTAGAAGATAGG 2151 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2113 AGAGGGAAAATATTGGAACATGCCTTGGCAGAATCCAATCCACAGTGGGTAGAAGATAGA 2172 Query 2152 GAGCATGTGGTTAATGAGTGATTAAGAAGTCGTACAGTGTAGCATCAACTCTCCAATGAT 2211 |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| Sbjct 2173 GAGCATATGGTTAATGAGTGATTAAGAAGTCTTACAGTGTAGCGTCAACTCTCCAA-GAT 2231 Query 2212 TTTGATCAACCTTGC-AT-G-CATT-CTCTCGAATGGCaaaaaaaaaGTGGCTATTGTTG 2267 | | | |||||||| | | |||| |||| ||||||||||||| |||||| || ||| Sbjct 2232 TGT-A--AACCTTGCGACCGACATTTCTCTTGAATGGCAAAAAA---GTGGCTGTTCTTG 2285 Query 2268 CGAAAATACAAGTCACCCAAACAAAAGAGAAATACTTGCTTGTGTGTAACCGTATCGCTG 2327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 2286 CCAAAATACAAGTCACCCAAACAAAAGAGAAATACTTTCTTGTGTGTAACCACATCGCTC 2345 Query 2328 TTATTTT 2334 ||||||| Sbjct 2346 TTATTTT 2352 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 89740617220 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5