BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G13560.1
Length=2214
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480310 jgi|Araly1|480310|fgenesh2_kg.3__3011__AT2G13560.1 3278 0.0
> Ahg480310 jgi|Araly1|480310|fgenesh2_kg.3__3011__AT2G13560.1
Length=2112
Score = 3278 bits (1775), Expect = 0.0
Identities = 2016/2131 (95%), Gaps = 22/2131 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 70 CTTTCTTTCATCTTCAGCCAGATCGGAGCAATCTTCTCCATAGATTCCG-TGAAACGATG 128
||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || | |||||||||| | |||||||
Sbjct 1 CTTTCTTTCTTCTCCAGCCAGATCGGAACAATCCTCGCAATAGATTCCGAT-TAACGATG 59
Query 129 GGAATAGCCAATAAGCTCCGGCTAAGTTCATCATCTCTCAGCCGAATCCTCCACCGGAGA 188
|||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 60 GGAATAGCCAATAAGCTCCGTCTGAGTTC-T--TCTCTCAGCCGAATTCTCCACCGGAGA 116
Query 189 ATACTTTACTCATCCGCTGTC-AGATCTTTCACCACATCGGAAGGTCACCGTCCCACCAT 247
|||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 ATACTTTATTCATCCGCCG-CTAGATCTTTCACCACATCGGAAGGTCACCGTCCCACCAT 175
Query 248 CGTTCATAAACAAGGTCTCGATATCCTCCATGATCCTTGGTTCAACAAGGGGACTGCGTT 307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 176 CGTTCATAAACAAGGTCTCGATATCCTCCATGATCCTTGGTTCAACAAGGGTACTGCGTT 235
Query 308 TACGATGACGGAGAGAAATCGTTTAGATCTTAGAGGTCTTCTTCCTCCTAATGTTATGGA 367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TACGATGACGGAGAGAAATCGTTTAGATCTTAGAGGTCTTCTTCCTCCTAATGTTATGGA 295
Query 368 CTCTGAGCAACAGATTTTTCGTTTTATGACTGACCTGAAGAGATTAGAGGAGCAAGCTAG 427
||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 296 TTCTGAGCAACAAATTCAGCGTTTTATGACTGACCTCAAGAGATTGGAGGAGCAAGCAAG 355
Query 428 AGATGGACCTTCTGATCCTAATGCTTTGGCTAAATGGCGGATTCTTAATCGGTTACATGA 487
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 356 AGATGGACCTTCTGATCCTAATGCTTTGGCTAAGTGGCGAATTCTTAATCGCTTGCATGA 415
Query 488 CCGAAATGAGACTATGTACTATAAGGTTTTGATTAACAATATTGAGGAGTATGCGCCGAT 547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 416 CCGAAATGAGACTATGTACTATAAGGTTTTGATTAACAATATTGAGGAGTACGCGCCGAT 475
Query 548 AGTGTATACTCCTACGGTAGGTCTTGTCTGCCAGAACTACAGTGGGTTGTTTAGGAGGCC 607
||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 476 AGTCTACACTCCTACGGTTGGTCTTGTCTGCCAGAACTATAGTGGGTTGTTTAGGAGGCC 535
Query 608 AAGGGGAATGTATTTTAGTGCTGAAGATCGTGGTGAAATGATGTCCATGGTTTACAACTG 667
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 536 AAGAGGAATGTATTTTAGTGCTGAAGATCGTGGTGAAATGATGTCTATGGTTTACAACTG 595
Query 668 GCCAGCTGAGCAGGTTGATATGATTGTTGTTACCGATGGAAGCCGGATTTTGGGTCTTGG 727
||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 596 GCCTGCTGAACAGGTTGATATGATTGTTGTTACGGATGGAAGCCGGATCTTGGGTCTTGG 655
Query 728 AGATCTAGGTGTTCATGGAATTGGAATTGCTGTAGGGAAGCTTGATTTATATGTTGCCGC 787
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 656 AGATCTAGGCGTTCATGGAATTGGAATTGCTGTAGGGAAGCTTGATTTATACGTTGCCGC 715
Query 788 AGCTGGAATAAATCCTCAACGGGTACTACCTGTCATGATTGATGTTGGAACAAACAATGA 847
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 AGCTGGAATAAATCCACAACGGGTACTTCCTGTCATGATTGATGTTGGAACAAACAATGA 775
Query 848 AAAACTACGCAACGACCCCATGTACTTGGGTCTGCAACAACGTCGTTTAGAGGATGACGA 907
|||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
Sbjct 776 AAAACTACTCAAGGATCCCATGTACTTGGGTCTGCAGCAACATCGTTTAGAGGATGACAA 835
Query 908 CTATATAGATGTTATTGATGAATTTATGGAGGCAGTGTATACTCGGTGGCCACATGTTAT 967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 836 CTATATAGATGTTATTGATGAATTTATGGAGGCAGTGTATACCCGGTGGCCACATGTTAT 895
Query 968 TGTGCAGTTTGAGGATTTCCAGAGCAAGTGGGCTTTCAAATTATTGCAGAGGTATAGATG 1027
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGTGCAGTTTGAGGATTTCCAGAGCAAGTGGGCTTTTAAATTATTGCAGAGGTATAGATG 955
Query 1028 CACCTACCGAATGTTCAATGATGATGTCCAGGGGACAGCAGGGGTTGCTATCGCTGGTCT 1087
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 956 CACCTATCGAATGTTCAATGATGATGTCCAGGGGACAGCAGGGGTTGCAATCGCTGGTCT 1015
Query 1088 TCTTGGAGCAGTTAGAGCACAGGGGC-GACCTATGATTGATTTCCCAAAGATGAAGATCG 1146
||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1016 TCTTGGAGCAGTTAGAGCACA-GGGCAGGCCGATGATTGATTTTCCAAAGATGAAGATCG 1074
Query 1147 TTGTTGCTGGCGCGGGAAGTGCGGGAATTGGTGTTCTAAATGCTGCGAGGAAGACAATGG 1206
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1075 TTGTTGCTGGCGCCGGAAGTGCGGGAATTGGTGTTCTAAATGCTGCAAGGAAGACAATGG 1134
Query 1207 CACGAATGTTGGGAAATACTGAAACTGCGTTTGATAGTGCACAAAGTCAATTTTGGGTGG 1266
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1135 CACGGATGTTAGGAAATACTGAAACTGCGTTTGATAGTGCTCAAAGTCAATTTTGGGTGG 1194
Query 1267 TTGATGCGCAGGGTCTTATCACCGAAGGCCGGGAAAATATTGACCCAGAGGCTCAGCCTT 1326
||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TTGATGCTCAGGGTCTTATCACCGAAGGACGAGAAAATATTGACCCAGAGGCTCAGCCTT 1254
Query 1327 TTGCTAGGAAGACTAAAGAAATGGAGCGTCAGGGATTAAAAGAAGGAGCAACTCTTGTGG 1386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TTGCTAGGAAGACTAAAGAAATGGAGCGTCAGGGATTAAAAGAAGGAGCAACTCTTGTGG 1314
Query 1387 AAGTGGTTCGTGAAGTTAAACCTGATGTGCTTCTTGGTTTATCAGCAGTTGGAGGGTTAT 1446
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1315 AAGTGGTTCGAGAAGTTAAACCTGATGTGCTTCTTGGTTTATCTGCAGTTGGAGGGTTAT 1374
Query 1447 TCTCAAAAGAGGTTTTAGAAGCAATGAAAGGTTCAACCTCGACAAGGCCTGCTATATTTG 1506
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1375 TCTCGAAAGAGGTTTTAGAAGCTATGAAAGGTTCAACCTCGACAAGACCGGCTATATTTG 1434
Query 1507 CAATGTCAAACCCCACAAAAAATGCTGAATGCACGCCTCAAGATGCATTTTCGATATTAG 1566
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1435 CTATGTCAAACCCCACAAAAAATGCTGAATGCACGCCTCAAGATGCATTTTCTATATTAG 1494
Query 1567 GCGAAAATATGATTTTTGCGAGTGGAAGCCCATTCAAGAATGTGGAATTTGGAAATGGTC 1626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1495 GCGAAAATATGATTTTTGCGAGTGGAAGCCCATTCAAGAATGTGGAATTTGGTAGTGGTC 1554
Query 1627 ATGTAGGACATTGCAACCAGGGAAACAACATGTATCTATTTCCAGGTATTGGACTTGGCA 1686
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1555 ATGTAGGACATTGCAACCAGGGAAACAACATGTATCTATTCCCAGGTATTGGACTTGGCA 1614
Query 1687 CTCTTTTATCTGGTGCTCCCATTGTCTCCGACGGGATGCTTCAGGCCGCATCCGAGTGCC 1746
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CTCTTCTATCTGGTGCTCCCATTGTCTCGGACGGGATGCTTCAGGCCGCATCCGAGTGCC 1674
Query 1747 TAGCAGCATACATGAGCGAAGAAGAAGTGCTAGAGGGGATTATATACCCTCCAATATCAA 1806
| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TGGCAGCATACATGAGCGAAGAAGAAGTGCTACAAGGGATTATATACCCTCCAATATCAA 1734
Query 1807 GGATACGAGACATAACAAAAAGAATAGCAGCTGCGGTGATTAAGGAAGCGATTGAGGAGG 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GGATACGAGACATAACAAAAAGAATAGCAGCTGCGGTGATTAAGGAAGCGATTGAGGAGG 1794
Query 1867 ATTTGGTTGAAGGATATAGAGAAATGGACGCTCGAGAGATCCAAAAGCTGGATGAGGAGG 1926
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1795 ATTTGGTTGAAGGATATAGGGAAATGGACGCTCGAGAGGTCCAAAAGCTGAATGAGGAGG 1854
Query 1927 GGCTGATGGAGTATGTGGAAAACAACATGTGGAATCCAGAGTACCCGACTTTGGTCTACA 1986
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1855 AGCTGATGGAGTACGTGGAAAACAACATGTGGAATCCAGAGTACCCGACTTTGGTTTACA 1914
Query 1987 AGGATGACTAAGTTTGGTTCCCAAAATGAATAAGTCTACTTTCTCTTATTTATATGTAAA 2046
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AGGATGACTAAGTTTGGTTCCCAAAATGAACATGTCTACTCTCTCTTATTTATATGTAAA 1974
Query 2047 AATTTATAATTGGGGTTGCTTTATACCCAATCAAATTCATAGCTACTGCTTTCTCTTGTT 2106
|||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 AATTTATAGTTGGGGTTGCTTCATACCCAATCAGATTCATAGCTACTGCTTTCTCTT--- 2031
Query 2107 CTTATGTaaaaaaaaaaaaaaTATATAATTGGGTTGTTTGTTATCCAATCAGATTCATAG 2166
||||||||| ||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 ---ATGTAAAAAGAAA-----TATA-A-TTGGGTTGCTTGTTATCCAATCAGATTCATAG 2081
Query 2167 CTTCCACTTTCTCTTATTTATATGTAAAAAA 2197
||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2082 TTTCCACTTTCTCTTATTTATATGTATAAAA 2112
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83341456060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5