BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G17820.1
Length=4040
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480680 jgi|Araly1|480680|fgenesh2_kg.3__3381__AT2G17820.1 6292 0.0
> Ahg480680 jgi|Araly1|480680|fgenesh2_kg.3__3381__AT2G17820.1
Length=4013
Score = 6292 bits (3407), Expect = 0.0
Identities = 3842/4044 (95%), Gaps = 62/4044 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 TTTCCTTCATGGGTTTCTGATTTGTCTACTAAAGTTTTGAtttttttAATTTGGGTATTA 74
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTCCTTCATGGGTTTCTGATTTGTCTACTAAAGTTTTGATTTTTTTAATTTGGGTATTA 60
Query 75 ATaaaaaaaGTGGGGAGTGACACAAGAAGCAGTATAGTCATTAGTTTTCCACTAAGCAAA 134
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 AT-TAAAAAGTGGGGAGTGACACAAGAAGCAGTATAGTCATTAG-TTTCCACTAAGCAAA 118
Query 135 GCACCCAAAAGTT---C-AC--CAACAACAAAG---G--CCTAATATGTGTCTTTGTTTA 183
||||||||||||| | || ||||||||||| | || |||||||||||||||||
Sbjct 119 GCACCCAAAAGTTCACCAACAACAACAACAAAGAAAGAACC-AATATGTGTCTTTGTTTG 177
Query 184 TGATTTGGGATCATCTGAAACAAGATGCGAGGAGATAGCTTCTCAATGAGTATTGAGAAT 243
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TGATTTGGGATCATCTGAAACAAGATGAGAGGAGATAGCTTCTCAATGAGTATTGAGAAT 237
Query 244 -CTTCCTGATTCTCCAATGGGTTCGAGGAAGAAGAAGATGCAGATCAGGAAGGTGTTCGA 302
| ||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||||||||
Sbjct 238 AC-TCCTGATTCTCCAATGGTTTC------G-AG--GA---AGATCAGGAAGGTGTTCGA 284
Query 303 TAAAATGACTGAATGGGTTACCCCTTGGAGAAGTAATTTGGAGAGTCCAAGAGAGATGAT 362
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 TAAAATGACTCAATGGGTTACCCCTTGGAGAAGTAATTTGGAGAGTCCAAGAGAGATGAT 344
Query 363 GATTTTGCGTGGAGATGTTGAACAAGATGAGTTTCAATACGCTAGTAGTCACTGTTTGTC 422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 345 GATTTTGCGTGGAGATGTTGAACAAGATGAGTTTCAATACGCAAGTAGTCACTGTTTGTC 404
Query 423 TTCTTACTACAGTGTCTTTGTTGTTCGCCTCGCTATAATGGTTATGTTAGCAATTTTGAT 482
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 405 TTCTTACTACAGTGTCTTTGTTGTTCGCCTCGCTATAATGGTGATGTTAGCAATTCTGAT 464
Query 483 AGGGCTTTTAACGGTTCTAACATGGCATTTCACAAGGATTTATACAAAGCAGTCGCTTCA 542
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |
Sbjct 465 AGGGCTTTTAACCGTTCTAACATGGCATTTCACAAGGATTTACACGAAGCAATCGCTTAA 524
Query 543 AACATTAGCGTATGGCCTTAGATACGAGCTTCTTCAGCGTCCAGTCTTACGGATGTGGAG 602
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 525 AACATTAGCATATGGCCTTAGATACGAGCTTCTTCAGCGTCCGGTCTTACGGATGTGGAG 584
Query 603 CGTTTTAAACACCACATCAGAGCTAACAACAGCTCAAGTCAAGTTATCTGAATATGTCAT 662
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 CGTTTTAAACACCACATCCGAGCTAACAACAGCTCAAGTCAAGTTATCTGAATATGTCAT 644
Query 663 CAAAAAATATGACAAGCCAACAACTCAAGAAGAACTTGTGGAGATGTATCAAGCAATGAA 722
||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 645 CAAAAAATATGACAAGCCAACAACTCAAGAAGAGCTCGTCGAGATGTATCAAGCAATGAA 704
Query 723 GGATGTGACATGGGCTCTGTTTGCGAGTGCCAAAGCTCTAAATGCCATAACCATAAACTA 782
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 705 GGATGTGACATGGGCTCTGTTTGCTAGTGCCAAAGCTCTAAATGCCATAACTATAAACTA 764
Query 783 CAGAAATGGATTTGTCCAAGCTTTTCACAGAGATCCAGCAAGTAGCAGCACATTCTACAT 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 765 CAGAAATGGATTTGTCCAAGCTTTTCACAGAGATCCAGCAAGTAGTAGCACATTCTACAT 824
Query 843 CTTCTCCGATCTAAAAAACTATTCCATCAGTGGAACAGGGCCTGAAGATGTAAGTGGGTG 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 825 CTTCTCCGATCTAAAAAACTATTCCATCAGTGGAATAGGGCCTGAAGATGTAAGCGGGTG 884
Query 903 GAACAACAAGTCAATACACGGGAACATGTCTGCCATTTGGTATCAGCAACAGCTTGATCC 962
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 885 GAACAACCAGTCAATACACGGGAACATGTCTGCCATTTGGTACCAGCAACAGCTTGATCC 944
Query 963 AGTAACAGGGGAAAATTTGGGAAAGCCTCTTAAAATTCCACCGGATGATCTGATCAACAT 1022
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 945 AGTAACAGGGGAAAAATTGGGAAAGCCTCTTAAAATTCCACCCGATGATCTGATCAACAT 1004
Query 1023 CGCAGGAATCTCACAAGTGCCTGATGGTGAAGCTTCTTGGCATGTGACAGTGAGCAAATA 1082
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1005 CGCAGGAATCTCACAAGTGCCAGATGGTGAAGCTTCTTGGCATGTGGCAGTGAGCAAATA 1064
Query 1083 CATGGACTCTCCGCTTCTCTCAGCGGCTTTGCCTGTCTTTGATGCATCAAACAAGAGTAT 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 CATGGACTCTCCGCTTCTCTCAGCGGCTTTGCCTGTCTTTGATGCATCAAACAAGAGTAT 1124
Query 1143 TGTGGCTGTTGTGGGGGTGACAACTGCACTTTACAGCGTAGGACAGTTGATGAGAGATCT 1202
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1125 CGTGGATGTTGTGGGGGTGACAACTGCACTTTACAGCGTAGGGCAGTTGATGAGAGATCT 1184
Query 1203 TGTAGAAGTCCACGGTGGACATATTTATTTGACATCTCAAGAAGGATACTTGCTTGCTAC 1262
|||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TGTAGATGTCCATGGTGGACATATCTATTTGACATCTCAGGAAGGATACTTGCTTGCTAC 1244
Query 1263 CTCCACAGATGGTCCTCTTTTGAAAAATACATCAAACGGGCCTCAGCTAATGAAAGCCAC 1322
||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1245 CTCCACAAATGATCCTCTTTTAAAAAATACAACAAACGGGCCTAAGCTAATGAAAGCCAT 1304
Query 1323 TGATTCAGAAGAGTGGGTTATAAAGTCAGGAGCTCAGTGGTTAGAGAAAACTTATGGAAG 1382
||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TGATTCAGAGGAGTGGGTTATAAGGGCAGGAGCTCAGTGGTTAGAGAAAACTTATGGAAG 1364
Query 1383 TAAGCGCCCTCACGTTGTTCATGCTGAGAATGTAAAGCTTGGTGACCAACGATATTACAT 1442
||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1365 TAAACGCCCTCAAGAAGTTCATGCTGAGAATGTAAAGCTTGGTAACCAACGATATTACAT 1424
Query 1443 TGATTCATTCTATCTTAATCTCAAGAGACTTCCAATTGTAGGTGTTGTCATTATTCCCAG 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 TGATTCATTCTATCTTAATCTCAAGAGACTTCCAATTATAGGTGTTGTCATTATTCCCAG 1484
Query 1503 GAAGTTCATTATGGGAAAAGTGGATGAAAGGGCCTTCAAGACTTTGATTATTCTGATTTC 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1485 GAAGTTCATTATGGGAAAAGTGGATGAAAGGGCCTTCAAGACTTTGATTATACTGATTTC 1544
Query 1563 TGCTTCTGTCTGCATCTTCTTTATTGGATGTGTCTGCATTTTAATACTCACAAATGGAGT 1622
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1545 TGCTTCTGTCTGCATCTTCTTTATTGGATGTGTCTGCATTTTGATTCTCACAAATGGAGT 1604
Query 1623 TTCAAAGGAGATGAAGCTAAGAGCAGAACTGATAAGGCAACTGGATGCAAGAAGAAGAGC 1682
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 TTCAAAGGAGATGAAACTAAGAGCAGAACTGATAAGGCAACTGGATGCAAGAAGAAGAGC 1664
Query 1683 TGAAGCTTCAAGCAACTACAAAAGCCAGTTTTTGGCAAATATGAGTCATGAGTTGAGGAC 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1665 TGAAGCTTCAAGCAACTACAAAAGCCAGTTTTTGGCAAATATGAGCCATGAGTTGAGGAC 1724
Query 1743 ACCAATGGCTGCTGTAATTGGATTACTAGATATTCTTATATCGGATGATTGTCTTTCAAA 1802
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1725 ACCTATGGCTGCTGTGATTGGATTACTAGATATTCTTATATCAGATGATTGTCTTTCAAA 1784
Query 1803 TGAGCAATACGCAACAGTCACTCAGATCAGAAAGTGCTCTACAGCTCTCCTTCGGCTTCT 1862
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1785 TGAGCAATACGCAACAGTCACTCAGATCAGAAAGTGCTCTACCGCTCTCCTCCGGCTTCT 1844
Query 1863 CAATAATATACTGGACTTGAGCAAGGTTGAGTCAGGAAAGCTTGTTCTGGAAGAAGCTGA 1922
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 CAATAACATACTGGACTTGAGCAAGGTTGAGTCAGGAAAGCTTGTTCTGGAAGAAGCTGA 1904
Query 1923 GTTTGATTTGGGGCGAGAACTTGAAGGACTTGTTGACATGTTCTCGGTGCAGTGTATTAA 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1905 GTTTGATTTGGGGCGAGAACTTGAAGGACTTGTTGACATGTTCTCAGTGCAGTGTATTAA 1964
Query 1983 TCACAATGTAGAGACAGTTCTAGACCTCTCTGATGATATGCCAGCATTAGTCAGAGGAGA 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 TCACAATGTAGAGACAGTTCTAGACCTCTCTGATGATATGCCAGCATTAGTCAGAGGAGA 2024
Query 2043 CTCAGCAAGACTTGTTCAAATATTTGCAAATCTTATAAGCAATTCTATAAAGTTTACAAC 2102
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 CTCGGCAAGACTTGTTCAAATATTTGCAAATCTTATAAGCAATTCTATAAAGTTTACAAC 2084
Query 2103 AACGGGTCACATTATTCTTCGTGGATGGTGCGAGAACATAAATTCTCTACATGATGAGAT 2162
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 AACGGGTCACATAATTCTACGTGGATGGTGCGAGAACATAAATTCTCTACATGATGAGAT 2144
Query 2163 GAGCGTATCTGTTGACA-GAAGGAAACCATGGGCTCCAATGAAGACAAAACAGGTGCAAC 2221
|||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2145 GAGCTTAACTGTTGACAGGAA-GAAACCATGGGCTCCAATGAAGACAAAACTGGTGCAAC 2203
Query 2222 ACAGAAATCACTTGCAGAAGTCTTGTAAGAACGCGAACAAAATGGTTCTTTGGTTTGAGG 2281
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 ACAGAAATCATTTGCAGAAGTCTTGTAAGAACGCTAACAAAATGGTTCTTTGGTTTGAGG 2263
Query 2282 TTGATGATACTGGATGTGGAATAG-ATCCAAGCAAATGGGACTCTGTTTTTGAGAGCTTT 2340
||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 TTGATGACACTGGATGTGGAATAGAAT-CAAGCAAATGGGACTCTGTTTTTGAGAGCTTT 2322
Query 2341 GAGCAAGCTGATCCTTCTACCACTCGGACGCACGGAGGAACTGGACTTGGACTATGTATT 2400
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2323 GAGCAAGCTGATCCTTCTACCACTCGGACGCATGGAGGAACTGGTCTTGGACTATGTATC 2382
Query 2401 GTGCGAAACTTGGTTAACAAAATGGGTGGAGAAATCAAAGTAGTGCAGAAGAATGGCTTA 2460
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2383 GTCCGAAACTTGGTTAACAAAATGGGTGGAGAAATTAAAGTAGTGCAGAAGAATGGCTTA 2442
Query 2461 GGGACTCTTATGAGACTGTACTTGATTTTGAGTACTCCTGACACTGTAGATCAAAACATC 2520
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||
Sbjct 2443 GGGACTCTAATGAGACTGTATTTGATTTTGAGTACTCCTGAAACTGCAGATCAAAATATC 2502
Query 2521 CAGCCAGATTTCTCCAAATACGGTCTCGTGGTTATGCTTTCCATGTATGGAAGTACAGCA 2580
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 CAGCCAGATTTCTCCAAATATGGTCTCGTGGTTTTGCTTTCCATGTATGGAAGTACAGCA 2562
Query 2581 AGAATGATCACATCAAAGTGGTTGCGAAAACACGGCATTGCAACTGTTGAAGCATCAGAC 2640
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2563 AGAATGATCACATCAAAGTGGTTGCGTAAACACGGCATTGCAACTGTTGAAGCATCAGAC 2622
Query 2641 TGGAACGAGCTGACTCAGATCATTAGAGACCTCTTGGAGACGGGAAGCCGTGACAACAGC 2700
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2623 TGGAACGAGCTGACTCAGATCATTAGAGACCTTTTGGAGATGGGAAGCGGTGACAACAGC 2682
Query 2701 TTTGATTCACAGCACAATATAT-CTGATCCACTGAGAGCAGAGCTTTCAAATATAGTAGA 2759
|||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2683 TTTGATTCACAGAACAATAT-TGCTGATTCACTGAGAGCAGAGCTTTCAAATATAGAAGA 2741
Query 2760 AATCAAGAACCCTGTGTTTGTCATAGTGGTGGATATCGGAGTACTTGATCTCACCACAAA 2819
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2742 AATCAAGAACCCTGTGTTTGTCATAGTGGTGGATATCGGAGTACTTGATCTCACCACAGA 2801
Query 2820 TATATGGAAGGAACAGCTTAACTACCTCGACAGATTCTCCAACAAAGCAAAGTTTGCTTG 2879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2802 TATATGGAAGGAACAGCTTAACTACCTCGACAGATTCTCCATCAAAGCAAAGTTTGCTTG 2861
Query 2880 GCTACTGAAGCATGACACCTCCAATACAGTTAAAACAGAACTTAGACGAAAAGGGCATGT 2939
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 GCTGCTGAAGCATGACACCTCCAATACAGTTAAAACAGAACTTAGACGAAAAGGGCATGT 2921
Query 2940 CATGATGGTTAACAAACCGTTGTACAAGGCCAAAATGATCCAGATTCTGGAGGCTGTAAT 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2922 CATGATGGTTAACAAACCGTTGTACAAGGCCAAAATGATTCAGATTCTGGAGGCTGTAAT 2981
Query 3000 AAAAAACCGGAAGAGAGGCTTGTGTAAT-GACTTAAGAAACAGAGGAAACGGAAGTGATG 3058
|||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2982 AAAAAACCGGAAGAGA------TGTAATGGA-TTAAGAAACAGAGGAAACGGAAGTGATG 3034
Query 3059 AATCCCACGATTGCTTAGAAATTGATCCAACACAATTCGACACTTGCAGTTCCGATGATT 3118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 AATCCCACGATTGCTTAGAAATTGATCCAACACAATTCGACACTTGCAGTTCCGATGATT 3094
Query 3119 CCTCGGAGACATCTGGCGAGAAACA-AGTAGATAAATCTGTTAAACCAAGCACCTTGCAC 3177
|||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 3095 CCTCTGAGACATCTGGCGAGAAACATA-TAGATAAACCTGTGCAACCAAGCACCTTGCAC 3153
Query 3178 TCTCCAGTGCTTAAGAACTATCTCATCGATGCCACTACCAGCAATGATGACTCAACATCT 3237
|||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3154 TCTCCAGTTCTTAAGAACTATCTCATTGACGCCACTAACAGCAATGATGACTCAACATCT 3213
Query 3238 GCAAGTATGACTCAAAAGAACCCAGAAGAAGAAGATTGGAAGGATCGGCTGTATTCAGGA 3297
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3214 GCAAGTACGACTCAAAAGAACCTAGAAGAAGAAGATTGGAAAGATCGGCTGTATTCAGGA 3273
Query 3298 ATTGCGTTGGATGGAAAGAATCAGAAATCTCTTGAAGGTATAAGGATCTTGCTGGCAGAG 3357
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3274 ATTGCGTTGGATGGAAAGAATCTGAAATCTCTTGAAGGTATTAGGATCTTGCTGGCAGAA 3333
Query 3358 GATACACCCGTTCTTCAACGAGTAGCCACCATAATGCTTGAGAAAATGGGAGCAACTGTA 3417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3334 GATACACCCGTTCTTCAACGAGTAGCCACCATAATGCTTGAGAAAATGGGAGCAACTGTA 3393
Query 3418 ACTGCAGTCTGGGATGGACAACAAGCAGTTGATTCCCTCAACTACAAGTCTATCAATGCT 3477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3394 ACTGCAGTCTGGGATGGACAACAAGCAGTTGATTCCCTCAACTACAAGTCTATCAATGCT 3453
Query 3478 CAAGCTCCAACTGAAGAACACAA-ATCGTTC-GAAGAAGAAACCGCTAACAAAGT-TACA 3534
|||| |||||||| ||||| | | ||||| | |||||||||||||| ||||| | || |
Sbjct 3454 CAAGATCCAACTGGAGAAC-CGACATCGT-CAGAAGAAGAAACCGCCAACAAC-TCTATA 3510
Query 3535 ACTCGGGAGACTAGTTTACGGAATTCCTCGCCTTATGACTTGATCCTCATGGACTGCCAG 3594
| | | ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3511 AAGCCGCAGAGTAGTTTACGGAATTCGTCACCTTATGACTTGATCCTCATGGACTGCCAG 3570
Query 3595 ATGCCAAAAATGGATGGATATGAGGCAACAAAGGCGATAAGGAGAGCAGAGATTGGCACA 3654
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3571 ATGCCAAAAATGGATGGATATGAGGCAACAAAGGCGATAAGGAGAGCAGAGATTGGCACT 3630
Query 3655 GAGCTGCACATTCCAATCGTGGCGTTGACAGCGCATGCAATGTCTTCTGATGAAGCGAAA 3714
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3631 GAGCTTCACATTCCAATCGTGGCATTGACAGCGCATGCAATGTCTTCTGACGAAGCGAAA 3690
Query 3715 TGCTTGGAGGTTGGAATGGATGCTTATCTCACAAAGCCTATTGATCGAAAGCTTATGGTC 3774
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3691 TGCTTGGAGGTTGGGATGGATGCTTATCTCACAAAGCCTATTGATCGGAAGCTTATGGTC 3750
Query 3775 TCTACCATTTTGTCACTCACTAAACCATCAGCATTCCAAACTTCATTGTCCGCTTGAAGA 3834
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3751 TCTACCATTTTGTCACTCACTAAACCATCAATATTCCAAACTTCATTGTCCGCTTGAAGC 3810
Query 3835 ATCGGGT-AAAAATCTAACAAGTGAACTT-TTTTAGTAGGTTCAGGATCTTGCATTTTGT 3892
||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 3811 ATCGGGTTAAAAA-CTAACAAGAGAACTTGTTTTAGTAGGTACGGGATCTTGCATTTTGT 3869
Query 3893 ATATATGTGAATTTGTAGTTGACGATGAGGTTTTTGGGGGTAAAGAAAATCCTGtttttt 3952
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3870 ATATATTTGAATTTGTAGTTGACGATGAGGTTTTTGGGGGTAAAGAAAATCCTGTTTTTT 3929
Query 3953 ggtcattttttgtttACTGCAATACGAAGAATGTTTTGTACTTAAA---------CATTG 4003
||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3930 GGTCAGTTTTTGTTTACTGCGATACCAAGAATGTTTTGTACTTAAAATAAGAATACATTG 3989
Query 4004 TATACTTGTTTTAAAGATGTGAAG 4027
|||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3990 TATACTTGTTTTGAAGATGTGAAG 4013
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152725040449
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5