BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G18700.1 Length=2800 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857 4261 0.0 > Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857 Length=2616 Score = 4261 bits (2307), Expect = 0.0 Identities = 2518/2617 (96%), Gaps = 25/2617 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTCGCCGGAATCTTGGAAAGACCAGCTTAGTCTGGTTTCGGCTGATGATTATCGGATC 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGTCGCCGGAATCTTGGAAAGACCAGCTTAGTCTGGTTTCCGCTGATGATTATCGGATC 60 Query 61 ATGGGTCGAAATCGGATCCCCAATGCCGTCACGAAGCTTTCCGGTCTCG--A---A--AC 113 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | || Sbjct 61 ATGGGTCGAAATCGGATCCCCAATGCCGTCACGAAGCTTTCTGGTCTCGAAACCGACGAC 120 Query 114 -----C----G--ACGATCCTAACGGCGGCGCGTGGGTTACGAAA-CCGAAACGAATCGT 161 | | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| Sbjct 121 GGAGACGGAAGCAACGATCCTAACGGCGGCGCGTGGGTTAC-AAAGCCGAAACGAATCGT 179 Query 162 GGTTTCGAATCAGCTTCCTCTTCGTGCTCACAGAGACATTTCGTCGAACAAGTGGTGCTT 221 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 GGTTTCGAATCAGCTTCCTCTTCGTGCTCACAGAGACATTTCGTCGAACAAGTGGTGCTT 239 Query 222 TGAATTCGACAATGACAGTCTTTACTTACAACTCAAAGATGGGTTTCCTCCGGAGACGGA 281 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 CGAATTCGACAATGACAGTCTTTACTTACAACTCAAAGATGGGTTTCCTCCGGAGACGGA 299 Query 282 AGTCGTCTACGTCGGATCTTTAAACGCCGACGTCTTACCTTCAGAGCAAGAGGACGTCTC 341 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| Sbjct 300 AGTCGTCTACGTCGGATCTTTAAACGCCGACGTTTTACCCTCAGAGCAAGAAGATGTCTC 359 Query 342 TCAGTTCTTGCTTGAGAAGTTTCAGTGTGTTCCTACTTTCTTACCTAGTGACTTGCTCAA 401 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 TCAGTTCTTGCTTGAGAAGTTTCAATGTGTTCCTACTTTCTTACCTAGTGACTTGCTCAG 419 Query 402 CAAGTATTACCATGGTTTCTGTAAACACTATCTCTGGCCCATTTTTCACTATCTTCTTCC 461 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 420 CAAGTATTATCATGGTTTCTGTAAACACTATCTCTGGCCGATTTTTCATTATCTTCTTCC 479 Query 462 TATGACGCAAGCTCAAGGCTCTCTCTTTGATCGTTCGAATTGGAGAGCGTACACGACTGT 521 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 TATGACGCAAGCTCAAGGCTCTCTCTTTGATCGATCGAATTGGAGAGCGTACACGACTGT 539 Query 522 TAACAAGATCTTCGCTGATAAGATCTTCGAAGTGCTAAACCCGGATGATGATTACGTCTG 581 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 540 TAACAAGATCTTCGCTGATAAGATCTTCGAAGTGCTAAACCCAGATGATGATTACGTCTG 599 Query 582 GATTCATGATTATCACCTCATGATTTTGCCCACTTTTTTGAGGAACAGGTTTCATCGGAT 641 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GATTCATGATTATCATCTCATGATTTTGCCCACTTTTTTGAGGAACAGGTTTCATCGGAT 659 Query 642 AAAGCTTGGGATTTTCCTCCATAGTCCCTTTCCTTCGTCGGAGATTTACCGTACTCTTCC 701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 AAAGCTTGGGATTTTCCTCCATAGTCCCTTTCCTTCATCGGAGATTTACCGTACTCTTCC 719 Query 702 TGTGAGAGACGAGATTCTCAAAGGGTTTCTGAATTGCGATTTGGTTGGTTTCCACACGTT 761 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || Sbjct 720 TGTGAGAGACGAGATTCTCAAAGGGTTTCTGAATTGTGATTTGGTTGGATTCCACACATT 779 Query 762 TGATTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTAGGATGCTTGGTCTTGATTACGAATC 821 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 780 CGATTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTAGGATGCTTGGTCTTGATTATGAATC 839 Query 822 TAAAAGAGGCTACATTGGTCTTGAATATTTTGGAAGAACGGTGAGCATCAAGATATTGCC 881 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 840 GAAAAGAGGCTACATTGGTCTTGAATACTTCGGAAGAACTGTGAGCATCAAGATTTTGCC 899 Query 882 CGTTGGGATTCATATGGGGCAGATTGAATCGATAAAGGCTTCGG-AGAAAACTGCAGAGA 940 |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 900 GGTTGGGATCCATATGGGCCAGATTGAATCGATAAAGGCTTCGGAAG-AAACTGCAGAGA 958 Query 941 AAGTGAAGAGATTGAGAGAAAGGTTCAAGGGGAACATTGTGATGTTAGGTGTGGATGATT 1000 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 959 AAGTGAAGGGATTGAGAGAAAGGTTCAAGGGGAACATTGTGATGTTGGGTGTGGATGATT 1018 Query 1001 TGGATATGTTCAAAGGTATTAGCTTGAAGTTTTGGGCGATGGGTCAGCTTCTTGAACAGA 1060 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 TGGATATGTTCAAAGGTATTAGCTTGAAGTTTTGGGCGATGGGTCAGCTTCTTGAACAGA 1078 Query 1061 ACGAAGAGCTTCGTGGGAAAGTGGTTCTCGTGCAGATTACTAATCCTGCTCGTAGTTCAG 1120 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1079 ACCAAGAGCTTCGTGGGAAAGTGGTTCTCGTGCAGATTACTAATCCTGCTCGGAGTTCAG 1138 Query 1121 GTAAGGATGTTCAAGATGTAGAGAAACAGATAAATTTGATTGCTGATGAGATCAATTCTA 1180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 GTAAGGATGTTCAAGATGTAGAGAAACAGATAAATTTGATTGCTGATGAGATCAATTCTA 1198 Query 1181 AATTTGGGAGACCTGGTGGTTATAAGCCTATTGTGTTTATCAATGGACCTGTTAGTACTT 1240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| Sbjct 1199 AATTTGGGAGACCTGGTGGTTATAAGCCTATTGTGTTTGTCAATGGACCTGTCAGTACTT 1258 Query 1241 TGGATAAAGTTGCTTATTACGCGATCTCGGAGTGTGTTGTCGTGAATGCTGTGAGAGATG 1300 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1259 TGGAAAAAGTTGCTTATTATGCGATCTCGGAGTGTGTTGTGGTGAATGCTGTGAGAGATG 1318 Query 1301 GGATGAATTTGGTGCCTTATAAGTACACAGTGACTCGGCAAGGGAGCCCTGCTTTGGATG 1360 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 GGATGAATTTGGTGCCTTACAAGTACACAGTGACTAGGCAAGGGAGCCCTGCTTTGGATG 1378 Query 1361 CA-GCTTTAGGTTTTGGGGAGGATGATGTTAGGAAGAGTGTGATTATTGTTTCTGAGTTC 1419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 -AGGCTTTAGGTTTTGGGGAGGATGATGTTAGGAAGAGTGTGATTATTGTTTCTGAGTTC 1437 Query 1420 ATCGGTTGTTCTCCATCTCTGAGTGGTGCGATCCGTGTTAATCCGTGGAACATCGATGCA 1479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1438 ATCGGTTGTTCTCCATCTCTGAGTGGTGCGATCCGTGTTAATCCCTGGAACATCGATGCA 1497 Query 1480 GTCACTAACGCCATGAGCTCTGCAATGACGATGTCCGACAAAGAGAAAAATCTGCGCCAC 1539 |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 GTCACTGACGCGATGAGCTCTGCAATGACGATGTCTGACAAAGAGAAAAATCTGCGCCAC 1557 Query 1540 CAGAAGCATCATAAGTACATAAGCTCTCACAATGTTGCCTATTGGGCGCGGAGTTATGAC 1599 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 CAGAAGCATCACAAGTACATAAGCTCTCACAATGTGGCCTATTGGGCGCGGAGTTATGAC 1617 Query 1600 CAAGATCTTCAAAGGGCGTGCAAAGATCATTACAACAAGAGATTCTGGGGAGTCGGATTC 1659 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1618 CAAGATCTTCAAAGGGCGTGCAAAGATCATTTCAACAAGAGATTCTGGGGAGTTGGATTC 1677 Query 1660 GGTCtttttttCAAGGTTGTTGCGTTAGATCCGAATTTCAGAAGGCTCTGTGGTGAAACC 1719 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1678 GGTCTTTTTTTCAAGGTAGTTGCGTTAGATCCGAATTTCAGAAGGCTCTGTGCTGAAACC 1737 Query 1720 ATAGTCCCCGCGTATAGGAGATCAAGCAGTAGGTTGATCCTATTGGACTATGATGGGACA 1779 |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 ATAGTCCCTGCGTATAGGAGAACAAGCAGTAGGTTGATCCTATTGGACTATGATGGGACA 1797 Query 1780 ATGATGGATCAGGATACTCTGGATAAAAGGCCAAGTGATGATCTTATCTCGCTTCTCAAT 1839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1798 ATGATGGATCAGGATACTCTGGATAAAAGGCCAAGTGATGATCTCATCTCGCTTCTCAAT 1857 Query 1840 CGCTTATGTGACGACCCCAGCAATCTAGTCTTTATTGTTAGTGGTCGAGGTAAGGACCCT 1899 ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 CGCTTGTGTGACGACCCCAACAATCTAGTCTTTATTGTTAGTGGTCGAGGTAAGGACCCT 1917 Query 1900 CTCAGCAAATGGTTTGACTCTTGCCCAAATCTTGGTATCTCAGCTGAACATGGTTATTTC 1959 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1918 CTCAGCAAATGGTTTGACTCTTGTCCAAATCTCGGTATCTCAGCTGAACATGGTTATTTC 1977 Query 1960 ACTAGATGGAACTCAAATTCCCCTTGGGAAACAAGTGAATTGCCTGCGGATTTAAGCTGG 2019 |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 ACTAGATGGAACTCTAATTCCCCATGGGAGACAAGTGAATTGCCTGCGGATTTAAGCTGG 2037 Query 2020 AAGAAAATAGCTAAACCAGTGATGAATCACTATATGGAAGCGACTGATGGATCATTCATA 2079 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 AAGAAGATAGCTAAACCAGTGATGAATCACTATATGGAAGCGACTGATGGATCATTCATA 2097 Query 2080 GAGGAGAAAGAGAGTGCTATGGTGTGGCACCACCAAGAAGCTGACCATTCATTTGGTTCT 2139 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 GAGGAGAAAGAGAGTGCTATGGTGTGGCACCACCAAGAAGCTGACCATTCATTTGGTTCT 2157 Query 2140 TGGCAAGCTAAGGAGCTTCTTGATCATCTAGAGAGTGTTCTCACCAATGAGCCTGTTGTT 2199 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| Sbjct 2158 TGGCAAGCTAAGGAGCTTCTTGATCATCTAGAGAGCGTGCTCACCAATGAGCCCGTTGTT 2217 Query 2200 GTCAAGAGAGGCCAGCACATAGTAGAAGTTAAACCTCAGGGAGTAAGCAAAGGAAAGGTG 2259 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2218 GTCAAGAGAGGCCAGCACATAGTAGAAGTTAAACCTCAGGGAGTAAGCAAAGGAAAGGTG 2277 Query 2260 GTGGAGCATTTGATAGCAACGATGAGGAACACCAAAGGGAAGAGACCGGACTTTTTGTTG 2319 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2278 GTGGAGTATTTGATAGCAACGATGAGGAACACCAAAGGGAAGAGATCGGACTTTTTGTTG 2337 Query 2320 TGCATAGGTGATGACCGGTCTGATGAAGACATGTTTGATAGCATAGTGAAGCACCAAGAT 2379 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2338 TGCATTGGTGATGACCGGTCTGATGAGGACATGTTTGATAGCATAGTGAAGCACCAAGAT 2397 Query 2380 GTTTCCTCTATTGGTCTCGAAGAGGTCTTTGCGTGCACAGTTGGTCAGAAACCGAGCAAG 2439 || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2398 GTCTCCTCTATTGGTCTCGCAGAGGTGTTTGCGTGCACAGTGGGTCAGAAACCGAGCAAG 2457 Query 2440 GCCAAGTACTATCTCGATGATACCCCAAGTGTTATCAAGATGCTTGAATGGTTGGCCTCA 2499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2458 GCCAAGTACTATCTCGATGATACCCCAAGTGTTATCAAGATGCTTGAATGGTTGGCCTCA 2517 Query 2500 GCTTCAGATGGATCAAAGCATGAGCAACAGAAGAAACAGAGCAAGTTCACTTTTCAACAG 2559 ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2518 GCTTCAGATGGATCAAAGCATGAACAACAGCAGAAACAGAGCAAGTTCACTTTTCAACAG 2577 Query 2560 CCTATGGGACAATGTCGAAA-GAAAGCATAGATCTTT 2595 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2578 CCTATGGGACAATGTCGAAACGAAAGCATAGATCTTT 2614 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 105662339630 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5