BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G20050.1 Length=3665 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg480465 jgi|Araly1|480465|fgenesh2_kg.3__3166__AT2G20050.1 5814 0.0 > Ahg480465 jgi|Araly1|480465|fgenesh2_kg.3__3166__AT2G20050.1 Length=3601 Score = 5814 bits (3148), Expect = 0.0 Identities = 3465/3616 (96%), Gaps = 29/3616 (1%) Strand=Plus/Plus Query 36 ATGGGTTGTGCTTATTCCAAAACTTGCATTGGTCAGATTTGTGCTACGAAAGAGAATAGT 95 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGGTTGTGCTTATTCCAAAACTTGCATTGGTCAGATTTGCGCGACGAAAGAGAATAGT 60 Query 96 ATCAGGCAAACGCATCAACAAGCTCCGTCCAGAGGTGGCAC--GAG-AGC---TACTGCG 149 ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| || || || || ||||||| Sbjct 61 ATCAGGCAAACACATCAACAAGCTCCGGCGAGAGGCGGTACTAAAGCTGCGATTACTGCG 120 Query 150 GCGGC---GGCGGCGGTTGAGGAGGATAATCCGGTGTTTAATTTCTCTTCAGATGCGGTG 206 ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GCGGCGGGGGCGGCGGCTGAGGAGGAGAATCCGGTGTTTAATTTCTCTTCAGATGCGGTG 180 Query 207 GATGATGTAGATAACGACGAAATTCATCAGCTTGGTTTGAGTAGAGACCAGGAATGGGGG 266 ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GATGATGAAGATGACGACGAAATTCATCAGCTTGGTTTGAGTAGAGACCAGGAATGGGGG 240 Query 267 ATTACTCGGCTTTCTAGGGTTTCTTCTCAATTTCTACCACCAGATGGGTCAAGGGTTGTC 326 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 241 ATTACTCGGCTTTCTAGGGTTTCTTCTCAATTTCTACCACCAGATGGGTCAAGAGTTGTC 300 Query 327 AAGGTTCCGTCTTGTAACTATGAATTGAGATGCTCGTTTTTGTCTCAAAGAGGGTATTAT 386 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 301 AAGGTTCCGTCTTGTAACTATGAATTGAGATGCTCGTTTCTGTCTCAAAGAGGGTATTAT 360 Query 387 CCTGATGCTCTT-GATAAGGCCAATCAAGATAGTTTCGCTATTCATACTCCTTTTGGGAG 445 ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 361 CCTGATGCT-TTAGATAAGGCTAATCAAGATAGTTTCGCGATTCATACGCCTTTTGGGAG 419 Query 446 TAATTCGGATGATCATTTCTTTGGGGTTTTTGATGGGCATGGTGAGTTTGGTGCTCAGTG 505 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TAATTCGGATGATCATTTCTTTGGGGTTTTTGATGGTCATGGTGAGTTTGGTGCTCAGTG 479 Query 506 TTCTCAGTTTGTGAAGCGGAGGTTGTGTGAGAATCTTCTTAGACATGGTAGGTTTCGTGT 565 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 TTCGCAGTTTGTGAAGCGGAGGTTGTGTGAGAATCTTCTTAGACATGGTAGGTTTCGTGT 539 Query 566 GGATCCTGCTGAGGCTTGTAATTCGGCTTTCTTGACCACGAATTCTCAGTTACATGCTGA 625 |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 AGATCCTGCTGAGGCTTGTAATTCGGCGTTCCTGGCCACGAATTCTCAGTTACATGCTGA 599 Query 626 TTTGGTAGATGATAGTATGAGTGGGACTACTGCGATTACGGTTATGGTTAGAGGAAGGAC 685 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 TTTGGTGGATGATAGTATGAGTGGGACAACTGCGATTACGGTTATGGTTAGAGGAAGGAC 659 Query 686 GATATATGTGGCGAATGCAGGTGATTCCAGGGCGGTTTTAGCTGAGAAGAGGGATGGTGA 745 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 GATATATGTGGCGAATGCAGGTGATTCAAGGGCGGTTTTAGCTGAGAAGAGGGATGGTGA 719 Query 746 TCTTGTAGCTGTTGATTTGTCTATTGACCAGACTCCTTTTAGACCTGATGAGCTTGAAAG 805 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 720 TCTTGTAGCTGTTGATTTGTCTATTGACCAGACTCCGTTTAGACCTGATGAGCTCGAAAG 779 Query 806 GGTTAAGCTTTGTGGTGCTAGAGTTCTTACTCTTGATCAGATTGAAGGCTTGAAAAATCC 865 ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 GGTTAAGCTTTGTGGAGCTAGAGTTCTTACGCTTGATCAGATTGAAGGCTTGAAAAATCC 839 Query 866 TGATGTTCAGTGTTGGGGTACTGAGGAAGATGATGATGGAGACCCTCCGAGACTTTGGGT 925 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 TGATGTTCAGTGTTGGGGTACGGAGGAAGATGATGATGGAGACCCTCCGAGACTTTGGGT 899 Query 926 GCCTAATGGAATGTATCCTGGAACTGCTTTTACCAGGAGTATTGGTGATTCTATTGCAGA 985 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TCCCAATGGAATGTATCCTGGAACTGCTTTTACCAGGAGTATTGGTGATTCTATTGCAGA 959 Query 986 GACAATTGGTGTTGTTGCTAACCCTGAGATTGCTGTTGTTGAGCTCACACCGGATAATCC 1045 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GACAATTGGTGTTGTTGCTAACCCTGAGATTGCTGTTGTTGAGCTCACACCGGATAATCC 1019 Query 1046 TTTCTTTGTGGTTGCTAGTGATGGCGTATTTGAGTTCATCTCTAGTCAAACGGTGGTTGA 1105 ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 TTTCTTTGTCGTTGCTAGTGATGGTGTATTTGAGTTCATCTCTAGTCAAACGGTGGTTGA 1079 Query 1106 CATGGTTGCAAAACATAAGGATCCTCGAGATGCTTGTGCTGCAATTGTTGCTGAATCATA 1165 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 CATGGTTGCAAAACATAAGGATCCTCGAGATGCTTGTGCTGCAATTGTTGCTGAATCATA 1139 Query 1166 TAGGCTATGGCTACAGTATGAAACTCGGACAGATGATATAACAATCATCGTCGTGCACAT 1225 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1140 TAGGCTATGGCTACAGTATGAAACTCGGACAGATGATATAACAATCATCGTTGTGCACAT 1199 Query 1226 TGATGGACTAAAAGATGATGCTCCTCGGCAATTGTCGAGTACAGGAACTCAATTGCAGCC 1285 ||| || || |||| |||| | || || | | | | ||||||||||||||||| Sbjct 1200 TGACGGGCT--AAGA-GATG-T--AAGG-AA-AG-C---TTCTGGAACTCAATTGCAGCC 1247 Query 1286 TCCTATTCCACAAGTTGTGGAGCTTACAGGTTCGGAATCTCCTTCCACCTTTGGATGGAA 1345 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1248 TCCTATTCCACAAGTTGTGGAGCTTACAGGTTCGGAATCTCCTTCCACCTTTGGATGGAA 1307 Query 1346 CTCTAAAAATCAACGTGTGAGGCATGATCTATCTCGAGCTAGGATACGTGCCATTGAGAA 1405 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1308 CTCTAAAAATCAACGTGTGAGGCATGATCTATCTCGAGCTAGGATACGTGCCATCGAGAA 1367 Query 1406 TTCACTAGAGAATGGACATGCTTGGGTTCCTCCATCTCCAGCCCACAGAAAAACCTGGGA 1465 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1368 TTCACTAGAGAATGGACATGCTTGGGTTCCTCCATCTCCAGCCCACAGAAAAACCTGGGA 1427 Query 1466 AGAAGAAGCACACATTGAGCGGGTGTTGCGTGACCATTTCCTCTTCAGGAAACTCACTGA 1525 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1428 AGAAGAAGCACACATTGAGCGGGTGTTGCGTGACCATTTCCTCTTCAGGAAACTCACTGA 1487 Query 1526 TTCTCAGTGCCAGGTTTTGTTGGACTGCATGCAAAGGCTTGAAGCTAATCCAGGGGATAT 1585 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| Sbjct 1488 TTCTCAGTGCCAGGTTTTGTTGGATTGCATGCAAAGGTTTGAAGCTAATCCAGGAGATAT 1547 Query 1586 TGTTGTGAAACAGGGTGGTGAAGGGGACTGCTTCTACGTTGTGGGTAGTGGAGAATTCGA 1645 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1548 TGTTGTGAAACAGGGTGGTGAAGGGGACTGCTTCTACGTTGTGGGTAGTGGAGAATTTGA 1607 Query 1646 GGTCTTAGCAACTCAGGATGGAAAGAACGGTGAGGTACCTAGGATCTTGCAGCGTTATAC 1705 |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1608 GGTCTTGGCAACTCAGGATGAAAAGAACGGTGAGGTGCCTAGGATCTTGCAGCGTTATAC 1667 Query 1706 AGCTGAGAAACAATCATCATTCGGTGAACTCGCCTTAATGCATAACAAGCCGCTTCAGGC 1765 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1668 AGCTGAGAAACAATCATCATTCGGTGAACTCGCCTTAATGCATAACAAGCCGCTTCAGGC 1727 Query 1766 TTCTGTACGTGCTGTAGATCACGGAACATTGTGGGCCTTAAAAAGAGAAGATTTTCGAGG 1825 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1728 TTCTGTACGTGCTGTGGATCACGGAACATTGTGGGCCTTAAAAAGAGAAGATTTTCGAGG 1787 Query 1826 AATTTTGATGTCTGAGTTTTCAAACTTAGCATCCTTGAAGCTTCTTCGTTCTGTCGATCT 1885 |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1788 AATTCTGATGTCTGAGTTTTCAAATTTGGCATCCTTGAAGCTTCTTCGTTCTGTTGATCT 1847 Query 1886 TCTTTCCCGTCTTACAATTTTGCAACTAAGCCATGTTGCAGAGTCTCTTTCCGAAGCTTG 1945 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1848 TCTTTCCCGTCTTACAATTTTGCAACTAAGCCATGTTGCAGAGTCTCTTTCCGAAGCTTG 1907 Query 1946 CTTTTCTGATGGACAAACAATTGTTACCAAGGACCAAAAACTTCAGGGCCTGTATGTTAT 2005 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1908 CTTTTCTGATGGACAAACAATTGTTACCAAGGACGAAAAACTTCAGGGCCTGTATGTTAT 1967 Query 2006 CCAGAAGGGACGCGTAAAAATATCTTTCTGTACAGAGGTGTTGGAGAGTCAAAATGTTTC 2065 ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1968 CCAGAAGGGACGCGTGAAAATATCTTTCGGTACAGAGGTGTTGGAGAGTCAAAATGTTTC 2027 Query 2066 AAGCCTTACAACTGGAATCACTAACGAGTATGACAATCTTGAAATCGGAACAGAAGTCTC 2125 |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2028 AAGCCTTACAACTGGAATCACTAAAGAATATGACAATCTTGAAATCGGAACAGAAGTCTC 2087 Query 2126 CATAGAAAAGCATGAAGGAAGTTACTTTGGTGAATGGGCTCTTCTTGGCGAACTCAAAGA 2185 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2088 CATAGAAAAGCATGAAGGAAGTTACTTTGGTGAATGGGCGCTTCTTGGCGAACTCAAAGA 2147 Query 2186 TTCCTTAAGTGTGGTTGCAGTTGGCGAAGTGGTTTGTGTGGTTTTAACAAAAGAAAATTT 2245 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2148 TTCCTTAAGTGTGGTCGCAGTTGGCGAAGTGGTTTGTGTGGTTTTAACAAAAGAAAATTT 2207 Query 2246 CGAGTCAGCGGTCGGCCCTCTGACCAATATTTCAGATGACGGTCCCAAGACAAGACATTC 2305 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2208 CGAGTCAGCGGTTGGCCCTCTGACCAATATTTCAGATGACGGTCACAAGACAAGACATTC 2267 Query 2306 TTCATTCGAGCTGTCAAAGGAATCTGCAAAAGTTACCGATACCACAGCTCTTGCTAAAGC 2365 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2268 TTCGTTCGAGCTGTCAAAGGAATCTGCAAAAGTTACCGATACCACAGCTCTTGCTAAAGC 2327 Query 2366 CACTCTTGCAGACCTGGAATGGACAACATGCTTGAGTACAACAGACTGTAGTGAGATTGG 2425 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2328 CACCCTTGCAGACCTGGAATGGACAACATGCTTGAGTTCAACAGACTGTAGTGAGATTGG 2387 Query 2426 GCTCGTGCATTTGAAAGATAAAGAAAATTTGCTCAGCTTGAAAAGATTTTCAAAGCAAAA 2485 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2388 GCTCGTGCATTTGAAAGATAAAGAAAATTTGCTCAGCTTGAAAAGATTTTCAAAGCAAAA 2447 Query 2486 GGTGAAAAAGTTAGGTAAAGAGGCACAAGTATTGAAAGAGCGGAATCTGATGAAGAACGT 2545 |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2448 GGTGAAAAAGTTAGGTAAAGAGGCACAAGTCTTAAAAGAGCGGAATCTGATGAAGAAAGT 2507 Query 2546 AATAAAGCCCTCAGCTATTGTTCCCGAAATCTTGTGTACTTGTGTCGATCAAACATTTGC 2605 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2508 AATAAAGCCCTCAGCTTTTGTTCCCGAAATCTTGTGCACTTGTGTCGATCAAACATATGC 2567 Query 2606 GGCAATCTTACTGAACACTACTCTTGCCTGTCCTATCTCTTCTCTGCTTCACTCTCCGCT 2665 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2568 AGCAATCTTACTGAACACTACTCTTGCTTGTCCTATATCTTCTCTGCTTCACTCTCCGCT 2627 Query 2666 TGACGAGTCATCTGTCCGTTTCATTACCGGCTCACTTGTGTCTGC-CATAGAAGACATAC 2724 ||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||| Sbjct 2628 TGATGAGTCATCTGCCCGTTTCATTACTGCCTCACTTGTGTCTGCTC-TAGAAGATATAC 2686 Query 2725 ACAAGAACGAGATTCTCTTCAGAGGTTCATCCCCCGAGTTACTGATGTTGGATCAATCCG 2784 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2687 ACAAGAACGAGATTCTCTTCAGAGGTTCATCCCCCGAGTTACTAATGTTGGATCAATCCG 2746 Query 2785 GATATCTACAGATTGTAGACTTCAGATTCGCCAAGAAATTGTCCGGGGAACGAACATTTA 2844 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2747 GATATCTACAGATTGTTGACTTCAGATTCGCCAAGAAACTGTCCGGGGAACGAACATTTA 2806 Query 2845 CAATCTGTGGAAATGCAGATTATTTAGCCCCAGAAATTGTTCAAGGCAAAGGCCATGGTT 2904 ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2807 CAATCTGCGGAAATGCTGATTATTTAGCCCCGGAAATTGTTCAAGGCAAAGGCCATGGTT 2866 Query 2905 ATGCAGCTGACTGGTGGGCTCTTGGAGTTTTGATCTACTATATGCTAGAAGGAGAAATGC 2964 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2867 ATGCAGCTGACTGGTGGGCTCTTGGAGTTTTGATCTACTATATGCTAGAAGGAGAAATGC 2926 Query 2965 CATTCGGGTCATGGAGAGAGAGCGAGCTCGACACGTTTCAGAAGATTGCAAAAGGCCAAC 3024 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2927 CATTCGGGTCATGGAGAGAAAGCGAGCTCGACACGTTTCAGAAGATTGCAAAAGGCCAAC 2986 Query 3025 TAACTTTCCCTCGAGTTCTAAGCTCAGAAGCTGAAGATCTCATCACAAAGTTGCTTGAAG 3084 ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2987 TAACTTTTCCTCGAGGTCTAAGTTCAGAAGCTGAAGATCTCATCACAAAGTTGCTTGAAG 3046 Query 3085 TTGATGAAAACCTGCGGTTTGGTAGCCAAGGAGGTCCAGAATCAATCAAGAAACATCCCT 3144 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 3047 TTGATGAAAACCTGCGGTTTGGTAGCCAAGGAGGTCCTGAATCGATCAAGAAACATCCCT 3106 Query 3145 GGTTCAATGGTCTTAAATGGGAAGCTATTAGTAACCGCGAATTTCAAGTTCCTCAAGAGA 3204 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3107 GGTTCAATGGACTTAAATGGGAAGCTATTAGTAACCGCGAATTTCAAGTTCCTCAAGAGA 3166 Query 3205 TAATCTCGCGAATTCATCACCATTTGGAGAATGATAACGTTCTCCCTCTAGAAACTTCTA 3264 ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| Sbjct 3167 TAATCTCGCGAATTCATCATCATTTGGAGAATGACAACGTTTTCACTCTAGAAACTTCCC 3226 Query 3265 AATCGCTTGACACAACAGAAGATCAAGATGCTCAAAACTGGCTTGAAGAATGGTAA-GAC 3323 ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 3227 AATCGCTTGACACAACAGATGTTCAAGATGCTCAAAACTGGCTTGAAGAATGGTAAAGAG 3286 Query 3324 ACTTCAGACGAAACCGCGGCTCTTTTATCTCCGGTTCTATTCAATTAAAA-TTT-CGATA 3381 |||||| || ||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 3287 ACTTCAAACAAAACCGCAGCTCTTT-ATATCCGCTTCTATTCAATTAAAAATTTTCGATA 3345 Query 3382 CTTTTAAACAGTCATTGATGCTAAAAACAAGAGAGCCTATGAATCTTAAGACCTTCTGAT 3441 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| Sbjct 3346 CTTTTAAACAGTCATTGATGCTGAAAACAAGAGAGCCTATGAATCTTAAAACCCTGTGAT 3405 Query 3442 TCATGAGAAAGTTTAGGATCTTTTGGTTGTGGTGTAAATAGGTGTATATGTTAGATAATG 3501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3406 TCATGAGAAAGTTTAGGATCTTTTGGTTGTGGTGTAAATAGGTGTATATGTTAGATAATG 3465 Query 3502 GCTGAAGAAGATCAATCACCAATCACCTCCAAGTTTTGTATCCTCTGACTTCTTTTTCTG 3561 ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3466 GCTGAAGAATATCGATCACCAATCACCTCCAAGTTTTGTATCCTCTGACTTCTTTTTCTG 3525 Query 3562 ATGGGCTCTGACTTTTATAGAAAGAGTTCTCTGTTTTGTGGCGCCGTAGTCTAACATGAT 3621 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| Sbjct 3526 ATGGGCTCTGACTTTTATAGAAAGAGTTCTCTGTTTCGTGGCGGCTTAGTCTAAAATGAT 3585 Query 3622 TTCGACCATGCAGAAG 3637 ||||| |||| ||||| Sbjct 3586 TTCGAACATGGAGAAG 3601 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 138453450574 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5