BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G21340.1
Length=1977
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480999 jgi|Araly1|480999|fgenesh2_kg.4__59__AT2G21340.1 2808 0.0
> Ahg480999 jgi|Araly1|480999|fgenesh2_kg.4__59__AT2G21340.1
Length=1894
Score = 2808 bits (1520), Expect = 0.0
Identities = 1809/1939 (93%), Gaps = 57/1939 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 TCAGGGGTTTGGTGCGTTGAATTTGTGGATCAAGAAACAATGCAAATTCAATGCAAAACC 95
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 TCAGGGGGTTGGTGCGTTGAATTTGTGGATCAAGAAAGTATGCAACTTCAATGCAAAACC 60
Query 96 CTAACTTTTACAGTTTCTTCGATTCCTTGTAACCCAAAGCT---ACCATTCCCATCTTCC 152
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CTAACTTTTACAGTTTCTTCGATTCCTTCTAACCCAAAGCTACCACCATTCCCATCTTCA 120
Query 153 CTCACTTTACGGTCATGGAATCCTTCATTCCCGAGTTTCAGGAGCTCCGCTGTTTCCGGA 212
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 ATCACTTTACGGTCATGGAATCCTCCACTCCCGAGTTTCAGGAGCTCCTCTGTTTCCGG- 179
Query 213 CCAAAGTCATCACTGAAGCTGAACAGGTTTTTAAGAAACTGTGCAAGTACGAATCAGGAG 272
|| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 180 ----AG--A--A---AAGCTGAACAGGTTTTTAAGAAACTGTGCAAGTCCGAATCAGGAG 228
Query 273 CTTGTTGTTGATGGA-GAAACCGGAAATGGGTCGATTTCGGAGCTCCAAGGAGATGCAGC 331
|||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| | | | | || |||
Sbjct 229 CTTGTTGTTGAT-GAGGAAACCGGAAATGGGTTGATTTC-G-G-----A-G-GA---AGC 275
Query 332 AAATGGTTCGATTTCGCCGGTGGAAGTGGAAGCAGAAGTAGAAGAAGTGAAGGTAGATGA 391
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 276 AAATGGTTCGATTTCGCC-------------G--GAAGTAGAAGAAGTGAAAGTAGATGA 320
Query 392 TTTGGCGACTCAGAGCATTTGGGGACAGATGAAAGAGATCGTCATGTTTACCGGACCTGC 451
|| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 CTTAGCGAATCAGAATATTTGGGGACAGATGAAAGAGATCGTCATGTTTACCGGACCTGC 380
Query 452 CGCGGGATTGTGGCTATGTGGGCCGTTGATGAGTCTCATTGATACGGCGGTGATTGGTCA 511
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 CGCGGGATTGTGGCTATGTGGGCCGTTGATGAGTCTTATTGATACGGCGGTGATTGGTCA 440
Query 512 AGGAAGCTCACTCGAACTCGCTGCTTTAGGTCCTGCTACCGTCATCTGTGATTATTTGTG 571
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 441 AGGAAGCTCACTCGAGCTCGCTGCTTTAGGTCCTGCAACCGTAATCTGTGATTATTTGTG 500
Query 572 TTATACGTTCATGTTCCTCTCAGTTGCGACTTCAAATCTTGTTGCTACCTCTCTTGCTCG 631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 501 TTATACGTTCATGTTCCTCTCAGTTGCGACTTCAAATCTTGTTGCCACCTCTCTTGCTCG 560
Query 632 GCAGGATAAAGATGAAGTACAACATCAGATATCGATCTTGCTTTTCATTGGGTTGGCTTG 691
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 561 GCGGGATAAAGATGAAGTACAACATCAGATATCGATCTTGCTTTTCATTGGATTGGCTTG 620
Query 692 TGGAGTCACGATGATGGTGTTGACAAGACTGTTTGGTTCCTGGGCACTAACTGCTTTTAC 751
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 621 TGGAGTCACGATGATGGTGTTTACAAGACTCTTTGGTTCCTGGGCACTAACAGCTTTTAC 680
Query 752 AGGGGTAAAGAATGCCGACATTGTTCCAGCAGCTAATAAATATGTTCAGATTCGTGGTTT 811
|||||||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 681 AGGGGTAAAGAATGCCGACATTGTCCCGGCGGCCAATACATATGTTCAGATTCGTGGTTT 740
Query 812 AGCATGGCCAGCTGTTCTCATTGGATGGGTTGCTCAAAGTGCAAGTCTTGGTATGAAAGA 871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AGCATGGCCAGCTGTTCTCATTGGATGGGTTGCTCAAAGTGCAAGTCTTGGTATGAAAGA 800
Query 872 CTCATGGGGACCTCTTAAGGCTTTGGCGGTTGCTAGTGCAATAAACGGTGTTGGTGATGT 931
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 801 CTCATGGGGACCTCTAAAGGCATTGGCGGTTGCTAGTGTAATAAACGGTGTTGGTGATGT 860
Query 932 GGTCTTATGCACCTTTCTAGGATATGGTATAGCAGGTGCAGCTTGGGCAACTATGGTGTC 991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 GGTCTTATGCACCTTTCTAGGATATGGTATAGCAGGTGCAGCTTGGGCAACTATGGTGTC 920
Query 992 ACAAGTTGTTGCTGCTTATATGATGATGGACGCATTGAACAAGAAAGGATACAGCGCATT 1051
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 ACAAGTTGTTGCAGCTTATATGATGATGGACGCATTGAACAAGAAAGGATACAGCGCATT 980
Query 1052 CTCATTCTGTGTTCCTTCTCCAAGTGAACTTTTGACGATTTTTGGACTCGCTGCCCCTGT 1111
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 CTCATTCTGTGTTCCCTCTCCAAGTGAACTTTTGACGATTTTTGGACTCGCTGCCCCTGT 1040
Query 1112 CTTTATAACTATGATGTCAAAGGTTTTGTTCTATACGCTCCTTGTGTACTTTGCTACATC 1171
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 CTTTATAACTATGATGTCAAAGGTTTTGTTCTATACTCTCCTTGTGTACTTTGCTACATC 1100
Query 1172 AATGGGTACAAATATCATAGCTGCTCATCAGGTTATGCTTCAGA-TATATACCATGAGTA 1230
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 1101 AATGGGTACAAGTATCATAGCTGCTCATCAGGTTATGCTTCAGACT-TATGGTATGAGTA 1159
Query 1231 CGGTTTGGGGGGAGCCTCTCTCTCAAACTGCACAGTCCTTTATGCCTGAGCTT-TTATTC 1289
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1160 CGGTTTGGGGGGAGCCTCTCTCTCAAACTGCACAGTCCTTTATGCCTGAG-TTATTATTC 1218
Query 1290 GGAATCAATCGTAATTTGCCTAAAGCTAGGGTGCTTCTGAAGTCACTAGTTATCATCGGA 1349
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1219 GGAATCAACCGTAATTTGCCTAAAGCTAGAATGCTTCTGAAGTCACTTGTTATCATCGGC 1278
Query 1350 GCTACGCTAGGAATAGTAGTCGGAACCATTGGCACAGCAGTTCCATGGCTGTTCCCTGGC 1409
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 GCTACGCTAGGAATAGTGGTCGGAACCATTGGCACAGCAGTTCCATGGCTGTTCCCTGGC 1338
Query 1410 ATCTTCACAC-GTGACAAGGTTGTCACATCCGAGATGCACAAGGTCATAATACCGTATTT 1468
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 ATCTTCACACAG-GACAAGGTTGTCACATCCGAGATGCACAAGGTCATAATACCGTATTT 1397
Query 1469 TCTTGCTTTATCCATCACTCCAAGTACTCACAGTCTTGAAGGCACCTTACTGGCTGGAAG 1528
||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1398 TCTTGCTTTATTCATCACTCCGAGTACCCACAGTCTTGAAGGCACATTACTGGCTGGAAG 1457
Query 1529 AGATCTTAGATATATCAGCTTGTCAATGACTGGATGCTTAGCGGTCGCTGGGCTTCTACT 1588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1458 AGATCTTAGATATATCAGCTTGTCAATGACTGGATGCTTAGCGGTTGCTGGGCTTCTACT 1517
Query 1589 TATGCTTCTGAGCAATGGAGGATTTGGTTTGAGAGGCTGCTGGTATGCTCTCGTGGGATT 1648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||
Sbjct 1518 TATGCTTCTGAGCAATGGAGGATTTGGTTTGAGAGGCTGCTGGTACGCTCTTGTGGCATT 1577
Query 1649 CCAATGGGCTCGGTTTTCTCTATCTCTTTTCCGCCTTCTATCGCGGGATGGTGTACTGTA 1708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 CCAATGGGCTCGGTTTTCTCTATCTCTTTTCCGCCTTCTATCGCGGGATGGTGTACTGTA 1637
Query 1709 CTCCGAAGATACAAGCCGATACGCTGAGAAAGTGAAAGCTGCGTAGCTCAGTAAGTCACC 1768
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 CTCGGAAGATACAAGCCGATACGCTGAGAAAGTGAAAGCTGCGTAGCTCAGTAAGTCACC 1697
Query 1769 GTATACCTCACAAGAAAAAGTATAATGAACAGAGAACAGCTTCATTCAGTTGTAGATCAA 1828
||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 ATATACCTCACAAGAAAAAGTACAAGGAATAGAGAACAACTTCATTCAGTTGTAGATCAA 1757
Query 1829 TGGGTTACTCTGTTTCAAGATTGTATTCTTTAAGAACATGAAAATGTATTCGACTGAA-T 1887
|| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||| |
Sbjct 1758 TGAA--ACTCTGTTTCCAGATTGTATTCTTTACGAACAGGAAAATGAATTCGATTGAAAT 1815
Query 1888 AGAAAAGTCTTGGCATTAATA----GGCCCTGCTTCAACTCCTGTGATTCCCCTGTATAT 1943
||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1816 AGAAAAGTCTTGGCATTAAAAAAAAGGCCCTGCTTCGACTCCTGCGATTCCCCTGTATAT 1875
Query 1944 AAAAGATGATACAAACAAA 1962
|||||||||||||||||||
Sbjct 1876 AAAAGATGATACAAACAAA 1894
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74314067995
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5