BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G22240.1 Length=1985 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg932186 jgi|Araly1|932186|scaffold_400174.1 2579 0.0 Ahg943979 jgi|Araly1|943979|scaffold_700208.1 1611 0.0 > Ahg932186 jgi|Araly1|932186|scaffold_400174.1 Length=1574 Score = 2579 bits (1396), Expect = 0.0 Identities = 1505/1559 (97%), Gaps = 2/1559 (0%) Strand=Plus/Plus Query 152 AGAAAATGTTCATCGAGAGCTTCAAAGTAGAGAGTCCAAATGTCAAATACACAGAGAATG 211 |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 17 AGAAAATGTTCATCGAGAGCTTTAAAGTAGAGAGCCCAAATGTCAAATACACAGAGAATG 76 Query 212 AGA-TCAATTCGGTGTACGATTACGAAACAACAGAGGTCGTCCACGAGAATCGTAACGGT 270 ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 77 AGATTC-ATTCGGTGTACGATTACGAAACAACAGAGGTCGTCCATGAGAATCGTAACGGT 135 Query 271 ACATATCAATGGGTCGTGAAGCCAAAGACTGTCAAATACGATTTCAAAACAGACACTCGT 330 |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 136 ACATATCAATGGATTGTGAAGCCAAAGTCTGTCAAATACGATTTCAAAACAGACACTCGT 195 Query 331 GTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACACTAACC 390 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 196 GTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACACTAACC 255 Query 391 GCTGGTGTCATTGCTAACAAAGAAGGAATATCGTGGGCGACTAAAGACAAAGTGCAACAA 450 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 256 GCTGGTGTCATTGCTAACAAAGAAGGAATCTCGTGGGCGACTAAAGACAAAGTGCAACAA 315 Query 451 GCTAATTACTTTGGTTCACTTACTCAAGCTTCATCGATTCGTGTTGGCTCTTACAATGGT 510 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 316 GCTAATTACTTTGGTTCACTTACTCAAGCTTCTTCGATTCGTGTTGGTTCTTACAATGGT 375 Query 511 GAAGAGATCTATGCTCCTTTCAAGAGTCTTCTTCCAATGGTGAATCCAGAGGATGTTGTG 570 |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 376 GAAGAGATTTACGCTCCTTTCAAGAGTCTTCTTCCAATGGTGAATCCTGATGATGTTGTG 435 Query 571 TTTGGTGGTTGGGATATAAGTGACATGAATTTAGCAGACGCTATGGCTAGAGCTAGAGTT 630 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 436 TTTGGTGGTTGGGATATAAGTGACATGAACTTAGCTGATGCTATGGCTAGAGCTAGAGTT 495 Query 631 CTTGATATTGATCTGCAGAAACAACTTAGACCTTACATGGAGAACATGATCCCACTTCCT 690 ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 496 CTTGACATTGATTTGCAGAAACAACTTAGACCTTACATGGAGACCATGATCCCACTTCCT 555 Query 691 GGTATCTATGACCCTGATTTCATCGCTGCTAATCAAGGTTCACGTGCTAATAGCGTGATC 750 || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 556 GGAATCTATGACCCTGATTTCATTGCTGCGAATCAAGGGTCACGTGCTAATAGCGTGATC 615 Query 751 AAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTTGATCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTAAGGAG 810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 616 AAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTTGATCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTAAGGAG 675 Query 811 AAGAACAAAGTGGATAAGTTGGTTGTGTTATGGACTGCAAACACAGAGCGTTATAGCAAT 870 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 676 AAGAACAAAGTGGATAAGTTGGTTGTGTTATGGACTGCAAACACAGAGCGTTATAGCAAT 735 Query 871 GTGATTGTAGGACTTAACGATACGACGGAGAATCTATTGGCTTCTGTTGAAAAGGACGAG 930 ||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 736 GTGATTGTAGGGCTTAATGATACAATGGAGAATCTATTGGCTTCTGTTGAAAAGGACGAG 795 Query 931 TCTGAGATCTCGCCGTCTACGTTGTATGCGATTGCTTGTGTTCTTGAAGGCATTCCTTTC 990 |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 796 TCTGAGATCTCGCCGTCTACTTTGTATGCTATTGCTTGTGTTCTTGAAGGTATCCCTTTC 855 Query 991 ATCAATGGGAGTCCTCAGAATACTTTTGTCCCCGGTCTTATCGAATTGGCTATATCGAAG 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 856 ATCAATGGGAGTCCTCAGAATACTTTTGTCCCCGGTCTTATCGAGTTGGCTATATCGAAG 915 Query 1051 AATTGTTTGATTGGTGGGGATGATTTCAAGAGTGGTCAGACTAAGATGAAATCCGTTTTG 1110 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 916 AATTGTTTGATTGGTGGAGATGATTTCAAGAGTGGTCAGACTAAGATGAAATCCGTTTTG 975 Query 1111 GTTGATTTCCTTGTTGGAGCTGGCATTAAGCCTACTTCGATTGTGAGCTATAATCATTTG 1170 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 976 GTCGATTTCCTTGTTGGAGCTGGCATCAAGCCTACTTCGATTGTGAGCTATAATCATTTG 1035 Query 1171 GGAAACAACGACGGGATGAACCTCTCAGCGCCACAGACTTTCCGCTCTAAGGAGATTTCA 1230 ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1036 GGAAATAACGACGGGATGAACCTCTCAGCGCCGCAGACTTTCCGCTCTAAGGAGATTTCA 1095 Query 1231 AAGAGCAATGTTGTAGACGACATGGTAGCTAGTAATGGCATCCTCTTTGAGCCTGGTGAA 1290 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1096 AAGAGCAATGTTGTAGACGACATGGTAGCTAGTAATGGCATCCTCTTTGAGCCCGGTGAA 1155 Query 1291 CACCCTGACCATGTCGTTGTCATCAAGTATGTGCCATATGTTGCGGATAGTAAAAGAGCA 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1156 CACCCTGACCATGTCGTTGTCATCAAGTATGTACCATATGTTGCGGATAGTAAAAGAGCA 1215 Query 1351 ATGGATGAGTACACGTCTGAGATATTCATGGGAGGGAGGAACACTATAGTGTTGCATAAC 1410 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| Sbjct 1216 ATGGACGAGTACACGTCTGAGATATTCATGGGAGGGAGGAACACAATTGTGATGCATAAC 1275 Query 1411 ACTTGTGAGGACTCTCTCTTGGCTGCACCAATTATCTTGGATCTTGTCCTTCTCGCTGAA 1470 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1276 ACTTGTGAGGACTCACTCTTGGCTGCTCCAATTATCTTGGATCTTGTTCTTCTCGCTGAA 1335 Query 1471 CTCAGCACCAGAATCCAATTTAAAGCTGAAGGAGAGGGGAAGTTTCACTCTTTCCACCCG 1530 ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1336 CTCAGCACCAGGATCCAATTCAAAGCCGAAGGAGAGGGGAAGTTTCACTCTTTCCACCCG 1395 Query 1531 GTAGCTACCATACTCAGTTACCTCACAAAGGCACCTCTTGTACCGCCCGGAACACCGGTG 1590 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1396 GTAGCTACCATACTCAGTTACCTCACAAAGGCACCTCTTGTACCGCCTGGAACACCGGTG 1455 Query 1591 GTTAACGCTCTGTCGAAGCAGCGGGCAATGCTGGAAAACATTCTTAGGGCATGTGTTGGG 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1456 GTTAACGCTCTGTCGAAGCAGCGGGCAATGCTGGAAAACATTCTTAGGGCCTGCGTTGGG 1515 Query 1651 CTTGCGCCAGAGAACAACATGATCATGGAGTACAAGTGAAGGATGAGGAAGAAGAAGTA 1709 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1516 CTTGCGCCAGAGAACAACATGATCATGGAGTACAAGTGAAGGATGAGGAAGAAGAAGTA 1574 > Ahg943979 jgi|Araly1|943979|scaffold_700208.1 Length=1576 Score = 1611 bits (872), Expect = 0.0 Identities = 1334/1556 (86%), Gaps = 35/1556 (2%) Strand=Plus/Plus Query 154 AAAATGTTCATCGAGAGCTTCAAAGTAGAGAGTCCAAATGTCAAATACACAGAGAATGAG 213 |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || || ||||||||||||||| Sbjct 18 AAAATGTTTATTGAGAGCTTCAAAGTTGAGAGCCCGAACGTGAAGTACACAGAGAATGAG 77 Query 214 A-TCAATTCGGTGTACGATTACGAAACAACAGAGGTCGTCCACGAG-A-ATCGT-AACGG 269 | || | || |||||||||||||| || || ||||| || || ||| | | | | || || Sbjct 78 ATTC-ACTCTGTGTACGATTACGAGACGACGGAGGTTGTTCATGAGAAGACCATCAATGG 136 Query 270 TACATATCAATGGGTCGTGAAGCCAAAGACTGTCAAATACGATTTCAAAACAGACACTCG 329 | || || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| Sbjct 137 CAGTTACCAGTGGATTGTGAAGCCAAAGACTGTCAAATACGATTTCAAAACCGATATTCG 196 Query 330 TGTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACACTAAC 389 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 197 TGTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACTCTCAC 256 Query 390 CGCTGGTGTCATTGCTAACAAAGAAGGAATATCGTGGGCGACTAAAGACAAAGTGCAACA 449 |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| Sbjct 257 TGCTGGTGTCATTGCGAACAAAGAAGGAATCTCGTGGGCAACGAAGGACAAAGTGCAACA 316 Query 450 AGCTAATTACTTTGGTTCACTTACTCAAGCTTCATCGATTCGTGTTGGCT-CTTACAATG 508 ||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || | ||| || | Sbjct 317 AGCGAATTACTTTGGGTCACTAACTCAAGCATCATCGATTCGTGTCGGATCCTT-TAACG 375 Query 509 GTGAAGAGATCTATGCTCCTTTCAAGAGTCTTCTTCCAATGGTGAATCCAGAGGATGTTG 568 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 376 GTGAAGAGATCTATGCTCCTTTCAAGAGTCTCCTTCCAATGGTGAATCCGGATGATGTTG 435 Query 569 TGTTTGGTGGTTGGGATATAAGTGACATGAATTTAGCAGACGCTATGGCTAGAGCTAGAG 628 ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || | Sbjct 436 TGTTTGGAGGATGGGATATAAGTGACATGAACTTAGCAGATGCCATGGCTAGAGCCAGGG 495 Query 629 TTCTTGATATTGATC-TGCAGAAACAACTTAGACCTTACATGGAGAACA-TGATCCCACT 686 |||||||||| || | |||||||||| || || |||||||||||||||| || | ||||| Sbjct 496 TTCTTGATATCGA-CTTGCAGAAACAGCTCAGGCCTTACATGGAGAACATTG-TGCCACT 553 Query 687 TCCTGGTATCTATGACCCTGATTTCATCGCTGCTAATCAAGGTTCACGTGCTAA-TAGCG 745 ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || Sbjct 554 CCCTGGGATCTACGATCCTGATTTCATCGCTGCTAATCAAGGGTCACGTGCTAACCA-CG 612 Query 746 TGATCAAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTTGATCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTA 805 |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 613 TGATCAAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTCGACCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTA 672 Query 806 AGGAGAAGAA-CAAAGTGGATAAG-TTGGTTGTGT-TATGGACTGCAAACACAGAGCGTT 862 |||||||||| || ||||||||| ||| | || | | ||||| || ||||| ||||||| Sbjct 673 AGGAGAAGAATCAG-GTGGATAAGGTTG-TGGT-TCTCTGGACGGCTAACACTGAGCGTT 729 Query 863 ATAGCAATGTGATTGTAGG-ACTTAACGATACGACGGAGAATCT-ATTGGCTTCTGTTGA 920 ||||||||||| | || || | | |||||||| | ||||||||| || || ||||| || Sbjct 730 ATAGCAATGTGGTCGTTGGGA-TGAACGATACAATGGAGAATCTCAT-GGAGTCTGTGGA 787 Query 921 AA-AGGACGAGTCTGAGATCTCGCCGTCTACG-TTGTATGCGATTGCTTGTGTTCTTGAA 978 | || | ||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 788 TAGAG-ATGAGGCTGAGATCTCTCCTTCTACGCTT-TATGCGATTGCTTGTGTTCTTGAG 845 Query 979 GGCATTCCTTTCATCAATGGGAGTCCTCAGAATACTTTTGTCCCCGGTCTTATCGA-ATT 1037 || || || ||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| || || || Sbjct 846 GGGATCCCGTTCATCAATGGAAGCCCTCAGAACACCTTTGTTCCAGGTCTAATTGATAT- 904 Query 1038 GGCTAT-ATCGAAGAATTGTTT-GATTGGTGGGGATGATTTCAAGAGTGGTCAGACTAAG 1095 ||| || | ||| ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 905 GGCGATCAG-GAACAAT-GTTTTGATCGGTGGAGATGATTTCAAGAGTGGTCAAACCAAG 962 Query 1096 ATGAAATCCGTTTTGGTTGATTTCCTTGTTGGAGCTGGCATTAAGCCTACTTCGATTGTG 1155 |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||| Sbjct 963 ATGAAATCTGTCTTGGTTGATTTCCTTGTTGGTGCAGGAATCAAGCCTACTTCAATTGTG 1022 Query 1156 AGCTATAATCATTTGGGAAACAACGACGGGATGAACCTCTCAGCGCCACAGACTTTCCGC 1215 ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| | Sbjct 1023 AGCTACAATCACTTGGGGAACAACGATGGGATGAACCTCTCAGCTCCACAGACATTCAGA 1082 Query 1216 TCTAAGGAGATTTC-AAAGAGCAATGTTGTAGACGACATGGTAGCTAGTAATGGCATCCT 1274 ||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| Sbjct 1083 TCTAAGGAGATCTCGAAA-AGCAATGTTGTGGACGATATGGTTGCTAGCAACGGTATCCT 1141 Query 1275 CTTTGAGCCTGGTGAACACCCTGACCATGTCGTTGTCATCAAGTATGTGCCATATGTTGC 1334 |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 1142 CTTTGAGCCTGGGGAACACCCGGACCATGTTGTTGTCATCAAGTATGTACCCTATGTTGC 1201 Query 1335 GGATAGTAAAAGAGCAATGGATGAGTACACGTCTGAGATATTCATGGGAGGGAGGAACAC 1394 ||||||||| |||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 1202 GGATAGTAAGCGAGCGATGGACGAGTACACATCAGAGATCTTCATGGGAGGGAAGAACAC 1261 Query 1395 TATAGTGTTGCATAACACTTGTGAGGACTCTCTCTTGGCTGCACCAATTATCTTGGATCT 1454 || || |||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 1262 AATTGTAATGCACAATACCTGCGAGGACTCTCTCTTAGCTGCTCCAATCATCTTGGATCT 1321 Query 1455 TGTCCTTCTCGCTGAACTCAGCACCAGAATCCAATTTAAAGCTGAAGGAGAGGGGAAGTT 1514 ||| || ||||| || ||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| Sbjct 1322 TGTTCTCCTCGCGGAGCTCAGCACCAGGATCCAGTTCAAATCTGAGGGAGAGGGAAAGTT 1381 Query 1515 TCACTCTTTCCACCCGGTAGCTACCATACTCAGTTACCTCACAAAGGCACCTCTTGTACC 1574 ||| |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || Sbjct 1382 TCATTCTTTCCATCCTGTGGCCACCATACTCAGCTACCTCACCAAGGCACCGCTTGTGCC 1441 Query 1575 GCCCGGAACACCGGTGGTTAACGCTCTGTCGAAGCAGCGGGCAATGCTGGAAAACATTCT 1634 ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | Sbjct 1442 GCCGGGAACCCCGGTGGTTAATGCGCTGTCGAAGCAGCGGGCTATGCTGGAGAACATTAT 1501 Query 1635 TAGGGCATGTGTTGGGCTTGCGCCAGAGAACAACATGATCATGGAGTACAAGTGAA 1690 |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 1502 GAGGGCATGCGTTGGGCTGGCTCCGGAGAACAACATGATCATGGAATTCAAGTGAA 1557 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 74618789955 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5