BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G23140.1
Length=2551
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481186 jgi|Araly1|481186|fgenesh2_kg.4__246__AT2G23140.1 4108 0.0
> Ahg481186 jgi|Araly1|481186|fgenesh2_kg.4__246__AT2G23140.1
Length=2492
Score = 4108 bits (2224), Expect = 0.0
Identities = 2386/2467 (97%), Gaps = 0/2467 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 GAAGTATCTCGTCGTTTCTAAATCTGTCATCTTCTAAACATATTGATTTAGACCCGTTTG 144
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 26 GAAGTATCTCGTCGTTTCTAAATCTGTCATCTTCCAAACATATAGATTTAGACCCATTTG 85
Query 145 AGAAGTACTATAAGAGAGTTGAAGAGTTATTGAGAGTGTTGAAGCCTATAGCAGATGTTG 204
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 86 AGAAGTACTATAAAAGAGTTGAAGAGTTATTGAAAGTGTTGAAGCCTATTGCAGATGTTG 145
Query 205 TTGTTACCTCTGATTTTGTTTTTGATGAGAAACTTGGTAAAGCATTTGAAGAATTGACTC 264
|||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 146 TTGTTAACTCTGATCTTGTTTTGGATGACAAACTTGGTAAAGCATTTGAAGAATTGACCC 205
Query 265 AGGATGTTGATCAATCCATTGATCTTTTCAGGAGTTGGCAAGCTTTCTCTAGTAAAGTCT 324
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
Sbjct 206 AGGATGTTGATCAATCGATTGATCTTTTCAGGAGTTGGCAAGCATTCTCCAGTAAAGTTT 265
Query 325 ATTTCGTTCTTCAAATTGAATCTTTGCTACCAAAGATGCGGGACACCATTGTGGATACTT 384
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 266 ATTTCGTTCTTCAAATTGAATCTTTGATACCAAAGATGCGAGACACCATTGTGGATACTT 325
Query 385 TTCAGTTTCTCATGTCTTCTAAGAACCATCTACCTGATGAGCTAAGCCCAGCTTCTCTTG 444
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 326 TCCAGTTTCTCATGTCTTCTAAGAACCATCTACCTGATGAGCTAAGCCCAGCTTCCCTTG 385
Query 445 AGCAATGTCTAGAGAAGATTAAGCATCTTAGTTATGAAGAAATATCTTCTGTCATTGACG 504
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 386 AGCAATGTTTAGAGAAGATTAAGCATCTTAGTTATGAAGAAATATCTTCTGTCATTGATG 445
Query 505 GTGCTTTGAGGGATCAGAGAGATGGTGTTGGACCTAGCCCTGAGATCTTGGTGAAAATTG 564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 GTGCTTTGAGGGATCAGAGAGATGGTGTTGGACCTAGCCCTGAGATCTTGGTGAAAATTG 505
Query 565 GAGAGAACACTGGTCTTAGATCAAACCAGGAGATTCTGATTGAAGCTGTTGCTCTAGAGA 624
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 506 GTGAGAACACTGGTCTGAGATCAAACCAGGAGATTCTGATTGAAGCTGTTGCTCTGGAGA 565
Query 625 GGCAGAAAGAGATGGCTGAGCAGTCTGAGAATAATGCAGAAGTCGAGTTCCTTGACCAAC 684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 GGCAGAAAGAGATGGCTGAGCAGTCTGAGAATAATGCAGAAGTCGAGTTCCTTGACCAAC 625
Query 685 TGATTGTTATTGTAAACCGCATGCATGAACGTCTTCTTCTGATCAAACAGACTCAGACTT 744
||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 626 TGATTGTTATTGTTAATCGCATGCACGAACGTCTTCTTCTGATCAAACAGACTCAGACAT 685
Query 745 CTAGTGTCGCCATTCTTGCCGACTTCTTTTGCCCTCTGTCACTTGAAGTAATGACTGATC 804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 CTAGTGTCGCCATTCTTGCCGACTTCTTTTGCCCTCTGTCACTTGAAGTAATGACTGATC 745
Query 805 CAGTGATTGTGTCATCAGGACAAACATATGAAAAGGCGTTTATCAAGAGATGGATTGATT 864
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 746 CAGTGATTGTGTCATCAGGACAAACATATGAAAAGGCGTTCATCAAGAGATGGATTGATT 805
Query 865 TGGGTTTAAAAGTGTGTCCCAAGACTCGACAGACCCTGACTCACACTACTCTAATACCCA 924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 806 TGGGTTTAAAAGTGTGTCCCAAGACTCGACAGACCCTGACTCACACGACTCTAATACCCA 865
Query 925 ATTACACCGTGAAGGCCTTAATCGCTAACTGGTGTGAGACAAACGATGTCAAGCTGCCTG 984
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 ATTACACTGTGAAGGCCTTAATCGCTAACTGGTGTGAGACAAACGATGTCAAGCTGCCTG 925
Query 985 ATCCCAATAAATCAACAAGTTTAAATGAGCTTTCTCCTCTTTTATCATGTACAGACTCCA 1044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 ATCCCAATAAATCAACAAGTTTAAATGAGCTTTCTCCTCTTTTATCATGTACAGACTCCA 985
Query 1045 TTCCTAGCACGGGTGCTGATGTTTCTGCTCGTAAAGTTAGCAACAAGTCACATGATTGGG 1104
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 986 TTCCTAGCACGGGTGCTGATGTTTCTGCTCATAAAGTTAGCAACAAGTCACATCATTGGG 1045
Query 1105 ATGCTTCTTCAAGTGAAACCGGTAAGCCCTCGTTCTCAAGCCGAGCAACTGAAAGAGAAG 1164
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 ATGCTTCTTCAAGTGAAACCGGTAAGCCCTCATTCTCAAGCCGAGCAACTGAAAGAGAAG 1105
Query 1165 GTGCTTCTCCTTCACGTCCTGCTTCTGCCTTGGGTGCTTCTTCACCGGGTATATCTGGAA 1224
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1106 GTGCTTCTCCTTCACGTCCTGCTTCTGCCTTGGGCGCTTCTTCACCGGGTGTATCTGGAA 1165
Query 1225 ATGGTTACGGTTTGGACGCCAGGAGGGGATCACTAAATGATTTTGAAGATAGATCAAACG 1284
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1166 ATGGGTACGGTTTGGACGCCAGGAGGGGATCACTAAATGATTTTGAAGATAGATCTAACG 1225
Query 1285 ATTCTCGAGAACTGAGGACAGATGCACCTGGTAGGTCATCTGTATCTTCAACTACACGAG 1344
||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 ATTCTCGAGAAATGAAGACAGATGCACCTGGGAGGTCATCTGTATCTTCAACTACACGAG 1285
Query 1345 GCTCAGTAGAAAATGGACAAACATCTGAGAACCACCATCATAGGTCCCCTTCTGCTACTA 1404
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 GCTCAGTGGAAAATGGACAAACATCTGAGAACCACCATCATAGGTCCCCTTCTGCTACTA 1345
Query 1405 GCACTGTTTCCAATGAGGAGTTTCCAAGGGCAGATGCGAATGAGAATTCAGAAGAATCAG 1464
|||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1346 GCACTGTTTCCAATGAAGAGTTTCCTAGAGCAGATGCGAACGAGAATTCAGAAGAATCAG 1405
Query 1465 CTCATGCTACACCTTACAGCAGTGATGCTTCAGGAGAAATTAGATCAGGGCCTCTTGCTG 1524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 CTCATGCTACACCTTACAGCAGTGATGCTTCAGGAGAAATTAGATCAGGGCCTCTTGCTG 1465
Query 1525 CAACCACTTCAGCAGCTACTCGCCGAGATTTGTCTGATTTTTCCCCAAAATTCATGGATA 1584
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1466 CAACCACTTCAGCAGCTACTCGGCGAGATTTGTCTGATTTTTCCCCCAAATTCATGGATA 1525
Query 1585 GACGTACCCGTGGTCAATTTTGGCGACGTCCATCAGAGAGACTCGGTTCAAGGATTGTTT 1644
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 GACGTAGTCGTGGTCAATTTTGGCGACGTCCATCAGAGAGACTCGGTTCAAGGATTGTTT 1585
Query 1645 CAGCGCCTTCGAATGAGACAAGACGTGATCTTTCTGAGGTCGAAACTCAAGTTAAGAAGT 1704
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1586 CAGCGCCTTCGAATGAGGCAAGACGTGATCTTTCTGAGGTCGAAACCCAAGTTAAGAAGT 1645
Query 1705 TGGTGGAGGAGTTGAAAAGCAGCTCATTGGATACTCAGAGACAAGCAACCGCAGAACTAA 1764
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 TGGTGGAGGAGTTGAAAAGCAGTTCATTGGATACTCAGAGACAAGCAACCGCAGAACTAA 1705
Query 1765 GGTTGCTAGCCAAGCACAACATGGATAATCGGATAGTCATTGGGAACTCTGGAGCAATCG 1824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 GGTTGCTAGCCAAGCACAACATGGATAATCGGATAGTCATTGGGAACTCTGGAGCAATCG 1765
Query 1825 TCTTATTGGTGGAACTACTTTACTCAACTGACTCAGCTACACAGGAAAACGCTGTTACCG 1884
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 TCTTATTGGTGGAACTACTTTACTCAAGTGACTCAGCTACACAGGAAAACGCTGTTACCG 1825
Query 1885 CACTTCTCAACTTATCTATCAATGACAACAACAAAAAAGCAATTGCTGATGCTGGTGCAA 1944
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1826 CCCTTCTCAACTTATCTATCAATGACAACAACAAAACTGCAATTGCTGATGCCGGTGCGA 1885
Query 1945 TTGAGCCGCTCATTCACGTGCTTGAAAATGGGAGCTCTGAAGCCAAGGAGAATTCAGCTG 2004
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1886 TTGAGCCGCTCATTTACGTGCTTGAAAATGGTAGCTCTGAAGCTAAGGAGAATTCAGCTG 1945
Query 2005 CTACTCTCTTCAGCCTCTCTGTAATAGAAGAAAACAAGATTAAGATTGGTCAGTCGGGTG 2064
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1946 CCACTCTCTTCAGTCTCTCTGTAATAGAAGAAAACAAGATTAAGATCGGTCAGTCGGGTG 2005
Query 2065 CAATCGGGCCTCTTGTAGATCTTCTCGGTAACGGTACCCCTCGGGGTAAGAAAGACGCTG 2124
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2006 CAATCGGGCCTCTTGTAGATCTACTCGGTAACGGTACCCCTCGGGGTAAGAAAGACGCAG 2065
Query 2125 CTACTGCCTTGTTTAATCTATCGATACATCAAGAAAACAAGGCGATGATCGTGCAATCAG 2184
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2066 CTACTGCATTGTTTAATCTATCGATACATCAAGAAAACAAGGCGACGATCGTGCAATCAG 2125
Query 2185 GTGCTGTGAGATATCTTATTGATCTGATGGACCCAGCAGCTGGGATGGTGGATAAAGCAG 2244
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2126 GTGCTGTGAGATATCTTATTGATTTGATGGACCCAGCAGCTGGGATGGTGGATAAAGCAG 2185
Query 2245 TTGCTGTTTTGGCAAATCTAGCTACAATTCCGGAAGGAAGAAACGCGATTGGTCAAGAAG 2304
|||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2186 TTGCTGTTTTGGCAAACCTAGCCACAATCCCAGAAGGAAGAAACGCGATTGGTCAAGAAG 2245
Query 2305 GCGGAATCCCTCTTCTTGTTGAAGTCGTTGAGTTGGGTTCAGCTAGAGGGAAAGAAAACG 2364
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2246 GCGGGATCCCTCTTCTTGTTGAGGTCGTTGAGTTGGGTTCAGCTAGAGGGAAAGAAAACG 2305
Query 2365 CAGCAGCAGCTCTTCTTCAACTTTCAACCAACAGTGGTCGGTTCTGCAACATGGTTCTTC 2424
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2306 CCGCAGCAGCTCTCCTTCAACTTTCAACCAACAGTGGTCGGTTCTGCAACATGGTTCTTC 2365
Query 2425 AAGAAGGCGCCGTTCCTCCACTCGTCGCTCTCTCACAGTCTGGTACTCCTAGAGCTAGAG 2484
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2366 AAGAAGGCGCCGTTCCTCCACTCGTTGCTCTCTCACAGTCTGGTACTCCCAGAGCTAGAG 2425
Query 2485 AAAAGGCACAGGCGTTGCTCAGTTACTTCAGAAACCAACGGCATGGAAACGCTGGGCGTG 2544
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2426 AAAAGGCACAGGCGTTGCTCAGTTACTTCAGAAACCAACGGCATGGAAACGCCGGGCGTG 2485
Query 2545 GCTGATG 2551
|||||||
Sbjct 2486 GCTGATG 2492
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96177868625
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5