BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27170.1
Length=3968
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg344464 jgi|Araly1|344464|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000806 3055 0.0
> Ahg344464 jgi|Araly1|344464|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000806
Length=3417
Score = 3055 bits (1654), Expect = 0.0
Identities = 1861/1958 (95%), Gaps = 26/1958 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 ATGTTTATCAAGCAGGTTATAATCGAAGGATTTAAGAGTTACAAAGAGCAAGTTGCTACT 216
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTATATCAAGCAGGTTATTATCGAAGGATTTAAGAGTTACAAAGAGCAAGTTGCTACT 60
Query 217 GAGGAGTTTAGCAACAAAGTTAATTGTGTTGTTGGGGCAAATGGGTCTGGGAAAAGCAAT 276
||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGGATTTTAGTAACAAGGTCAATTGTGTTGTTGGGGCAAATGGGTCTGGGAAAAGCAAT 120
Query 277 TTCTTCCATGCGATTCGTTTTGTATTGAGTGACATCTACCAAAATCTGCGCAGTGAAGAT 336
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TTCTTCCATGCAATTCGTTTTGTATTGAGTGACATCTTCCAAAATCTGCGGAGTGAAGAT 180
Query 337 AGGCATGCATTACTCCATGAAGGTGCTGGTCATCAAGTCGTGTCCGCGTTCGTGGAGATT 396
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 181 AGGCATGCATTACTCCACGAAGGTGCTGGTCATCAAGTCGTGTCTGCGTTTGTGGAGATT 240
Query 397 GTGTTTGATAATTCTGACAACCGGTTCCCGGTTGATAAGGAAGAAATACGCTTGCGCAGA 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 241 GTGTTTGATAATTCTGACAACCGGTTCCCGGTTGATAAGGAAGAAATACGCTTGCGCCGA 300
Query 457 ACAGTTGGCCTGAAGAAGGATGATTATTTCTTGGATGGGAAACACATTACAAAAGGTGAA 516
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACGGTTGGCCTGAAGAAGGATGATTATTTCTTGGATGGGAAACACATTACAAAAGGTGAA 360
Query 517 GTTATGAATTTATTGGAGAGTGCTGGATTTTCTCGTGCTAATCCTTACTATGTTGTTCAA 576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTATGAATTTATTGGAGAGTGCTGGATTTTCTCGTGCTAATCCTTACTATGTTGTTCAA 420
Query 577 CAAGGAAAGATAGCCTCGTTAACACTAATGAAAGACATAGAACGGTTGGATCTGCTAAAA 636
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 421 CAAGGAAAGATAGCCTCGTTAACACTGATGAAAGACATAGAACGGCTGGATCTGCTAAAA 480
Query 637 GAGATAGGTGGTACTCGTGTTTATGAGGAGAGGCGTCGTGAGAGTTTAAGAATTAT---- 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 GAGATAGGTGGTACTCGTGTTTATGAGGAGAGGCGTCGTGAGAGTTTAAAAATTATGCAG 540
Query 693 G---CAGG-AA---A-CA----G--GAAATAAACGGAAGCAGATCATCGAAGTTGTCCAC 738
| |||| || | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GAAACAGGCAAGTTATCAGTGTGCAGAAATAAACGGAAGCAGATCATCGAAGTTGTCCAC 600
Query 739 TACTTGGATGAAAGACTAAGAGAATTGGACGAAGAGAAAGAAGAACTCAGAAAATATCAA 798
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TACTTGGATGAAAGACTAAGAGAACTGGACGAAGAGAAAGAAGAACTCAGAAAATATCAA 660
Query 799 CAACTTGACAAACAGAGAAAATCACTGGAATACACCATTTACGACAAAGAGCTTCACGAT 858
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 CAACTTGACAAGCAGAGAAAATCACTGGAATACACCATTTACGAAAAAGAGCTTCACGAT 720
Query 859 GCTCGGGAGAAACTGGAACAGGTAGAAGTTGCACGAACTAAGGCATCTGAAGAGTCCACA 918
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 721 GCTCGGGAGAAACTGGAACAGGTAGAAGTTGCAAGAACTAAGGCATCTGAAGAGTCTACA 780
Query 919 AAAATGTATGATAGAGTGGAGAAGGCCCAGGACGACTCCAAGTCTTTAGATGAATCCCTG 978
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 781 AGAATGTATGATAGAGTTGAGAAGGCCCAGGACGACTCCAAGTCCTTAGATGAGTCCCTG 840
Query 979 AAAGAACTGACAAAGGAGCTTCAGACGTTATACAAGGAGAAAGAAACTGTTGAAGCTCAA 1038
||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 841 AAAGAGCTGACAAAAGAGCTTCAGATGTTATACAAGGAGAAAGAAACTGTTGAAGTTCAA 900
Query 1039 CAAACTAAAGCGT-TAAAGAAAAAGACAAAGCTGGAGCTTGATGTGAAAGACTTTCAGGA 1097
|||||| |||| | || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 901 CAAACTGAAGC-TATAGAGAAGAAGACAAAGCTGGAGCTTGATGTGAAGGACTTTCAGGA 959
Query 1098 TCGAATTACTGGAAATATTCAGTCTAAGAATGATGCACTTGAGCAACTTAATACAGTGGA 1157
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 960 TCGAATTACTGGAAATTTTCAGTCTAAGAATGATGCACTTGAGCAACTTAATACGGTGGA 1019
Query 1158 AAGAGAAATGCAGGATTCTTTGAGGGAACTGGAGGCGATTAAGCCTTTGTATGAAAGTCA 1217
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |
Sbjct 1020 AAGAGAAATGAAGGATTCTGAGAGGGAACTGGAGGCAATTAATCCTTTGTATGCAAGTTA 1079
Query 1218 AGTTGACAAGGAAAACCAGACATCAAAAAGAATCAATGAGCTGGAAAAAAC-ACTTAGCA 1276
|||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1080 TCTTGACAAGGAGAAGCAGGCATCAAAAAGAATCAATGAGCTGG-AAAAACAACTTAGCA 1138
Query 1277 TTCTTTATCAGAAACAGGGACGTGCAACTCAATTTTCAAATAAGGCTGCCCGAGATAAAT 1336
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TTCTATATCAGAAACAGGGACGTGCAACTCAATTTTCAAGTAAGGCTGCCCGAGATAAAT 1198
Query 1337 GGCTCAGGAAAGAGATTGAAGATCTTAAGCGTGTTCTAGACTCAAATACT-GTTCAAGAG 1395
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1199 GGCTCAGGAAAGAGATTGAGGATCTTAAGCGTGTTCTAGACTCAAATA-TGGTTCAAGAG 1257
Query 1396 CAAAAACTTCAGGATGAAATTCTTCGCCTCAATACTGACTTGACAGAGCGTGATGAGCAC 1455
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1258 CACAAACTTCAGGATGAAATTCTTCGCCTCAAAACTGACTTGATAGAGCGTGATGAGCAC 1317
Query 1456 ATCAAGAAACATGAAGTTG-AAATTGGTGAACTGGAATCTCGTATTTCCAAGTCCCATGA 1514
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATCAAGAAACATGAAG-TGAAAATTGGTGAACTGGAATCTCATATTTCCAAGTCCCATGA 1376
Query 1515 ACTATTCAATACTaaaaagagggagagagatgaagaacaaagaaaaagaaaggaaaaatg 1574
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ACTATTCAATACTAAAAAGAGAGAGAGAGATGAAGAACAAAGAAAAAGAAAGGAAAAATG 1436
Query 1575 gggagaagaaagTCAACTTTCTTCTGAGATTGACAAGTTGAAAACAGAACTTGAACGGGC 1634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1437 GGGAGAAGAAAGTCAACTTTCTTCTGAGATTGACAAGTTGAAAACGGAACTTGAACGGGC 1496
Query 1635 AAAGAAAAACCTTGATCATGCAACTCCAGGAGATGTAAGGAGAGGGCTGAACTCTATTCG 1694
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 AAAGAAAAACCTTGATCATGCAACTCCAGGGGATGTAAGGAGAGGGCTGAACTCTATTCG 1556
Query 1695 ACGGATTTGTGCAGACTATAGAATCAATGGAGTTTTTGGTCCACTTGTTGAGTTGGTTGA 1754
|||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 ACGGATTTGTTCAGAGTATAGGATCAATGGAGTTTTTGGTCCACTTGTTGAGTTGGTTGA 1616
Query 1755 TTGCGATGAAAAGTTTTTCACTGCAGTTGAAGTCACTGCTGGAAACAGCCTGTTTAACGT 1814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1617 TTGCGATGAAAAGTTTTTCACTGCAGTTGAAGTCACTGCTGGAAACAGCCTATTTAACGT 1676
Query 1815 GGTAGTTGAGAATGATGATATTTCAACCAAGATAATTAGACACCTGAATTCTCTCAAGGG 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GGTAGTTGAGAATGATGATATTTCAACCAAGATAATTAGACACCTGAATTCTCTCAAGGG 1736
Query 1875 TGGACGTGTGACCTTCCTACCTCTGAATCGGATAAAGGCGCCTCGCGTCAACTATCCAAA 1934
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGGACGAGTGACCTTCCTACCTCTGAATCGGATAAAGGCGCCTCGCGTCAACTATCCAAA 1796
Query 1935 AGATTCTGATGCAATACCTCTGCTCAAAAAGTTAAAGTTCGATTCAAAGTTTGAACCAGC 1994
|||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 1797 AGATTCTGATGCAATACCACTGTTGAGAAAGTTAAAGTTCGACTCTAAGTTTGAACCTGC 1856
Query 1995 ATTGGGTCAGGTTTTTGGTAGAACAGTAGTATGCCGTGATCTGAATGTGGCAACAAGAGT 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ATTGGGTCAGGTTTTTGGTAGAACAGTAGTATGTCGTGATCTGAATGTGGCAACAAGAGT 1916
Query 2055 TGCTAAGAATGATGACCTCGATTGTATAACTATGGAAG 2092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TGCTAAGAATGATGACCTCGATTGTATAACTATGGAAG 1954
Score = 977 bits (529), Expect = 0.0
Identities = 574/596 (96%), Gaps = 2/596 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2247 AGATCAGCAGATTACACAGCTTGTTACTGAGCAGCAGAGACTTGAAGCAGACTGGACGCT 2306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 AGATCAGCAGATTACACAGCTTGTTACTGAGCAGCAGAGACTTGAAGCAGACTGGACGCT 2012
Query 2307 CTGCAAATTACAGGTGGAGCAACTTAAGCAAGAGATAGCTAACGCTAATAAGCAGAAACA 2366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 CTGCAAATTACAGGTGGAGCAACTTAAGCAAGAGATAGCTAACGCTAATAAGCAGAAACA 2072
Query 2367 TGCTATACATAAAGCCATTGAATATAAGGAGAAATTACTAGGTGATATTAGAACACGAAT 2426
|||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2073 TGCTATACATAAAGCCATTGAAAATAAGAAAAAATCACTAGGTGATATTGGAACACGAAT 2132
Query 2427 TGACCAGGTTAGATCCAGCATGTCTATGAAAGAAGCTGAAATGGGAACGGAACTTGTGGA 2486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2133 TGACCAGGTTAGATCCAGCATGTCTATGAAAGAAGCTGAAATGGGAACAGAACTTGTGGA 2192
Query 2487 TCACCTAACTCCAGAAGAAAGGGAGCAATTGTCGAAATTAAACCCAGAAATCAAGGATCT 2546
|||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 2193 TCACCTAACTCCAGAAGAGAGGGTGCAATTGTCGCAATTAAACCCCCAAATCAAGGACCT 2252
Query 2547 TAAGGaaaaaaaaTTTGCATACCAGGCCGATCGCATTGAGAGGGAGACAAGAAAAGCAGA 2606
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 TAAGGAAAAAAAATTTGCATACCAGGCAGATCGCATTGAGAGGGAGACAAGAAAAGCAGA 2312
Query 2607 GTTGGAGGCTAATATTGCTACCAACTTAAAGAGGAGAATAACTGAGTTACAGGCTACTAT 2666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2313 GTTGGAGGCTAATATTGCTACCAACTTAAAGAGGAGAATAACTGAGTTAAAGGCTACTAT 2372
Query 2667 AGCTTCCATCGACGATGATAGTTTGCCTAGTTCAGCTGGCACAAAAGAACAGGAACTTGA 2726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2373 AGCTTCCATCGACGATGATAGTTTGCCTAGTTCAGCTGGCATGAAAGAACAAGAACTTGA 2432
Query 2727 TGATGCAAAATTGTCGGTCAATGAGG-CTGCAAAAGAGCTCAAAAGTGTCTGTGACAGCA 2785
|||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2433 TGATGCAAAATTGTTGGTCAATGAGGTC-GCAAAAGAGCTCAAAAGTGTCTGTGACAGCA 2491
Query 2786 TTGATGAGAAGACAAAGCAAATCAAGAAAATTAAAGATGAGAAAGCAAAGTTAAAG 2841
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2492 TTGATGAGAAGACGAAGCAAGTCAAGAAAATTAAAGATGAGAAAGCAAAGTTAAAG 2547
Score = 778 bits (421), Expect = 0.0
Identities = 525/570 (92%), Gaps = 27/570 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 2840 AGACATTGGAAGATGATTGTAAAGGGACACTACAAGATTTAGATAAAAAGTTGGAGGAAC 2899
||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 AGACATTGGAAGATGATTGCAAGGGGACACTACAGGATTTAGATAAAAAGTTGGAGGAAC 2635
Query 2900 TGTTTAGCCTTCGCAACACGCTCCTTGCTAAGCAAGATGAGTATACTAAGAAGATTAGGG 2959
| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 TATTTAGCCTACGCAACACACTTCTTGCTAAGCAAGATGAGTATACTAAGAAGATTAGGG 2695
Query 2960 GATTGGGTCCATTGTCATCTGACGCTTTTGACACGTATAAACGAAAAAATATCAAGGAGC 3019
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2696 GATTGGGTCCATTGTCATCTGATACTTTTGACACGTATAAACGGAAAAATATCAAGGAGC 2755
Query 3020 TGCAGAAGATGCTACACCGGTGCAGTGAACAGCTGCAACAATTCAGCCATGTCAACAAGA 3079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2756 TGCAGAAGATGCTACACCGGTGCAGTGAACAGCTGCAACAATTTAGCCATGTAAACAAGA 2815
Query 3080 AAGCGCTGGATCAATATGTGAATTTCACAGAACAGCGAGAAGAACTTCAAAATCGGCAAG 3139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 AAGCGCTGGATCAATATGTGAATTTCACAGAACAGCGAGAAGAACTTCAAAATCGGCAAG 2875
Query 3140 CAGAGCTTGATGCAGGAGATGAGAAAATTAAAGAGCTGATAACAGTTCTGGATCAGCGGA 3199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 CAGAGCTTGATGCAGGAGATGAGAAAATTAAAGAGCTGATAACAGTTCTGGATCAGCGGA 2935
Query 3200 AAGACGAATCTATAGAACGTACTTTCAAAGGGGTTGCACATCACTTCAGGGATGTATTCT 3259
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2936 AAGATGAATCTATAGAACGTACTTTCAAAGGGGTTGCACATCACTTCAAGGATGTATTCT 2995
Query 3260 CTGAGCTTGTGCAAGATGGATATGGTAACCTTATCATTATGAAGAAAAAGGATCTtgata 3319
||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2996 CTGAGCTTGTGCAAGGTGGATATGGTAACCTT--------GA----------TCTTGAT- 3036
Query 3320 atgatgatgaagatgatgatgatgatgatgGAGGTCGTGAAGCTGTTACAGAGGGAAGGG 3379
||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 3037 --GATGA--A-GATGATGATGATGATGATGGAGGTC---AAGCTGTTGCAGAGGGAAGAA 3088
Query 3380 TTGAGAAATACATTGGTGTAAAAGTGAAGG 3409
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3089 TTGAGAAATACATTGGTGTAAAAGTGAAGG 3118
Score = 429 bits (232), Expect = 7e-119
Identities = 257/269 (96%), Gaps = 2/269 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3504 GCGATGTGAT-CCTGCACCATTCTATCTTTTTGATGAGATTGATGCAGCACTTGATCCAC 3562
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3150 GCGATGTGATACC-GCACCATTCTATCTTTTTGATGAGATTGATGCGGCACTTGATCCAC 3208
Query 3563 AGTACCGAACCGCTGTGGGAAACTTGATTCGTCGTCTTGCTGATGATTATGGCACGCAGT 3622
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3209 AGTACCGAACTGCTGTGGGAAACTTGATTCGTCGTCTAGCTGATGATTATGGCACGCAGT 3268
Query 3623 TCATCACCACAACTTTCCGTCCCGAGCTTGTGAGAGTCGCGGATAAGATATATGGAGTAT 3682
|||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3269 TCATAACCACAACATTCCGTCCTGAGCTAGTGAGAGTTGCGGATAAGATATATGGAGTAT 3328
Query 3683 TTCATAAGAACAGAGTGAGTATTGTGAATGTTATCTCAAAGGATCAGGCGTTGGACTTCA 3742
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3329 TTCATAAGAACAGAGTGAGTATTGTGAATGTTATCACAAAGGATCAGGCGTTGGACTTCA 3388
Query 3743 TTGAGAAAGATCAGTCCCACGATACCTGA 3771
| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3389 TCGAGAAAGATCAGTCCCACGATACCTGA 3417
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 149984895193
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5