BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G29630.2
Length=2435
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481876 jgi|Araly1|481876|fgenesh2_kg.4__936__AT2G29630.2 3594 0.0
> Ahg481876 jgi|Araly1|481876|fgenesh2_kg.4__936__AT2G29630.2
Length=2244
Score = 3594 bits (1946), Expect = 0.0
Identities = 2131/2221 (96%), Gaps = 9/2221 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 53 TTCGTCTACTAGATCAGATCCAAAGCTTCCTCTTCCAGCTATGGCTGCTTCAGTACACTG 112
||| || || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 26 TTC-TCGACCAGATCAGATTCACAGCTTCCTCTTCCAGCTATGGCTGCTTCAGTACACAG 84
Query 113 TACCTTGATGTCCGTCGTATGCAACAACAAGA-ATCACTCTGCTCGGCCGAAACTTCCAA 171
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 85 TACCTTGATGTCCGTCGTATGCAACAACAA-ATCTCACTCTGCTTGGCCTAAACTTCCAA 143
Query 172 ACTCGTCTTTGTTACCTGGATTCGATGTTGTTGTTCAA---GCTGCTGCTACTCGATTCA 228
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 144 ACTCGTCTTTGTTACCTGGATTCGATCTTGTTGTTCAAGCTGCTGCTGCTACTCGATTCA 203
Query 229 AGAAGGAAACAACAACCACAAGAGCCACTTTGACGTTTGATCCACCAACCACTAATTCTG 288
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 204 AGAAGGAAACAACAACCACACGAGCCACTTTGACCTTTGATCCACCAACCACTAATTCTG 263
Query 289 AGAGAGCTAAGCAGAGAAAACACACCATTGATCCTTCTTCTCCTGATTTTCAACCAATTC 348
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 264 AGAGAGCTAAGCAGAGAAAACACACCATTGATCCTTCTTCTCCTGATTTTCAACCAATCC 323
Query 349 CATCTTTTGAAGAATGCTTTCCTAAGAGCACTAAAGAACACAAGGAAGTTGTCCATGAAG 408
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 324 CATCTTTTGAAGAATGTTTTCCTAAGAGCACTAAAGAACACAAGGAAGTTGTTCATGAAG 383
Query 409 AATCTGGTCATGTTCTTAAAGTTCCCTTTCGTCGTGTTCATTTGTCTGGTGGTGAGCCAG 468
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 AATCTGGTCATGTTCTTAAAGTTCCTTTTCGCCGTGTTCATTTGTCTGGTGGTGAGCCAG 443
Query 469 CTTTTGATAATTATGACACTAGTGGTCCTCAAAATGTTAATGCACACATTGGGCTTGCTA 528
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 444 CTTTTGATAATTATGACACTAGTGGTCCTCAAAATGTTAATGCACACATTGGGCTTCCTA 503
Query 529 AGCTAAGGAAGGAGTGGATTGATCGTCGGGAGAAGCTAGGAACACCAAGATACACTCAAA 588
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 504 AGCTAAGGAAGGAGTGGATTGATCGCCGAGAGAAGCTAGGAACACCGAGATACACTCAAA 563
Query 589 TGTACTACGCTAAGCAAGGGATCATAACTGAGGAAATGCTCTACTGTGCTACTAGGGAGA 648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 564 TGTACTACGCTAAGCAAGGGATCATAACTGAGGAAATGCTCTACTGTGCTACGAGAGAGA 623
Query 649 AGCTAGACCCTGAGTTTGTAAGATCAGAAGTTGCACGAGGACGGGCGATTATCCCTTCCA 708
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 624 AACTCGACCCTGAGTTTGTAAGATCAGAAGTTGCACGAGGGCGGGCGATTATCCCTTCCA 683
Query 709 ACAAGAAGCATTTGGAGCTGGAACCGATGATTGTTGGTAGAAAGTTCTTGGTCAAGGTCA 768
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 684 ACAAGAAACATTTGGAGCTGGAACCGATGATTGTTGGTAGAAAGTTCTTGGTTAAGGTCA 743
Query 769 ATGCGAATATCGGAAACTCTGCTGTTGCCAGCTCTATTGAAGAGGAAGTCTACAAGGTTC 828
|||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 744 ATGCGAATATAGGAAACTCTGCTGTTGCAAGTTCTATTGAAGAGGAAGTCTACAAGGTTC 803
Query 829 AGTGGGCAACCATGTGGGGAGCTGATACAATCATGGATCTCTCAACTGGTCGTCACATCC 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 804 AGTGGGCAACCATGTGGGGAGCTGATACAATCATGGATCTCTCAACTGGTCGTCATATCC 863
Query 889 ATGAGACACGTGAGTGGATCCTAAGGAATTCAGCTGTGCCTGTTGGTACGGTGCCTATTT 948
| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 864 ACGAGACACGCGAGTGGATCCTAAGGAATTCTGCTGTGCCTGTTGGTACAGTGCCTATTT 923
Query 949 ATCAAGCACTTGAGAAAGTGGATGGAATTGCTGAGAATCTTAACTGGGAGGTTTTCAGAG 1008
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |
Sbjct 924 ATCAAGCACTTGAGAAAGTGGATGGAATTGCTGAGAATCTTAGCTGGGAAGTCTTCAGGG 983
Query 1009 AGACTCTGATTGAACAAGCTGAGCAAGGTGTAGACTATTTCACAATCCATGCTGGAGTTT 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 984 AGACTCTGATTGAACAAGCTGAGCAAGGTGTAGACTATTTCACAATCCATGCTGGAGTTT 1043
Query 1069 TGCTGCGTTACATTCCCTTAACTGCCAAGCGTTTGACCGGGATCGTTTCGCGTGGAGGAT 1128
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 TGCTGCGTTACATTCCCTTAACAGCCAAGCGTATGACCGGGATCGTTTCGCGTGGAGGAT 1103
Query 1129 CCATTCATGCTAAATGGTGCTTAGCTTACCACAAGGAGAACTTTGCTTACGAGCACTGGG 1188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 CCATTCATGCTAAATGGTGCTTAGCTTACCACAAGGAGAACTTTGCTTACGAGCACTGGG 1163
Query 1189 ATGACATTCTAGACATCTGTAACCAGTATGATGTGGCTCTTTCCATTGGAGATGGTCTGA 1248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 ATGACATTCTAGACATCTGTAACCAGTATGATGTGGCTCTTTCCATTGGAGATGGTCTGA 1223
Query 1249 GACCTGGCTCCATTTATGATGCTAACGACACTGCTCAGTTTGCAGAGCTCCTTACTCAAG 1308
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1224 GACCTGGCTCGATTTATGATGCTAATGACACTGCTCAGTTTGCGGAGCTCCTTACTCAAG 1283
Query 1309 GTGAACTAACTCGCCGAGCGTGGGAAAAAGATGTGCAGGTGATGAATGAAGGGCCAGGGC 1368
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1284 GTGAACTAACTCGCCGAGCATGGGAGAAAGATGTGCAGGTGATGAATGAAGGGCCAGGAC 1343
Query 1369 ATGTCCCAATGCACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGTTGGAGTGGTGTAACGAGG 1428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1344 ATGTCCCAATGCACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGTTGGAATGGTGTAACGAGG 1403
Query 1429 CACCATTCTACACCCTTGGTCCTTTGACTACTGATATTGCCCCTGGATATGATCACATTA 1488
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 CACCATTCTACACTCTTGGGCCTTTGACTACTGATATTGCCCCTGGATATGATCACATTA 1463
Query 1489 CCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATTGGAGCCTTGGGTACAGCTCTTCTTTGCTATGTAA 1548
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 CCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATTGGAGCTTTAGGCACAGCTCTTCTTTGCTATGTAA 1523
Query 1549 CACCAAAAGAACACCTTGGGCTACCAAACAGGGACGATGTGAAGGCCGGGGTTATAGCAT 1608
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1524 CACCGAAAGAACACCTCGGGCTACCAAACAGGGACGATGTGAAGGCTGGGGTTATAGCAT 1583
Query 1609 ACAAGATCGCCGCTCATGCAGCTGATCTAGCCAAACAGCATCCACATGCTCAGGCATGGG 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1584 ACAAGATCGCCGCTCATGCAGCTGATCTAGCCAAACAGCATCCACATGCCCAGGCATGGG 1643
Query 1669 ACGATGCGCTGAGCAAAGCGCGGTTTGAGTTTAGATGGATGGACCAATTTGCTCTGTCGT 1728
| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1644 ATGATGCGCTTAGCAAAGCGCGATTTGAGTTTAGATGGATGGACCAGTTTGCTCTGTCTT 1703
Query 1729 TGGACCCCATGACTGCTATGTCTTTCCATGATGAAACTCTTCCAGCTGATGGAGCCAAGG 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 TGGACCCCATGACTGCTATGTCTTTCCATGATGAAACTCTTCCAGCTGATGGAGCCAAGG 1763
Query 1789 TTGCACACTTTTGCTCCATGTGTGGACCAAAATTCTGCTCTATGAAGATAACAGAAGACA 1848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 TTGCACACTTTTGCTCCATGTGTGGACCAAAATTCTGCTCTATGAAGATAACAGAAGACA 1823
Query 1849 TCCGAAAGTATGCAGAGGAGAATGGTTATGGCAGTGCTGAAGAAGCAATCAGACAAGGAA 1908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1824 TCCGAAAGTATGCAGAGGAGAATGGTTATGGCAGTGCTGAAGAAGCCATCAGACAAGGAA 1883
Query 1909 TGGATGCTATGAGTGAAGAATTCAACATCGCAAAGAAAACCATTAGCGGAGAACAGCACG 1968
||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 TGGATGCTATGAGTGAAGAGTTCAACATTGCCAAGAAAACCATTAGCGGAGAACAGCACG 1943
Query 1969 GTGAAGTAGGTGGAGAAATATATTTGCCAGAGAGCTATGTCAAAGCTGCTCAGAAATAAA 2028
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1944 GTGAAGTAGGCGGAGAAATCTATTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTCAGAAATAAA 2003
Query 2029 AGGCAAATGTTTTAAACAAGACCTTGCTTACCCAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACC 2088
||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004 AGGCAAAGGGTTTAAACAAGATCTCGCTTACCCAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACC 2063
Query 2089 TGGATAAAGGCACAAACTGTTGGGGTGCTTGAACCAGGATAGCCTGCGAAAAGGCGGGCT 2148
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |
Sbjct 2064 TCGATAAAGGCACAAACTGTCGGGGTGCTTGAACCAGGCTAGCCCGCTAAAAGGCGGGTT 2123
Query 2149 ATCCGGGACCAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGA 2208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2124 ATCCGGGACCAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGA 2183
Query 2209 GTGTGCAGtttttttttt--t-tCCTGTAGCTTTCTAAAGGAGAAGAAGCTACTGTTGCC 2265
|||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2184 GTGTGCAGTTTTTTTTTTCCTGTTCTGTAGCTTTCTAAAGGAGAAGAAGCTACGGTTGCC 2243
Query 2266 G 2266
|
Sbjct 2244 G 2244
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91759400205
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5