BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G30600.5 Length=3134 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg481974 jgi|Araly1|481974|fgenesh2_kg.4__1034__AT2G30600.4 2302 0.0 > Ahg481974 jgi|Araly1|481974|fgenesh2_kg.4__1034__AT2G30600.4 Length=2713 Score = 2302 bits (1246), Expect = 0.0 Identities = 1347/1397 (96%), Gaps = 2/1397 (0%) Strand=Plus/Plus Query 333 AAGGCAAGAGATTTTATGAAGAAAGATGGTTGCGGCGAAAGAGAACAAGTTTCTGACAGT 392 |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 43 AAGGCAAGTGGTTTTATGAAGAAAGATGGTTGCGGCGAAAGAGAACAAGTTTCTGACGGT 102 Query 393 GGCACCTTTTGAGTGTGCTTGGAGTGATGATCTGAAGTTCCGGGAAGCGGGAAGAGGTTG 452 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 103 GGCACCTTTCGAGTGTGCGTGGAGTGATGATCTGAAGTTCCGGGAGGCGGGAAGAGGTTG 162 Query 453 TGTTGCGTTTGATGCGTTTGCTCACAATGATGTCACGGTGGTGTTTAGAGAGAATGTGGG 512 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 163 TGTTGCGTTTGATGCGTTTGCTCACAATGATGTCACGGTGGTGTTCAGAGAGAATGTGGG 222 Query 513 GACTCAACATTACCATTATAAGAAAGATAATAGTCCTCACTACATTGTTATCATTGGTAG 572 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 223 GACGCAACATTACCATTATAAGAAAGATAATAGTCCTCATTACATTGTTATCATCGGTAG 282 Query 573 CAATAGGAATCGTAGGTTGAAGATTCAGGTAGATGGAAAATCTGTGGTCGATGAGGAAGC 632 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 283 CAATAGGAATCGTAGGTTGAAGATTCAGGTAGATGGGAAATCTGTGGTCGATGAGGAAGC 342 Query 633 TTCTGATCTTTGTCGTTGTTCTTTGGAGTTTCAGAGTTACTGGATTAGTATCTATGATGG 692 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 343 TTCTGATCTTTGTCGTTGTTCTTTGGAGTTTGAGAGTTACTGGATTAGTATCTATGATGG 402 Query 693 GTTGATTAGCATTGGTAAAGGTCGGTATCCGTTTCAGAACCTGGTATTTAAGTGGCAAGA 752 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 403 GTTGATTAGCATTGGTAAAGGTCGGTATCCGTTTCAGAACCTGGTGTTTAAGTGGCAAGA 462 Query 753 CCCCAAGCCCAATTGTAATGTTCAGTATGTTGGTC-TGAGCAGCTGGGATAAACATGTTG 811 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 463 CCCCAAGCCCAATTGTAATGTCCAGTATGTTGG-CTTGAGCAGCTGGGATAAACATGTTG 521 Query 812 GATATAGAAACGTGAGTGTGTTTCCTGTGACACATAATCATATCTTGCTGTGGAAGCAAG 871 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 522 GATATAGAAACGTGAGTGTGTTTCCTGTGACACACAATCATATCTTGCTGTGGAAGCAAG 581 Query 872 TGGATTGCCGTGAAGTTAGAGGAGATGAGTCTGGTGACGAGAAGGTTGTGGAGGAAGGGA 931 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 582 TGGATTGCCGTGAAGTTAAAGGAGATGAGTCTGGTGACGAGAAGTTTGCGGAGGAAGGGA 641 Query 932 CTGGTTATGATTATGAACAATGGGGACTTGGGAATTTCTTGGAGAGTTGGCAATTATCTG 991 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 642 CTGGTTATGATTATGAACAATGGGGACTTGGGAATTTTTTGGAGAGTTGGCAATTATCTG 701 Query 992 ACACAGTCTTCCTTGTTGGTGAAGAGGAAATGGATGTCCCTGCTCACAAGGTTATATTAC 1051 ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 702 ACACAATCTTTCTTGTTGGTGAAGAGGAAATGGATGTCCCTGCTCACAAGGTTATATTAC 761 Query 1052 AAGCATCAGGTAATTTTCCTTTGAGATCATCTGATGGGGATGTCATTCAACTTCGTGGAG 1111 ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 762 AAGCATCGGGTAATTTTCCTTTGAGATCATCAGATGGGGATGTCATTCAACTTCGTGGAG 821 Query 1112 TGTCGTACCCGATTCTTCATGCTCTTCTTCAATATATCTATACTGGACGAACTCAGATTT 1171 | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| Sbjct 822 TATCGTACCCGATTCTTCATGCACTTCTTCAATATATATATACGGGACGGACTCAGATTT 881 Query 1172 TGGAATCAGAACTTGCTCCATTGCGGGATTTAAGTTCTAAGTTTGAAGTGATGTCATTGG 1231 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 882 TGGAATCAGAACTTGCTCCATTGCGGGATTTAAGTTCTAAGTTTGAAGTGATGCCATTGG 941 Query 1232 TGAGACAGTGTGAAGAAAGTATAGACCATTTTAAATTGAGCAAAACAGCATTTGACTCCT 1291 |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| || ||||||| ||| Sbjct 942 TGAGACAGTGTGAAGAAAGTATAGACCAGTTAAAACTGAGCAAAAAAGAATTTGACCCCT 1001 Query 1292 GCAGAAAAGTCAAACTCTTGTGTCCTATTTCTCACCCGTTATCTGGCTTTATGTTCCCAA 1351 |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1002 GCAGAAAAGTCACACTCTCGTGTCCTATTTCTCACCCGTTATCTGGTTTTATGTTCCCAA 1061 Query 1352 GTGCTTTCCCTGTTGATGTTGGGAAGCTGGTAAAGTTGTACTCAACCGGCGAATATAGTG 1411 ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1062 GTGCTTTCCCTATGGATGTGGGGAAGCTGGTAAAGTTGTACTCAACCGGCGAGTATAGTG 1121 Query 1412 ACATAAAAATCTACCTCAGTGACCATAGTCTCACTTTCCAATCCCACAAAGTCATTCTAA 1471 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1122 ACATAAAAATCTATCTCAGTGACCATAGTCTCACTTTCCAATCTCACAAAGTCATTCTAA 1181 Query 1472 GTCTTTGGAGTGTTGCATTTGCAAAGATGTTTACAAATGGGATGAGTGAAAGCCATTCAT 1531 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1182 GTCTTTGGAGTGTCGCATTTGCCAAGATGTTTACAAATGGGATGAGTGAAAGCCATTCAT 1241 Query 1532 CAACGATTTACCTAACCGATGTATCACCAGAAGCATTCAAGGCTATGATGAATTTCATGT 1591 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1242 CAACGATTTACTTAACCGATGTATCACCAGAAGCATTCAAGGCTATGATGAATTTCATGT 1301 Query 1592 ATAGTGGAGAGTTGAACATGGAAGACACTGTGAATTTTGGCACCGAGTTGATTCATCTTC 1651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1302 ATAGTGGAGAGTTGAACATGGAAGACACTGTGAATTTTGGCACCGAGTTGATCCATCTTC 1361 Query 1652 TCTTTCTAGCTGACCGGTTTGGAGTTGTTCCACTTCATCAAGAATGCTGCAAAATGCTCT 1711 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1362 TCTTTCTAGCTGACCGGTTTGGAGTTGTTCCACTTCATCAAGAATGCTGCAAAATGCTCT 1421 Query 1712 TGGAGTGCCTCTCAGAG 1728 ||||||||||||||||| Sbjct 1422 TGGAGTGCCTCTCAGAG 1438 Score = 1875 bits (1015), Expect = 0.0 Identities = 1198/1284 (93%), Gaps = 22/1284 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1865 AGGATTCTGTATGCTCAGTTCTCCAAGTGGTTTCGTCTATCTCATCATGTAAACTCATTG 1924 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1437 AGGATTCTGTATGCTCAGTTCTCCAAGTGGTTTCGTCTATCTCATCATGTAAACTCATTG 1496 Query 1925 AGGAGATGTGCAAGAGGAAGTTCTCCATGCACTTCGACTATTGTACCACTGCAAGTTTGG 1984 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1497 AGGAGATGTGCAAGAGGAAGTTCGCCATGCACTTCGACTATTGTACCACTGCAAGTTTGG 1556 Query 1985 ACTTTGTCTTGTTAGATCAGACCACCTTCAGTGATATTCTTGAGTCTGCAGATCTGACGG 2044 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1557 ACTTTGTCTTGTTAGATCAGACCGCCTTCAGTGATATTCTTGAGTCTGCAGATCTGACAG 1616 Query 2045 TGACATCTGAAGAAAAGATTCT-GAATGCTGTTCTCATGTGGTGCATGAAAGCTGAGGAG 2103 |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 TGACATCTGAGGAAAAGATTCTTGA-TGCTGTTCTCATGTGGTGCATGAAAGCTGAGGAG 1675 Query 2104 TCGCACAGTTGGGGAGTAATAGATGAGATGATGAACTATGCTGACCCCAAAAGTTTGTTC 2163 || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| Sbjct 1676 TCACACAGTTGGGAAGTAATAGATGAGATGATGAACTATTCTGACCCCAAAATTTTGTTC 1735 Query 2164 AAAGAAAGGCTTCAGTCACTTGATGACCTGTTACCTCATGTACGCTTCTCTTTGTTGCCA 2223 |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1736 AAAGAAAGGCTTCAGTCACTTGATGACCTGCTGCCTCATGTACGCTTCTCTTTGTTGTCA 1795 Query 2224 TATGAGTTACTTAAAAGGTTAGAAAACAGCAACCTAAGCAAAGAAATCCCAGTATTCAAT 2283 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1796 TATGAGTTGCTTAAAAGGTTAGAAAACAGCAACCTAAGCAAACAAATCCCAGTATTCAAT 1855 Query 2284 CGTCTTTTGAAGGAGGCTGCTAGCTTCCTAACATCCGGATTGATATCCCCAGGAAATGAA 2343 |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1856 CGTCTTGTGAATGAGGCTGCTAGCTTCCTAACTTCCGGATTGATATGCCCAGGAAATGAA 1915 Query 2344 CCGATTTCAAGATTCCAACATCGGAGATCGAGTTTCAAGGAGCTTCAGTACATACGTGAT 2403 ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1916 CCGATTTCAAGGTTCCAACATCGGAGTTCGAGTTTCAAGGAGCTTCAGTTCATACGTGAT 1975 Query 2404 GGGGACAGCAATGGGGTGCTGCACTTTGTGGGTACATCTTATGGTAGTCATCAGTGGGTC 2463 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1976 GGGGATAGCAATGGGGTGCTGCACTTTGTGGGTACATCTTATGGTAGTCATCAATGGGTC 2035 Query 2464 AACCCCGTTCTCGCAAAGAAAATCAACATTACATCGAGTAGTCCCACATCCAGATTCACT 2523 ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||| Sbjct 2036 AACCCCGTTCTTGCAAAGAAAATCATCATTACATCGAGCAGCCCCACCTCCAGATTCACT 2095 Query 2524 GATCCAAAGGCTTTGGCTTCAAAAGCCTATGCGGGTACTTCCTTTGCAGGGCCTAGGATG 2583 |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2096 GATCCAAAGGCTTTGGCTTCAAAAACCTATGTGGGTACTTCCTTTGCAGGACCTAGGATG 2155 Query 2584 GAAGACGGCCATATATCATCCTGGTGGGTGGTGGACTTAGGCGAAGAA-CATCAGCTTAT 2642 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 2156 GAAGACGGCCATATATCATCCTGGTGGATGGTGGACTTAGGCGAA-AATCATCAGCTTAT 2214 Query 2643 GTGCAACTATTACACCTTCAGACAAGACGGATCAAGAGCATTCACAAGATTCTGGAAGTT 2702 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2215 GTGCAACTACTACACCTTCAGACAAGACGGATCAAGAGCATTCACAAGATCCTGGAAGTT 2274 Query 2703 TCAGGGATCGATGGATGGGAAAACATGGACAGACTTGAGAGTCCATGAGGATGACCAAAC 2762 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 2275 TCAGGGATCGATGGATGGGAAAACATGGACGGACTTGAGAGTTCATGAGGATGACCAGAC 2334 Query 2763 AATGTGCAAGGCCGGTCAGTTTGCATCATGGCCAATCACCGCAGCAAATGCATTACTCCC 2822 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || Sbjct 2335 AATGTGCAAGGCTGGTCAGTTTGCATCATGGCCAATCACAGCAGCAAATGCGTTACTTCC 2394 Query 2823 CTTTAGGTTTTTCAGGCTGGTTCTGACCGGTCCAACTGCAGA-TACATCAACTCCGTGGA 2881 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||| Sbjct 2395 CTTTAGGTTTTTCAAGCTGGTTCTGACCGGTCCAACCGCAGACT-CATCAACTCCTTGGA 2453 Query 2882 ACTTTTGCATTTGCTACTTGGAGCTCTACGGTTACTTCCGTTGAAGCGCTCTGCAATGAA 2941 ||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2454 ACTTTTGCATTTGCTTCCTGGAACTCTATGGTTACTACCGTTGAAGCG-TCTGCAATGAA 2512 Query 2942 --TGACCTTTTGACTGT-TTCTACTACACACGTTTTTGACGT-TTATCCTGTTTACCTTT 2997 || |||||||||||| ||||||||||| | |||| || | ||||||||||||||||| Sbjct 2513 AATGGCCTTTTGACTGTCTTCTACTACAC--GATTTTCAC-TCTTATCCTGTTTACCTTT 2569 Query 2998 TGTTCTTGTACT------ACAGTGATCTTTGAACCTGAAAGTGTTTCT-CAATATATGTT 3050 ||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||| Sbjct 2570 TGTTCTTGTTCTTGTTCTACAGTGATCTTTGAATCTGAACGTGTTTCTACAAGAAATGTT 2629 Query 3051 AAACTTGATTCCAGTTAGATTGTTTTGGTTTTTATACAAGAGATTT-GGCCTATGGCTGT 3109 ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || || ||||||| Sbjct 2630 AAAGTTGATTCCAGTTAGATTGTTTTGATTTTTATGCAAGAGATTCCGGGCTGTGGCTGT 2689 Query 3110 GGAGTAATGAGTTATACTTTGTTT 3133 |||||||||||| |||||||||| Sbjct 2690 AGAGTAATGAGTTCTACTTTGTTT 2713 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 118384481460 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5