BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G31400.1 Length=3110 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg482072 jgi|Araly1|482072|fgenesh2_kg.4__1132__AT2G31400.1 4556 0.0 > Ahg482072 jgi|Araly1|482072|fgenesh2_kg.4__1132__AT2G31400.1 Length=2863 Score = 4556 bits (2467), Expect = 0.0 Identities = 2742/2872 (95%), Gaps = 29/2872 (1%) Strand=Plus/Plus Query 64 TTTGAGTCTTTACGAATTCCAAAGAAGCAATGAAAAACCCTATCCATATGTAGCTCTTTT 123 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | | Sbjct 1 TTTGAGTCTTTACGAATTCCAAAGAAGC-ATGAAAAACCCTATCCTTATGTAG--C---T 54 Query 124 CGATTCCGTAATCACCACAAACTCTTCCTTTCAATGGCGTCAACGCCGCCTCACTGGGTC 183 | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 55 C---T---T--T------AAACTCTTCCTTTCAATGGCGTCAACGCCGCCTCACTGGGTT 100 Query 184 ACCACCACCAACAACCACCGTCCATGGCTTCCTCAGCGTCCTCGTCCCGGTCGCTCCGTT 243 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 101 ACCACCACCAACAACCACCGTCCATGGCTTCCACAGCGTCCTCGTCCCGGTCGCGCCGTT 160 Query 244 ACCTCAGCTCCTCCCTCTTCTTCAGCCTCTGTTTCTTCAGCTCATCTTTCACAGACTACT 303 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 161 ACCTCAGCTCCTCCCTCTTCTACAGCCTCTGTTTCTTCAGCTCATCTGTCACAGACTACT 220 Query 304 CCAAATTTCTCTCCTTTGCAAACCCCCAAATCAGATTTCTCCGGTCGTCAATCTACCCGA 363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 221 CCAAATTTCTCTCCTTTGCAAACCCCCAAATCAGATTTCTCCGGTCGTCAATCTACCCGA 280 Query 364 TTCGTCTCCCCCGCCACCAATAACCACCGTCAGACCAGGCAAAACCCAAACTACAACCAC 423 ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 281 TTCGTCTCCACCACCACCAATAACCATCGTCAGACCAGGCAAAACCCAAACTACAATCAC 340 Query 424 CGTCCGTATGGTGCCTCTTCTTCTCCTCGTGGCTCAGCTCCTCCGCCTTCATCTGTAGCT 483 ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 341 CGTCCGTATGGTGTATCGTCGTCTCCTCGTGGCTCAGCTCCTCCGCCTTCATCTGTAGCT 400 Query 484 ACTGTAGCTCCAGCTCAACTATCACA-ACCTCCTAACTTTTCGCCTCTCCAAACCCCAAA 542 |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 401 ACTGTAGCTCCAGCTCAACTATCACAGA-CTCCGAACTTTTCGCCTCTCCAAACCCCAAA 459 Query 543 ATCCGATCTTTCATCGGATTTTTCAGGTAGACGATCGACTAGATTCGTCTCCAAGATGCA 602 ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 460 ATCCGATCTTTCATCGGATTTCTCGGGTCGACGATCGACTAGATTCGTCTCCAAGATGCA 519 Query 603 TTTCGGGCGGCAGAAGACGACAATGGCTACGAGACATAGCTCTGCTGCTGAAGATGCACT 662 ||||||||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 520 TTTCGGGCGACCTAAGACTACAATGGCCACTCGACATAGCTCTGCTGCTGAAGATGCACT 579 Query 663 TCAAAACGCTATTGATTTCTCTGGAGACGATGAGATGTTTCATAGTCTAATGTTGAGCTT 722 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 580 TCAAAACGCTATCGATTTCTCTGGAGACGATGAGATGTTTCATAGTCTAATGTTGAGCTT 639 Query 723 TGAGTCAAAGCTGTGTGGCTCTGACGACTGTACCTATATAATCCGTGAGTTAGGGAATCG 782 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 640 CGAGTCAAAGCTGTGTGGCTCTGACGACTGTACCTATATAATCCGTGAGTTAGGGAATCA 699 Query 783 TAATGAGTGCGATAAAGCTGTTGGCTTTTATGAGTTTGCGGTTAAACGAGAGAGGAGAAA 842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 700 TGGTGAGTGCGATAAAGCTGTTGGCTTTTATGAGTTTGCGGTTAAACGAGAGAGGAGAAA 759 Query 843 GAACGAGCAGGGGAAGTTAGCTAGTGCTATGATAAGTACTCTTGGTAGATATGGTAAAGT 902 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 760 GAACGAGCAGGGGAAGTTAGCTAGTGCTATGATAAGTACTCTCGGTAGATATGGCAAAGT 819 Query 903 AACTATTGCTAAGAGGATTTTCGAAACTGCTTTTGCTGGTGGATATGGAAACACGGTTTA 962 ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 820 AACCATTGCTAAGAGGATTTTCGAAACTGCTTTTTCTGGTGGATATGGAAACACAGTTTA 879 Query 963 CGCCTTCTCGGCT-TTGATCAGCGCTTATGGGAGAAGTGGGCTACATGAGGAAGCCATTA 1021 ||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 880 CGCCTTCTCGGCTCTT-ATAAGTGCTTATGGGAGAAGTGGGCTCCATGAGGAAGCCATTA 938 Query 1022 GTGTCTTCAACTCCATGAAAGAGTATGGCTTGAGGCCGAATTTGGTTACCTACAATGCTG 1081 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 939 GTGTCTTCAACTCCATGAAAGAGTATGGCTTGAGGCCGAATTTGGTTACCTACAATGCTG 998 Query 1082 TGATTGACGCTTGCGGTAAAGGCGGGATGGAGTTTAAGCAAGTAGCCAAGTTTTTCGATG 1141 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 999 TGATTGACGCTTGCGGTAAAGGCGGGATGGAGTTTAAGCAAGTAGCCAAGTTTTTCGATG 1058 Query 1142 AGATGCAGAGGAACGGTGTGCAGCCAGATAGAATAACTTTCAACTCGTTGCTTGCTGTTT 1201 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 1059 AGATGCAGAGGAACTGTGTGCAGCCAGATAGAATAACTTACAACTCTTTGCTTGCTGTTT 1118 Query 1202 GCAGTAGAGGAGGGTTGTGGGAAGCAGCAAGGAATCTGTTTGATGAGATGACGAATAGAA 1261 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1119 GCAGTAGAGGAGGGTTGTGGGAAGCAGCAAGGAATCTGTTTGATGAGATGTCGAATAGAA 1178 Query 1262 GGATTGAGCAAGATGTTTTTTCTTATAATACGCTTTTGGATGCAATTTGCAAAGGTGGGC 1321 |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1179 GGATTGAGCAAGATGTCTTTTCTTATAATACTCTTTTGGATGCAATTTGCAAAGGTGGGC 1238 Query 1322 AGATGGACCTTGCTTTCGAAATCCTTGCTCAGATGCCAGTTAAGAGAATCATGCCTAATG 1381 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1239 AGATGGACCTTGCTTTCGAAATCCTCGCTCAGATGCCAGCTAAGAGAATCATGCCTAATG 1298 Query 1382 TTGTAAGTTATAGCACCGTTATTGATGGGTTTGCAAAAGCCGGAAGATTTGATGAAGCTC 1441 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1299 TTGTAAGTTATAGCACAGTTATTGATGGGTTTGCAAAAGCCGGAAGATTTGATGAAGCTC 1358 Query 1442 TTAACTTGTTTGGTGAAATGAGATATCTTGGTATTGCATTAGATAGAGTTTCTTACAATA 1501 |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1359 TTAACTTGTTTGGTGAGATGAGATATCTTAATATTGCATTGGATAGAGTTTCTTACAATA 1418 Query 1502 CATTGCTTTCAATCTACACTAAAGTTGGTAGATCTGAAGAAGCTTTGGATATTCTGAGAG 1561 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1419 CATTGCTTTCGATCTATACTAAAGTTGGTAGATCTGAAGAAGCTTTGGATATTCTGAGAG 1478 Query 1562 AAATGGCATCTGTTGGGATTAAAAAGGATGTTGTGACTTATAATGCTCTTCTTGGAGGAT 1621 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1479 AAATGGCATCTGTTGGGATTAAGAAGGATGTTGTGACTTATAATGCTCTTCTTGGTGGAT 1538 Query 1622 ATGGGAAACAAGGGAAATATGATGAAGTGAAGAAAGTTTTCACTGAGATGAAGCGAGAGC 1681 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1539 ATGGGAAACAAGGGAAATATGATGAAGTGAAAAAAGTTTTCGCTGAGATGAAGCGAGAGC 1598 Query 1682 ATGTGTTGCCTAACTTACTGACTTATTCAACTTTGATCGATGGGTACTCGAAGGGGGGTT 1741 |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 1599 ATGTGTTGCCAAACTTACTGACTTATTCAACGTTGATCGATGGGTACTCGAAAGGAGGTT 1658 Query 1742 TGTATAAAGAGGCAATGGAGATATTTAGGGAGTTTAAGAGCGCCGGATTAAGAGCTGATG 1801 |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1659 TGTATAAAGAAGCAATGGAGGTATTTAGGGAGTTTAAGAGTGCCGGATTAAGAGCTGATG 1718 Query 1802 TTGTTTTGTACAGTGCATTGATTGATGCATTGTGCAAGAATGGGTTGGTGGGTTCTGCTG 1861 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1719 TTGTTTTGTACAGTGCATTGATTGATGCATTGTGCAAGAATGGGTTGGTGGGTTCTGCTG 1778 Query 1862 TTTCTTTGATCGATGAGATGACAAAGGAAGGAATTAGTCCTAATGTTGTAACTTATAATT 1921 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1779 TTTCTTTGATCGATGAGATGACAAAGGAAGGGATTTGTCCTAATGTTGTAACTTATAATT 1838 Query 1922 CCATAATCGATGCCTTTGGTCGTTCTGCAACTATGGACAGATCAGCCGATTATAGCAATG 1981 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 1839 CCATAATCGATGCCTTTGGTCGTTCTGCAACTATGGAGAGATCAGCTGATTATAGCAATG 1898 Query 1982 GTGGATCTTTGCCTTTCTCTTCTTCTGCTCTGAGTGCATTGACTGAAACAGAGGGTAATC 2041 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1899 GTGGATCTTTGCCTTTCTCTTCTTCTACTCTGAGTGAATTGACTGAAACAGAGGGTAATC 1958 Query 2042 GGGTAATACAGTTATTTGGGCAGTTAACAACTGAGAGTAACAACCGAACGACGAAAGATT 2101 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||| Sbjct 1959 GGGTAATACAGTTATTTGGGCAGTTAACAACTGAGGGTAATAACCGCATGACGAAAGATT 2018 Query 2102 GTGAGGAGGGTATGCAGGAGCTCTCCTGTATATTGGAAGTTTTCCGCAAAATGCATCAGC 2161 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2019 GTAAGGAGGGTATGCAGGAGCTCTCCTGTATATTGGAAGTTTTCCGCAAAATGCATCAGC 2078 Query 2162 TGGAAATTAAACCAAATGTTGTAACCTTTTCAGCGATTCTGAATGCTTGCAGTCGGTGTA 2221 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2079 TTGAAATTAAACCAAATGTTGTAACCTTTTCAGCGATTCTGAATGCTTGCAGTCGGTGTA 2138 Query 2222 ACTCATTTGAAGATGCATCAATGCTACTAGAGGAGCTCAGGCTGTTTGATAATAAGGTAT 2281 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2139 ACTCATTTGAAGATGCATCAATGCTGCTAGAGGAGCTCAGGCTGTTTGATAATAAGGTAT 2198 Query 2282 ATGGTGTTGTTCATGGACTTCTCATGGGCCAGAGAGAGAATGTATGGCTCCAAGCTCAGA 2341 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2199 ATGGTGTTGTTCATGGACTTCTCATGGGTCAGAGAGAGAATGTATGGCTCCAAGCGCAGA 2258 Query 2342 GCTTATTTGACAAAGTAAATGAAATGGATGGTTCGACTGCTTCTGCCTTCTACAATGCCC 2401 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2259 GCTTATTTGACAAAGTAAATGAAATGGACGGTTCAACTGCTTCTGCCTTCTACAATGCTC 2318 Query 2402 TAACTGACATGCTTTGGCACTTTGGCCAGAAACGAGGTGCAGAACTGGTGGCACTTGAGG 2461 |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2319 TAACCGACATGCTTTGGCACTTTGGTCAGAAACGAGGTGCAGAACTGGTAGCACTTGAGG 2378 Query 2462 GAAGATCTAGGCAAGTTTGGGAAAACGTGTGGTCTGATTCTTGCTTGGACTTACACCTCA 2521 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2379 GAAGATCTAGGCAAGTTTGGGAGAACGTGTGGTCTGATTCTTGCTTGGACTTACACCTCA 2438 Query 2522 TGTCTTCTGGAGCTGCACGTGCAATGGTCCATGCGTGGCTACTAAACATACGCTCCATTG 2581 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2439 TGTCTTCTGGAGCTGCACGCGCAATGGTCCATGCGTGGCTACTAAACATACGCTCCATTG 2498 Query 2582 TCTATGAAGGTCATGAGTTACCTAAAGTCTTGAGTATATTGACTGGCTGGGGGAAACACA 2641 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2499 TCTATGAAGGTCATGAGTTACCTAAAGTCTTGAGTATATTGACTGGCTGGGGGAAACACA 2558 Query 2642 GCAAAGTGGTTGGAGACGGAGCACTAAGACGAGCGGTTGAAGTTCTTTTGAGGGGAATGG 2701 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 2559 GCAAAGTGGTTGGAGACGGAGCACTAAAACGAGCGGTTGAAGTCCTTTTGAGAGGAATGG 2618 Query 2702 ATGCACCATTCCACCTGTCAAAATGCAACATGGGACGGTTCACATCAAGCGGTTCGGTGG 2761 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2619 ACGCACCATTCCACCTGTCAAAATGCAACATGGGACGGTTCACATCAAGCGGTTCGGTGG 2678 Query 2762 TAGCAACTTGGCTGCGTGAATCAGCCACACTGAAACTCTTAATCCTCCATGACCACATAA 2821 ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2679 TAGCAACTTGGCTGCGTGAATCAGCTACACTCAAACTCTTAATCCTCCATGACCACATAA 2738 Query 2822 -CAACCGCCACAGCTACTACTACAACAATGAAATCAACAGACCAACAACAACGGAAACAG 2880 || || ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2739 GCA-CCACCAGAGC-A--ACTACAACAATGAAATCAACAGACCAACAACAACGGGAACAG 2794 Query 2881 ACGTCGTTTGCTTTACAGCCTCTTCTTTTGTAGCTTAGTGTATGATGTAAAA 2932 || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2795 ACCTCGCTTACTTTGCAGCCTCTTCTTTTGTAGCTTAGTGTGTGATGTAAAA 2846 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 117470315580 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5