BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32700.7
Length=3001
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482201 jgi|Araly1|482201|fgenesh2_kg.4__1261__AT2G32700.1 2922 0.0
> Ahg482201 jgi|Araly1|482201|fgenesh2_kg.4__1261__AT2G32700.1
Length=2873
Score = 2922 bits (1582), Expect = 0.0
Identities = 1832/1947 (94%), Gaps = 40/1947 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1036 GGATTAAACCCTGGAGTGAGTGGTCTTCCTTTAAAGGGATGGCCATTAACTGGCATCGAG 1095
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 955 GGATTAAACCCTGGAGTGAGTGGTCTTCCTCTAAAGGGATGGCCATTAACTGGCATTGAG 1014
Query 1096 CAGATGCGACCAGGTTTAGGAGGCCCTCAGGTTCAGAAATCTTTTCTACAAAATCAAAGT 1155
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 CAAATCCGACCAGGTTTAGGAGGCCCTCAGGTTCAGAAATCTTTTCTACAAAATCAAAGT 1074
Query 1156 CAATTTCAGCTCTCGCCGCAGCAGCAACAACATCAGATGTTGGCTCAGGTTCAAGCGCAA 1215
||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 CAATTTCAGCTCTCGCCGCAGCACCACCAACAACAGATCTTGGCTCAGGTTCAAGCGCAA 1134
Query 1216 GGAAATATGACTAATTCACCCATGTATGGTGGTGACATGGACCCTCGAAGATTTACAGGA 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GGAAATATGACTAATTCACCCATGTATGGTGGTGACATGGACCCTCGAAGATTTACAGGA 1194
Query 1276 TTACCTAGAGGAAACCTTAATCCGAAAGATGGCCAACAAAATGCAAATGATGGATCTATA 1335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TTACCTAGAGGAAACCTTAATCCGAAAGATGGCCAACAAAATGCAAATGATGGATCTATA 1254
Query 1336 GGGTCCCCCATGCAGTCAAGTTCGTCAAAGCATATCAGCATGCCGCCAGTACAGCAATCT 1395
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GGGTCCCCAATGCAGTCAAGTTCGTCAAAGCATATCAGCATGCCGCCAGTACAGCAATCT 1314
Query 1396 TCTTCTCAGCAACAAGATCACTTACTATCCCAGCAATCACAACAGAACAACCGCAAAAGA 1455
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TCTTCTCAGCAACAAGATAACTTACTAGCCCAGCAATCACAACAGAACAACCGCAAAAGA 1374
Query 1456 AAAGGGCCTTCCTCTTCTGGTCCTGCTAACAGCACAGGGACAGGAAACACTGTTGGCCCA 1515
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1375 AAAGGGCCTTCCTCTTCTGGTCCTGCTAACAGTACAGGGACGGGAAACACTGTTGGCCCA 1434
Query 1516 TCCAACTCACAGCCATCGACTCCGTCAACGCATACCCCTGTTGATGGAGTTGCTATAGCT 1575
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1435 TCCAACTCACAGCCATCGACTCCATCAACGCATACCCCTGTTGATGGAGTTGCTATACCT 1494
Query 1576 GGTAACATGCACCATGTGAATAGCATGCCAAAAGGGCCAATGATGTATGGTTCTGATGGG 1635
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GGTAACATGCACCATGTGAATAGCATGCCAAAAGGACCAATGATGTATGGTTCTGATGGG 1554
Query 1636 ATCGGTGGTCTTGCATCATCAGCAAATCAACTGCTGCAGGATGACATGGACCAGTTTGGA 1695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1555 ATCGGTGGTCTTGCATCATCAGCAAATCAACTGCTGCAGGATGACATGGAACGGTTTGGA 1614
Query 1696 GATGTGGGAGCTCTAGAAGATAATGTAGAATCATTTTTGTCCCAAGATGATGGAGACGGA 1755
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1615 GATGTGGGAGCCCTAGAAGATAATGTAGAATCATTTTTGTCCCAAGATGATGGAGATGGA 1674
Query 1756 GGAAGCTTGTTTGGCACCCTAAAGCGGAACTCTTCTGTGCATACCGAAACCTCAAAGCCT 1815
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1675 GGAAGCTTGTTTGGCACCCTAAAGCGGAACCCTTCTGAGCATACCGAAACCTCAAAGGGT 1734
Query 1816 TTCAGTTTCAATGAGGTTAGTTGTATAAGAAAAAGTGCCAGTAAGGTCATTTGCTGTAGC 1875
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1735 TTCAGTTTCAACGAGGTTAGTTCTATAAGAAAAAGTGTGAGTAAGGTCATTTGCTGTAAC 1794
Query 1876 TTCTCATATGATGGGAAGTTGTTGGCTAGCGCTGGACATGATAAGAAGGTATTTATATGG 1935
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1795 TTCTCATCTGATGGGAAGTTGTTGGCTAGCGCTGGACATGATAAGAAGGTTTTTATATGG 1854
Query 1936 AACATGGAAACACTACAAGTTGAGAGCACTCCGGAAGAACATGCTCATATCATCACAGAT 1995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 AACATGGAAACACTACAAGTTGAGAGCACTCCGGAAGAACATGCTCATATCATCACAGAT 1914
Query 1996 GTTCGCTTCAGACCGAATTCAACTCAACTGGCAACGTCATCATTCGACAAAACAATCAAA 2055
|| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1915 GTGCGCTTCAGACCTAATTCAACCCAACTGGCAACGTCATCATTCGACAAAACGATCAAA 1974
Query 2056 ATCTGGGATGCTTCTGATCCTGGTTACTTCCTACGAACAATTTCTGGTCATGCTGCACCT 2115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 ATCTGGGATGCTTCTGATCCTGGTTACTTCCTACGAACAATTTCTGGTCATGCTGCACCT 2034
Query 2116 GTTATGTCCATTGATTTTCATCCTAAGAAAACCGAGCTTTTATGCTCCTGTGATAGCAAC 2175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2035 GTTATGTCCATTGATTTTCATCCTAAGAAAACCGAGCTTTTATGCTCTTGTGATAGCAAC 2094
Query 2176 AATGATATTCGCTTTTGGGACATAAACGCCTCTTGCGTTCGTGCTGTAAAGGGGGCTAGC 2235
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2095 AATGATATTCGCTTTTGGGACATAAACGCTTCTTGCGTTCGTGCTG----GGG--CTAGC 2148
Query 2236 ACGCAAGTACGTTTCCAGCCAAGAACAGGACAGTTTTTAGCTGCAGCGTCAGAAAATACT 2295
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2149 ACGCAAGTACGGTTCCAGCCAAGAACAGGACAGTTGTTAGCTGCAGCGTCGGAAAACACT 2208
Query 2296 GTGTCAATTTTTGATATTGAAAATAATAACAAACGGGTCAACATTTTTAAGGGACATTCC 2355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 GTGTCAATTTTTGATATTGAAAATAATAACAAACGGGTCCACATTTTTAAGGGACATTCC 2268
Query 2356 TCAAATGTACATTCTGTTTGTTGGAGCCCAAACGGAGAGTTGGTGGCGTCTGTTAGTGAA 2415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2269 TCAAATGTACATTCTGTTTGTTGGAGCCCAAACGGAGAGTTGGTAGCTTCTGTTAGTGAA 2328
Query 2416 GACGCTGTAAAATTATGGTCACTGAGTTCAGGAGATTGCATCCACGAGCTTAGCAA-CAG 2474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || |||
Sbjct 2329 GACGCTGTAAAATTATGGTCACTGAGTTCAGGAGATTGCGTCCACGAGCTT-GAAAACAG 2387
Query 2475 TGGAAACAAGTTCCACTCT-GTTGTTTTTCACCCTAGCTATCCCGATCTCTTGGTCATCG 2533
||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 TGGAAACAAGTTCCACTCTTGT-GTTTTCCACCCTAGCTATCCCGATCTCTTGGTCATCG 2446
Query 2534 GTGGCTATCAGGCTATAGAGCTGTGGAACACAATGGAGAACAAATGTATGACGGTAGCAG 2593
||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2447 GTGGCTACCAGTCAATAGAGCTGTGGAACACAATGGAGAACAAATGTATGACGATAGCGG 2506
Query 2594 GCCACGAGTGTGTGATCTCTGCCTTGGCTCAGTCGCCTTCGACGGGAGTGGTTGCGTCTG 2653
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||
Sbjct 2507 GTCACGAGTGTGTGATCTCTGCCTTGGCTCAGTCGCCTTCTACAGGAATGGTAGCGTCTG 2566
Query 2654 CAAGTCATGACAAATCCGTAAAGATTTGGAAGTAGAAATATTTCT--AT--GTTCGTCTg 2709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||
Sbjct 2567 CAAGTCATGACAAATCCGTAAAGATTTGGAAGTAGAAATATTTATTTATATGTTCTTCT- 2625
Query 2710 aaaagaaaaggaaaaaagaagaaaTAGCAGAGAGCTCAGGACtttttttGGGTCTAAttt 2769
|||| | | |||| ||| ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2626 AAAA-A---G-AAAA--GAA-AAA-AG-AGAG--CTCAGGACTTTTTTTGAGTCTAATTC 2673
Query 2770 tttttttttttttAATGTT-ACATTAATAAGTTGGttttttttttAAATTGGGTTTGTTT 2828
||| ||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||
Sbjct 2674 TTTGTTTAA----AATGTTTACATCAATAAGTTGGGTTTTTTTTTAA-T-GGGCTTGTTT 2727
Query 2829 ATGTCAAAAGCAAAGAGACTT-GTGATATTTCCAATCTTTGT-CTAATGATCCTACTTCT 2886
||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2728 ATGTCAAAAGCAAAGGGACTTTGTGATAATTCCAATCTTTGTTCTA-TGATCCTACTTCT 2786
Query 2887 TTACTTCGTTGTTTTGATCTCTAGTGTTTAGAGTGAAAGAGAGATGT---AAGTAATTTC 2943
|| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2787 TTCCTTTGTTGTTGTGGTCTCTAGTGTTTAGAGTGAAAGAGAGATGTGTTAAGTAATTTC 2846
Query 2944 TCTAGACCAACTACATTGTTGAATAAT 2970
|||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2847 TCTAGAACAACTAAATTGTTGAATAAT 2873
Score = 1533 bits (830), Expect = 0.0
Identities = 922/964 (96%), Gaps = 15/964 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 TCAATCTGATCTATCTCTCTCTTCCAGCTGTTTCATGATCGATTTACTCTTAACTTACAG 83
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1 TCAATCTGATCTCTCTCTCTCTTCCAGCTGTTTCATGATCGATTTACTC-TAAGTTACAG 59
Query 84 CTGATTACAATTCACTGTAATCTCTCAAGAACCCTAGATTCttttttttCCTTTTCAATT 143
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||
Sbjct 60 CTGAATACAATTCACTGTAATCTCTCAAGAACCCTAGATT-TCTCCCTT--TTTTCAATT 116
Query 144 GTGATCCGTCAGCAATGCTTGATCTTTAAATTTACT-GATATCTGAAGATCGAATTAGGG 202
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 117 GTGATCCGTCAGCAATGCTTGATCTTTAAAGATACTGGA-ATTTGAAGATCGAATTAGGG 175
Query 203 TTCTGATCTACTTGATATTTA-TTTG-TTTGGGCTTTTATT-CAGCAGCTCGATCTTGGG 259
|||||||||||||| || | | |||| ||| | |||| || |||||||||||||||||
Sbjct 176 TTCTGATCTACTTG-TAATCACTTTGATTT--GTTTTTTTTATAGCAGCTCGATCTTGGG 232
Query 260 CTGAAGCTATGGCTCAGAGTAATTGGGAAGCTGACAAGATGCTTGATGTTTACATATATG 319
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 233 TTGAAGCTATGGCGCAGAGTAATTGGGAAGCTGACAAGATGCTTGATGTTTACATATATG 292
Query 320 ATTATTTGGTGAAGAAGAAACTTCATAATACTGCTAAGTCGTTTATGACTGAAGGGAAGG 379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 293 ATTATTTGGTGAAGAAGAAACTTCATAATACTGCTAAGTCCTTTATGACTGAAGGGAAGG 352
Query 380 TTTCTCCTGATCCAGTTGCAATTGATGCACCTGGAGGGTTTCTTTTTGAGTGGTGGTCTG 439
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 TTTCTCCTGATCCTGTTGCAATTGATGCACCTGGAGGGTTTCTTTTTGAGTGGTGGTCTG 412
Query 440 TGTTTTGGGACATTTTCATTGCAAGGACGAATGAGAAGCATTCAGAGGCTGCTGCAGCTT 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 TGTTTTGGGACATTTTCATTGCAAGGACGAATGAGAAGCATTCAGAGGCTGCTGCAGCTT 472
Query 500 ATATAGAGGCACAACAAGGTAAAGCGAAGGAGCAGCAAATGCAAATACAGCAACTGCAGA 559
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 ATATTGAGGCACAACAAGGTAAAGCCAAGGAGCAGCAAATGCAAATACAGCAACTGCAGA 532
Query 560 TGATGCGCCAAGCTCAAATGCAGCGTAGGGACCCTAATCATCCTTCTCTTGGCGGTCCAA 619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 533 TGATGCGCCAAGCTCAAATGCAGCGTAGGGACCCTAATCATCCTTCTCTTGGTGGTCCAA 592
Query 620 TGAATGCTATTGGT--T-CTGAAGGGATGATTGGGCAGTCTAATGCTAGTGCTTTGGCTG 676
|||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TGAATGCTATTGGTGGTTCTGAAGGGATGATTGGCCAGTCTAATGCTAGTGCTTTGGCTG 652
Query 677 CTAAAATGTACGAGGAACGCATGAAGCAGCCTAATCCTATGAATTCTGAGACATCCCAAC 736
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 CTAAAATGTACGAGGAACGTATGAAGCAGCCAAATCCTATGAATTCTGAGACATCCCAAC 712
Query 737 CTCATCTTGATGCAAGGATGGCCCTTCTTAAATCAGCAACAAACCATCATGGTCAGATTG 796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 CTCATCTTGATGCAAGGATGGCCCTTCTTAAATCAGCAACAAACCATCATGGTCAGATTG 772
Query 797 TCCAAGGAAACCATCAAGGAGGTGTTTCGGCAGCGCTGCAGCAAATTCAATCACGAACTC 856
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 TCCAGGGAAACCATCAAGGAGGTGTTTCGGCAGCGCTGCAGCAAATTCAATCACGAACTC 832
Query 857 AGCAGCCCACTGAAATCAAAACTGAAGTTAATTTGGGTACATCTCCAAGACAACTGCCAG 916
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 AGCAGCCCACTGAAATCAAAACTGAAGTTAATATGGGTACATCTCCAAGACAACTGCCAG 892
Query 917 TGGATCCTTCTACAGTTTATGGCCAGGGAATTCTGCAATCAAAGCCTGGGATGGGGAGTG 976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 TGGATCCTTCTACAGTTTATGGCCAGGGAATTCTGCAATCAAAGCCTGGGATGGGGAGTG 952
Query 977 CAGG 980
||||
Sbjct 953 CAGG 956
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113318478875
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5