BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G32950.1 Length=2348 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg933875 jgi|Araly1|933875|scaffold_401863.1 3522 0.0 > Ahg933875 jgi|Araly1|933875|scaffold_401863.1 Length=2068 Score = 3522 bits (1907), Expect = 0.0 Identities = 2005/2053 (98%), Gaps = 3/2053 (0%) Strand=Plus/Plus Query 65 AAAATGGAAGAGATTTCGACGGATCCGGTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGAACA 124 |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 18 AAAATGGAGGAGATTTCGACGGATCCGCTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGGACA 77 Query 125 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTCATGAAAATGACGACGGAGGAAG-CGGCGGTTC 183 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || || ||| ||||| Sbjct 78 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTAATGAAAATGATGACGGTGG-AGACGGTGGTTC 136 Query 184 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 137 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 196 Query 244 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 197 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 256 Query 304 TCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAATAATCAGCTTTA 363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 257 CCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAACAATCAGCTTTA 316 Query 364 CCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 317 TCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 376 Query 424 TGCATCGCCCTTGGATCAGTTTCGGGAAGCACTACAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 483 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 377 TGCATCGCCCTTGGATCAATTTCGGGAAGCACTTCAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 436 Query 484 GGAGGTTGATAATCTTCTGACACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 543 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 437 GGAGGTTGATAATCTTCTTTCACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 496 Query 544 AGCTGAGAGGAACATGCAGATACTTTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 603 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 497 AGCTGAGAGGAACATGCAGATTCTGTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 556 Query 604 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATTAAAGAAGATATAAATGCCGT 663 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || Sbjct 557 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATCAAAGAGGATATAAATGCTGT 616 Query 664 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGAGCTAGGGACAGATATTCTGTAAAGTTGCGGAT 723 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 617 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGGGCTAGGGACAGATATTCTGTGAAGTTGCGGAT 676 Query 724 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGATTGGTTT 783 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 677 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGAGTGGTTT 736 Query 784 CAACTCCAATTCTCTCAGCATAAGAGGAGGAAATTTTGTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 843 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 737 CAACTCCAATTCTCTGAGCATAAGAGGAGGAAATTTTTTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 796 Query 844 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 903 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 797 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 856 Query 904 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAGTCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATTCA 963 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 857 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAATCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATCCA 916 Query 964 TGCTCAGTTCAATGATTTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGCAGACCA 1023 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 917 TGCTCAGTTCAATGATCTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGTAGACCA 976 Query 1024 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1083 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 977 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1036 Query 1084 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1143 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1037 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1096 Query 1144 AGCAGAAATCCGGCATGGGGATATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1203 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1097 AGCAGAAATCCGGCATGGGGACATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1156 Query 1204 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1263 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1157 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1216 Query 1264 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1323 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1217 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1276 Query 1324 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGaaaaaaaTCACATAGCAAGCAG 1383 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1277 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGAGAAAAATCACATAGCAAGCAG 1336 Query 1384 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1443 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1337 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1396 Query 1444 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1503 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1397 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1456 Query 1504 TGTATCTGGTAGTGACGACTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACGAGGCAGGAAGCAAGTGT 1563 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1457 TGTATCTGGTAGTGACGATTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACAAGGCAGGAAGCAAGTGT 1516 Query 1564 GATTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1623 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1517 GCTTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1576 Query 1624 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAACATAAG 1683 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1577 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAATATAAG 1636 Query 1684 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1743 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1637 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1696 Query 1744 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1803 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1697 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1756 Query 1804 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACATACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1863 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1757 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACACACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1816 Query 1864 AGTGAACAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1923 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1817 AGTGAATAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1876 Query 1924 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCGCCAGACATGGACGATGCAGA 1983 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 1877 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCACCTGACATGGACGATGCAGA 1936 Query 1984 GGAAGAGGCAGGTTCCTACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGTGATAGTCCCACGAT 2043 |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1937 GGAAGAGGCAGGCTCATACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGCGATAGTCCCACAAT 1996 Query 2044 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTCGCTGCGTGATTCTAGTA 2103 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1997 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTTGCTGCGTGATTCTA-TA 2055 Query 2104 GACATTACAAAAG 2116 || ||||||||| Sbjct 2056 AACGTTACAAAAG 2068 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 88445548890 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5