BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G34357.1 Length=4238 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg321151 jgi|Araly1|321151|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001208 4117 0.0 > Ahg321151 jgi|Araly1|321151|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001208 Length=6795 Score = 4117 bits (2229), Expect = 0.0 Identities = 2459/2572 (96%), Gaps = 7/2572 (0%) Strand=Plus/Plus Query 460 CCTCTTTTCAGCACATGCTGAACCACCTGTAGATGTCGTCCAGCCACATATTGTCATCCT 519 |||||| || | | ||| |||||||| | | ||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 3321 CCTCTTGTCGGAAGATGGTGAACCACGTTTGGATGTTGTCCAGCCACATGTTGTCATCCT 3380 Query 520 TTCCCTTGTGTTCCCTAAAGTCTCAGCAGGAGTACTGAAGAGGGATGGGTTGGCTTTGCG 579 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3381 TTCCCTTGTGTTCCCTAAAGTCTCAGCAGGAGTACTGAATAGGGATGGGTTGGCTTTGCG 3440 Query 580 TCTCGTCCTCAATGTTCTGCGTCTGAAATCAGCCACGCCTGAGTGCTTGATTTCGGGATT 639 ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3441 TCTCGTCCTTAGTGTTCTGCGTCTGAAATCAGCCACGCCTGAGTGCTTGATTTCGGGATT 3500 Query 640 GAAGTGTTTGGTTCACCTTCTCACAACGGTTGAGTCCATTATGGTGAACGAAGGCTCTGA 699 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3501 GAAGTGTTTGGTTCACCTTCTCACAACTGTTGAGTCCATTATGGGGAACGAAGGCTCTGA 3560 Query 700 TTCCTACAACATCTTACTGAATTTTGTAACTCATTCAGACGGAAAGGTAAGAAAGCTAGC 759 |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3561 TTCCTACAGCATTTTACTGAATTTTGTAACTCATTCAGACGGAAAGGTAAGAAAGCTAGC 3620 Query 760 AAGCTCCTGTCTCCGTGATGTCCTGCAGAAATCCCATGGAACAAAGGCCTGGCAATCAGT 819 |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3621 AAGCTCGTGTCTCCGTGATGTCCTGCTGAAATCCCATGGAACAAAGGCCTGGCAATCAGT 3680 Query 820 CAGTGGAGCTATTACAGAAATGTTCCAGAACTATTTAGACCTCGCCCATAAATCGGAAGT 879 ||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3681 CAGTGGAGCTATTGCAGAATTATTCCAGAATTATTTAGAACTCGCCCATAAATCGGAAGT 3740 Query 880 GGGTTCTACCGAAGGAGCCAGAGGG-GCAAAGCAAGTGCTTTACATTCTTAGCACTCTAA 938 ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 3741 GGGTTCTACCGAAGGAGCCAG-GGGAGCAAAGCAAGTGCTTTACATTCTCAGCACTCTAA 3799 Query 939 AAGAATGCTTGGCCTTGATGTCAAAAAAGCACATTGCTACTCTGATTGAGGGATTTAAGG 998 |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3800 AAGAGTGCTTGGCCTTGATGTCGAGAAAGCACATTGCTACTTTGATTGAGGGATTTAAGA 3859 Query 999 TGCTGATGATTCTTCGCGATCCATACATTACAAGGCCAGTGATAGACTCTTTAAATGCAG 1058 ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 3860 TGCTGATGATTATTCGCGATCCGTACATTACAAGGCCAGTGATAGACTCTTTATATGCAG 3919 Query 1059 TTTGTCTCAATCCAACCTCCGAGGTTCCGGTTGAGGCGCTGCTCGAAGTGTTATCTCTTG 1118 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3920 TTTGTCTCAATCCAACCTCCGAGGTTCCAGTTGAGGCGCTGCTCGAAGTGTTATCTCTTG 3979 Query 1119 CGGCTGGACTGTTCTCGGGACATGAAACATCTGCTGATGCCATGACCTTTACAGCACGTT 1178 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3980 CGGCTGGACTGTTCTCGGGACATGAAACATCTGCTGATGCCATGACCTTTACAGCACGTT 4039 Query 1179 TACTGAAAGTTGGGATGACTAGGAGTTT-TACCCTAAACAGAGATCTTTGTGTGGTTAAA 1237 |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 4040 TACTGAAAGTTGGGATGACTAGGAGTTTCT-CCCTGAACAGAGATCTTTGTGTGGTTAAA 4098 Query 1238 CTTCCTAGTGTGTTCAATGGTCTGAATGATATTATTGCATCTGAACACGAGGAGGCTATC 1297 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 4099 CTTCCTAGTGTGTTCAATGGTCTGAATGATATCGTTGCATCTGAACACGAGGAGGCAATC 4158 Query 1298 TTTGCAGCAACTGATGCGTTGAAGAGTTTGATATTTTCATGTATTGACGAAAGCTTGATC 1357 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 4159 TTTGCAGCAACTGATGCATTGAAGAGTTTAATATTTTCATGCATTGACGAAAGCTTGATC 4218 Query 1358 AGAGAAGGTGTCAATGAAATCCGGAATTCAAACTTGAATGTAAGGAAGCCTAGTCCAACA 1417 |||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 4219 AGAGAAGGTGTCAACGGAATCCGGAATTCAAGCTTGGATGTACGGAAGTCTAGTCCAACA 4278 Query 1418 GTCATCGAAAAGCTGTGTGCAACAGTTGAGAGCTTGCTTGATTACAAGTACCATGCAGTC 1477 ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4279 GTCATTGAAAAGCTGTGTGCAACGGTTGAGAGCTTGCTTGATTACAAGTACCATGCAGTC 4338 Query 1478 TGGGATATGGCTTTTCAAGTAGTTTCAGCAATGTTTGATAAATTAGGTGAACATTCTGCA 1537 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||| Sbjct 4339 TGGGATATGGCTTTTCAAGTAGTTTCAGCGATGTTCGATAAATTAGGTGAAGAGTCTGCA 4398 Query 1538 TATTTTATGAGGAACACCCTCCAGGGTTTATCTGATATGCAAGATTTACCTGATGAAGGA 1597 |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4399 TATTTTATGAGGAAGACCCTCGAGGGCTTATCAGATATGCAAGATTTACCTGATGAAGGG 4458 Query 1598 TTTCCTTACCGGAAGCAGTTGCATGAGTGTGTAGGATCAGCCCTTGGTGCTATGGGACCT 1657 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 4459 TTTCCTTACCGGAAGCAGTTGCATGAGTGTGTTGGATCAGCTGTTGGTGCTATGGGACCT 4518 Query 1658 GAAACATTTTTAAGCATTGTGCGTTTAAACCTTGAAGCTAATGATCTGTCTGAGGTAAAA 1717 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 4519 GAAACATTTTTAAGCATTGTTCGTTTAAACCTTGAAGCTAGTGATCTGTCTGAGGTAAAA 4578 Query 1718 GTTTGGCTCTTCCCAATCTTGAAGCAGTACACAGTTGGAGGACGCCTAAGTTTCTTCACA 1777 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 4579 GTTTGGCTCTTCCCAATCTTGAAGCAGTATACAGTTGGAGGTCGCCTAAGTTTCTTCACA 4638 Query 1778 GAGGCTATTTTTAGCATGGTCGAAACAATGAGCCACAAAGCTCAAAAGCTCAAGCTACAA 1837 ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 4639 GAGACTATTTTTAGTATGGTCGAAACAATGAGCCAGAAAGCTCAACAGCTCAAGCTACAA 4698 Query 1838 GGTCTTCCTGTAGCATCCAGGAGTGTGGATTCTCTCGTATATTCATTATGGGCTTTGTTA 1897 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 4699 GGTCTTCCTGTAGCATCTAGGAGTGTGGATTCTCTCGTATATTCATTATGGGCTTTGCTA 4758 Query 1898 CCTTCATTCTGTAATTATCCCGTGGATACTGTGGAGAGTTTTGCCGATCTGGGGCGAATA 1957 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4759 CCTTCATTCTGTAATTATCCCGTGGATACTGTGGAGAGTTTTGCCGATCTGGGGCGAATA 4818 Query 1958 TTATGTGGAGTTCTTCAAACACAGGCTGAGACCCATGGAATTATATGTGCCAGTTTGAAT 2017 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| Sbjct 4819 TTATGTGGAGTTCTTCAAACACAGGCTGAGACCCGTGGAATTATATGCGCCAGTTTGAAT 4878 Query 2018 ATTCTGATTCAACAAAATAAGGAAGTTGTTGAGGGGAAAGAAGTACCTACTAATGATGCT 2077 ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||| Sbjct 4879 ATTCTTATTCAACAAAATAAGGATGTTCTTGAGGGG--A-AAGTACCTACTAATGATGCT 4935 Query 2078 AGTCCTGCTATGCAACGAGCTACTGCTCGTTATGATTCACAGCATGCGGCAGCTAATTTA 2137 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 4936 AGTCCTGCTATGCAACGAGCTACTGCTCGTTATGATTCACAGCATGCGGCAGCTAATATG 4995 Query 2138 AAAGTTCTGCGGTTATGTGCTCCTAAATTATTGGATGTTTTGTCAAGGATATTTCATGAA 2197 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 4996 AAAGTTCTGCGGTTGTGTGCTCCTAAATTATTGGATGTTTTGACAAGGATATTTCATGAA 5055 Query 2198 TGTAGCAAAGATGATGGCGGTTCTCTTCAGTCTGCGATAGGTAACTTAGCTTCCATAGCG 2257 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 5056 TCTGGCAAAGATGATGGCGGTTCTCTTCAGTCTGCGATAGGCAACTTGGCTTCCATAGCG 5115 Query 2258 GAGAAAAAGACTGTTTCAAAGCTACTTTTCAAGACTCTGCAAGAGCTTTTAGAGGCTACC 2317 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 5116 GAGAAAAAGACTGTTTCAAAGCTACTTTTCAAGACTCTGCGAGAGCTTTTAGAGGCTACC 5175 Query 2318 AAAACTGCCATTGCACAAGATGAAAGTCCTGTTAGTGGGATGGATGTGGATAACACCGCA 2377 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5176 AAAACTGCCATTGCACAAGATGAAAGTTCTGTTAGTGGGATGGATGTGGATAACACCGCA 5235 Query 2378 GACAAAAATTCTTCTTCCAACTTAAGGGCAAGGTTGTTTGATCTGTTAGTTTCACTCTTA 2437 ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 5236 GACAAAATTTCATCTTCCAACTTAAGGGCAAGGTTGTTTGATCTGTTAGTTTCACTTTTA 5295 Query 2438 CCGGGTTTGGATGGTCAAGAAGTAGATACCATATTCAGTTCTCTGAAGCCTGCAATGCAG 2497 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5296 CCGGGTTTGGATGGTCAAGAAGTAGATACCATATTCAGTTCTCTGAAGCCTGCAATGCAG 5355 Query 2498 GATTCCAAGGGCCTAATTCAAAAGAAAGCGTACAAAGTTCTTTCGGTCATTTTGAAGAGT 2557 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| Sbjct 5356 GATCCCAAGGGCCTAATTCAAAAGAAAGCGTACAAAGTTCTTTCGATCATCTTGAAGAGT 5415 Query 2558 TCTGATGGATTTGTTTCAAAGAACCTCGAGGAGTTGCTTGTGCTGATGCACAATATATGC 2617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| Sbjct 5416 TCTGATGGATTTGTTTCAAAGAACCTCGAGGAGTTGCTTGAGCTGATGCACAACATATGC 5475 Query 2618 CATGTCTCTGCCAAACGCCATAAACTTGATTGTTTATACTTCCTGTTAGCTCATGCATCA 2677 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 5476 CATGTCTCTGCCAAACGCCATAAACTTGATTGTTTATACTTCCTGTTAGCTCATGCGTCA 5535 Query 2678 AGGACTGATGATTTAAAGGAGAGAAAAGACATTGTTTCTTCTTTTCTACCCGAAGTTATA 2737 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5536 AGGACTGATGATTTAAAGGAGAGAAAAGACATTGTTTCTTCTTTTCTACCCGAAGTTATA 5595 Query 2738 CTTGCTTTAAAGGAGGTAAATaaaaaaaCAAGAAACAGAGCCTATGACGTGCTTGTTCAG 2797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5596 CTTGCTTTAAAGGAGGTAAATAAAAAAACAAGAAACAGAGCCTATGACGTGCTTGTTCAG 5655 Query 2798 ATTGGTCATGCATACGCAGATGAGGAGAATGGTGGAGACAACGAGAAGTTGCATGGGTAC 2857 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 5656 ATTGGTCATGCATACGCAGATGAGGAAAATGGTGGAGACAATGAGAAACTGCATGGGTAC 5715 Query 2858 TTCGATATGGTGGTTGGTTGCTTGGCTGGCGAAAAACCTCAAATGATTAGTGCTGCTGTC 2917 ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 5716 TTCAATATGGTGGTTGGTTGCTTGGCTGGAGAAAAACCTCAGATGATTAGTGCTGCTGTC 5775 Query 2918 AAGGGTGTAGCTCGTTTGACATATGAGTTCTCCGATCTCATATCTAGTGCTTACAATTTA 2977 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 5776 AAGGGTGTAGCTCGTTTGACATATGAGTTCTCCGATCTCATAGCTAGTGCTTACAATTTG 5835 Query 2978 CTTCCTTCAACATTTCTTCTCCTCCAGAGGAAAAATAAAGAAATTACAAAAG 3029 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 5836 CTTCCTTCAACATTCCTTCTCCTCCAGAGGAAAAATAAAGAAATCACAAAAG 5887 Score = 1445 bits (782), Expect = 0.0 Identities = 873/917 (95%), Gaps = 6/917 (1%) Strand=Plus/Plus Query 3153 CAAAGGTGAGGCTTCTGTTGGAGATGCTCATCAAGAAATGTGGCACGGAGGCTGTCAAGT 3212 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5882 CAAAAGTGAGGCTTCTGTTGGAGATGCTCATCAAGAAATGTGGCACGGAGGCTGTCAAGT 5941 Query 3213 CTGTGATGCCTGAGGAACATATGAAACTCCTGACAAACATCCGAAAGATCAAGGAACGTA 3272 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 5942 CTGTGATGCCTGAGGAACATATGAAACTCCTGACAAACATCCGAAAGGTCAAGGAACGTA 6001 Query 3273 AAGAGAAAAAATATGCAGCTGGCTCTGACATCAGTAAATCGCAGCATTCAAAAGATACTT 3332 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 6002 AAGAGAAAAAATATGCAGCTGGCTCTGACATCAGTAAATCGCAGCATTCAAAAGATGCTT 6061 Query 3333 CATCAAAGGTTAGCAGGTGGAATGATACCAAGATATTTTCTGATGTATACGCGGA-CAGT 3391 ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | | | ||| | | Sbjct 6062 CATCAAAGGCTAGCAGGTGGAATGATACGAAGATATTTTCTGA-CT-T-TGAGGATGAAT 6118 Query 3392 --GAGGACAGTGACGGAGACGACATGGATGCGGAGTCTCATGGCCGCAGCAAGGCTTCCT 3449 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 6119 ACGAGGACAGTGACGGAGAGGACATGGATGCGGAGTCACATGGCCGTAGCAAGGCTTCCT 6178 Query 3450 CTTTGTTAAAATCCAAGGCATCCGCTTTGAGATCCAAGAAAAGTCGGAACCAGAGTCATC 3509 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 6179 CTTTGTTAAAATCCAAGGCATCCGCTTTGAGATCCAAGAAAAGTCGGAACCAGAGTCACC 6238 Query 3510 TTGAAGTGGATGAGTCAGATGATGAACCGCTTGACTTAATGGATCAGCACAAAACAAGAT 3569 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| Sbjct 6239 TTGAAGTGGATGAGTCAGATGATGAACCGCTTGACTTAATGGATCGGTACAAAACAAGAT 6298 Query 3570 TAGCTCTTCGGTCAAGTGAACTTCGCAAACGGAAAGCTGACTCGGATGAAGAAGCAGAGT 3629 |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6299 TAGCTCTTCGATCAAGTGAACTGCGCAAACGGAAAGCTGACTCGGATGAAGAAGCAGAGT 6358 Query 3630 TTGATGTGGAAGGGCGGCTAGTTATTCGTGAAGGAGAGAGGTCTAAAAGGAAGGAACTAT 3689 |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 6359 TTGATGTGGAAGGGCGGCTAATCATTCGTGAAGGAGAGAGGGCTAAAAGGAAGGAAATAT 6418 Query 3690 CTGATGCAGATTCAGATGCCAAAAGTAGCAAAGGCAGCCGTTTCTCTGGAAACTCATCCA 3749 |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6419 CTGATGCAGATTTAGATGCCAAAAGTAGCAAAGGTAGCCGTTTCTCTGGAAACTCATCCA 6478 Query 3750 AGAAGAACCAAAAGCGGATGAAGACATCAGAGTCTGGATACGCTTACACAGGCAAAGAGT 3809 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 6479 GGAAGAACCAAAAGCGGATGAAGACATCAGAGTCTGGATACTCTTACACAGGCAAAGAGT 6538 Query 3810 ATGCAAGCAAAAAGGCAAGTGGCGATCTTAAGAAGAAAGATAAACTTGAACCATATGCCT 3869 ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | Sbjct 6539 ATGCAAGTAAAAAGGCAAGTGGCGATCTGAAGAAGAAAGATAAGCTTGAACCGTATGCAT 6598 Query 3870 ATTGGCCACTCGATCGCAAGATGATGAGCCGTAGACCAGAGCAACGGGCAGTTGCAGTGA 3929 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 6599 ATTGGCCACTTGATCGCAAGATGATGAGCCGTAGACCAGAGCAGCGGGCAGTTGCAGTCA 6658 Query 3930 GAGGGATGTCAAGTGTGGTCAAGATGGCAAAGAAAATGGAAGGCAAGAGCGCTGCAGAAG 3989 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 6659 GAGGGATGTCAAGTGTGGTCAAGATGGCAAAGAAGATGGAAGGAAAGAGCGCTGCAGAAG 6718 Query 3990 CACTTGCCACCACCAAGTTCAAAAAATTCAAGAGGAGTGGTCAGAAGAAATCAGCTGGGA 4049 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 6719 CACTTGCCACGACCAAGTTCAAAAAATTCAAGAGGAGTGGTCAGAAGAAATCTGCTGGGA 6778 Query 4050 AGAAGAAAAACAAGTAA 4066 ||||||||||||||||| Sbjct 6779 AGAAGAAAAACAAGTAA 6795 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 160260439903 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5