BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G36850.1
Length=6176
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482666 jgi|Araly1|482666|fgenesh2_kg.4__1726__AT2G36850.1 2410 0.0
> Ahg482666 jgi|Araly1|482666|fgenesh2_kg.4__1726__AT2G36850.1
Length=5404
Score = 2410 bits (1305), Expect = 0.0
Identities = 1351/1373 (98%), Gaps = 3/1373 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2963 AGCAACAGTATAGAACAGGGTTCCCTTGCGATAACTCTAAATCTTAAGAAGCTTCAGTTA 3022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 AGCAACAGTATAGAACAGGGTTCCCTTGCGATAACTCTAAATCTTAAGAAGCTTCAGTTA 2316
Query 3023 GTGGTTTCCAGATTTACTGCATTAACCGGGCTTTT---GATTCGAAATGAAACCCCAGAT 3079
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2317 GTGGTTTCCAGATTTACTGCACTAACCGGGCTTTTGAAGATTCGAAATGAAACTCCAGAT 2376
Query 3080 CTTGCAAAAGGTGCTGCAAAAGCTATGTTTGATTTTTACGAGGTGGTCACGCATGACCTT 3139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377 CTTGCAAAAGGTGCTGCAAAAGCTATGTTTGATTTTTACGAGGTGGTCACGCATGACCTT 2436
Query 3140 CTTTCACATGATTTAAGGGAGCAGCTTGATACATGGAATATTTTAGCACGGGCTCGAAAT 3199
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2437 CTTTCACATGATTTGAGGGAGCAGCTTGATACATGGAATATTTTAGCACGGGCTCGAAAT 2496
Query 3200 GAAGGGCGTCTCTTTTCCAGAATAGCTTGGCCTAGGGACCCAGAAATTATAGAGCAGGTC 3259
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2497 GAAGGGCGTCTCTTTTCCAGGATAGCTTGGCCTAGGGACCCAGAAATTATAGAGCAGGTC 2556
Query 3260 AAGCGGCTACATCTTCTTCTCACTGTGAAGGATGCCGCTGCTAACGTCCCAAAAAATCTA 3319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2557 AAGCGGCTACATCTTCTTCTCACTGTGAAGGATGCCGCTGCTAACGTCCCAAAAAATCTA 2616
Query 3320 GAAGCAAGAAGAAGATTGGAGTTTTTCACAAATTCGTTATTTATGGATATGCCCCAAGCA 3379
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617 GAAGCAAGAAGAAGATTGGAGTTTTTCACAAATTCTTTATTTATGGATATGCCCCAAGCA 2676
Query 3380 AGGCCTGTTGCTGAAATGGTTCCATTCAGTGTCTTCACCCCATACTATAGTGAGACAGTG 3439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2677 AGGCCTGTTGCTGAAATGGTTCCATTCAGTGTCTTCACCCCATACTATAGTGAGACAGTC 2736
Query 3440 CTCTATAGCTCCTCAGAACTGCGAAGTGAGAATGAGGATGGAATATCTATTCTTTTCTAT 3499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2737 CTCTATAGCTCCTCAGAACTGCGAAGTGAGAATGAGGATGGGATATCTATTCTTTTCTAT 2796
Query 3500 CTTCAAAAGATATTTCCTGATGAATGGGAGAACTTCTTGGAGAGGATTGGCAGGTCTGAA 3559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 CTTCAAAAGATATTTCCTGATGAATGGGAGAACTTCTTGGAGAGGATTGGCAGGTCTGAA 2856
Query 3560 TCAACAGGGGATGCAGATCTTCAAGCAAGTTCAACTGATGCTTTGGAGCTTCGGTTTTGG 3619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2857 TCAACAGGGGATGCAGATCTTCAAGCAAGTTCAACTGATGCTTTGGAGCTTCGGTTTTGG 2916
Query 3620 GTATCTTATCGAGGACAGACTTTAGCGAGGACTGTGCGAGGTATGATGTATTACCGAAGG 3679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2917 GTATCTTATCGAGGACAGACTTTAGCGAGGACTGTGCGAGGTATGATGTATTACCGAAGG 2976
Query 3680 GCTTTGATGCTCCAGAGTTTCTTAGAAAGACGAGGCTTGGGAGTGGATGATGCATCTCTG 3739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2977 GCTTTGATGCTCCAGAGTTTCTTAGAAAGACGAGGCTTGGGAGTGGATGATGCCTCTCTG 3036
Query 3740 ACCAACATGCCACGAGGATTTGAATCGTCAATTGAAGCTCGAGCTCAAGCGGACCTTAAG 3799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3037 ACCAACATGCCACGAGGATTTGAATCGTCAATTGAAGCTCGAGCTCAAGCGGACCTTAAA 3096
Query 3800 TTTACGTATGTTGTGTCGTGCCAAATTTATGGGCAACAGAAACAGCAAAAGAAACCAGAG 3859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3097 TTTACGTATGTTGTGTCGTGCCAAATTTATGGGCAACAGAAACAGCAAAAGAAACCAGAG 3156
Query 3860 GCTACTGATATCGGACTTTTATTGCAAAGATACGAGGCGCTACGAGTTGCTTTCATACAT 3919
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3157 GCTACTGATATCGGACTTTTATTGCAAAGATATGAGGCGCTACGAGTTGCTTTCATACAT 3216
Query 3920 TCGGAGGATGTTGGAAATGGAGATGGTGGAAGTGGAGGGAAAAAGGAATTCTATTCTAAA 3979
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3217 TCCGAGGATGTTGGAAGTGGAGATGGTGGAAGTGGAGGGAAAAAGGAATTCTATTCTAAA 3276
Query 3980 TTAGTAAAAGCTGACATTCACGGAAAAGATGAGGAAATTTATTCAATTAAACTTCCCGGA 4039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3277 CTAGTAAAAGCTGACATTCACGGAAAAGATGAGGAAATTTATTCAATTAAACTTCCCGGA 3336
Query 4040 GATCCTAAACTTGGTGAAGGGAAGCCTGAGAATCAAAATCATGCTATCGTGTTTACGCGG 4099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3337 GATCCTAAACTTGGTGAAGGGAAGCCTGAGAATCAAAATCATGCGATCGTTTTTACGCGT 3396
Query 4100 GGAGAAGCTATCCAGACCATAGATATGAATCAGGACAATTATCTGGAGGAAGCAATCAAA 4159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 3397 GGAGAAGCTATCCAGACCATAGATATGAATCAGGACAATTATCTAGAGGAAGCAATTAAA 3456
Query 4160 ATGAGAAATCTACTTGAGGAGTTTCATGGAAAACATGGAATTCGACGTCCTACTATTTTG 4219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3457 ATGAGAAATCTACTTGAGGAGTTTCATGGAAAACATGGAATTCGACGTCCTACTATTTTG 3516
Query 4220 GGAGTTAGAGAGCATGTTTTCACGGGAAGTGTTTCATCACTGGCGTGGTTCATGTCGAAT 4279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3517 GGAGTTAGAGAGCATGTTTTCACGGGAAGTGTTTCATCACTGGCGTGGTTCATGTCGAAT 3576
Query 4280 CAAGAGACCAGTTTTGTAACGTTGGGTCAACGGGTTCTAGCATATCCACTTAA 4332
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3577 CAAGAGACCAGTTTTGTGACGTTGGGTCAACGGGTTCTAGCATATCCACTTAA 3629
Score = 1779 bits (963), Expect = 0.0
Identities = 995/1011 (98%), Gaps = 0/1011 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4508 GGAAGAGATGTAGGACTTAACCAGATTGCCCTATTTGAAGGGAAGGTAGCAGGTGGAAAT 4567
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3802 GGAAGAGATGTAGGACTCAACCAGATTGCCCTATTTGAAGGGAAGGTAGCAGGTGGAAAT 3861
Query 4568 GGAGAACAAGTTCTTAGCAGGGATGTCTACAGAATTGGGCAGCTGTTTGACTTTTTTAGA 4627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3862 GGAGAACAAGTTCTTAGCAGGGATGTCTACAGAATTGGGCAGCTGTTTGACTTTTTTAGA 3921
Query 4628 ATGATGTCATTCTACTTCACAACAGTTGGATTCTATGTCTGCACAATGATGACCGTCCTT 4687
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3922 ATGATGTCGTTCTACTTCACAACAGTTGGATTCTATGTCTGCACAATGATGACCGTCCTT 3981
Query 4688 ACTGTGTACGTCTTTTTGTATGGAAGAGTTTATCTGGCCTTTTCTGGTGCTGATCGTGCA 4747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3982 ACTGTGTACGTCTTTTTGTATGGAAGAGTTTATCTGGCCTTTTCTGGTGCTGATCGTGCA 4041
Query 4748 ATATCAAGAGTAGCCAAACTGTCAGGTAACACTGCATTGGATGCTGCACTAAACGCACAG 4807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4042 ATATCAAGAGTAGCCAAACTGTCAGGTAACACTGCATTGGATGCTGCACTAAACGCACAG 4101
Query 4808 TTTTTAGTCCAGATTGGAATCTTTACTGCCGTCCCTATGGTGATGGGTTTCATACTTGAA 4867
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4102 TTTTTAGTCCAGATTGGAGTCTTTACTGCCGTCCCTATGGTGATGGGTTTCATACTTGAG 4161
Query 4868 CTTGGGTTGCTAAAGGCTATTTTCAGCTTCATTACAATGCAATTCCAGTTGTGTTCTGTC 4927
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4162 CTTGGATTGCTAAAGGCTATTTTCAGCTTTATTACGATGCAATTCCAGTTGTGTTCTGTC 4221
Query 4928 TTTTTCACATTTTCTCTCGGGACAAGAACTCATTACTTTGGACGTACTATTCTTCACGGT 4987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4222 TTTTTCACATTTTCTCTCGGGACAAGAACTCATTACTTTGGACGTACTATTCTTCACGGT 4281
Query 4988 GGTGCAAAGTATCGAGCAACTGGCAGAGGTTTTGTGGTTCAGCACATAAAGTTTGCCGAT 5047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4282 GGTGCAAAGTATCGAGCAACTGGCAGAGGTTTTGTGGTTCAGCACATCAAGTTTGCCGAT 4341
Query 5048 AATTACAGACTTTATTCTAGAAGTCATTTTGTTAAAGCTTTTGAAGTAGCTCTACTGTTG 5107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4342 AATTACAGACTTTATTCTAGAAGTCATTTTGTTAAAGCTTTTGAAGTAGCTCTACTGTTG 4401
Query 5108 ATCATTTACATTGCCTATGGGTATACGGACGGGGGTGCCTCTTCGTTCGTTTTGCTAACT 5167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4402 ATCATTTACATTGCCTATGGGTATACGGACGGGGGTGCCTCTTCGTTCGTTTTGCTAACT 4461
Query 5168 ATCAGCAGTTGGTTCCTTGTAATATCCTGGTTGTTTGCACCCTATATCTTCAATCCCTCT 5227
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4462 ATCAGCAGTTGGTTCCTTGTAATCTCCTGGTTGTTTGCACCCTACATCTTCAATCCCTCT 4521
Query 5228 GGATTTGAATGGCAAAAGACTGTCGAGGATTTTGAAGACTGGGTCAGTTGGCTTATGTAC 5287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4522 GGATTTGAATGGCAAAAGACTGTCGAGGATTTTGAAGACTGGGTCAGTTGGCTGATGTAC 4581
Query 5288 AAAGGTGGAGTGGGAGTAAAGGGAGAGCTCAGTTGGGAGTCGTGGTGGGAGGAAGAACAG 5347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4582 AAAGGTGGAGTGGGAGTAAAGGGAGAGCTCAGTTGGGAGTCGTGGTGGGAGGAAGAACAG 4641
Query 5348 GCGCATATCCAAACATTAAGAGGAAGGATATTGGAGACTATTTTGAGCCTGAGATTTTTC 5407
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 4642 GCGCATATCCAAACATTAAGAGGAAGGATATTGGAGACCATTTTGAGCTTGAGATTTTTC 4701
Query 5408 ATGTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGCTTGATCTCACTCGGAAAAACACTTCACTTGCG 5467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4702 ATGTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGCTTGATCTCACTGGGAAAAACACTTCACTTGCG 4761
Query 5468 CTCTATGGCTACTCGTGGGTTGTTTTGGTTGTTATTGTGTTCTTGTTTAAG 5518
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4762 CTCTATGGCTACTCGTGGGTTGTATTGCTTGTTATTGTGTTCTTGTTTAAG 4812
Score = 1474 bits (798), Expect = 0.0
Identities = 838/858 (98%), Gaps = 0/858 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 452 ATGGCACAGAACTTGGACCCTAACAGTGATGGTAGAGGTGTTCTTCAATTCAAAACTGGT 511
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCACAGAACTTGGATCCTAATAGTGATGGTAGAGGTGTTCTTCAATTCAAAACTGGT 60
Query 512 TTGATGTCCGTGATTAAGCAAAAACTTGCCAAGAGAGATGGTGCTTCAATAGACCGCGAT 571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGATGTCCGTGATTAAGCAAAAACTTGCCAAGAGAGATGGTGCTTCAATAGACCGCGAT 120
Query 572 CGTGATATTGAACGACTATGGGAATTTTACAAACTTTATAAAAGACGGCATAGAGTGGAT 631
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTGATGTTGAACGACTATGGGAGTTTTACAAACTTTATAAAAGACGGCATAGAGTGGAT 180
Query 632 GATATTCAGAAGGAAGAGCAAAAGTGGAGGGAATCAGGAACAACTTTTTCTTCTAACGTG 691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 GATATTCAGAAGGAAGAGCAAAAGTGGAGGGAATCAGGAACAACTTTTTCTTCAAACGTG 240
Query 692 GGGGAGATCTTGAAGATGAGGAAGGTGTTTGCCACATTGAGGGCCCTAATTGAAGTGTTA 751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGGGAGATCTTGAAGATGAGGAAGGTGTTTGCCACATTGAGGGCCCTAATTGAAGTGTTA 300
Query 752 GAGGTGCTAAGCAGAGATGCTGATCCAAATGGTGTTGGGAGGTCTATCAGGGACGAGCTT 811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAGGTGCTAAGCAGAGATGCTGATCCAAATGGTGTTGGGAGGTCTATCAGGGACGAGCTT 360
Query 812 GGGCGGATTAAAAAAGCTGATGCAACTTTGTCTGCGGAACTAACTCCTTACAATATTGTC 871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 GGGCGGATTAAAAAAGCTGATGCAACTTTGTCTGCGGAACTAACTCCTTACAATATCGTC 420
Query 872 CCTCTAGAAGCGCAGTCCATGACCAATGCAATTGGGGTTTTCCCTGAAGTACGTGGTGCA 931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCTCTAGAAGCGCAGTCCATGACCAATGCAATTGGGGTTTTTCCTGAAGTACGTGGTGCA 480
Query 932 GTCCAAGCTATCAGATACACTGAACATTTCCCTAGGCTTCCCGTTGATTTTGAGATTTCC 991
||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 481 GTCCAGGCTATCAGATATACCGAACATTTCCCTAGGCTTCCCGATGATTTTGAGATTTCC 540
Query 992 GGACAACGTGATGCAGATATGTTTGATTTATTGGAGTATATCTTTGGGTTTCAGAGAGAC 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGACAACGTGATGCAGATATGTTTGATTTATTGGAGTATATCTTTGGGTTTCAGAGAGAC 600
Query 1052 AATGTAAGGAACCAACGGGAGCATTTGGTTCTCACACTTTCAAATGCACAGTCCCAGCTT 1111
|| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 601 AACGTAAGGAACCAACGGGAGCATCTGGTTCTCACACTTTCAAATGCACAATCTCAGCTT 660
Query 1112 AGTATACCTGGGCAGAATGACCCAAAAATTGATGAGAATGCAGTCAATGAGGTTTTCTTA 1171
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGTATACCTGGCCAGAATGACCCAAAAATTGATGAGAATGCAGTCAATGAGGTTTTCTTG 720
Query 1172 AAGGTTTTGGACAACTACATCAAGTGGTGCAAATACTTGAGGATACGCGTTGTGTACAAC 1231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 721 AAGGTTTTGGACAACTACATCAAGTGGTGCAAATACTTGAGGATACGCTTTGTGTACAAC 780
Query 1232 AAGTTAGAAGCCATTGACCGGGACAGGAAGCTGTTTCTTGTTTCTTTGTACTTCCTAATC 1291
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAGTTAGAAGCCATTGACCGGGACAGGAAATTGTTTCTTGTTTCTTTGTACTTCCTAATC 840
Query 1292 TGGGGTGAAGCTGCTAAT 1309
||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGGGGTGAAGCTGCTAAT 858
Score = 894 bits (484), Expect = 0.0
Identities = 560/596 (94%), Gaps = 8/596 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5577 AGGGAGTGGCTTCGATCACATTCATCGCCCTCATCGTTGTAGCCATTGCAATGACAGATC 5636
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |
Sbjct 4811 AGGGAGTGGCTTCGCTCACATTCATCGCCCTCATCGCTGTAGCCATTGCACTAACACCGC 4870
Query 5637 TATCGATTCCAGACATGTTTGCATGTGTCCTTGGTTTTATCCCGACCGGCTGGGCTCTAC 5696
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 4871 TATCGATTCCAGACATGTTTGCATGTGTTCTTGCTTTTATCCCGACCGGTTGGGGTCTAC 4930
Query 5697 TCTCTTTAGCCATCACATGGAAACAGGTGCTTAGGGTCCTGGGCTTGTGGGAAACAGTCC 5756
| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4931 TGTCTTTAGCAATCACATGGAAACAGGTGCTTCGGGTCCTGGGCTTGTGGGAAACAGTCC 4990
Query 5757 GTGAGTTTGGGCGTATATATGATGCTGCAATGGGTATGCTCATATTTTCTCCGATCGCCC 5816
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4991 GTGAGTTTGGACGTATATATGATGCTGCAATGGGTATGCTCATATTTTCTCCGATCGCCC 5050
Query 5817 TTCTTTCCTGGTTCCCTTTCATCTCCACGTTCCAGTCTCGGCTCCTCTTCAACCAAGCTT 5876
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5051 TTCTTTCCTGGTTCCCTTTCATCTCCACGTTCCAGTCTCGTCTCCTCTTCAACCAAGCTT 5110
Query 5877 TCAGTCGCGGACTTGAAATCTCCATTATCCTTGCCGGAAACAGAGCTAATGTTGAGACCT 5936
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5111 TCAGTCGCGGACTTGAAATCTCCATTATCCTCGCCGGTAACAGAGCTAATGTTGAGACCT 5170
Query 5937 GATGAACgagagagagagaga-AG-TTAGTGTGGAAGTAGAAGAAGTATTAGACATTTTG 5994
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5171 GATGAACGAGAGAGAGAGAGAGAAATTAGTGTGGAAGTAGAAGAAGTATTAGACATTTTG 5230
Query 5995 TTTGTAGAGTTTGTAGAACATCATTGGAAGCTCATAGACTCGAATTTTATATGGTTG-TA 6053
||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||| |||||||||| ||| ||
Sbjct 5231 TTTGTAGAGTTTGTAGAACGTCACTGAAAGCTCATCGACTCGGATTTTATATG-TTGGTA 5289
Query 6054 ATCTTAGTTTTGTTTACTCTAA--GCTTACTGTTTATTGTCATAGGTTGACTATATTTTG 6111
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5290 ATCTTAGTTTTGTTTACTCTAAAAGCTTACTGTTTATTGTCATAGGTTGACTATATTTTG 5349
Query 6112 GTAACTTGAttttttttAAAATGAGATTTGTTGATTGTCTGAGA-TACTTTAATCT 6166
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | |||| ||||
Sbjct 5350 GTAACTTGATTTTTGTTAAATTGAGATTTGTTGATCGTCTGAGAAT-CTTTGATCT 5404
Score = 556 bits (301), Expect = 5e-157
Identities = 329/343 (96%), Gaps = 0/343 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2596 GGATGGTCAGGATATGAACAAGGCATATGCTGCGATGTTTTCACCTTTTTGGAATGAGAT 2655
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1857 GGATGGTCAGGATATGAACAAGGCATATGCTGCAATGTTTTCGCCGTTTTGGAATGAGAT 1916
Query 2656 AATAAAGAGCTTGAGAGAGGAAGATTATCTCAGTAACAGGGAGATGGATTTGCTTTCTAT 2715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AATAAAGAGCTTGAGAGAGGAAGATTATCTCAGTAACAGGGAGATGGATTTGCTTTCTAT 1976
Query 2716 TCCCAGTAACACGGGGAGCCTTAGACTAGTCCAGTGGCCCTTGTTTCTTCTCTGCAGTAA 2775
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CCCCAGTAACACGGGGAGTCTTAGACTAGTCCAGTGGCCATTGTTTCTTCTCTGCAGTAA 2036
Query 2776 GATTCTGGTAGCCATTGATTTAGCCATGGAGTGCAAAGAAACACAAGAAGTACTATGGAG 2835
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2037 GATTTTGGTGGCCATTGATTTAGCCATGGAGTGCACAGAAACACAGGAAGTACTATGGAA 2096
Query 2836 ACAAATATGCGATGATGAATACATGGCGTATGCAGTTCAGGAGTGCTATTACAGTGTTGA 2895
|| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2097 ACGAATATGCGATGATGAATACATGGCATATGCAGTTCAGGAGTGCTATTACAGCGTTGA 2156
Query 2896 AAAAATATTGAATTCCATGGTTAATGATGAAGGGCGACGTTGG 2938
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 AAAAATATTGAATTCCATGGTTAATGATGAAGGGCGACGTTGG 2199
Score = 475 bits (257), Expect = 1e-132
Identities = 279/290 (96%), Gaps = 0/290 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1352 ATGGCCAAGGAATTGGATGCAAAATTGGATCATGGAGAAGCTGTTCGTGCTGACAGTTGC 1411
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 ATGGCCAAGGAATTGGATGCAAAATTGGATCATGGTGAAGCTGTTCGTGCTGACAGTTGC 918
Query 1412 TTAACTGGAACGGATACCGGTTCTGTATCATTTCTTGAGCGAATTATCTGCCCTATATAT 1471
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 TTAACGGGAACTGATACTGGTTCTGTATCATTTCTTGAGCGAATTATCTGCCCTATATAT 978
Query 1472 GAAACAATCTCAGCGGAAACTGTTCGAAACAATGGTGGGAAAGCTGCACATTCTGAATGG 1531
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 979 GAAACAATCTCAGCGGAAGCTGCTCGAAACAATGGTGGGAAAGCTGCGCATTCAGAATGG 1038
Query 1532 CGGAATTATGATGACTTCAATGAATACTTTTGGACACCTGCTTGCTTTGAGTTAAGCTGG 1591
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1039 CGGAATTATGATGACTTCAATGAATACTTTTGGACACCTGCTTGCTTTGAGTTAGGCTGG 1098
Query 1592 CCTATGAAAACAGAGTCACGCTTTTTAAGCAAGCCGAAAGGGCGGAAAAG 1641
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1099 CCTATGAAAACAGAGTCACGCTTTTTAAGCAAGCCTAAAGGGAGGAAAAG 1148
Score = 418 bits (226), Expect = 3e-115
Identities = 244/253 (96%), Gaps = 0/253 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2345 TCTAACGATCATGCGTTGACCATTGTTAGCTTGTGGGCTCCAGTTTTGGCGATTTATCTT 2404
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1408 TCTAACAATCATGCATTGACCATTGTTAGCTTGTGGGCTCCAGTTTTGGCGATATATCTT 1467
Query 2405 ATGGATATTCATATATGGTACACACTCTTGTCTGCAATTATTGGTGGTGTGATGGGTGCA 2464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 ATGGATATTCATATATGGTACACACTCTTGTCTGCAATTATTGGTGGTGTGATGGGTGCA 1527
Query 2465 AAAGCTCGCCTAGGCGAGATACGCACCATCGAGATGGTTCATAAGCGTTTTGAGAGTTTT 2524
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528 AAAGCTCGTCTAGGCGAGATACGCTCCATCGAGATGGTTCATAAGCGTTTTGAGAGTTTT 1587
Query 2525 CCAGAGGCTTTTGCTCAGAACCTTGTCTCTCCTGTTGTGAAAAGAGTACCACTTGGCCAA 2584
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1588 CCAGAAGCTTTTGCCCAGAACCTTGTCTCTCCTGTTGTGAAAAGAGTACCACTGGGCCAA 1647
Query 2585 CATGCTTCTCAGG 2597
||| |||||||||
Sbjct 1648 CATACTTCTCAGG 1660
Score = 296 bits (160), Expect = 1e-78
Identities = 174/181 (96%), Gaps = 0/181 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1736 TCTTTGACGATTATAGCCTTCAGGAATGAACATCTCAATATCGAAACTTTCAAGATCTTA 1795
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||||
Sbjct 1150 TCTTTGACGATTATAGCCTTCAGGAAAGAACATCTCGATATAGATACTTTTAAGATCTTA 1209
Query 1796 CTCAGTGCTGGGCCTACATATGCTATTATGAACTTCATTGAATGTCTTCTTGATGTTGTA 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1210 CTCAGTGCTGGGCCTACATATGCTATTATGAACTTCATTGAATGTCTTCTTGACGTTGTG 1269
Query 1856 CTTATGTATGGCGCCTACAGCATGGCAAGAGGAATGGCTATATCCAGGCTGGTTATCAGG 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 CTTATGTATGGCGCCTACAGCATGGCAAGAGGAATGGCTATATCCAGGCTGGTTATCAGG 1329
Query 1916 T 1916
|
Sbjct 1330 T 1330
Score = 213 bits (115), Expect = 1e-53
Identities = 115/115 (100%), Gaps = 0/115 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4333 AGTTCGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTGTTCGATAGAATATTTCATATAACTCGCGG 4392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3690 AGTTCGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTGTTCGATAGAATATTTCATATAACTCGCGG 3749
Query 4393 AGGAATCAGCAAAGCATCCCGTGTTATTAACATCAGTGAAGATATATATGCTGGA 4447
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3750 AGGAATCAGCAAAGCATCCCGTGTTATTAACATCAGTGAAGATATATATGCTGGA 3804
Score = 119 bits (64), Expect = 3e-25
Identities = 64/64 (100%), Gaps = 0/64 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2200 CAGGTATGTGGCGTTTTGGTTGGTTGTCCTGGCCTCCAAATTCACATTTGCATACTTCCT 2259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 CAGGTATGTGGCGTTTTGGTTGGTTGTCCTGGCCTCCAAATTCACATTTGCATACTTCCT 1385
Query 2260 CCAG 2263
||||
Sbjct 1386 CCAG 1389
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 234016016377
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5